displaying 1000 best results Help
Search results for: RECOMBIANT PROTEIN
-
The Nutritional Value and Biological Activity of Concentrated Protein Fraction of Potato Juice
Publication -
Serum Fatty Acid-Binding Protein 4 is Increased in Patients with Psoriasis
Publication -
Survivin DEx3 as a biomarker of thyroid cancers: A study at the mRNA and protein level
Publication -
CAVER 3.0: A Tool for the Analysis of Transport Pathways in Dynamic Protein Structures
Publication -
BALCONY: an R package for MSA and functional compartments of protein variability analysis
Publication -
Myotilin, a New Topotecan Resistant Protein in Ovarian Cancer Cell Lines
Publication -
C-reactive protein as a diagnostic and prognostic factor in inflammatory bowel diseases
Publication -
TOLLIP Protein Expression Predicts Unfavorable Outcome in Renal Cell Carcinoma
Publication -
Functional Protein Composition in Femoral Glands of Sand Lizards (Lacerta agilis)
Publication -
Simulation of Protein Structure and Dynamics with the Coarse-Grained UNRES Force Field
Publication -
Inhibition of protein glycosylation reverses the MDR phenotype of cancer cell lines
Publication -
Blind prediction of homo‐ and hetero‐protein complexes: The CASP13‐CAPRI experiment
Publication -
Stability of delay induced oscillations in gene expression of Hes1 protein model
PublicationW pracy prezentowana jest matematyczna analiza modelu ekspresji genu białka Hes1. Rozważamy układ równań z dwoma opóźnieniami - w produkcji białka Hes1 oraz jego mRNA. Dowodzimy istnienia i jednoznaczności oraz nieujemności rozwiązań. Pokazujemy istnienie dokładnie jednego dodatniego stanu stacjonarnego. Wykazujemy, że stabilność stanu stacjonarnego zależy od sumy opóźnień. Podajemy warunek dostateczny na wystąpienie bifurkacji...
-
Novel primosomal protein B from thermophilic bacterium Thermoanerobacter tengcongensis
PublicationWe report the identification and characterization of theprimosomal protein B (PriB) from thermophilic bacteriumThermoanerobacter tengcongensis (TtePriB). It is the largestknown bacterial PriB protein consisting 216 amino acidresidues with a calculated molecular mass of 25 kDa. Surprisingly,it is functional as monomer containing two single-stranded DNA binding domain (OB-fold) and it is thecompletely new kind structure of SSB protein....
-
Effect of Functionalization of Carbon Nanotubes with Psychosine on Complement Activation and Protein Adsorption
Publication -
Water-mediated influence of a crowded environment on internal vibrations of a protein molecule
PublicationThe influence of crowding on the protein inner dynamics is examined by putting a single protein molecule close to one or two neighboring protein molecules. The presence of additional molecules influences the amplitudes of protein fluctuations. Also, a weak dynamical coupling of collective velocities of surface atoms of proteins separated by a layer of water is detected. The possible mechanisms of these phenomena are described....
-
Mathematical analysis of a generalised p53-Mdm2 protein gene expression model
PublicationWe propose the generalisation of the p53-Mdm2 protein gene expression model introduced by Monk (2003). We investigate the stability of a unique positive steady state and formulate conditions which guarantee the occurrence of the Hopf bifurcation. We show that oscillatory behaviour can be caused not only by time lag in protein transcription process, but also can be present in the model without time delay. Moreover, we investigate...
-
Impact of AlphaFold on structure prediction of protein complexes: The CASP15‐CAPRI experiment
PublicationWe present the results for CAPRI Round 54, the 5th joint CASP-CAPRI protein assembly prediction challenge. The Round offered 37 targets, including 14 homodimers, 3 homo-trimers, 13 heterodimers including 3 antibody–antigen complexes, and 7 large assemblies. On average 70 CASP and CAPRI predictor groups, including more than 20 automatics servers, submitted models for each target. A total of 21 941 models submitted by these groups...
