Search
prof. dr hab. inż. Krzysztof Giaro
Employment
- Professor at Department of Algorithms and Systems Modelling
- Head of Department at Department of Algorithms and Systems Modelling
Publications
Filters
total: 49
Catalog Publications
Year 2023
-
Generalization of Phylogenetic Matching Metrics with Experimental Tests of Practical Advantages
PublicationThe ability to quantify a dissimilarity of different phylogenetic trees is required in various types of phylogenetic studies, for example, such metrics are used to assess the quality of phylogeny construction methods and to define optimization criteria in supertree building algorithms. In this article, starting from the already described concept of matching metrics, we define three new metrics for rooted phylogenetic trees. One...
Year 2020
-
A note on polynomial algorithm for cost coloring of bipartite graphs with Δ ≤ 4
PublicationIn the note we consider vertex coloring of a graph in which each color has an associated cost which is incurred each time the color is assigned to a vertex. The cost of coloring is the sum of costs incurred at each vertex. We show that the minimum cost coloring problem for n-vertex bipartite graph of degree ∆≤4 can be solved in O(n^2) time. This extends Jansen’s result [K.Jansen,The optimum cost chromatic partition problem, in:...
-
Visual TreeCmp : Comprehensive Comparison of Phylogenetic Trees on the Web
Publication1. We present Visual TreeCmp—a package of applications for comparing phylogenetic tree sets. 2. Visual TreeCmp includes a graphical web interface allowing the visualization of compared trees and command line application extended by comparison methods recently proposed in the literature. 3. The phylogenetic tree similarity analysis in Visual TreeCmp can be performed using eighteen metrics, of which 11 are dedicated to rooted trees...
Year 2017
-
Comparing Phylogenetic Trees by Matching Nodes Using the Transfer Distance Between Partitions
PublicationAbility to quantify dissimilarity of different phylogenetic trees describing the relationship between the same group of taxa is required in various types of phylogenetic studies. For example, such metrics are used to assess the quality of phylogeny construction methods, to define optimization criteria in supertree building algorithms, or to find horizontal gene transfer (HGT) events. Among the set of metrics described so far in...
Year 2015
-
KOALA Graph Theory Internet Service
PublicationKOALA has been created with the idea of C++ library templates, implementing a broad set of procedures in the fields of algorithmic graph theory and network problems in discreate optimization. During the C2NIWA project, a library has been greatly ectended, the code refactored and enclosed with the internet service available in the public repository of thr project. Today it contains interconnected educational materials in the form...
Year 2013
-
Elementy kwantowego modelu obliczeń i algorytmiki kwantowej : łagodne wprowadzenie do informatyki kwantowej
PublicationJuż dziś wiadomo, że z chwilą udanej realizacji komputera kwantowego maszyna ta będzie pozwalała na znajdowanie rozwiązań problemów obliczeniowych leżących poza zasięgiem komputerów klasycznych. Opracowano szereg algorytmów kwantowych, z których największą sławą cieszy się procedura Shora, pozwalająca efektywnie dokonywać tzw. faktoryzacji, tj. rozkładu bardzo dużych liczb naturalnych na czynniki pierwsze. Na trudności obliczeniowej...
-
On a matching distance between rooted phylogenetic trees
PublicationThe Robinson–Foulds (RF) distance is the most popular method of evaluating the dissimilarity between phylogenetic trees. In this paper, we define and explore in detail properties of the Matching Cluster (MC) distance, which can be regarded as a refinement of the RF metric for rooted trees. Similarly to RF, MC operates on clusters of compared trees, but the distance evaluation is more complex. Using the graph theoretic approach...
Year 2012
-
Matching Split Distance for Unrooted Binary Phylogenetic Trees
Publication -
TreeCmp: Comparison of Trees in Polynomial Time
PublicationMetryki filogenetyczne umożliwiają ocenę jakości wyników analizy filogenetycznej oraz wiarygodności algorytmów przeprowadzających taką analizę. Aplikacja TreeCmp oferuje efektywne, wielomianowe implementacje ośmiu takich metryk (dla drzew nieukorzenionych i zawierających korzeń) zdefiniowanych dla dowolnych filogenez (nie koniecznie binarnych). Program ten jako pierwszy umożliwia wyznaczanie nowych metryk, definiowanych w oparciu...
Year 2011
-
Consensus models: Computational complexity aspects in modern approaches to the list coloring problem
PublicationArtykuł poświęcony jest nowym modelom konsensusowego kolorowania grafów. Artykuł zawiera omówienie trzech takich modeli, analizę ich złożoności obliczeniowej oraz wielomianowy algorytm dla częściowych k-drzew, dla tzw. modelu addytywnego.
