Folding‐upon‐repair DNA nanoswitches for monitoring DNA repair enzymes activity

Nada Farag; Rosanna Mattossovich; Rosa Merlo; Łukasz Nierzwicki; Giulia Palermo; Alessandro Porchetta; Giuseppe Perugino; Francesco Ricci

doi:10.1002/ange.202016223

Folding‐upon‐repair DNA nanoswitches for monitoring DNA repair enzymes activity

Abstrakt

We demonstrate here a new class of DNA‐based nanoswitches that, upon enzymatic repair, could undergo a conformational change mechanism leading to a change in fluorescent signal. Such folding‐upon‐repair DNA nanoswitches are synthetic DNA sequences containing O6‐methyl‐guanine (O6‐MeG) nucleobases and labelled with a fluorophore/quencher optical pair. The nanoswitches are rationally designed so that only upon enzymatic demethylation of the O6‐MeG nucleobases they can form stable intramolecular Hoogsteen interactions and fold into an optically active triplex DNA structure. We have first characterized the folding mechanism induced by the enzymatic repair activity through fluorescent experiments and Molecular Dynamics simulations. We then demonstrated that the folding‐upon‐repair DNA nanoswitches are suitable and specific substrates for different methyltransferase enzymes including the human homologue (hMGMT) and they allow the screening of novel potential methyltransferase inhibitors.

Cytowania

1 0

CrossRef
0

Web of Science
0

Scopus

Autorzy (8)

Nada Farag
Rosanna Mattossovich
Rosa Merlo
Łukasz Nierzwicki dr inż.
- University of California Riverside
Giulia Palermo dr
Alessandro Porchetta
Giuseppe Perugino
Francesco Ricci dr

Cytuj jako

Pełna treść

pełna treść publikacji nie jest dostępna w portalu

pełna treść artykułu zobacz w serwisie zewnętrznym otwiera się w nowej karcie

Słowa kluczowe

Informacje szczegółowe

Kategoria:: Publikacja w czasopiśmie
Typ:: artykuły w czasopismach
Opublikowano w:: ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION nr 133, strony 7359 - 7365,
ISSN: 1433-7851
Język:: angielski
Rok wydania:: 2021
Opis bibliograficzny:: Farag N., Mattossovich R., Merlo R., Nierzwicki Ł., Palermo G., Porchetta A., Perugino G., Ricci F.: Folding‐upon‐repair DNA nanoswitches for monitoring DNA repair enzymes activity// ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION -Vol. 133,iss. 13 (2021), s.7359-7365
DOI:: Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1002/ange.202016223
Weryfikacja:: Politechnika Gdańska