Wyszukiwarka
Improvements and new functionalities of UNRES server for coarse-grained modeling of protein structure, dynamics, and interactions
Abstrakt
In this paper we report the improvements and extensions of the UNRES server (https://unres-server.chem.ug.edu.pl) for physics-based simulations with the coarse-grained UNRES model of polypeptide chains. The improvements include the replacement of the old code with the recently optimized one and adding the recent scale-consistent variant of the UNRES force field, which performs better in the modeling of proteins with the β and the α+β structures. The scope of applications of the package was extended to data-assisted simulations with restraints from nuclear magnetic resonance (NMR) and chemical crosslink mass-spectroscopy (XL-MS) measurements. NMR restraints can be input in the NMR Exchange Format (NEF), which has become a standard. Ambiguous NMR restraints are handled without expert intervention owing to a specially designed penalty function. The server can be used to run smaller jobs directly or to prepare input data to run larger production jobs by using standalone installations of UNRES.
Cytowania
-
2
CrossRef
-
0
Web of Science
-
2
Scopus
Autorzy (4)
-
Cezary Czaplewski Dr hab.
-
Adam Liwo
Cytuj jako
Pełna treść
- Wersja publikacji
- Accepted albo Published Version
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.3389/fmolb.2022.1071428
- Licencja
-
otwiera się w nowej karcie
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja w czasopiśmie
- Typ:
- artykuły w czasopismach
- Opublikowano w:
-
Frontiers in Molecular Biosciences
nr 14,
ISSN: - Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2022
- Opis bibliograficzny:
- Ślusarz R., Lubecka E., Czaplewski C., Liwo A.: Improvements and new functionalities of UNRES server for coarse-grained modeling of protein structure, dynamics, and interactions// Frontiers in Molecular Biosciences -Vol. 14,iss. 9 (2022),
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.3389/fmolb.2022.1071428
- Źródła finansowania:
-
- COST_FREE
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 50 razy
Publikacje, które mogą cię zainteresować
Modeling protein structures with the coarse-grained UNRES force field in the CASP14 experiment
- A. Antoniak,
- I. Biskupek,
- K. K. Bojarski
- + 16 autorów
Modeling the Structure, Dynamics, and Transformations of Proteins with the UNRES Force Field
- A. K. Sieradzan,
- C. Czaplewski,
- P. Krupa
- + 9 autorów
Optimization of parallel implementation of UNRES package for coarse‐grained simulations to treat large proteins
- A. Sieradzan,
- J. Sans‐Duñó,
- E. Lubecka
- + 8 autorów