Search
Filters
total: 1138
filtered: 1034
displaying 1000 best results Help
Search results for: chemical structure
-
Prediction of protein assemblies, the next frontier: The CASP14‐CAPRI experiment
PublicationWe present the results for CAPRI Round 50, the 4th joint CASP-CAPRI protein assembly prediction challenge. The Round comprised a total of 12 targets, including 6 dimers, 3 trimers, and 3 higher-order oligomers. Four of these were easy targets, for which good structural templates were available either for the full assembly, or for the main interfaces (of the higher-order oligomers). Eight were difficult targets for which only distantly...
-
Molecular Modelling of the Neurophysin II/Vasopressin Complex
Publication -
Role of the sulfur to α-carbon thioether bridges in thurincin H
Publication -
Molecular dynamics study of the influence of calcium ions on the conformation of gelsolin S2 domain
Publication -
Common functionally important motions of the nucleotide‐binding domain of H sp70
Publication -
Prediction of protein structure with the coarse-grained UNRES force field assisted by small X-ray scattering data and knowledge-based information
Publication -
Blind prediction of homo‐ and hetero‐protein complexes: The CASP13‐CAPRI experiment
Publication -
Molecular modeling study of tectoquinone and acteoside from Tectona grandis linn: a new SARS-CoV-2 main protease inhibitor against COVID-19
Publication -
Micelle-bound conformations of neurohypophyseal hormone analogues modified with a Cα-disubstituted residue: NMR and molecular modelling studies
Publication -
Reverse vaccinology-based prediction of a multi-epitope SARS-CoV-2 vaccine and its tailoring to new coronavirus variants
Publication -
Relationship between electronic structure and geometry of silanethiols and their derivatives. Elucidation of copper group silanethiolates
PublicationWyznaczono strukturę elektronową wybranych silanotioli X3SiSH (dla X=H, C2H5, OCH3, F, Cl i Br) oraz powstalych z nich anionów. Geometrię i funkcje falowe wyznaczono przy użyciu teorii funcjonałów gęstości elektronowej DFT. Przeanalizowano wpływ efektów anomerycznych oraz wielkości calki nakładania sigma(Si-S) na obserwowane skrócenie wiązania Si-S przy deprotonowaniu silanotioli. Podano nowe wyjaśnienie wyjątkowo niskiej kwasowości...
-
Conformational Studies of Two Bradykinin Antagonists by Using Two-dimensional NMR Techniques and Molecular Dynamics Simulations
Publication -
Excited electronic states of the anion of 7,7,8,8-tetracyanoquinodimethane (TCNQ)
Publication -
Novel 2019 coronavirus structure, mechanism of action, antiviral drug promises and rule out against its treatment
Publication -
Molecular simulations study of ligand-release mechanism in an odorant-binding protein from the southern house mosquito
Publication -
Density functional theory calculations on entire proteins for free energies of binding: Application to a model polar binding site
PublicationIn drug optimization calculations, the molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area (MM-PBSA) method can be used to compute free energies of binding of ligands to proteins. The method involves the evaluation of the energy of configurations in an implicit solvent model. One source of errors is the force field used, which can potentially lead to large errors due to the restrictions in accuracy imposed by its empirical nature....
-
Intercalation complex of imidazoacridinone C-1311, a potential anticancer drug, with DNA helix d(CGATCG)2: stereostructural studies by 2D NMR spectroscopy.
PublicationImidazoacridinone C-1311 (Symadex®) is a powerful antitumor agent, which successfully made its way through the Phase I clinical trials and has been recommended for Phase II few a years ago. It has been shown experimentally that during the initial stage of its action C-1311 forms a relatively stable intercalation complex with DNA, yet it has shown no base-sequence specificity while binding to DNA. In this paper, the d(CGATCG)2:C-1311...
