Search
Search results for: BAGI
-
Blue applicability grade index (BAGI) and software: a new tool for the evaluation of method practicality
PublicationIn this work, blue applicability grade index (BAGI) is proposed as a new metric tool for evaluating the practicality of an analytical method. BAGI can be considered complementary to the well-established green metrics, and it is mainly focused on the practical aspects of White Analytical Chemistry. This tool evaluates ten main attributes including the type of analysis, the number of analytes that are simultaneously determined, the...
-
Maciej Bagiński prof. dr hab. inż.
People -
Paweł Bagiński
People -
Małgorzata Bagińska
People -
Michał Bagiński
People -
Daniel Bagiński
People -
Filip Bagiński
People -
Molecular basis of TRF proteins and their interactions with peptides
Publication -
Structural analysis and predicting effects of natural mutations on telomerase
Publication -
Modelowanie łożysk foliowych
PublicationReferat stanowi wprowadzenie teoretyczne do oceny stanu zmęczenia metodami energetycznymi. Autor stara się wyjaśnić i znaleźć miarodajne cechy stanu zużycia zmęczeniowego z wykorzystaniem termowizji. W artykule zawarto krótki opis celu badań, stanowiska oraz wyników. Zaprezentowano również własne spostrzeżenia i ich odniesienie do występujących w literaturze teorii określania miary zużycia zmęczeniowego. Referat stanowi wprowadzenie...
-
Complete Genome Sequence of the Probiotic Strain Lactobacillus casei (Formerly Lactobacillus paracasei) LOCK919
Publication -
Genome Sequence of the Probiotic Strain Lactobacillus rhamnosus (Formerly Lactobacillus casei) LOCK900
Publication -
Genome Sequence of the Probiotic Strain Lactobacillus rhamnosus (Formerly Lactobacillus casei) LOCK908
Publication -
Dwutlenek węgla jako płyn roboczy na tle innych czynników chłodniczych
PublicationW artykule omówiono własności dwutlenku węgla jako czynnika chłodniczego, podając jego charakterystykę ogólną, a następnie wskazując jego zalety i wady w kontekście stosowania jako płynu roboczego w urządzeniach sprężarkowych. Zwrócono uwagę na jego wybrane właściwości, w tym na: rozpuszczalność z wodą, tolerancję olejów smarnych, oddziaływanie na materiały używane do budowy instalacji chłodniczych, a także na bezpieczeństwo użytkowania...
-
Ocena techniczno-ekonomiczna kaskadowego systemu chłodzenia opartego na układzie amoniak - dwutlenek węgla. Część 1-3
PublicationW artykule omówiono budowę i działanie możliwych do stosowania obiegów wykorzystujących dwutlenek węgla (R 744), a są to obiegi podkrytyczne i transkrytyczne. Dokonano przeglądu systemów chłodzenia opartych na tym naturalnym płynie roboczym, takich jak: układ kaskadowy z dwutlenkiem węgla w części niskotemperaturowej, układ pośredni, w którym jest on nośnikiem ciepła oraz układ z kilkoma poziomami temperatur parowania. W każdym...
-
Amphotericin B and Its New Derivatives - Mode of Action
PublicationAmphotericin B (AmB) is a well known antifungal and antiprotozoal antibiotic used in the clinic for several decades. Clinicalapplications of AmB, however, are limited by its nephrotoxicity and many other acute side effects which are not acceptable by patientswhen their life is not threaten. In order to improve the therapeutic index of this drug, lipid formulations have been introduced and manyefforts have been made to obtain less...
-
Interaction of amphotericin B with phospholipids in the model membrane - molecular dynamics study.
PublicationAmfoterycyna B jest antybiotykiem używanym w leczeniu układowych infekcji grzybowych. Jej mechanizm działania polega na tworzeniu kanałów wewnątrz błon lipidowych. W przedstawianej pracy publikowane są wyniki symulacji przeprowadzonej dynamiką molekularną monomerycznej i dimerycznej formy antybiotyku wewnątrz błony lipidowej zbudowanej z cząsteczek DMPC. Wyniki te wskazują, że powinowactwo cząsteczek amfoterycyny wewnątrz dimeru...
