Wyszukiwarka
Katedra Chemii Fizycznej
Publikacje
Filtry
wszystkich: 371
Katalog Publikacji
Rok 2013
-
Prototype of electrochemical sensor for measurements of volatile organic compounds in gases
PublikacjaThe paper presents a laboratory prototype of an electrochemical sensor for measurements of volatile organic compounds (VOCs) in gases, utilizing ionic liquids and commercial screen printed electrodes by DropSens. The following ionic liquids have been tested as the electrolyte and redox reaction environment: 1-butyl, 3-methylimidazolium dicyanoamide ([BMIM][N(CN)2]), 1-octyl, 3-methylimidazolium tetrafluoroborate ([OMIM][BF4]),...
Rok 2011
-
Prototypowy czujnik do oznaczania lotnych związków opganicznych w powietrzu
PublikacjaW pracy zaprezentowano prototypowy elektrochemiczny czujnik zbudowany na bazie cieczy jonowej do oznaczania związków z grupy lotnych związków organicznych (LZO). W czujniku zostały użyte komercyjne elektrody firmy DropSens. w postaci pasków z nadrukowanymi elektrodami na ceramicznym podłożu. Jako elektrolit i środowisko reakcji redox wykorzystano następujące ciecze jonowe: dicyjanoamid 1-butylo-3-metyloimidazoliowy ([BMIM][N(CN2)]),...
-
Solvation of multivalent cations in methanol - apparent molar volumes, expansibilities, and isentropic compressibilities
PublikacjaWyznaczono gęstości roztworów trifluorometanosulfonianów galu, itru, lantanu, gadolinu i lutetu w metanolu w zakresie temperatur (283.15 to 313.15) K. Zmierzono prędkości dźwięku dla tych układów w temperaturze T = 298.15 K. Z uzyskanych danych wyznaczono standardowe cząstkowe objętości molowe i ich pochodne temperaturowe oraz standardowe cząstkowe molowe ściśliwości adiabatyczne badanych jonów. Wyniki omówiono stosując klasyczny...
-
Stabilizing agents and protein stability
PublikacjaBiałka są kluczowymi elementami żywych organizmów, jak również efektywnymi katalizatorami w biotechnologii i medycynie. Szybki rozwój wielu gałęzi biotechnologii wiąże się z coraz większym zapotrzebowaniem na produkty białkowe charakteryzujące się wysoką stabilnością. Jednym ze sposobów osiągnięcia większej stabilności białek jest wykorzystanie małych związków organicznych, tzw. osmolitów. Do tej grupy związków należą aminokwasy,...
Rok 2017
-
Przegląd technik stosowanych do pomiaru potencjału redoks
PublikacjaPotencjał oksydacyjno-redukcyjny (redoks) charakteryzuje właściwości danej pary redoks, czyli zdolność, jaką posiada substancja do oddawania bądź przyjmowania elektronów. W ostatnich latach pojęcie to zyskuje rosnące zainteresowanie wśród naukowców, zajmujących się stresem oksydacyjnym. Niniejsza praca stanowi przegląd wybranych technik stosowanych do pomiaru potencjału oksydacyjno-redukcyjnego: w tym miareczkowania potencjometrycznego...
-
Role of the disulfide bond in stabilizing and folding of the fimbrial protein DraE from uropathogenic Escherichia coli
PublikacjaDr fimbriae are homopolymeric adhesive organelles of uropathogenic Escherichia coli composed of DraE subunits, responsible for the attachment to host cells. These structures are characterized by enormously high stability resulting from the structural properties of an Ig-like fold of DraE. One feature of DraE and other fimbrial subunits that makes them peculiar among Ig-like domain-containing proteins is a conserved disulfide bond...
-
Solvation of ionic liquids based on N-alkyl-N-methylmorpholinium cations in N,N-dimethylformamide and dimethyl sulfoxide – A volumetric and acoustic study
PublikacjaApparent molar volumes and molar isentropic compressibilities for N-ethyl-N-methylmorpholinium and N-decyl-N-methylmorpholinium tetrafluoroborates in N,N-dimethylformamide (DMF) and dimethyl sulfoxide (DMSO) have been determined from density and speed of sound measurements over the temperature range T = (298.15, 303.15, 308.15, 313.15, 318.15 and 328.15) K at experimental pressure p = 0.1 MPa. This data has been used to calculate...