-
Evolution towards simplicity in bacterial small heat shock protein system
PublicationEvolution can tinker with multi-protein machines and replace them with simpler single-protein systems performing equivalent functions in an equally efficient manner. It is unclear how, on a molecular level, such simplification can arise. With ancestral reconstruction and biochemical analysis, we have traced the evolution of bacterial small heat shock proteins (sHsp), which help to refold proteins from aggregates using either two...
-
A coarse‐grained approach to NMR ‐data‐assisted modeling of protein structures
PublicationThe ESCASA algorithm for analytical estimation of proton positions from coarse-grained geometry developed in our recent work has been implemented in modeling protein structures with the highly coarse-grained UNRES model of polypeptide chains (two sites per residue) and nuclear magnetic resonance (NMR) data. A penalty function with the shape of intersecting gorges was applied to treat ambiguous distance restraints, which automatically...
-
Modified Peptide Molecules As Potential Modulators of Shelterin Protein Functions; TRF1
PublicationIn this work, we present studies on relatively new and still not well-explored potential anticancer targets which are shelterin proteins, in particular the TRF1 protein can be blocked by in silico designed "peptidomimetic" molecules. TRF1 interacts directly with the TIN2 protein, and this protein-protein interaction is crucial for the proper functioning of telomere, which could be blocked by our novel modified peptide molecules....
-
Changes in mussel Mytilus galloprovincialis protein profile as a reaction of water pollution
PublicationW pracy przedstawiono zmiany w profilu białkowym małża Mytilus galloprovincialis jako odpowiedź na zanieczyszczenia wody. Określono pojemność przeciwutleniającą z wykorzystaniem testu TEAC. Stwierdzono różnice w poziomie inhibicji w białku pochodzącym od małży zebranych z regionów zanieczyszczonych w stosunku do małży pochodzących z regionów czystych.Zawartość cynku i kadmu w białkach małży pochodzących z regionów zanieczyszczonych...
-
Purification and biochemical characteristic of a cold-active recombinant esterase from Pseudoalteromonas sp. 643A under denaturing conditions.
PublicationIn this paper production of a cold-active esterase EstA from the Antarctic bacterium Pseudoalteromonas sp. 643A in E. coli expression system was described. The purification and biochemical characteristic of EstA were performed in the presence of urea and then compared with results obtained for the esterase with no addition of urea and isolated from the native source. In both cases the cold-active enzyme displayed similar properties....
-
Usefulness of Toxoplasma gondii recombinant antigens (GRA1, GRA7 and SAG1) in an immunoglobulin G avidity test for the serodiagnosis of toxoplasmosis
PublicationOpisano wykorzystanie mieszanki trzech antygenów rekombinantowych (GRA1, GRA7 i SAG1) Toxoplasma gondii w serodiagnostyce toksoplazmozy z wykorzystaniem oznaczenia awidności przeciwciał klasy IgG. Zastosowana mieszanka może z powodzeniem zastąpić całkowity lizat antygenów natywnych który obecnie stosowany jest w komercyjnie dostępnych zestawach. Ponadto wykazano, że zastosowane antgeny rekombinantowe różnicują fazy choroby lepiej...
-
Imidazoacridinone antitumor agent, c-1311, as a selective mechanism-based inactivator of human recombinant cytochrome P450 1A2
PublicationPrzedmiotem badań była przeciwnowotworowa pochodna imidazoakrydonu, C-1311, która pod nazwą Symadex R, znajduje się aktualnie w II fazie badań klinicznych. Wcześniejsze wyniki pozwoliły stwierdzić, że związek ten jest selektywnym inhibitorem niektórych enzymów cytochromowych. Podjęto zatem próbę wyjaśnienia mechanizmu inhibicji izoenzymów cytochromu P450 przez C-1311. Wykazano, że utrata aktywności katalitycznej obu izoenzymów...