-
Future of medicine: personalized oncology
PublicationUnderstanding genetic and epigenetic mechanisms of tumorigenesis allows identifying many vital mutations affected the formation of various malignancies. This led to the discovery of a new therapeutic approach, based on molecular mechanisms in the world of medicine, which is called personalized medicine (PM). This review aims to outline the state of the art of the personalized medicine in treatment, taking into account anti-cancer...
-
In silico design of telomerase inhibitors.
PublicationTelomerase is a reverse transcriptase enzyme involved in DNA synthesis at the end of linear chromosomes. Unlike in most other cells, telomerase is reactivated most cancerous cells and, therefore, has become a promising new anticancer target. Despite extensive research, direct telomerase inhibitors have yet not been introduced to the clinics because of the complexity of this enzyme. Structures of this protein from simple organisms...
-
Evaluation of the standardisation of gutta-percha points
Publication -
Assessing Roadside Hybrid Energy Absorbers Using the Example of SafeEnd
PublicationA combination of crash cushion and end-terminal, hybrid energy absorbing devices have been in use worldwide for a few years already. They include SafeEnd, a system Poland has recently introduced. Some road authorities have raised concerns as regards the operating conditions of the devices and how they work together with safety barriers. The objective of this research is to clarify the concerns and answer the following questions:...
-
Comparative genomics and functional analysis of a highly adhesive dairy Lactobacillus paracasei subsp. paracasei IBB3423 strain
Publication -
Dwutlenek węgla jako naturalny płyn roboczy w kaskadowych systemach chłodzenia.
PublicationNa tle najistotniejszych własności dwutlenku węgla ( R 744 ) przedstawiono racje techniczno-ekonomiczne przemawiające za stosowaniem tego płynu roboczego w instalacjach chłodniczych, klimatyzacyjnych i sprężarkowych pompach ciepła, ze szczególnym uwzględnieniem kaskadowych urządzeń chłodniczych.
-
On the Possibility of the Amphotericin B-Sterol Complex Formation in Cholesterol- and Ergosterol-Containing Lipid Bilayers: A Molecular Dynamics Study
PublicationAmphotericin B (AmB) is a well-known membrane-active antibiotic that has been used to treat systemicfungal infections for more than 45 years. Therapeutic application of AmB is based on the fact that it is moreactive against ergosterol-containing membranes of fungal cells than against mammalian membranes withcholesterol. In this paper, we examine the hypothesis according to which the selectivity of the AmB's membraneaction originates...
-
Interaction of amphotericin B and its selected derivatives with membranes: molecular modeling studies
PublicationJest to praca przeglądowa obejmująca krytyczną analizę danych dotyczących oddziaływania amfoterycyny B (AmB) i jej wybranych, mniej toksycznych pochodnych, z błonami lipidowymi. Amfoterycyna B jest antybiotykiem przeciwgrzybowym ale ze względu na jej toksyczność trwają prace nad modyfikacjami chemicznymi tego związku. Celem molekularnym dla tego antybiotyku jest błona lipidowa i dlatego różnicowe powinowactwo AmB i jej pochodnych...
-
Interactions of amphotericin B derivatives with lipid membranes - a molecular dynamics study
PublicationW pracy analizowano oddziaływanie dwóch nisko-toksycznych pochodnych amfoterycyny B (związki SAmE i PAmE) z modelami błon lipidowych. Badania wykonane zostały za pomocą dynamiki molekularnej. Modele błon oprócz fosfolipidów DMPC zawierały odpowiednio cholesterol (model błony zwierzęcej) lub ertosterol (model błony grzybowej). Analiza wyników wykazała, że obie pochodne amfoterycyny B zachowują się inaczej w błonie cholesterolowej...
-
How do sterols determine the antufungal activitiy of amphotericin B? Free energy of binding between the drug and its membrane targets.
PublicationAmphotericin B (AmB) is a well-known polyene antibiotic used to treat systemic fungal infections. It is commonly accepted that the presence of sterols in the membrane is essential for the AmB biological activity, that is, for the formation of transmembrane ion channels. The selective toxicity of AmB for fungal cells is attributed to the fact that it is more potent against fungal cell membranes containing ergosterol than against...