Rok 2020
-
Pulsowo-różnicowa woltamperometria jako narzędzie pozwalające na wyznaczenie wartości mocy przeciwutleniającej
PublikacjaStandardowy potencjał redukcji (E0) jako parametr określający zdolność przeciwutleniaczy, jak np. flawan-3-oli do przyjmowania elektronów wykazywał wysoką korelację z ich aktywnością biologiczną. Jednak, w przypadku oceny całkowitej aktywności przeciwutleniającej mieszanin tych związków, parametr ten może okazać się być niewystarczającym. Bowiem do określenia tzw. mocy przeciwutleniającej ang. antioxidant power (AOP) powinny być...
-
Rola wody solwatacyjnej w kształtowaniu aktywności białek z grupy krioprotektantów
PublikacjaBiałka przeciwdziałające zamarzaniu (AFP) posiadają zdolność do hamowania wzrostu kryształów lodu powstających w płynach ustrojowych organizmów żywych narażonych na działanie temperatur niższych od 0°C, poprzez wiązanie się z powierzchnią tych kryształów. W ramach mojej pracy, stosując metody dynamiki molekularnej, starałam się poznać szczegóły mechanizmu zachodzenia tego procesu. Aby to osiągnąć, przeprowadziłam szereg symulacji...
-
Telomere uncapping by common oxidative guanine lesions: Insights from atomistic models
PublikacjaOxidative damage to DNA is widely known to contribute to aging and disease. This relationship has been extensively studied for telomeres – structures that cap chromosome ends – due to their role in cell proliferation and senescence, and exceptional susceptibility to oxidation. Indeed, the repetitive telomeric DNA sequence contains the 5′-GGG-3′ motif that has the lowest ionization potential of all trinucleotides. Accordingly, experiments...
Rok 2002
-
Raman spectroscopic study of Ni2+-DNA interactions in aqueous systems
PublikacjaMetodą ramanowskich widm różnicowych określono sposób oddziaływania jonu Ni2+ z DNA(CT) w układach wodnych. Kation Ni(II) koordynuje w pozycjach N7 guaniny (G) i adeniny (A) w powtarzających się sekwencjach GG, AA i GA cząsteczki DNA. Jednocześnie Ni2+ oddziałuje zewnątrz sferowo poprzez cząsteczki wody z grupami fosforanowymi DNA.
-
Solvation of N-methylformamide by ethanol: a comparison of molecular dynamics calculations with the experimental data
PublikacjaWykonano obliczenia metodami dynamiki molekularnej dla tytułowego układu. Rezultaty porównano z uzyskanymi wcześniej wynikami pomiarów termodynamicznych oraz wnioskami z nich wyciągniętymi.
Rok 2021
-
Revealing the Frank–Evans “Iceberg” Structures within the Solvation Layer around Hydrophobic Solutes
PublikacjaUsing computer simulations, the structural properties of solvation water of three model hydrophobic molecules, methane and two fullerenes (C60 and C80), were studied. Systems were simulated at temperatures in the range of 250−298 K. By analyzing both the local ordering of the molecules of water in the solvation layers and the structure of hydrogen bond network, it is shown that in the solvation layer of hydrophobic molecules, ordered...
-
Role of cholesterol in substrate recognition by -secretase
Publikacja-Secretase is an enzyme known to cleave multiple substrates within their transmembrane domains, with the amyloid precursor protein of Alzheimer’s Disease among the most prominent examples. The activity of -secretase strictly depends on the membrane cholesterol content, yet the mechanistic role of cholesterol in the substrate binding and cleavage remains unclear. In this work, we used all-atom molecular dynamics simulations to examine...
-
Self-assembly, stability and conductance of amphotericin B channels: bridging the gap between structure and function
PublikacjaAmphotericin B (AmB), one of the most powerful but also toxic drugs used to treat systemic mycoses, is believed to selectively permeabilize fungal cell membranes to ions in a sterol-dependent manner. Unfortunately, the structure of the biologically active AmB channels has long eluded researchers, obstructing the design of safer alternatives. Here, we investigate the structural and thermodynamic aspects of channel formation, stability,...