-
Toxoplasma gondii: Usefulness of ROP1 recombinant antigen in an immunoglobulin G avidity assay for diagnosis of acute toxoplasmosis in humans
PublicationWyniki zawarte w niniejszej pracy pokazują, iż antygen rekombinantowy ROP1 Toxoplasma gondii może być użyteczny w wykrywaniu wczesnej fazy toksoplazmozy z zastosowaniem testu oznaczania awidności przeciwciał klasy IgG. W przeprowadzonych badaniach wykazano, że specyficzne przeciwciała o niskiej awidności były wykrywane w surowicach pacjentów z wczesną fazą choroby, natomiast przeciwciała o wysokiej awidności lub ich brak notowano...
-
Toxoplasma gondii: Recombinant GRA5 antigen for detection of immunoglobulin G antibodies using enzyme-linked immunosorbent assay
PublicationW publikacji po raz pierwszy oszacowano przydatność diagnostyczną antygenu rekombinantowego GRA5 Toxoplasma gondii do serodiagnostyki toksoplazmozy u ludzi. Do celu wykorzystano pulę surowic pochodzącą od 189 pacjentów chorych na toksoplazmozę wczesną, podostrą i przewlekłą oraz od 31 pacjentów zdrowych , które testowano z wykorzystaniem metody ELISA. Specyficzne przeciwciała anty-GRA5 klasy IgG wykryto w 70,9% surowic seropozytywnych....
-
Cloning, expression in Komagataella phaffii, and biochemical characterization of recombinant sequence variants of Pseudomonas sp. S9 GDSL-esterase
PublicationTwo recombinant Komagataella phaffii (formerly Pichia pastoris) yeast strains for production of two sequential variants of EstS9 esterase from psychrotolerant bacterium Pseudomonas sp. S9, i.e. αEstS9N (a two-domain enzyme consisting of a catalytic domain and an autotransporter domain) and αEstS9Δ (a single-domain esterase) were constructed. However, only one of recombinant K. phaffii strains, namely Komagataella phaffii X-33/pPICZαestS9Δ,...
-
Cloning, expression, and purification of a recombinant cold-adapted β-galactosidase from antarctic bacterium Pseudoalteromonas sp. 22b
PublicationAntarktyczny szczep, gram-ujemnych bakterii Pseudoalteromonas sp. 22b, wyizolowanych z przewodu pokarmowego kryla z gatunku Thyssanoessa macrura, jest producentem wewnątrzkomórkowej zimnolubnej beta-galaktozydazy. Białko to jest homotetramerem, w którym każda z jednostek monomeru zbudowana jest z 1028 reszt aminokwasowych. Gen kodujący ten enzym został sklonowany i eksprymowany w komórkach E. coli. Następnie z zastosowaniem procedury...
-
A new Toxoplasma gondii chimeric antigen containing fragments of SAG2, GRA1, and ROP1 proteins—impact of immunodominant sequences size on its diagnostic usefulness
PublicationThis study presents the first evaluation of new Toxoplasma gondii recombinant chimeric antigens containing three immunodominant regions of SAG2, GRA1, and one of two ROP1 fragments differing in length for the serodiagnosis of human toxoplasmosis. The recombinant chimeric antigens SAG2-GRA1-ROP1L (with large fragment of ROP1, 85-396 amino acid residues) and SAG2-GRA1-ROP1S (with a small fragment of ROP1, 85-250 amino acid residues)...
-
The measurement of conformational stability of proteins adsorbed on siloxanes
Publication -
Molecular basis of TRF proteins and their interactions with peptides
Publication -
1.21 Computation of Structure, Dynamics, and Thermodynamics of Proteins
Publication -
Coarse-Grained Models of Proteins: Theory and Applications
Publication -
Computational techniques for efficient conformational sampling of proteins
Publication -
Proprotein Convertase Subtilisin/Kexin Type 9, Angiopoietin-Like Protein 8, Sortilin, and Cholesteryl Ester Transfer Protein—Friends of Foes for Psoriatic Patients at the Risk of Developing Cardiometabolic Syndrome?
Publication -
Patterned protein microarrays for bacterial detection. Langmuir**2003 vol.19 s. 436-439, 5 rys. bibliogr. 25 poz. Specyficzne mikroukłady protein do wykrywania bakterii.