-
Molecular aspects of the interaction between amphotericin B and a phospholipid bilayer: molecular dynamics studies.
PublicationAmfoterycyna B jest antybiotykiem z grupy polienów makrolidowych. Stosowany jest on w leczeniu układowych infekcji grzybowych. Wiadomo że związek ten oddziałuje ze składnikami błon lipidowych i tworzy kanały. W przedstawianej pracy prezentowane są wyniki symulacji przeprowadzonej dynamiką molekularną układu składającego się z 200 cząsteczek lipidów DMPC i jednej cząsteczki amfoterycyny ułożonej na powierzchni błony. Z przeprowadzonej...
-
Molecular dynamics simulation and MM-PBSA analysis of Oxytricha nova TEBP ternary complex with ssDNA
PublicationPraca dotyczy badań metodami chemii obliczeniowej właściwości elektrostatycznych i termodynamicznych kompleksu telomerowego białka TEBP pochodzącego z organizmu Oxytricha z jednoniciowym telomerowym DNA (ssDNA).
-
Thermodynamic and electrostatic properties of ternary Oxytricha nova TEBP-DNA complex
PublicationZa pomocą metod chemi obliczeniowej badano właściwości molekularne kompleksu telomerowego białka TEBP z Oxytricha nova w kompleksie trójskkładnikowym z DNA o sekwencji telomerowej. Wyliczone wartości energii kompleksowania wskazują specyficznie na jedną z dróg tworzenia kompleksu, gdzie wpierw podjednostka alfa łaczy się z DNA a następnie podjednostka beta dołącza się do takiego dwuskładnikowego kompleksu. Policzone rozkłady molekularnego...
-
Comparative molecular dynamics simulations of amphotericin B-cholesterol/ergosterol membrane channels
PublicationBadania polegały na przeprowadzeniu porównawczej dynamiki molekularnej dla dwóch typów kanałów amfoterycyny B. Obie symulacje różniły się rodzajem sterolu (cholesterol lub ergosterol). Na podstawie wyników przeprowadzonych prac ustalono jakie elementy strukturalne badanych kanałów mogą być odpowiedzialne za selektywne działanie amfoterycyny B.
-
Molecular basis and quantitative assessment of TRF1 and TRF2 protein interactions with TIN2 and Apollo peptides
PublicationShelterin is a six-protein complex (TRF1, TRF2, POT1, RAP1, TIN2, and TPP1) that also functions in smaller subsets in regulation and protection of human telomeres. Two closely related proteins, TRF1 and TRF2, make high-affinity contact directly with double-stranded telomeric DNA and serve as a molecular platform. Protein TIN2 binds to TRF1 and TRF2 dimer-forming domains, whereas Apollo makes interaction only with TRF2. To elucidate...
-
Molecular modeling and evaluation of novel dibenzopyrrole derivatives as telomerase inhibitors and potential drug for cancer therapy
PublicationDuring previous years, many studies on synthesis, as well as on anti-tumor, anti-inflammatory and anti-bacterial activities of the pyrazole derivatives have been described. Certain pyrazole derivatives exhibit important pharmacological activities and have proved to be useful template in drug research. Considering importance of pyrazole template, in current work the series of novel inhibitors were designed by replacing central...
-
Novel anticancer strategy aimed at targeting shelterin complexes by the induction of structural changes in telomeric DNA: hitting two birds with one stone.
PublicationThe ends of chromosomes in mammals are composed of telomeric DNA containing TTAGGG repeats, which bind specific proteins called shelterins. This telomeric DNA together with shelterins form a cap that protects the ends of chromosomes from being recognized as sites of DNA damage and from chromosomal fusions. Many very successful antitumor drugs used in the treatment of cancer patients bind to DNA, some of them with a prominent sequence...
-
Docking simulations, Molecular properties and ADMET studies of novel Chromane6,7diol analogues as potential inhibitors of Mushroom tyrosinase
PublicationResearch on inhibition of tyrosinase enzyme has attained significant value, because tyrosinase inhibitors have potential applications in medicine, cosmetics (as whitening agents) and in agriculture (as bioinsecticides). Determination and elucidation of new tyrosinase inhibitors are not only beneficial for medical purposes, but their promising applications in improving food quality and nutritional...