-
Atomic resolution crystal structure of HV-BBI protease inhibitor from amphibian skin in complex with bovine trypsin
Publication -
Jahn-Teller and related conical intersections in the benzene radical cation and the monofluoro derivate
PublicationThe multi-state multi-mode vibronic interactions in the benzene radical cation and its monofluoro derivative have been investigated theoretically, based on high-level electronic structure calculations for the system parameters and a quantum treatment of the nuclear motion. The available experimental data are well reproduced. The interplay of different vibronic coupling mechanisms is pointed out leading to multiple nonadiabatic...
-
Impact of AlphaFold on structure prediction of protein complexes: The CASP15‐CAPRI experiment
PublicationWe present the results for CAPRI Round 54, the 5th joint CASP-CAPRI protein assembly prediction challenge. The Round offered 37 targets, including 14 homodimers, 3 homo-trimers, 13 heterodimers including 3 antibody–antigen complexes, and 7 large assemblies. On average 70 CASP and CAPRI predictor groups, including more than 20 automatics servers, submitted models for each target. A total of 21 941 models submitted by these groups...
-
The effects of gas exposure on the graphene/AlGaN/GaN heterostructure under UV irradiation
PublicationThis work demonstrates a graphene/AlGaN/GaN sensing device with two-dimensional electron gas (2DEG) toward nitrogen dioxide (NO2), tetrahydrofuran, and acetone detection under UV light irradiation. We propose combining measurements of the DC characteristics with a fluctuation-enhanced sensing method to provide insight into the gas detection mechanisms in the synergistic structure of highly stable GaN and gas-sensitive graphene....
-
Anionic states of C6Cl6 probed in electron transfer experiments
PublicationThis is the first comprehensive investigation on the anionic species formed in collisions of fast neutral potassium (K) atoms with neutral hexachlorobenzene (C6Cl6) molecules in the laboratory frame range from 10 up to 100 eV. In such ion-pair formation experiments, we also report a novel K+ energy loss spectrum obtained in the forward scattering giving evidence of the most accessible electronic states. The vertical electron affinity...
-
Tailoring properties of indium tin oxide thin films for their work in both electrochemical and optical label-free sensing systems
PublicationThis work is devoted to the identification properties of indium tin oxide (ITO) thin films responsible for their possible application in combined optical and electrochemical label-free sensing systems offering enhanced functionalities. Since any post-processing would make it difficult to identify direct relation between deposition parameters and properties of the ITO films, especially when deposition on temperature-sensitive substrates...
-
Molecular dynamics study on the role of solvation water in the adsorption of hyperactive AFP to the ice surface
PublicationUsing computer simulations, the early stages of the adsorption of the CfAFP molecule to the ice surface were analyzed. We found that the ice and the protein interact at least as early as when the protein is about 1 nm away from the ice surface. These interactions are mediated by interfacial solvation water and are possible thanks to the structural ordering of the solvent. This ordering leads to positional preference of the protein...
-
Noble metal modified TiO2 microspheres: Surface properties and photocatalytic activity under UV-vis and visible light
PublicationComposite photocatalysts that consist of TiO2and noble metal nanostructures have been considered tobe the promising and pivotal material for accessible enhancement of the efficiency in the photocatalyticprocess carried out in the aqueous and gas phases. In this work we fabricated porous TiO2microspheresthrough a hydrothermal process followed by photochemical reduction of noble metal nanoparticles atthe TiO2surface. The morphology...
-
Preparation, characterization and photocatalytic activity of TiO2 microspheres decorated by bimetallic nanoparticles
PublicationComposite photocatalysts that consist of TiO2and noble metal nanostructures have been considered tobe the promising and pivotal material for accessible enhancement of the efficiency in the photocatalyticprocess carried out in the aqueous and gas phases. In this work we fabricated porous TiO2microspheresthrough a hydrothermal process followed by photochemical reduction of noble metal nanoparticles atthe TiO2surface. The morphology...
-
Magnetically recyclable TiO2/MXene/MnFe2O4 photocatalyst for enhanced peroxymonosulphate-assisted photocatalytic degradation of carbamazepine and ibuprofen under simulated solar light
PublicationIn this study, a novel TiO2/Ti3C2/MnFe2O4 magnetic photocatalyst with dual properties, enabling (i) improved photocatalytic degradation with PMS activation under simulated solar light and (ii) magnetic separation after the degradation process in an external magnetic field was developed and applied for the efficient photodegradation pharmaceutically active compounds (PhACs) frequently present in wastewater and surface waters worldwide. MXene...
