Magdalena Podwojewska jest starszym wykładowcą w Katedrze Architektury Miasta i Przestrzeni Nadwodnych Wydziału Architektury PG. Od 2016 r. pełni funkcję prodziekana ds. studenckich. Jest członkiem Pomorskiej Okręgowej Izby Architektów.

Jej badania naukowe i publikacje dotyczą adaptacji obiektów infrastruktury kolejowej i poprzemysłowej związanej z transportem kolejowym, potencjałem historycznej tkanki budowlanej i układu komunikacyjnego. Drugi obszar badań obejmuje zagadnienia dotyczące historycznej mieszkaniowej zabudowy komunalnej, możliwości jej rewitalizacji w drodze przebudowy obiektów, między innymi adaptacji poddaszy.

W latach 1988–1989 pracowała na stanowisku asystenta projektanta w Biurze Projektów Budownictwa Przemysłowego w Gdańsku. Od 1990 r. prowadziła pracownię architektoniczną. W 1993 r. uzyskała uprawnienia projektowe w specjalności architektury bez ograniczeń. W ramach działalności pracowni projektowała budynki mieszkalne, jedno i wielorodzinne, obiekty usługowe: handlowe, gastronomiczne, usług motoryzacyjnych, obiekty służby zdrowia i inne. W 1999 r. uzyskała stopień doktora na Wydziale Architektury Politechniki Gdańskiej.

Prace dyplomowe wykonane pod jej kierunkiem zdobyły nagrody i wyróżnienia, m.in.: II nagroda SARP i wyróżnienie Wojewody Zachodniopomorskiego. M. Podwojewska uczestniczy ­–we współpracy z uczelniami zagranicznymi – w podwójnym dyplomowaniu, była promotorem dyplomów magisterskich i inżynierskich, które obronione zostały na uczelniach w Covilli (Portugalia) i Hildesheim (Niemcy). Za działalność dydaktyczną została trzykrotnie wyróżniana Nagrodą Rektora PG.