Abstrakt

Białka pełnią wielorakie funkcje w organizmach żywych, jednak rzadko działają samodzielnie. W zdecydowanej większości przypadków współpracują one między sobą tworząc makrokompleksy o precyzyjnie zorientowanych podjednostkach. Oddziaływania międzybiałkowe wzbudzają więc duże zainteresowanie, jako że w istotny sposób odpowiadają za aktywność biologiczną białek. Choć do tej pory opracowano wiele metod doświadczalnych badania oddziaływań białko-białko, to często są one kosztowne oraz rzadko kiedy pozwalają na scharakteryzowanie w bezpośredni sposób molekularnych szczegółów mechanizmów wiązania białek między sobą. Dlatego też istnieje zapotrzebowanie na metody, które mogłyby pokierować badaniami eksperymentalnymi. W niniejszej pracy pokazuję, że nowoczesne metody komputerowe umożliwiają zarówno precyzyjne przewidywanie struktur kompleksów białkowych, jak również scharakteryzowanie sił napędowych leżących u podstaw ich tworzenia. By zbadać zakres stosowalności tych metod, w swojej pracy badałem trzy różnorodne systemy: i) tworzenie kompleksu przez białka Hsp70 z ich partnerami pomocniczymi, ii) wewnątrzdomenowe oddziaływania w ramach domeny 4HB białka zuotyny iii) wiązanie substratów przez y-sekretazę. Otrzymane wyniki pokazują, że symulacje dynamiki molekularnej ułatwiają interpretację otrzymywanych wyników doświadczalnych, i dostarczają hipotez, które pomagają w projektowaniu badań.

Autor (1)