Wyszukiwarka
t-SNE Highlights Phylogenetic and Temporal Patterns of SARS-CoV-2 Spike and Nucleocapsid Protein Evolution
Abstrakt
We propose applying t-distributed stochastic neighbor embedding to protein sequences of SARS-CoV-2 to construct, visualize and study the evolutionary space of the coronavirus. The basic idea is to explore the COVID-19 evolution space by using modern manifold learning techniques applied to evolutionary distances between variants. Evolutionary distances have been calculated based on the structures of the nucleocapsid and spike proteins.
Cytowania
-
1
CrossRef
-
0
Web of Science
-
1
Scopus
Autorzy (9)
-
Gaik Tamazian Dr.
- Peter the Great Saint Petersburg Polytechnic University
-
Andrey Komissarov Dr.
- Smorodintsev Research Institute of Influenza, St. Petersburg
-
Dmitry Kobak Dr.
- University of Tübingen, Tübingen, Germany
-
Dmitry Polyakov Dr.
- Higher School of Economics
-
Evegeny Andronov Dr.
- All-Russia Research Institute for Agricultural Microbiology, Russian Academy of Sciences
-
Sergei Nechaev Prof
- LPTMS, Universitè Paris Saclay
-
Yuri Porozov Dr.
- The Center of Bio- and Chemoinformatics, I.M. Sechenov First Moscow State Medical University
-
Eugene Stepanov Prof.
- Scuola Normale Superiore, Pisa
Cytuj jako
Pełna treść
pełna treść publikacji nie jest dostępna w portalu
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja monograficzna
- Typ:
- rozdział, artykuł w książce - dziele zbiorowym /podręczniku w języku o zasięgu międzynarodowym
- Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2022
- Opis bibliograficzny:
- Tamazian G., Komissarov A., Kobak D., Polyakov D., Andronov E., Nechaev S., Kryzhevich S., Porozov Y., Stepanov E.: t-SNE Highlights Phylogenetic and Temporal Patterns of SARS-CoV-2 Spike and Nucleocapsid Protein Evolution// / : , 2023,
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1007/978-3-031-23198-8_23
- Źródła finansowania:
-
- Publikacja bezkosztowa
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 62 razy
Publikacje, które mogą cię zainteresować
Highly Conserved Homotrimer Cavity Formed by the SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein: A Novel Binding Site
- U. Kalathiya,
- M. Padariya,
- M. Mayordomo
- + 11 autorów
2020
Neural Networks, Support Vector Machine and Genetic Algorithms for Autonomous Underwater Robot Support
- J. Balicki,
- J. Masiejczyk,
- P. Przybecki
- + 1 autorów
2014