-
Chlorido(η5-cyclopentadienyl)[(4a,4b,8a,9,9a-η)-fluorenyl](fluorenyl-κC9)zirconium(IV) toluene solvate
Publication -
2,4-Bis[bis(diisopropylamino)phosphanyl]-1,2,3,4-tetraphosphabicyclo[1.1.0]butane
Publication -
A study of chirality in bis(1,2-dimethoxyethane-κ^2 O,O')sodium bis(tri-tert-butoxysilanethiolato-κ2O,S)sodate
PublicationPraca prezentuje analizę samoorganizacji związku kompleksowego z prostszych jonów na przykładzie silanotiolanosodanu bis(dimetoksyetan)sodu. Stwierdzono, że w anionie (RS)2Na- obie grupy tri-tert-butoksysilanotiolanowe mają tę samą skręcalność - obie (P) lub obie (M). Zjawisko to występuje we wszystkich znanych sodanach i litanach zawierających grupę (tert-BuO)3SiS.
-
O-Pivaloyl diphenylselenophosphinate
PublicationTytułowy związek difenyloselenofosfinian O-piwaloilu krystalizuje w układzie jednoskośnym, w grupie P21/c. Jeden z pierścieni fenylowych jest w pozycji periplanarnej do płaszczyzny wiązań Se-P-C, podczas gdy kąt dwuścienny pomiędzy dwoma pierścieniami aromatycznymi wynosi ok. 73 stopni. Geometrię cząsteczki badanego związku porównano z opisanymi w literaturze chemicznej estrami O-alkilowymi i O-arylowymi kwasu difenyloselenofosfinowego.
-
Two pseudopolymorphs of licl trimers with semicubane structures
PublicationCząsteczki tytułowych związków w ciele stałym przyjmują strukturę semikubanów - jest to pierwsza tego typu struktura dla solwatowanego chlorku litu. Jej budowę można opisać jako kuban [Li4Cl4(OPEt3)4], w którym jedna z cząsteczek LiCl została usunięta. Brak tej cząsteczki, a dokładniej mostkującego atomu Li, powoduje deformację struktury kubanu. Naroża zdeformowanego kubanu stanowią trzy atomy litu pochodzące z LiCl oraz cztery...
-
Two isomorphic ZnII/CoII complexes with tri-tert-butoxysilanethiol and histamine, and (4-hydroxymethyl-1H-imidazole-κN)bis(tri-tert-butoxysilanethiolato-κ2O,S)zinc(II)
PublicationOtrzymano dwa izomorficzne kompleksy cynku(II) i kobaltu(II) z tri-tert-butoksysilanotiolem i histaminą oraz kompleks cynku(II) z tri-tert-butoksysilanotiolem i 4(5)-hydroksymetyloimidazolem. Scharakteryzowano strukturę otrzymanych kompleksów w ciele stałym.
-
μ-4,4'-bipyridyl-1:2κ2N:N'-methanol-2κO-tetrakis(tri-tert-butoxysilanethiolato)-1κ4O,S; 2κ2S-dizinc(II)
PublicationTytułowy związek jest dwujądrowym kompleksem, w którym atomy cynku są połączone poprzez mostkujący ligand 4,4'-bipirydyl. Jeden z atomów cynku jest pięcio-koordynowany za pośrednictwem dwóch chelatujących reszt silanotiolanowych oraz 4,4'-bipirydylu. Jako dodatkowy ligand na drugim atomie cynku występuje cząsteczka metanolu.
-
2,2,6,6-Tetramethylpiperidinium pentachlorobenzenethiolate
PublicationMetodą rentgenowskiej analizy strukturalnej wyznaczono strukturę krystaliczną i cząsteczkową tytułowego związku. Charakterystycznym motywem struktury determinowanej przez wiązania wodorowe N-H...S, jest izolowany dimer (silanotiol-amina)2.