-
Sequence-dependent structural properties of B-DNA: what have we learned in 40 years?
PublikacjaThe structure of B-DNA, the physiological form of the DNA molecule, has been a central topic in biology, chemistry and physics. Far from uniform and rigid, the double helix was revealed as a flexible and structurally polymorphic molecule. Conformational changes that lead to local and global changes in the helix geometry are mediated by a complex choreography of base and backbone rearrangements affecting the ability of the B-DNA...
-
Solubility of Carbon Dioxide in Deep Eutectic Solvents Based on 3-Amino-1-Propanol and Tetraalkylammonium Salts at Low Pressure
PublikacjaDeep eutectic solvents (DESs) became an object of a great interest as an alternative to ionic liquids (ILs) and commonly used in CO2 capture amine solutions. In the present study, five different DESs based on 3-amino-1-propanol as physical-chemical CO2 absorbents were used. The composition was chosen in order to estimate the effects of hydrogen bond acceptor:hydrogen bond donor (HBA:HBD) molar ratio, anion type and length of alkyl...
Rok 2019
-
Role of the Solvation Water in Remote Interactions of Hyperactive Antifreeze Proteins with the Surface of Ice
PublikacjaMost protein molecules do not adsorb onto ice, one of the exceptions being so-called antifreeze proteins. In this paper, we describe that there is a force pushing an antifreeze protein molecule away from the ice surface when it is not oriented with its ice-binding plane toward the ice and that this pushing force may be also present even when the protein is oriented with its ice-binding plane toward the ice. This force is absent...
-
Strach przed nieznanym błędem
PublikacjaFelieton popularnonaukowy dotyczący algorytmu genetycznego.
-
Structural changes of a simple peptide—Trpzip-1—in aqueous solutions and the corresponding hydration phenomena under the influence of temperature
PublikacjaTrpzip-1, a simple β-hairpin, is a rare example of peptide with stable secondary structure and can be a convenient model to study temperature-related processes that potential prion or amyloid proteins undergo. Although its sequence is simple, the exact processes which the peptide undergoes in aqueous solutions are quite complex and not well understood. The selection of well-established experimental (DSC, FTIR) and theoretical methods...
-
Structure and evolution of the 4-helix bundle domain of Zuotin, a J-domain protein co-chaperone of Hsp70
PublikacjaThe J-domain protein Zuotin is a multi-domain eukaryotic Hsp70 co-chaperone. Though it is primarily ribosome-associated, positioned at the exit of the 60S subunit tunnel where it promotes folding of nascent polypeptide chains, Zuotin also has off-ribosome functions. Domains of Zuotin needed for 60S association and interaction with Hsp70 are conserved in eukaryotes. However, whether the 4-helix bundle (4HB) domain is conserved remains...
-
Symulacje biomolekularne jako narzędzie do badania mechanizmów rozpoznania i wiązania pomiędzy białkami
PublikacjaBiałka pełnią wielorakie funkcje w organizmach żywych, jednak rzadko działają samodzielnie. W zdecydowanej większości przypadków współpracują one między sobą tworząc makrokompleksy o precyzyjnie zorientowanych podjednostkach. Oddziaływania międzybiałkowe wzbudzają więc duże zainteresowanie, jako że w istotny sposób odpowiadają za aktywność biologiczną białek. Choć do tej pory opracowano wiele metod doświadczalnych badania oddziaływań...
-
Termodynamika oddziaływań i przejść strukturalnych DNA w układach wodnych na podstawie symulacji metodą dynamiki molekularnej
PublikacjaKwas deoksyrybonukleinowy jest jednym z najistotniejszych elementów każdej żywej komórki ze względu na rolę głównego nośnika informacji genetycznej. Posiada on instrukcje potrzebne do wzrostu, budowy, funkcjonowania oraz namnażania się wielu żywych organizmów, w tym także wirusów. Okazuje się, że w zależności od warunków środowiskowych, DNA może przyjmować wiele różnych struktur drugorzędowych, z których większość stanowi formy...
