Filters
total: 2841
filtered: 2056
-
Catalog
Chosen catalog filters
displaying 1000 best results Help
Search results for: molecular biology and genetics
-
Low-Molecular Pyrazine-Based DNA Binders: Physicochemical and Antimicrobial Properties
PublicationPyrazine and its derivatives are a large group of compounds that exhibit broad biological activity, the changes of which can be easily detected by a substituent effect or a change in the functional group. The present studies combined theoretical research with the density functional theory (DFT) approach (B3LYP/6-311+G**) and experimental (potentiometric and spectrophotometric) analysis for a thorough understanding of the structure...
-
Structure and Molecular Dynamics in Renewable Polyamides from Dideoxy-Diamino Isohexide
PublicationThe chemical structure, the conformation, andthe flexibility of the polymer chain fragments present in thepolyamides synthesized from 2,5-diamino-2,5-dideoxy-1,4;3,6-dianhydrosorbitol, 1,4-diaminobutane, and either sebacic orbrassylic acid have been studied by liquid-state 2D NMRspectroscopy viz. correlation spectra (COSY) and heteronuclearmultiple-bond correlation spectra (gHMBC), by 13Ccross-polarization/magic-angle spinning...
-
Prediction of Overall In Vitro Microsomal Stability of Drug Candidates Based on Molecular Modeling and Support Vector Machines. Case Study of Novel Arylpiperazines Derivatives
PublicationOther than efficacy of interaction with the molecular target, metabolic stability is the primary factor responsible for the failure or success of a compound in the drug development pipeline. The ideal drug candidate should be stable enough to reach its therapeutic site of action. Despite many recent excellent achievements in the field of computational methods supporting drug metabolism studies, a well-recognized procedure to model...
-
Molecular Characterization of a DNA Polymerase from Thermus thermophilus MAT72 Phage vB_Tt72: A Novel Type-A Family Enzyme with Strong Proofreading Activity
Publication -
Synergic Effect of Selected Ingredients and Calcium Chloride on the Technological, Molecular and Microbial Usefulness of Eggshells and Their Impact on Sensory Properties in a Food Model System
Publication -
Non-volatile molecular composition and discrimination of single grape white of chardonnay, riesling, sauvignon blanc and silvaner using untargeted GC–MS analysis
PublicationThis study developed and applied a GC–MS method aiming at molecular fingerprinting of 120 commercial single grape white wines (Chardonnay, Riesling, Sauvignon Blanc and Silvaner) for possible authentication according to grape variety. The method allowed detection of 372 peaks and tentative identification of 146 metabolites including alcohols, organic acids, esters, amino acids and sugars. The grape variety effect explained 8.3%...
-
Non-Typical Fluorescence Effects and Biological Activity in Selected 1,3,4-thiadiazole Derivatives: Spectroscopic and Theoretical Studies on Substituent, Molecular Aggregation, and pH Effects
Publication -
Molecular basis of essentiality of early critical steps in the lipopolysaccharide biogenesis in Escherichia coli K-12: requirement of MsbA, cardiolipin, LpxL, LpxM and GcvB
PublicationTo identify the physiological factors that limit the growth of Escherichia coli K-12 strains synthesizing minimal lipopolysaccharide (LPS), we describe the first construction of strains devoid of the entire waa locus and concomitantly lacking all three acyltransferases (LpxL/LpxM/LpxP), synthesizing minimal lipid IVA derivatives with a restricted ability to grow at around 21 °C. Suppressors restoring growth up to 37 °C of Δ(gmhD-waaA)...
-
Targeting Spike‐ACE2 Interface of SARS‐CoV‐2 and its Omicron Variant: A Comparative Screening of Potential Inhibitors for Existing and Anticipating Variants Using Molecular Modelling Approach
PublicationThe recent COVID pandemic has shown major impact on public health and economic crisis. Despite the development of many vaccines and drugs against the severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus 2, the pandemic still persists. The continued spread of the virus is largely driven by the emergence of viral variants such as α, β, γ, delta, epsilon spike, omicron and its subvariants (BA.1,2,3) which can evade the current vaccines...
-
A general approach to study molecular fragmentation and energy redistribution after an ionizing event
PublicationWe propose to combine quantum chemical calculations, statistical mechanical methods, and photoionization and particle collision experiments to unravel the redistribution of internal energy of the furan cation and its dissociation pathways. This approach successfully reproduces the relative intensity of the different fragments as a function of the internal energy of the system in photoelectron–photoion coincidence experiments and...
