Wyszukiwarka
Abstrakt
The physicochemical basis of lubrication of articular cartilage is still not fully understood. However, the synergy between components of the synovial fluid can be a crucial factor that could explain this phenomenon. This work presents a nonlinear data analysis technique named the recurrence method, applied to the system involving two components of synovial fluid: albumin and chondroitin sulfate (CS) immersed in a water environment. This analysis is performed in order to obtain the ”statistical fingerprint” of the dynamics of the interaction between the molecules and to answer whether the variables are more deterministic or more random. The system simulation has been prepared by molecular docking method followed by molecular dynamics simulations. The already mentioned recurrence method has been applied to the time series of the energy of binding, and the time series of the number of intermolecular hydrogen bonds, as these features describe well binding between the two molecules. In detail, the time delay approach and embedded dimension approach have been applied to extract meaningful records from time series. Then, by means of recurrence plots and entropy approach, we discuss the similarities and differences between the molecular systems consisting of CS-4 and CS-6 molecules. Our main finding is a higher affinity of chondroitin sulfate IV to albumin as compared with chondroitin sulfate VI.
Cytowania
-
0
CrossRef
-
0
Web of Science
-
0
Scopus
Autorzy (6)
-
Piotr Bełdowski
-
Adam Gadomski
-
Piotr Sionkowski
-
Natalia Kruszewska
-
Krzysztof Domino
Cytuj jako
Pełna treść
pełna treść publikacji nie jest dostępna w portalu
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja monograficzna
- Typ:
- rozdział, artykuł w książce - dziele zbiorowym /podręczniku w języku o zasięgu międzynarodowym
- Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2024
- Opis bibliograficzny:
- Bełdowski P., Weber P., Gadomski A., Sionkowski P., Kruszewska N., Domino K.: Studies of the Interaction Dynamics in Albumin-Chondroitin Sulfate Systems by Recurrence Method// Perspectives in Dynamical Systems II — Numerical and Analytical Approaches/ Cham: Springer, 2024,
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1007/978-3-031-56496-3
- Źródła finansowania:
-
- Publikacja bezkosztowa
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 30 razy
Publikacje, które mogą cię zainteresować
Effect of Ion and Binding Site on the Conformation of Chosen Glycosaminoglycans at the Albumin Surface
- P. Sionkowski,
- P. Bełdowski,
- N. Kruszewska
- + 3 autorów
Albumin–Hyaluronan Interactions: Influence of Ionic Composition Probed by Molecular Dynamics
- P. Bełdowski,
- M. Przybyłek,
- P. Raczyński
- + 6 autorów
Statistical Method for Analysis of Interactions Between Chosen Protein and Chondroitin Sulfate in an Aqueous Environment
- P. Weber,
- P. Bełdowski,
- A. Gadomski
- + 3 autorów
Collagen Type II—Chitosan Interactions as Dependent on Hydroxylation and Acetylation Inferred from Molecular Dynamics Simulations
- M. Przybyłek,
- P. Bełdowski,
- F. Wieland
- + 2 autorów