-
Termodynamika oddziaływań substancji tetrafenylowych z wodą w świetle teorii funkcjonału gęstości
PublikacjaW termodynamice roztworów elektrolitów istotne jest zagadnienie podziału eksperymentalnie wyznaczanych wielkości termodynamicznych na udziały jonowe. Z uwagi na niemożność niezależnego wyznaczenia jonowych wielkości cząstkowych, podział wielkości charakteryzujących elektrolit musi być z konieczności dokonany w oparciu o założenie pozatermodynamiczne. Obecnie przyjmuje się, że najbardziej uzasadnionym teoretycznie i eksperymentalnie...
Rok 2014
-
Rotation Triggers Nucleotide-Independent Conformational Transition of the Empty β Subunit of F1-ATPase
PublikacjaF1-ATPase (F1) is the catalytic portion of ATP synthase, a rotary motor protein that couples proton gradients to ATP synthesis. Driven by a proton flux, the F1 asymmetric γ subunit undergoes a stepwise rotation inside the α3β3 headpiece and causes the β subunits’ binding sites to cycle between states of different affinity for nucleotides. These concerted transitions drive the synthesis of ATP from ADP and phosphate. Here, we study...
-
Self-Association of Amphotericin B: Spontaneous Formation of Molecular Structures Responsible for the Toxic Side Effects of the Antibiotic
PublikacjaAmphotericin B (AmB) is a lifesaving antibiotic used to treat deep-seated mycotic infections. Both the pharmaceutical activity and highly toxic side effects of the drug rely on its interaction with biomembranes, which is governed by the molecular organization of AmB. In the present work we present detailed analysis of self-assembly of AmB molecules in different environments, interesting from the physiological standpoint, based...
-
Silica-Based Ionogels: Nanoconfined Ionic Liquid-Rich Fibers for Headspace Solid-Phase Microextraction Coupled with Gas Chromatography–Barrier Discharge Ionization Detection
PublikacjaIn this work, hybrid silica-based materials with immobilized ionic liquids (ILs) were prepared by sol–gel technology and evaluated as solid-phase microextraction (SPME) fiber coatings. High loadings of the IL 1-methyl-3-butylimidazolium bis(trifluoromethylsulfonyl)imide ([C4MIM][TFSI]) were confined within the hybrid network. Coatings composition and morphology were evaluated using scanning electron microscopy and energy dispersive...
Rok 2010
-
Sol-gel technique - a versatile tool for adsorbent preparation
PublikacjaPrzygotowanie próbek do analizy, w tym przede wszystkim izolacja i/lub wzbogacanie analitów stanowi kluczowy element każdej procedury analitycznej z zakresu oznaczania składników śladowych. Wyzwania analityczna są związane zarówno z właściwościami fizykochemicznymi samych analitów jak i składników matrycy oraz stosowanych sorbentów. Choć gama znanych sorbentów i faz stacjonarnych, które można wykorzystać w praktyce analitycznej...
-
Structural properties of hydration shell around various conformations of simple polypeptides
PublikacjaIn this paper we investigate structural properties of water within the solvation shell around the peptide core created by a well-defined conformation of polypeptide chain. The following secondary structures are investigated: linear (straight chain), and three helices PII (polyproline-like), 310, and α. We propose using the two-particle contribution to entropy as a rational measure of the water structural ordering within the solvation...
-
Synthesis and structural characterization of novel 2-benzimidazolylthioureas: adducts of natural isothiocyanatesand 2-amino-1-methylbenzimidazole
PublikacjaNa drodze syntezy chemicznej uzyskano addukty naturalnych izotiocyjanianów - alilu, benzylu i fenyloetylu i 2-amino-1-metylobenzoimidazolu. W następstwie optymalizacji warunków reakcji, poszczególne 2-benzimidazolilotiomoczniki otrzymano produkty z umiarkowanymi wydajnościami. Strukturę molekularną i krystaliczną produktów scharakteryzowano przy użyciu metod spektroskopowych i X-ray. Analiza uzyskanych widm pozwoliła stwierdzić,...