-
Molecular Characterization of Growth Hormone-producing Tumors in the GC Rat Model of Acromegaly
Publication -
Anticancer properties of low molecular weight oat beta-glucan – An in vitro study
Publication -
Molecular Mechanisms Associated with ROS-Dependent Angiogenesis in Lower Extremity Artery Disease
Publication -
Selected molecular and physiological aspects of mammalian ovarian granulosa cells in primary culture
Publication -
Human Granulosa Cells—Stemness Properties, Molecular Cross-Talk and Follicular Angiogenesis
Publication -
Molecular dynamics study of amyloid formation of two Abl-SH3 domain peptides
Publication -
Investigation of Protein Folding by Coarse-Grained Molecular Dynamics with the UNRES Force Field
Publication -
Molecular simulation study of cooperativity in hydrophobic association: clusters of four hydrophobic particles
Publication -
Dependence of the heterosis effect on genetic distance, determined using various molecular markers
Publication -
Synthesis, biological activity and molecular modelling studies of tricyclic alkylimidazo-, pyrimido- and diazepinopurinediones
Publication -
Fluorescent Molecular Cages with Sucrose and Cyclotriveratrylene Units for the Selective Recognition of Choline and Acetylcholine
Publication -
Molecular Dynamics of Complexes of Atosiban with Neurohypophyseal Receptors in the Fully Hydrated Phospholipid Bilayer
Publication -
Free Energies of the Disassembly of Viral Capsids from a Multiscale Molecular Simulation Approach
Publication -
Nanomechanical Stability of Aβ Tetramers and Fibril-like Structures: Molecular Dynamics Simulations
Publication -
Shape resonance of H[sub 2][sup −] anion stabilized in a molecular trap
Publication -
Molecular insights into receptor binding energetics and neutralization of SARS-CoV-2 variants
Publication -
NK1 receptor binding of a few low molecular weight 3,5-bistrifluoromethylbenzene derivatives
Publication -
Structural Insights into σ1 Receptor Interactions with Opioid Ligands by Molecular Dynamics Simulations
Publication -
Molecular Diagnosis of COVID-19 Sudden and Unexplained Deaths: The Insidious Face of the Pandemic
Publication -
Identification and molecular modeling of a novel lipase from an Antarctic soil metagenomic library.
PublicationIn this work, we present the construction of a metagenomic library in Escherichia coli using pUC19 vector and environmental DNA directly isolated from Antarctic topsoil and screened for lipolytic enzymes. The screening on agar supplemented with olive oil and rhodamine B revealed one clone with lipolytic activity (Lip1) out of 11,000 E. coli clones. This clone harbored a plasmid, pLip1, which has an insert of 4722 bp that has been...
-
Interaction of amphotericin B and its selected derivatives with membranes: molecular modeling studies
PublicationJest to praca przeglądowa obejmująca krytyczną analizę danych dotyczących oddziaływania amfoterycyny B (AmB) i jej wybranych, mniej toksycznych pochodnych, z błonami lipidowymi. Amfoterycyna B jest antybiotykiem przeciwgrzybowym ale ze względu na jej toksyczność trwają prace nad modyfikacjami chemicznymi tego związku. Celem molekularnym dla tego antybiotyku jest błona lipidowa i dlatego różnicowe powinowactwo AmB i jej pochodnych...
-
Early stage of critical clusters growth in phenomenological and Molecular Dynamic simulation models
PublicationW artykule opisano wzrost klastrów krytycznych w ramach klasycznego podejścia fenomenologicznego oraz dynamiczno-molekularnego (MD). Została wyprowadzona nowa formuła opisujaca liczbę klastrów krytycznych. Sformułowano równania opisujace wczesne etapy wzrostu kropli o rozmiarach krytycznych. Opisano wyniki symulacji dynamiczno-molekularnych powstawania klastrów w jednorodnej parze przesyconej oraz podano czasowe zmiany rozkładu...
-
Measurements of inelastic electron scattering from molecular oxygen at high scattering angles
PublicationBadano procesy wzbudzenia oscylacyjnego poziomów v = 1-9 stanu podstawowego X3 sigma g oraz v=0 stanu wzbudzonego a1 delta g cząsteczki tlenu dla energii 10eV w przedziale kąta rozproszenia od 90 do 180 st. Dla pomiaru v=1 stanu X3 sigma g wyznaczono różniczkowy przekrój czynny na wzbudzenie. W pomiarach wykorzystano podwójny hemisferyczny spektrometr elektrostatyczny wykorzystujący nowozaprojektowane źródło lokalnego pola magnetycznego.
-
Molecular typing of clinical isolates of Escherichia coli by a new PCR MP method
PublicationTypowanie epidemiologiczne bakterii jest rutynową procedurą stosowaną w badaniach zakażeń szpitalnych i wymaga stosowania odpowiednich metod o wysokim potencjale różnicującym. Przedstawiliśmy możliwości nowej techniki PCR MP w różnicowaniu szczepów E. coli. Rezultaty zostały porównane z wynikami uzyskanymi metodą PFGE.
-
Molecular typing of clinical isolates of Escherichia coli by a new PCR MP method
PublicationTypowanie epidemiologiczne bakterii jest rutynową procedurą stosowaną w badaniach zakażeń szpitalnych i wymaga stosowania odpowiednich metod o wysokim potencjale różnicującym. Przedstawiliśmy możliwości nowej techniki PCR MP w różnicowaniu szczepów E. coli. Rezultaty zostały porównane z wynikami uzyskanymi metodą PFGE.