PublicationSkonstruowano i przetestowano specyficzne mikroukłady przeciwciał selektyw-nie wiążących bakterie. Otrzymane układy umożliwiają wykrywanie bakterii E.coli0157:H7 oraz Renibacterium salmoninarum (RS). Matryce wytworzono techni-ką nadruku mikrokontaktów (ćCP). Charakterystykę układów uzyskano stosującmikroskopię skaningową (SPM). Ustalono, że selektywność otrzymanych układówobniża się podczas ekspozycji na bakterie niespecyficzne.
-
GRA2 and ROP1 recombinant antigens as potential markers for detection of Toxoplasma gondii-specific immunoglobulin G in humans with acute toxoplasmosis.
PublicationArtykuł przedstawia oszacowanie przydatności w serodiagnostyce toksoplazmozy dwóch rekombinatowych białek antygenowych GRA2 i ROP1 Toxoplasma gondii. Białka rekombinantowe otrzymano z wykorzystaniem bardzo wydajnego, bakteryjnego systemu ekspresyjnego, który pozwolił na otrzymanie miligramowych ilości antygenów z 1 litra hodowli po zastosowaniu jednoetapowego oczyszczania metodą chromatografii metalopowinowactwa. Użyteczność diagnostyczna...
-
Recombinant Human Plasma Gelsolin Stimulates Phagocytosis while Diminishing Excessive Inflammatory Responses in Mice with Pseudomonas aeruginosa Sepsis
Publication -
A new MIC1-MAG1 recombinant chimeric antigen can be used instead of the Toxoplasma lysate antigen in the serodiagnosis of human toxoplasmosis
PublicationW niniejszej publikacji po raz pierwszy przedstawiono otrzymanie i oszacowanie przydatności diagnostycznej nowego chimerycznego antygenu MIC1-MAG1 Toxoplasma gondii do rozpoznawania toksoplazmozy u ludzi. Antygen chimeryczny MIC1-MAG1 został otrzymany jako białko fuzyjne zawierające dwie domeny oligohistydynowe na N- i C-końcu z użyciem systemu ekspresyjnego Escherichia coli. Po oczyszczeniu z wykorzystaniem metody chromatografii...
-
CaZnO-based nanoghosts for the detection of ssDNA, pCRISPR and recombinant SARS-CoV-2 spike antigen and targeted delivery of doxorubicin
PublicationOverexpression of proteins/antigens and other gene-related sequences in the bodies could lead to significant mutations and refractory diseases. Detection and identification of assorted trace concentrations of such proteins/antigens and/or gene-related sequences remain challenging, affecting different pathogens and making viruses stronger. Correspondingly, coronavirus (SARS-CoV-2) mutations/alterations and spread could lead to overexpression...
-
A comparative study of water distribution and dehydrin protein localization in maturing pea seeds
Publication -
Depression as is Seen by Molecular Spectroscopy. Phospholipid- Protein Balance in Affective Disorders and Dementia
Publication -
Hot spot identification by ligand-protein surface interactions mapping – in silico study
Publication -
Mapping Mechanostable Pulling Geometries of a Therapeutic Anticalin/CTLA-4 Protein Complex
Publication -
Molecular dynamics insights into protein‐glycosaminoglycan systems from microsecond‐scale simulations
Publication -
Local and long range potentials for heparin‐protein systems for coarse‐grained simulations
Publication -
Chromatin-associated microprocessor assembly is regulated by the U1 snRNP auxiliary protein PRP40
Publication -
Justification of quasi-stationary approximation in models of gene expression of a self-regulating protein
PublicationWe analyse a model of Hes1 gene transcription and protein synthesis with a negative feedback loop. The effect of multiple binding sites in the Hes1 promoter as well as the dimer formation process are taken into account. We consider three, possibly different, time scales connected with: (i) the process of binding to/dissolving from a binding site, (ii) formation and dissociation of dimers, (iii) production and degradation of Hes1...
-
Prediction of Protein Structure by Template-Based Modeling Combined with the UNRES Force Field
Publication