Rok 2023
-
Solubility of carbon dioxide in water: Some useful results for hydrate nucleation
PublikacjaIn this paper, the solubility of carbon dioxide (CO2) in water along the isobar of 400 bar is determined by computer simulations using the well-known TIP4P/Ice force field for water and the TraPPE model for CO2. In particular, the solubility of CO2 in water when in contact with the CO2 liquid phase and the solubility of CO2 in water when in contact with the hydrate have been determined. The solubility of CO2 in a liquid–liquid...
-
Solvent influence on the crystal structures of new cadmium tri-tert -butoxysilanethiolate complexes with 1,4-bis(3-aminopropyl)piperazine: luminescence and antifungal activity
PublikacjaMonocrystals of dinuclear -1,4-bis(3-aminopropyl)piperazine-4N1,N10:N4,N40-bis[bis(tri-tert-butoxysilanethiolato-S)cadmium(II)], [Cd2(C12H27O3SSi)4(C10-H24N4)] or [Cd2{SSi(OtBu)3}4(-BAPP)], 1, and polynuclear catena-poly[[bis-(tri-tert-butoxysilanethiolato-S)cadmium(II)]--1,4-bis(3-aminopropyl)piperazine-2N10:N40], [Cd(C12H27O3SSi)2(C10H24N4)]n or [Cd{SSi(OtBu)3}2(-BAPP)]n,2, with 1,4-bis(3-aminopropyl)piperazine (BAPP)...
-
Solvent influence on the crystal structures of new cadmium tri-tert -butoxysilanethiolate complexes with 1,4-bis(3-aminopropyl)piperazine: luminescence and antifungal activity
PublikacjaMonocrystals of dinuclear 1,4-bis(3-aminopropyl)piperazine-�4N1,N10:N4,N40-bis[bis(tri-tert-butoxysilanethiolato-�S)cadmium(II)], [Cd2(C12H27O3SSi)4(C10-H24N4)] or [Cd2{SSi(OtBu)3}4(�-BAPP)], 1, and polynuclear catena-poly[[bis- (tri-tert-butoxysilanethiolato-�S)cadmium(II)]-�-1,4-bis(3-aminopropyl)piperazine-�2N10:N40], [Cd(C12H27O3SSi)2(C10H24N4)]n or [Cd{SSi(OtBu)3}2(�-BAPP)]n, 2, with 1,4-bis(3-aminopropyl)piperazine (BAPP)...
-
Splice variants of mitofusin 2 shape the endoplasmic reticulum and tether it to mitochondria
PublikacjaIn eukaryotic cells, different organelles interact at membrane contact sites stabilized by tethers. Mitochondrial mitofusin 2 (MFN2) acts as a membrane tether that interacts with an unknown partner on the endoplasmic reticulum (ER). In this work, we identified the MFN2 splice variant ERMIT2 as the ER tethering partner of MFN2. Splicing of MFN2 produced ERMIT2 and ERMIN2, two ER-specific variants. ERMIN2 regulated ER morphology,...
Rok 2022
-
Solubility of Methane in Water: Some Useful Results for Hydrate Nucleation
PublikacjaIn this paper, the solubility of methane in water along the 400 bar isobar is determined by computer simulations using the TIP4P/Ice force field for water and a simple LJ model for methane. In particular, the solubility of methane in water when in contact with the gas phase and the solubility of methane in water when in contact with the hydrate has been determined. The solubility of methane in a gas–liquid system decreases as temperature...
-
Solvent Exchange around Aqueous Zn(II) from Ab Initio Molecular Dynamics Simulations
PublikacjaHydrated zinc(II) cations, due to their importance in biological systems, are the subject of ongoing research concerning their hydration shell structure and dynamics. Here, ab initio molecular dynamics (AIMD) simulations are used to study solvent exchange events around aqueous Zn2+, for which observation in detail is possible owing to the considerable length of the generated trajectory. While the hexacoordinated Zn(H2O)62+ is the...