-
Effects of surface nonuniformity and molecular association on mechanism of butanol adsorption from solution
Publication -
Superconducting state in the atomic metallic hydrogen just above the pressure of the molecular dissociation
Publication -
Molecular dynamics insights into protein‐glycosaminoglycan systems from microsecond‐scale simulations
Publication -
Role of Glycosaminoglycans in Procathepsin B Maturation: Molecular Mechanism Elucidated by a Computational Study
Publication -
Molecular modelling of membrane activity of amphotericin B, a polyene macrolide antifungal antibiotic
PublicationPraca dotyczy różnego typu modelowań molekularnych cząsteczki przeciwgrzybowego antybiotyku (amfoterycyny B). Praca przeglądowa obejmuje opis badań nad właściwościami molekularnymi samej cząsteczki antybiotyku, jej oddziaływań z powierzchnią błony oraz struktur kanałowych jakie tworzą cząsteczki amfoterycyny wewnątrz błony lipidowej.
-
Molecular mechanism of the enzymatic oxidation investigated for imidazoacridinone antitumor drug C-1311.
PublicationPraca miala na celu określenie molekularnego mechanizmu enzymatycznej utleniającej aktywacji wymienionego związku przeciwnowotworowego w takim układzie modelowym, w którym wcześniej wykazano jego kowalencyjne wiązanie się do DNA. Badania struktur chemicznych produktów enzymatycznej aktywacji wykazały, że dwa z nich powstają w wyniku dealkilacji łańcucha bocznego cząsteczki, natomiast dwa inne w wyniku aktywacji pierścienia imidazoakrydonu....
-
Molecular Dynamics study of short and medium range order in modified BGO glasses.
PublicationArtykuł przedstawia wyniki symulacji dynamiczno-molekularnychniemodyfikowanych i modyfikowanych szkieł BGO o różnych stechiometriach. Otrzymane wyniki dokładnie przedyskutowano pod kątem blisko- i średnio-zasięgowego uporządkowania atomów i porównano z innymi dostępnymi danymi literaturowymi.
-
A study of electron impact excitation of molecular oxygen at a scattering angle of 180 st.
PublicationZbadano wzbudzenie tlenu cząsteczkowego w zderzeniu z elektronem dla rozproszenia do tyłu, pod kątem 180 st. Do pomiarów wykorzystano nowe źródło lokalnego pola magnetycznego o geometrii stożkowej.
-
Early stage of critical clusters growth in phenomenological and Molecular Dynamic simulation models.
PublicationOpisano proces kondensacji pary wodnej w ujĘciu fenomenologicznymi dynamiczno-molekularnym. Wczesne fazy wzrostu klastra opisano w ramach klasycznej teorii Hertza-Knudsena. Obszernie przedstawiono wyniki symulacji dynamiczno-molekularnych zjawiska kondensacji pary wodnej z jednorodnej fazy gazowej (przebieg powstawania małych klastrów H2O i szybkość wzrostu klastrów ponadkrytycznych).
-
Solvation of N-methylformamide by ethanol: a comparison of molecular dynamics calculations with the experimental data
PublicationWykonano obliczenia metodami dynamiki molekularnej dla tytułowego układu. Rezultaty porównano z uzyskanymi wcześniej wynikami pomiarów termodynamicznych oraz wnioskami z nich wyciągniętymi.
-
Comparative molecular dynamics simulations of amphotericin B-cholesterol/ergosterol membrane channels
PublicationBadania polegały na przeprowadzeniu porównawczej dynamiki molekularnej dla dwóch typów kanałów amfoterycyny B. Obie symulacje różniły się rodzajem sterolu (cholesterol lub ergosterol). Na podstawie wyników przeprowadzonych prac ustalono jakie elementy strukturalne badanych kanałów mogą być odpowiedzialne za selektywne działanie amfoterycyny B.
-
Crystal and molecular structure of lithium iodide complex of 13-membered azoxycrown ether
PublicationPublikacja zawiera uzupełniające informacje do znalezionej wcześniej korelacji między typem kationu, rozmiarem makrocyklu i cechami struktury krystalicznej kompleksów a selektywnością elektrod membranowych dotowanych odpowiednimi azo- lub azoksykoronami. Ustalono strukturę krystaliczną i molekularną kompleksu 13-członowej azoksykorony (L13-O) z jodkiem litu. Stechiometria kompleksu jest 1:1. Kryształ zbudowany jest z hydratowanych...
-
Optimization of white light interferometric temperature sensor. Workshop on Atomic and Molecular Physics.
PublicationW artykule przedstawiono metodę optymalizacji parametrów niskokoherencyjnego interferometrycznego czujnika temperatury wykorzystującego miniaturowy interferometr Farby Perota, pracujący w modzie odbiciowym.
-
Raman and infrared investigation of ferroelectric ceramics. IV Workshop on Atomic and Molecular Physics.
PublicationZastosowano spektroskopię absorbcyjną w podczerwieni i spektroskopię Ramana do badania ceramik ferroelektrycznych o kompozycji Ba(Ti1-xZrx)O3. Ceramiki te charakteryzują się możliwością przestrajania przenikalności elektrycznej za pomocą pola elektrycznego.
-
Bifunctional catalyst based on molecular structure: Spherical mesoporous TiO2 and gCN for photocatalysis
Publication