-
(Di-tert-butylphosphanyl)bis(diphenylphosphanyl)phosphane
PublicationCentralny atom fosforu ma konfigurację piramidalną. Wiązania P-P w tytułowym związku wykazują charakter wiązania pojedynczego.
-
Bis(di-n-propylamine-κN)bis(tri-tert -butoxysilanethiolato-κS)chromium(II)
PublicationAtom chromu w tytułowym kompleksie jest czterokrotnie koordynowany: przez dwa atomy siarki grup tri-tert-butoksysilanotiolanowych oraz dwa atomy azotu z dwóch cząsteczek di-n-propyloaminy. Atom Cr leży w centrum inwersji w pozycji Wyckoffa a (1/2, 1/2, 1/2).
-
Dichlorido-1Cl,3Cl-hexakis[1,1,2,2,3,3(n5)-methylcyclopentadienyl]di-μ2-oxido-1:2κ2O:O;2:3κ2O:O-trihafnium(IV)
PublicationTytułowy związek jest trójrdzeniową cząsteczką. Dwie jednostki (MeCp)2HfCl połączone są z (MeCp)2Hf przez mostki tlenowe. Mostki Hf-O-Hf są prawie liniowe. Geometria trzech atomów Hf jest tetraedryczna.
-
(4-Hydroxymethyl-1H-imidazole-κN3)bis(tri-tert-butoxysilanethiolato-κ2O,S)cadmium(II)
PublicationAtom kadmu w tytułowym kompleksie jest koordynowany przez pięć atomów: 2 atomy tlenu i dwa atomy siarki z chelatujących ligandów silanotiolanowych oraz atom azotu pochodnej imidazolu. Kompleks ten jest izostrukturalny z opisanym wcześniej analogicznym związkiem cynku.
-
Chlorido(ethyldiphenylphosphine-P)(1-pyrrolidinecarbodithioato-S,S)nickel(II)
PublicationPrzedmiotem publikacji jest struktura krystaliczna tytułowego [NiCl{S2CN(CH2)4}Cl(C14H15P)]. Atom niklu jest w tym przypadku skoordynowany przez S,S-chelatującą resztę ditiokarbaminianową, cząsteczkę fosfiny, zaś geometrię koordynacyjną dopełnia atom chloru.
-
Tetra-n-butylammonium iodido(pyrrolidine-1-carbodithioato-κ2S,S')(tris-tert-butoxysilane-thiolato-κS)cadmate(II)
PublicationTytułowy (N,N tetrametylenoditiokarbaminiano)(tri-tert-butoksysilanotiolano)jodokadmian tetra-n-butyloamoniowy krystalizuje w układzie jednoskośnym, w grupie P21/c. W anionie [Cd{SSi(OtBu)3}(S2CNC4H9)I]() wyróżnić można centralny rdzeń o składzie CdS3I. Ułożenie atomów donorowych może być, w pierwszym przybliżeniu, opisane jako zniekształcony (ze względu na obecność S,S'-chelatującego liganda) tetraedr z największym kątem S1-Cd1-S2...
-
catena-Poly[[(diethyl ether-kO)lithium(I)]-m-1,1,3,3-tetraisopropyltriphosphane-kP2: k2P1,P3-lithium(I)-m-1,1,3,3-tetraisopropyltriphosphane-k2P1,P3:kP2]
PublicationTytułowy związek został otrzymany jako produkt uboczny w reakcji [(Et2PhP)2PtCl2] z iPr2P-P(SiMe3)Li. Jest to drugi znany polimer koordynacyjny w grupie soli litowych trifosfanów. Strukturę związku wyznaczono za pomocą rentgenowskiej analizy strukturalnej.
-
(3,5-Dimethylpyridine)bis(tri-tert-butoxysilanethiolato)cadmium(II)
PublicationTytułowy związek jest molekularnym, heteroleptycznym tiolanem kadmu zawierającym jako dodatkowy ligand 3,5-dimetylopirydynę. Jon kadmu(II) znajduje się w centrum bipiramidy o podstawie trójkątnej, utworzonej przez 5 atomów - 2 atomy siarki, 2 atomy tlenu i jeden atom azotu. Między cząsteczkami kompleksu upakowanymi w krysztale nie ma oddziaływań innych niż oddziaływania van der Waalsa.
