Search
Didn't find any results in this catalog!
But we have some results in other catalogs.Filters
total: 22
Search results for: GROMACS
-
Keep It Flexible: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with GROMACS
PublicationWe describe a versatile method to enforce the rotation of subsets of atoms, e.g., a protein subunit, in molecular dynamics (MD) simulations. In particular, we introduce a “flexible axis” technique that allows realistic flexible adaptions of both the rotary subunit as well as the local rotation axis during the simulation. A variety of useful rotation potentials were implemented for the GROMACS 4.5 MD package. Application to the...
-
OROMACS: A Design Framework for Multi-agent Control System
Publication -
Molecular modelling of membrane sterols with the use of the GROMOS 96 forcefield
PublicationPodstawowym zadaniem tego projektu było udowodnienie zasadności stosowania pola siłowego GROMOS 96 do symulacji steroli błonowych metodą dynamiki molekularnej. Uzyskane wyniki jasno wskazują, że to pole siłowe bardzo dobrze nadaje się do symulacji silnie lipofilowych układów.
-
The influence of cooking on the antioxidant properties and polyphenol content in buckwheat, barley and millet groats and the transfer of the compounds to the water
Publication -
EMAS (merger of DALT, AOSE and PROMAS)
Conferences -
Uczenie poprzez auto-kodowanie w celu redukcji wymiarowości obrazu w zadaniach zaganiania
PublicationPraca dotyczy redukcji wymiarowości w problemie zaganiania (spychania) gromady złożonej z dużej liczby dynamicznych obiektów (ludzi, zwierząt, cząstek chemicznych, itp.) przez zespół aktywnych agentów. Proces zaganiania powinien spełniać określone kryteria, a algorytmy działania agentów uzyskiwane są na drodze uczenia. Przy dużej liczbie obiektów w gromadzie powstaje potrzeba redukcji wymiarowości poprzez ekstrakcję cech reprezentujących...
-
Wystawa malarstwa ŚWIAT JEST PIĘKNY – autor Tomasz Groma
Eventstermin: 9 stycznia 2017 – 10 lutego 2017; miejsce: hol przed Biblioteką, Gmach Główny Politechniki Gdańskiej, parter
-
Optimization of parallel implementation of UNRES package for coarse‐grained simulations to treat large proteins
PublicationWe report major algorithmic improvements of the UNRES package for physics-based coarse-grained simulations of proteins. These include (i) introduction of interaction lists to optimize computations, (ii) transforming the inertia matrix to a pentadiagonal form to reduce computing and memory requirements, (iii) removing explicit angles and dihedral angles from energy expressions and recoding the most time-consuming energy/force terms...
-
Pomiar tłumienia propagacyjnego na pokładzie promu pasażerskiego
PublicationW artykule przedstawiono problematykę predykcji i pomiarów poziomu sygnału radiowego we wnętrzach promów pasażerskich. Znany z literatury model propagacyjny pozwalający na szacowanie tłumienia propagacyjnego na promach został zweryfikowany poprzez wykonanie pomiarów rozkładu poziomu sygnałów radiowych na wybranym promie i porównanie wyników z obliczeniami przy użyciu modelu. Artykuł zawiera także opis zastosowanego stanowiska i...
-
Molecular basis and potential activity of HIV-1 reverse transcriptase toward trimethylamine-based compounds
PublicationReverse transcriptase (RT) inhibitors are currently used to treat human immunodeficiency virus (HIV)-1 infections. In this work, novel triethylamine derivatives were designed and studied by rigid and flexible docking and molecular dynamics (MD) approaches. An apo form of HIV-1 RT was also studied by MD simulation to analyze comparative response of protein in ligand-bound and ligand-unbound forms. Among newly designed HIV-1 RT inhibitors,...