Rok 2008
-
Solvation numbers of manganese(II) and zinc(II) perchlorates in methanol obtained from volumetric and compressibility properties
PublikacjaZmierzono gęstości roztworów nadchloranów manganu(II) i cynku(II) w metanolu w temperaturach: 283.15, 288.15, 293.15, 298.15, 303.15, 308.15, 313.15 K. Ponadto wyznaczono szybkości rozchodzenia się dźwięku w badanych roztworach w 298.15 K. Uzyskane wielkości pozwoliły na obliczenie pozornych objętości molowych oraz pozornych molowych ściśliwości adiabatycznych elektrolitów w metanolu. Oszacowane wielkości graniczne wykorzystane...
-
Structural and dynamic properties of water within the solvation layer around various conformations of the glycine-based polypeptide
PublikacjaSeveral conformations of the solvated glycine-based polypeptides were investigated using molecular dynamics simulations. Some properties of water in the neighbouring space around these molecules were investigated. It was found, that water forms a well-defined layer - the first solvation shell - around the peptide molecule, and thickness of this layer is independent of the peptide structure, and it equals to approximately 0.28 nm....
-
Structural and Dynamic Properties of Water within the Solvation Layer around Various Conformations of the Glycine-based Polypeptide
PublikacjaSeveral conformations of the solvated glycine-based polypeptides were investigated using molecular dynamics simulations. Some properties of water in the neighboring space around these molecules were investigated. It was found that water forms a well-defined layer—the first solvation shell—around the peptide molecule, and thickness of this layer is independent of the peptide structure and is equal to approximately 0.28 nm. Within...
Rok 2016
-
Solvation of alkaline earth metal ions in N,N-dimethylformamide and N,N-dimethylacetamide – A volumetric and acoustic study
PublikacjaDensities and sound velocities at temperatures (298.15, 303.15, 308.15, 313.15 and 318.15) K of magnesium(II), calcium(II) and strontium(II) rifluoromethanesulfonates (triflates), as well as barium(II) perchloratein N,N-dimethylformamide (dmf) and N,N-dimethylacetamide (dma) have been measured over the composition range studied. From these results, apparent molar volumes and apparent molar isentropic compressibilities at infinite...
-
Structure of solvation water around the active and inactive regions of a type III antifreeze protein and its mutants of lowered activity
PublikacjaWater molecules from the solvation shell of the ice-binding surface are considered important for the antifreeze proteins to perform their function properly. Herein, we discuss the problem whether the extent of changes of the mean properties of solvation water can be connected with the antifreeze activity of the protein. To this aim, the structure of solvation water of a type III antifreeze protein from Macrozoarces americanus (eel...
-
Synthesis and properties of carboxy derivative of Epidian 6 monomethacrylate (in English)
PublikacjaWe present the synthesis of an oligomer with carboxy and methacrylic groups based on Epidian 6. The effect of the catalyst nature and amount, solvent nature and process temperature on the rate of the reaction between Epidian6 monomethacrylate and adipic acid was examined at 313, 323 and 333 K in the presence of 4-dimethylaminopyridine, 1,4-diazobicyclo[2.2.2]octane, and benzyltriammonium chloride. The synthesized oligomer was characterized...
Rok 2007
-
Solvation of cobalt(II) and trifluoromethanesulfonate ions in N,N-dimethylformamide-methanol mixed solvent studied by means of FT-IR spectroscopy
PublikacjaWidma FT-IR roztworów Co(CF3SO3)2-N,N-dimetyloformamid-metanol były analizowane w zakresie pasm CO i OH za pomocą metody widm różnicowych. Wyznaczono liczbę cząsteczek DMF i MeOH w pierwszej sferze solwatacji jonu Co(II) w zależności od składu rozpuszczalnika. Stwierdzono także obecność drugiej sfery solwatacji jonu Co(II) i scharakteryzowano ją ilościowo. Zbadano również solwatację jonu tifluorometanosulfonowego oraz asocjację...
Rok 2006
-
Solvation of cobalt(II) ion in N,N-dimethylformamide-methanol mixed solvent: calorimetry and VIS spectroscopy studies
PublikacjaZmierzono entalpie rozpuszczania trifluorometanosulfonianów Co(II) i Na(I) w mieszaninie N,N-dimetyloformamid(DMF)-metanol(MeOH) w całym zakresie jej składu. Z danych tych wyznaczono entalpie przeniesienia jonu Co(II) i jonu trifluorometanosulfonowego. Wyniki zanalizowano za pomocą teorii solwatacji preferencyjnej. Zmierzono również widma w zakresie widzialnym roztworów jonu Co(II) w mieszaninie DMF-MeOH i zanalizowano je, stosując...