-
Tetrakis(m2-methanol-k2O:O)bis(methanol-kO)-(m2-tri-tert-butoxysilane-thiolato-k3S:O,S)-bis(tri-tert-butoxysilanethiolato-k2O,S)-tetrasodium(i)
PublicationZwiązek [Na4(C12H27O3SSi)4(CH4O)6] jest rozpatrywany jako addukt trzech jonów - dwujądrowego kationu [Na2(MeOH)6]2+ oraz dwóch anionów [Na{SSi(OtBu)3}2] - utworzony dzięki istnieniu krótkich kontaktów pomiędzy tymi jonami.Obecność mostków siarczkowych i tlenkowych oraz wiązań wodorowych O-H...O and O-H...S, sprawia, że w rezultacie wszystkie atomy Na w czterojądrowym kompleksie są pięciokoordynacyjne.
-
Diamminebis(tri-tert-butoxysilanetiolato)cadmium(II) acetonitrile solvate
PublicationTytułowy związek jest cząsteczkowym, mieszanym kompleksem kadmu, zawierającym jako ligandy reszty tiolanowe i amoniak. Kadm w kompleksie jest koordynowany tetraedrycznie przez 2 atomy siarki i dwa atomy azotu. Wszystkie atomy wodoru koordynowanych cząsteczek amoniaku oraz jeden z atomów wodoru grupy metylowej acetonitrylu tworzą wiązania wodorowe, które łączą sąsiadujące cząsteczki kompleksu w łańcuchy.
-
Hexa(4-methylphenoxy)disiloxane
PublicationTytułowy związek otrzymano jako produkt uboczny w reakcji (p-Tol-O)3SiCl z [PhC(S)S]2Mg*2THF (p-Tol oznacza para-tolil, THF to tetrahydrofuran).Czasteczka posiada symetrię własną -3 i jest przykładem związku o kącie walencyjnym Si-O-Si równym 180 stopni. Omówiono i przedyskutowano rozkład wartości tego kąta w obrębie różnych disiloksanów.
-
Bis(dithiobenzoato-k2S,S')bis(tetrahydrofuran-kO)magnesium(II)
PublicationTytułowy związek [Mg(C7H5S2)2(C4H8O)2] został otrzymany w reakcji PhMgBr z nadmiarem CS2. Jest to pierwszy kompleks magnezu zawierający dwa ligandy ditiobenzoesanowe. Kompleks posiada zniekształconą geometrię oktaedryczną.
-
Bromo(dithiobenzoato-k2S,S')tris(tetrahydrofuran-kO)magnesium(II): a redetermination
PublicationZwiązek [MgBr(C6H5CS2)(C4H8O)3]zawiera ligand ditiobenzoesowy. Dzięki pomiarom rentgenograficznym w niskiej temperaturze została określona struktura tego związku. Kompleks posiada zniekształconą geometrię oktaedryczną.
-
Bis(tri-tert-butoxysilanethiolato-kS)bis(pyrrolidine-kN)cobalt(II)
PublicationReakcja [Co{SSi(OtBu)3}2(NH3)]2 z pyrrolidyną prowadzi do otrzymania kompleksu [Co(C12H27O3SSi)2(C4H9N)2], gdzie atom kobaltu(II) jest koordynowany przez dwie reszty silanotiolanowe i dwie reszty pyrrolidyny. Specyficzne przestrzenne ułożenie wszystkich ligandów dodatkowo daje możliwość utworzenia dwóch wewnątrzcząsteczkowych wiązań wodorowych N-H***O.
-
The 2:1 cocrystal of benzamide and pentafluororbenzoic acid
PublicationKrystaliczna struktura centrosymetrycznej supermolekuły składa się z czterech cząsteczek benzamidu oraz dwóch kwasu karboksylowego, które powiązane są ze sobą za pomocą wiązań wodorowych typu O-H...O oraz N-H...O.