-
Matching Split Distance for Unrooted Binary Phylogenetic Trees
PublicationRekonstrukcja drzew ewolucji jest jednym z głównych celów w bioinformatyce. Drzewa filogenetyczne reprezentuje historię ewolucji i związki pokrewieństwa między różnymi gatunkami. W pracy proponujemy nową ogólną metodę określania odległości między nieukorzenionymi drzewami filogenetycznymi, szczególnie użyteczną dla dużych zbiorów gatunków. Następnie podajemy szczegółowe własności jednej metryki określonej przy użyciu tej metody...
Year 2010
-
Comparing Arbitrary Unrooted Phylogenetic Trees Using Generalized Matching Split Distance
PublicationIn the paper, we describe a method for comparing arbitrary, not necessary fully resolved, unrooted phylogenetic trees. Proposed method is based on finding a minimum weight matching in bipartite graphs and can be regarded as a generalization of well-known Robinson-Foulds distance. We present some properties and advantages of the new distance. We also investigate some properties of presented distance in a common biological problem...
Year 2009
-
A graph coloring approach to scheduling of multiprocessor tasks on dedicated machines with availability constraints
PublicationWe address a generalization of the classical 1- and 2-processor unit execution time scheduling problem on dedicated machines. In our chromatic model of scheduling machines have non-simultaneous availability times and tasks have arbitrary release times and due dates. Also, the versatility of our approach makes it possible to generalize all known classical criteria of optimality. Under these stipulations we show that the problem...
-
Efficient list cost coloring of vertices and/or edges of bounded cyclicity graphs
PublicationW artykule rozważamy listowo-kosztowe kolorowanie wierzchołków i krawędzi grafu w modelu wierzchołkowym, krawędziowym, totalnym i pseudototalnym. Stosujemy programowanie dynamiczne w celu otrzymania algorytmów wielomianowych dla drzew. Następnie uogólniamy to podejście na dowolne grafy z ograniczonymi liczbami cyklomatycznymi i na ich multikolorowania.
Year 2008
-
Inferring perfect phylogenies with restrictions on character state transitions
PublicationZnana z klasycznej literatury metoda rekonstrukcji drzewa filogenetycznego zbioru gatunków na podstawie ich cech analizowanych w modelu doskonałej filogenezy często okazuje się niewystarczająca ze względu na założenia tego modelu, zmuszające do pominięcia znanych biologom informacji. W pracy definiujemy rozszerzenie umożliwiając wprowadzenie dla każdej cechy grafu skierowanego dopuszczalnych przejść ewolucyjnych pomiędzy jej stanami....
-
Some results on a trading model in a consensus list coloring
Publication -
Some results on trading model in a consensus list coloring
PublicationKonsensusowy model kolorowania grafów - uogólnienie kolorowania listowego, został zdefiniowany przez Mahadeva i Robertsa w 2002 jako użyteczne narzędzie teoretyczne w niektórych zagadnieniach bioinformatycznych. Pozostaje on jednak słabo rozpoznany pod względem własności algorytmicznych. Wykazujemy, że problem kolorowania grafów pełnych w tym modelu jest wielomianowy, co można uogólnić na częściowe k-drzewa przy ustalonym ograniczeniu...
Year 2007
-
Efficient list cost coloring of vertices and/or edges of some sparse graphs
PublicationRozważane jest kolorowanie wierzchołków i krawędzi grafów w modelach klasycznym, totalnym i pseudototalnym z uwzględnieniem dodatkowego ograniczenia w postaci list dostępnych kolorów. Proponujemy wielomianowy algorytm oparty na paradygmacie programowania dynamicznego dla grafów o strukturze drzewa. Wynik ten można uogólnić na grafy o liczbie cyklomatycznej ograniczonej z góry przez dowolnie wybraną stała.
-
Efficient List Cost Coloring of Vertices and∕or Edges of Some Sparse Graphs
Publication
Year 2006
-
Chromatic scheduling of 1- and 2-processor uet tasks on dedicated machines with availability constraints.
PublicationRozważono uogólnienie klasycznego szeregowania jednostkowych zadań jedno- i dwuprocesorowych na maszynach dedykowanych. Przyjęty model pozwala na naturalne wprowadzenie wszystkich klasycznych kryteriów optymalizacyjnych dla harmonogramów. Zaproponowano algorytmy wielomianowe dla systemów rzadkich.
