Wyszukiwarka
Secondary Structure in Free and Assisted Modeling of Proteins with the Coarse-Grained UNRES Force Field
Abstrakt
Secondary structure is a solid scaffold on which the three-dimensional structure of a protein is built. Therefore, care must be taken to reproduce the secondary structure as accurately as possible in the simulations of protein systems. In this chapter, we summarize the physics-based energy terms that govern secondary-structure formation, the auxiliary restraints on secondary structure derived from bioinformatics and from the experimental data, and the role of those in the modeling of protein structures, dynamics, and thermodynamics with the physics-based coarse-grained UNRES force field. Examples illustrating the methodology discussed and further directions of development are presented.
Cytowania
-
0
CrossRef
-
0
Web of Science
-
0
Scopus
Autorzy (6)
-
Cezary Czaplewski Dr hab.
-
Adam Sieradzan dr
-
Lukasz Dziadek
-
Adam Liwo
Cytuj jako
Pełna treść
pełna treść publikacji nie jest dostępna w portalu
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja monograficzna
- Typ:
- rozdział, artykuł w książce - dziele zbiorowym /podręczniku w języku o zasięgu międzynarodowym
- Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2025
- Opis bibliograficzny:
- Lubecka E., Czaplewski C., Sieradzan A., Lipska A., Dziadek L., Liwo A.: Secondary Structure in Free and Assisted Modeling of Proteins with the Coarse-Grained UNRES Force Field// Prediction of Protein Secondary Structure/ : , 2025, s.19-41
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1007/978-1-0716-4196-5_2
- Źródła finansowania:
-
- Publikacja bezkosztowa
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 7 razy
Publikacje, które mogą cię zainteresować
Modeling the Structure, Dynamics, and Transformations of Proteins with the UNRES Force Field
- A. K. Sieradzan,
- C. Czaplewski,
- P. Krupa
- + 9 autorów
Modeling protein structures with the coarse-grained UNRES force field in the CASP14 experiment
- A. Antoniak,
- I. Biskupek,
- K. K. Bojarski
- + 16 autorów