Search
Search results for: chaperone-usher pathwa
-
The chaperone-usher pathway of bacterial adhesin biogenesis - from molecular mechanism to strategies of anti-bacterial prevention and modern vaccine design
PublicationSystem chaperone-usher (białko opiekuńcze-białko kanałotwórcze) warunkuje biogenezę powierzchniowych struktur adhezyjnych, odpowiedzialnych za wirulencję wielu bakterii gram-ujemnych. Powyższy mechanizm został zbadany na poziomie strukturalnym w przypadku różnych gatunków bakterii patogennych. Celem powyższej pracy było przedstawienie molekularnego mechanizmu biogenezy struktur adhezyjnych na bazie systemu chaperone-usher. Otrzymane...
-
Urinary Tract Infections of Escherichia coli Strains of Chaperone-Usher System
PublicationZakażenia dróg moczowych stanowią bardzo poważny problem zdrowotny i ekonomiczny dotyczący milionów ludzi, każdego roku na całym świecie. Najbardziej rozpowszechnionym czynnikiem etiologicznym tego typu infekcji bakteryjnych, obejmujących górne i dolne drogi moczowe, są szczepy E. coli, reprezentujące około 80% przypadków. Uropatogenne szczepy E. coli produkują kilka czynników urowirulentncyh, które można podzielić na dwa główne...
-
Pilicides effectively hinder chaperone-usher interactions in all Gram-negative bacteria
PublicationThe chaperone-usher pathway of adhesive structures biogenesis is highly conserved in all Gram-negative bacteria. Pili are polymers of thousands protein subunits that possess conserved immunoglobuline-like structure denoted by lack of the seventh G strand. The effect of this structural defect is a hydrophobic acceptor cleft. The folding of protein subunits is strictly dependent on the action of specific periplasmic chaperone protein...
-
Analysis of the unique structural and physicochemical properties of the DraD/AfaD invasin in the context of its belonging to the family of chaperone/usher type fimbrial subunits
PublicationInwazyna DraD kodowana przez operon dra posiada strukturę charakterystyczną dla białek podjednostkowych fimbrii typu chaperone-usher. Fold-Ig białka DraD posiada dwie charakterystyczne cechy wyróżniające je z pośród rodziny fimbrialnych białek podjednostkowych: 1) zaburzenie struktury beta-beczki w rejonie szczeliny akceptorowej objawiające się układem wiązań wodorowych głównego łańcucha polipeptydowego oraz 2) nietypowo usytuowany...
-
Preclusion of irreversible destruction of Dr adhesin structures by a high activation barrier for the unfolding stage of the fimbrial DraE subunit
PublicationFimbrie Dr uropatogennych szczepów Escherichia coli stanowią przykład eksponowanych powierzchniowo struktur adhezyjnych podlegających biogenezie według zakonserwowanego, pośród bakterii Gram-ujemnych, systemu "chaperone-usher" ("białko opiekuńcze-zewnątrzbłonowe białko kanałowe"). Powyższe struktury adhezyjne są niezbędne w procesie specyficznej adhezji bakterii do receptorów zlokalizowanych na powierzchni docelowych komórek gospodarza....
-
The DraC usher in Dr fimbriae biogenesis of uropathogenic E. coli Dr+ strains
PublicationBiogeneza fimbrii Dr kodowanych przez operon dra uropatogennych szczepów Escherichia coli (infekcje górnych dróg moczowych) odbywa się na bazie zakonserwowanego systemu sekrecji typu chaperone-usher. Funkcjonowanie powyższego systemu sekrecji opiera się na dwóch komponentach białkowych, periplazmatycznym chaperonie DraB i zewnątrzbłonowym kanale DraC. Białko DraB kontroluje proces składania podjednostek fimbrialnych DraE, natomiast...
-
Alternative treatment approaches of urinary tract infections caused by uropathogenic Escherichia coli strains
PublicationUrinary tract infections (UTIs) are the most widespread and annoying infections affecting millions of people every year annually. The biggest problem of urinary diseases are recurrences, the increasing resistance of uropathogens to commonly used antibiotics, as well as the high health care costs of afflicted persons. Uropathogenic Escherichia coli strains (UPECs) are the most dominant etiologic agent of community-acquired infections...
-
Patomechanizm zakażeń dróg moczowych wywoływanych przez uropatogenne szczepy E. coli
PublicationZakażenia układu moczowego (ZUM) to jedne z najczęstszych i najbardziej powszechnych infekcji bakteryjnych, dotykających każdego roku nawet 150 milionów ludzi na świecie. Problem z tego typu infekcjami wynika z przewlekłości choroby, nawrotów i wzrastającej lekooporności powodujących je patogenów. Uropatogenne szczepy E. coli (UPEC) są głównym czynnikiem przyczynowym ZUM. Bakterie tej grupy zawierają wiele czynników adhezyjnych...
-
FUNKCJONALIZOWANIE 2H-TIAZOLO[3,2-α]PIRYDYN-5-(3H)-ONÓW, ALTERNATYWNA ŚCIEŻKA SYNTEZY NOWYCH PILICYDÓW
PublicationUropatogenne szczepy Escherichia coli są przyczyną blisko 80% przypadków zakażeń dróg moczowych (ang. UTI- Urinary tract infection). Ponadto, aż 30% odmiedniczkowego zapalenia nerek występującego u ciężarnych kobiet jest spowodowane przez szczepy E.coli Dr+. Szerząca się lekooporność bakterii i trudności w leczeniu UTI wymusiły na środowiskach naukowych poszukiwania nowych związków chemicznych pełniących rolę chemoterapeutyków. Na...