-
Chromatic Scheduling of 1- and 2-Processor UET Tasks on Dedicated Machines with Availability Constraints
Publication -
Equitable 4-coloring of cacti and edge-cacti in polynomial time
PublicationRozważono problem wyznaczania sprawiedliwej liczby chromatycznej kaktusów i drzew wielokątowych bez trójkątów i krawędzi wiszących. Podano wielomianowy algorytm wyznaczający pokolorowanie optymalne, oparty na paradygmacie programowania dynamicznego. Tym samym znaleziona została kolejna klasa grafów planarnych, dla której kolorowanie sprawiedliwe jawi się jako zagadnienie obliczeniowo łatwe.
-
Formalizm i metody szeregowania zadań dla potrzeb redukcji poboru mocy cyfrowych układów CMOS
PublicationW pracy przedstawiono związki pomiędzy modelami formalnymi stosowanymi w klasycznym szeregowaniu zadań a metodami wykorzystywanymi w syntezie wysokiego poziomu układów cyfrowych CMOS. Zagadnienia optymalizacyjne pojawiające się w obu tych problemach mogą być w pewnym sensie transformowalne. Pozwala to na przenoszenie wybranych metod rozwiązań z jednego problemu do drugiego.
Year 2005
-
Szeregowanie rozrzedzonych systemów zadań jednostkowych 1- i 2-procesorowych w oknach czasowych
PublicationSzeregowanie jednostkowych zadań 1- i 2-procesorowych z dodatkowym ograniczeniem w postaci zróżnicowanych okien czasowych, w których zadania te mogą być wykonywane zamodelowano przy pomocy listowego kolorowania i multikolorowania krawędzi grafów. Kryteria jakości harmonogramu: maksymalny koszt wykonania zadania w jednostce czasu oraz suma tychże kosztów po wszystkich zadaniach można przedstawić rozszerzając kolorowanie listowe...
Year 2004
-
Compact scheduling of zero–one time operations in multi-stage systems
Publication -
Compact scheduling of zero-one time operations in multi-stage systems.
PublicationRozważamy szeregowanie zwarte na maszynach dedykowanych z zero-jedynkowymi operacjami w modelu otwartym, przepływowym i mieszanym. Harmonogramy zostały zmodelowane przy pomocy pokolorowań krawędzi grafu konfliktów z pewnymi dodatkowymi ograniczeniami. Dowodzimy NP-trudności problemów w przypadku ogólnym oraz prezentujemy przegląd znanych wielomianowych algorytmów szeregujących dla systemów o specyficznej budowie.
-
Interval edge-coloring of graphs.
PublicationRozdział poświęcony prezentacji modelu zwartego kolorowania krawędziowego grafów i jego znanych własności. Szczególny nacisk położono na opis klas grafów dających się pokolorować zwarcie w czasie wielomianowym. Omówiono także stratność jako miarę niepodatności grafu na kolorowanie zwarte.
-
Interval Edge-Coloring of Graphs
Publication -
Sum coloring of bipartite graphs with bounded degree.
PublicationArtykuł poświęcony jest złożoności obliczeniowej zagadnienia sumacyjnego kolorowania grafów dwudzielnych o ograniczonym stopniu. Zawiera dowód tego, że sumacyjne kolorowanie grafów dwudzielnych stopnia mniejszego równego 5 jest NP-zupełne oraz opis wielomianowego algorytmu, który optymalnie sumacyjnie koloruje grafy dwudzielne podkubiczne.
-
Sum Coloring of Bipartite Graphs with Bounded Degree
Publication
Year 2003
-
A polynomial algorithm for finding T-span of generalized cacti
Publication -
A polynomial algorithm for finding T-span of generalized cacti.
PublicationW pracy opisano wielomianowy algorytm wyznaczający optymalne T-pokolorowania dla uogólnionych kaktusów.
-
Szeregowanie zadań metodami kolorowania grafów.Monografie 37.
PublicationNiniejsza praca poświęcona jest wykorzystaniu teorii chromatycznej grafów w szeregowaniu. Koncepcja ta polega na przedstawieniu zbioru zadań w postaci krawędzi tzw. grafu konfliktów.
-
The complexity of the T-coloring problem for graphs with small degree
Publication -
The complexity of the T-coloring problem for graphs with small degree.
PublicationW pracy ustalono złożoność obliczeniową problemu optymalnego kolorowania grafów o ustalonym stopniu.
-
Wprowadzenie do algorytmów kwantowych. Problemy współczesnej nauki. Teoria i zastosowanie.
