Wyszukiwarka
Abstrakt
The ESCASA algorithm for analytical estimation of proton positions from coarse-grained geometry developed in our recent work has been implemented in modeling protein structures with the highly coarse-grained UNRES model of polypeptide chains (two sites per residue) and nuclear magnetic resonance (NMR) data. A penalty function with the shape of intersecting gorges was applied to treat ambiguous distance restraints, which automatically selects consistent restraints. Hamiltonian replica exchange molecular dynamics was used to carry out the conformational search. The method was tested with both unambiguous and ambiguous restraints producing good-quality models with GDT_TS from 7.4 units higher to 14.4 units lower than those obtained with the CYANA or MELD software for protein-structure determination from NMR data at the all-atom resolution. The method can thus be applied in modeling the structures of flexible proteins, for which extensive conformational search enabled by coarse-graining is more important than high modeling accuracy.
Cytowania
-
3
CrossRef
-
0
Web of Science
-
3
Scopus
Autorzy (2)
-
Adam Liwo
Cytuj jako
Pełna treść
- Wersja publikacji
- Accepted albo Published Version
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1002/jcc.27003
- Licencja
- Copyright (2022 Wiley Periodicals LLC.)
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja w czasopiśmie
- Typ:
- artykuły w czasopismach
- Opublikowano w:
-
JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY
nr 43,
strony 2047 - 2059,
ISSN: 0192-8651 - Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2022
- Opis bibliograficzny:
- Lubecka E., Liwo A.: A coarse‐grained approach to NMR ‐data‐assisted modeling of protein structures// JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY -Vol. 43,iss. 31 (2022), s.2047-2059
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1002/jcc.27003
- Źródła finansowania:
-
- COST_FREE
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 360 razy
Publikacje, które mogą cię zainteresować
Modeling protein structures with the coarse-grained UNRES force field in the CASP14 experiment
- A. Antoniak,
- I. Biskupek,
- K. K. Bojarski
- + 16 autorów
Improving performance of large thrust bearings through modeling and experimentation
- L. Dąbrowski,
- P. Pajączkowski,
- G. Rotta
- + 2 autorów
Physics-Based Coarse-Grained Modeling in Bio- and Nanochemistry
- A. Liwo,
- A. K. Sieradzan,
- A. S. Karczyńska
- + 5 autorów