-
The noncanonical disulfide bond as the important stabilizing element of the immunoglobulin fold of the Dr fimbrial DraE subunit
PublicationAdhezyny fimbrialne bakterii patogennych stanowią liniowe asocjaty białkowe odpowiedzialne za wiązanie do specyficznych receptorów na powierzchni komórek gospodarza. Biogeneza tych struktur odbywa się przez system sekrecji typu chaperone/usher zakonserwowany pośród bakterii Gram-ujemnych. Powyższe struktury adhezyjne charakteryzują się wysoką odpornością na denaturację i deasocjację, powodowane przez temperaturę lub chemiczne czynniki...
-
Structure and evolution of the 4-helix bundle domain of Zuotin, a J-domain protein co-chaperone of Hsp70
PublicationThe J-domain protein Zuotin is a multi-domain eukaryotic Hsp70 co-chaperone. Though it is primarily ribosome-associated, positioned at the exit of the 60S subunit tunnel where it promotes folding of nascent polypeptide chains, Zuotin also has off-ribosome functions. Domains of Zuotin needed for 60S association and interaction with Hsp70 are conserved in eukaryotes. However, whether the 4-helix bundle (4HB) domain is conserved remains...
-
Conformational stability of the full-atom hexameric model of the ClpB chaperone fromEscherichia coli
Publication -
Fluconazole resistant Candida auris clinical isolates have increased levels of cell wall chitin and increased susceptibility to a glucosamine-6-phosphate synthase inhibitor
PublicationIn 2009 Candida auris was first isolated as fungal pathogen of human disease from ear canal of a patient in Japan. In less than a decade, this pathogen has rapidly spread around the world and has now become a major health challenge that is of particular concern because many strains are resistant to multiple class of antifungal drugs. The lack of available antifungals and rapid increase of this fungal pathogen provides an incentive...
-
Complementation studies of the DnaK–DnaJ–GrpE chaperone machineries from Vibrio harveyi and Escherichia coli, both in vivo and in vitro
Publication -
A surface-exposed DraD protein of uropathogenic Escherichia coli bearing Dr fimbriae may be expressed and secreted independently from DraC usher and DraE adhesin
PublicationOperon dra uropatogennych szczepów Escherichia coli Dr+ odpowiedzialny jest za proces bakteryjnej adhezji i inwazji. Operon dra kodujący fimbrie Dr zawiera sześć otwartych ramek odczytu - draA, draB, draC, draD, draP oraz draE. Fimbrie Dr zlokalizowane na powierzchni komórki bakteryjnej, zbudowane są z podjednostek białka DraE. Niewiele wiadomo na temat powierzchniowej ekspresji białka DraD oraz jego roli w procesie biogenezy fimbrii...
-
Role of the disulfide bond in stabilizing and folding of the fimbrial protein DraE from uropathogenic Escherichia coli
PublicationDr fimbriae are homopolymeric adhesive organelles of uropathogenic Escherichia coli composed of DraE subunits, responsible for the attachment to host cells. These structures are characterized by enormously high stability resulting from the structural properties of an Ig-like fold of DraE. One feature of DraE and other fimbrial subunits that makes them peculiar among Ig-like domain-containing proteins is a conserved disulfide bond...
-
Machine learning for the management of biochar yield and properties of biomass sources for sustainable energy
PublicationBiochar is emerging as a potential solution for biomass conversion to meet the ever increasing demand for sustainable energy. Efficient management systems are needed in order to exploit fully the potential of biochar. Modern machine learning (ML) techniques, and in particular ensemble approaches and explainable AI methods, are valuable for forecasting the properties and efficiency of biochar properly. Machine-learning-based forecasts,...
-
Crystal structures of the DsbG disulfide isomerase reveal an unstable disulfide
PublicationDsb proteins control the formation and rearrangement of disulfide bonds during the folding of secreted and membrane proteins in bacteria. DsbG, a member of this family, has disulfide bond isomerase and chaperone activity. Here, we present two crystal structures of DsbG at 1.7- and 2.0-Angstrom resolution that are meant to represent the reduced and oxidized forms, respectively. The oxidized structure, however, reveals a mixture...
-
Fatty acyl benzamido antibacterials based on inhibition of DnaK-catalyzed protein folding
PublicationWe have reported that the hsp70 chaperone DnaK from Escherichia coli might assist protein folding by catalyzing the cis/trans isomerization of secondary amide peptide bonds in unfolded or partially folded proteins. In this study a series of fatty acylated benzamido inhibitors of the cis/trans isomerase activity of DnaK was developed and tested for antibacterial effects in E. coli MC4100 cells. Nα-[Tetradecanoyl-(4-aminomethylbenzoyl)]-l-asparagine...
-
Molecular basis of essentiality of early critical steps in the lipopolysaccharide biogenesis in Escherichia coli K-12: requirement of MsbA, cardiolipin, LpxL, LpxM and GcvB
PublicationTo identify the physiological factors that limit the growth of Escherichia coli K-12 strains synthesizing minimal lipopolysaccharide (LPS), we describe the first construction of strains devoid of the entire waa locus and concomitantly lacking all three acyltransferases (LpxL/LpxM/LpxP), synthesizing minimal lipid IVA derivatives with a restricted ability to grow at around 21 °C. Suppressors restoring growth up to 37 °C of Δ(gmhD-waaA)...
-
Functional similarities and differences among subunits of the nascent polypeptide-associated complex (NAC) of Saccharomyces cerevisiae
PublicationProtein factors bind ribosomes near the tunnel exit, facilitating protein trafficking and folding. In eukaryotes, the heterodimeric nascent polypeptide-associated complex (NAC) is the most abundant - equimolar to ribosomes. Saccharomyces cerevisiae has a minor β-type subunit (Nacβ2) in addition to abundant Nacβ1, and therefore two NAC heterodimers, α/β1 and α/β12. The additional beta NAC gene arose at the time of the whole genome...