PublicationCelem tej pracy jest prezentacja kwantowego modelu obliczeń. Szczególny nacisk położono na zagadnienia matematyczne i informatyczne. Zadbano o wyjaśnienie podstaw teoretycznych, podanie pełnych dowodów poprawności algorytmów kwantowych oraz szacowanie złożoności obliczeniowej.
-
Wybrane zastosowania niestandardowych modeli kolorowania w szeregowniu dwu-procesowych zadań jednostkowych
PublicationNiniejsza praca poświęcona jest wykorzystaniu teorii chromatycznej grafów wszeregowaniu. Koncepcja ta polega na przedstawieniu zbioru zadań w postaci krawędzi tzw. grafu konfliktów.
Year 2002
-
A 27/26-approximation algorithm for the chromatic sum coloring of bipartitegraphs
PublicationWe consider the CHROMATIC SUM PROBLEM on bipartite graphs which appears to be much harder than the classical CHROMATIC NUMBER PROBLEM. We prove that the CHROMATIC SUM PROBLEM is NP-complete on planar bipartite graphs with Delta less than or equal to 5, but polynomial on bipartite graphs with Delta less than or equal to 3, for which we construct an O(n(2))-time algorithm. Hence, we tighten the borderline of intractability for this...
-
Complixity results on open shop scheduling to minimize total cost of operations
PublicationW pracy zaprezentowano serię rezultatów dotyczących złożoności obliczeniowejproblemu szeregowania w systemie otwartym z kryterium łącznego kosztu opera-cji. W ogólności problem jest NP-trudny nawet w przypadku 1-procesorowym.Dlatego zaprezentowano możliwie wiele przypadków szczególnych, które są wie-lomianowe. Są one funkcją długości operacji i struktury grafu konfliktów po-między zadaniami.
-
Dedicated scheduling of tasks to minimize mean flow time
PublicationThis paper investigates the complexity of scheduling biprocessor tasks on dedicated processors to minimize mean flow time. Since the general problem is strongly NP-hard, we assume some restrictions on task lengths and the structure of associated scheduling graphs. Of particular interest are acyclic graphs. In this way we identify a borderline between NP-hard and polynomially solvable special cases.
-
O problemie przydziału częstotliwości, kontrastowym kolorowaniu grafów i częściowych k-drzewach
PublicationNiniejszy artykuł poświęcony jest złożoności obliczeniowej problemu przydziału częstotliwości. Zawiera dowód tego, że jest on NP-trudny nawet dla grafów interferencji, będących grafami dwudzielnymi, oraz wielomianowy algorytm rozwiązujący ten problem dla grafów interferencji, będących częściowymi k-drzewami.
-
Ograniczone (p1, p2,...,pk) kolorowanie wierzchołków grafów.
PublicationProblem ograniczonego (p1,...,pk) kolorowania grafów polega na poszukiwaniu odpowiedzi na pytanie, czy istnieje takie pokolorowanie wierzchołków grafu , że krotności użycia poszczególnych barw są równe ustalonym progom p1,...,pk. W ogólnym przypadku problem ten, jako uogólnienie klasycznego kolorowania grafów pozostaje NP-zupełnym. W pracy przedstawiamy wyniki dotyczące ograniczonego kolorowania split grafów, kografów oraz...
-
Programowanie dynamiczne w rozwiązywaniu problemów szeregowania zadań w systemach o acyklicznej strukturze
PublicationRozważono rozrzedzone systemy niepodzielnych zadań dwuprocesorowych o jednostkowych długościach operacji oraz systemy maszyn dedykowanych (open shop,flow shop, mixed shop) o operacjach zero-jedynkowych. Przedstawiono rodzinę wielomianowych algorytmów opartych na programowaniu dynamicznym, pozwalających na znalezienie optymalnego uszeregowania względem szerokiej rodziny funkcji kryterialnych. Stopień rozrzedzenia systemu zdefiniowano...
-
Zwarte kolorowanie krawędzi
PublicationPraca omawia model zwartego kolorowania grafów i jego zastosowania w szere-gowaniu zadań. Podano podstawowe właściwości kolorowania zwartego, a takżegrafów dających się w ten sposób kolorować. przedstawiono szereg rodzin gra-fów dwudzielnych posiadających zwarte pokolorowania. Zdefiniowano też pewnąmiarę ''niezwartości'' kolorowania krawędziowego zwaną stratnością.
Year 2001
-
Consecutive colorings of the edges of general graphs
Publication -
NP-hardness of compact scheduling in simplified open and flow shops
Publication
Year 2000
Year 1999
Year 1990
seen 2846 times