Oczyszczanie może powodować emisję podtlenku azotu (N2O). Mechanizm emisji podtlenku azotu nie został jeszcze dokładnie zbadany, jednak badania wskazały główne czynniki, które są odpowiedzialne za ten proces. Aby ograniczyć emisję szkodliwego podtlenku azotu z oczyszczalni ścieków należy poznać powiązania czynników odpowiedzialnych za proces z typem oczyszczalni ścieków w którym on występuje.