Rok 2018
-
Solvation of ionic liquids based on N -methyl- N -alkylmorpholinium cations in N,N -dimethylformamide and N,N -dimethylacetamide – Volumetric and compressibility studies
PublikacjaDensity and sound velocity of the solutions of ionic liquids based on N-alkyl-N-methyl- morpholinium cations: N-ethyl- -methylmorpholinium bis(trifluoromethanesulfonyl)imide, N-butyl-Nmethylmorpholinium bis(trifluoromethanesulfonyl)imide, N-octyl-N-methyl -morpholinium bis(trifluor omethanesulfonyl)imide and N-decyl-N-methylmorpholinium bis(trifluoromethanesulfonyl)imide in N, N-dimethylformamide and N,N-dimethylacetamide were...
-
Structural changes of water caused by non-electrolytes: Volumetric and compressibility approach for urea-like analogues
PublikacjaHydration of thiourea (TU), hydroxyurea (HU, hydroxycarbamide), acetone (AC, 2-propanone) and dimethyl sulfoxide (DMSO) has been investigated with the help of the volumetric and compression measurement. The apparent molar volumes and the apparent molar isentropic (adiabatic) compression have been calculated from the density and speed of sound data at temperatures ranging from 288.15 to 308.15 K at atmospheric pressure (0.1 MPa)....
-
Taurine as a water structure breaker and protein stabilizer
PublikacjaThe enhancing effect on the water structure has been confirmed for most of the osmolytes exhibiting both stabilizing and destabilizing properties in regard to proteins. The presented work concerns osmolytes, which should be classified as “structure breaking” solutes: taurine and N,N,N-trimethyltaurine (TMT). Here, we combine FTIR spectroscopy, DSC calorimetry and DFT calculations to gain an insight into the interactions between...
Rok 2015
-
Solvation of ionic liquids based on N-methyl-N-alkyl morpholinium cations in dimethylsulfoxide – volumetric and compressibility studies
PublikacjaThe density and sound velocity of the solutions of ionic liquids based on N-alkyl-N-methyl-morpholinium cations, N-ethyl-N-methylmorpholinium bis(trifluoromethanesulfonyl)imide, N-butyl-N-methylmorpholinium bis(trifluoromethanesulfonyl)imide, N-methyl-N-octyl-morpholinium bis(trifluoromethanesulfonyl)imide and N-decyl-N-methylmorpholinium bis(trifluoromethanesulfonyl)imide in dimethylsulfoxide were measured at T = (298.15 to 318.15)...
-
Specific Binding of Cholesterol to the Amyloid Precursor Protein: Structure of the Complex and Driving Forces Characterized in Molecular Detail
PublikacjaC99 is the C-terminal membrane-bound fragment of the amyloid precursor protein that is cleaved by γ-secretase to release Aβ peptides, the hallmark of Alzheimer’s disease (AD). Specific interactions of C99 with cholesterol have been proposed to underlie the recognized role of cholesterol in promoting amyloidogenesis. By using molecular dynamics simulations, we studied cholesterol binding to C99 in a lipid bilayer. We determined...
Rok 2009
-
Systematic Study of Hydration Patterns of Phosphoric(V) Acid and Its Mono-, Di-, and Tripotassium Salts in Aqueous Solution
PublikacjaSpektroskopia oscylacyjna FTIR w zakresie drgania OD cząsteczki HDO została zastosowana do zbadania różnych form fosforanów w kolejności malejącego stopnia protonacji: H3PO4, KH2PO4, K2HPO4, K3PO4. HDO rozcieńczona izotopowo w H2O została otrzymana przez dodanie odpowiednich ilości wody ciężkiej (D2O) do roztworów w wodzie zwykłej. Do wyizolowania widm HDO zaburzonej przez substancję rozpuszczoną zastosowano metodę widm różnicowych....