-
Identification of 1H‐indene‐(1, 3, 5, 6)‐tetrol derivatives as potent pancreatic lipase inhibitors using molecular docking and molecular dynamics approach
PublicationPancreatic lipase is a potential therapeutic target to treat diet-induced obesity in humans, as obesity-related diseases continue to be a global problem. Despite intensive research on finding potential inhibitors, very few compounds have been introduced to clinical studies. In this work, new chemical scaffold 1H-indene-(1,3,5,6)-tetrol was proposed using knowledge-based approach, and 36 inhibitors were derived by modifying its...
-
Structural and dynamic changes adopted by EmrE, multidrug transporter protein—Studies by molecular dynamics simulation
PublicationEmrE protein transports positively charged aromatic drugs (xenobiotics) in exchange for two protons and thus provides bacteria resistance to variety of drugs. In order to understand how this protein may recognize ligands, the monomer and asymmetric apo-form of the EmrE dimer embedded in a heterogeneous phospholipid (POPE + POPG) membrane were studied by molecular dynamics simulations. Dimer is regarded as a functional form of the...
-
Dynamic state assessment of the water turbine with the power of 600 kW
PublicationThe article discusses the results of experimental studies to assess the dynamic state of the turbine set with the Kaplan turbine. The dynamic assessment was made on the basis of appropriate standards, based on the measurement results of selected parameters of vibration, which have been measured for several states of the machine load. In addition, we attempted to identify the causes of the increased vibration levels based on the...
-
DYNWIR S-70 program for modal analysis of multisupported and multimass rotors
PublicationThe article provides a brief description of the program Dynwir-S-70 (currently being developed in the Rotor Dynamics and Slide Bearings Department in the Institute of Fluid-Flow Machinery Polish Academy of Sciences in Gdansk) which is a program for analysis of multi-supported and multi-mass rotors. Used algorithms and the construction of mass and stiffness matrix were presented. Damping matrix structure based on Rayleigh damping...
-
Porównanie właściwości dynamicznych wirnika mikroturbiny łożyskowanego ślizgowo i tocznie
PublicationW artykule omówiono wyniki badań symulacyjnych małogabarytowegowirnika mikroturbiny osiowej łożyskowanego ślizgowo oraz tocznie.Obiektem badań był układ wirujący mikroturbiny zaprojektowanej dlapowstającej w IMP PAN w Gdańsku mikrosiłowni kogeneracyjnej małejmocy, pracującej w obiegu ORC. Prezentowane badania zostały wykonaneprzy wykorzystaniu własnych programów serii MESWIR oraz programówkomercyjnych: MADYN 2000 i ABAQUS. W artykule...
-
The dynamic performance analysis of the Micro-turbine's rotor supparted on slide and roling element bearings
PublicationThis article presents the results of investigations of dynamic characteristics of a small-dimension rotor with slide and rolling element bearings. The object of investigations was the rotor-bearing system designed for the ORC based low-power steam micro-turbine. The investigations were performed using MESWIR series programs, as well as commercial FEA software ABAQUS and MADYN 2000. The results of modal analysis of the micro-rotor...
-
Analiza modalna konstrukcji stanowiska badawczego dynamiki małogabarytowych wirników przy wykorzystaniu wzbudników drgań część 1. badania eksperymentalne
PublicationStreszczenie: W artykule przedstawiono przebieg i wyniki eksperymentalnej analizy modalnej konstrukcji stanowiska do badania wirników małogabarytowych, które miały w drugiej części pracy posłużyć do weryfikacji stworzonego modelu symulacyjnego. Wymuszeniem były dwa wzbudniki drgań, modułem akwizycji danych był SCADAS Mobile, a środowiskiem, w którym pracowano był Test.Lab 11 B. Obiekt badań podwieszono na elastycznych linach by...
-
Analiza modalna konstrukcji podpierającej stanowiska badawczego dynamiki małogabarytowych wirników część druga - badania symulacyjne
PublicationCelem niniejszej pracy było przedstawienie badań eksperymentalnych oraz symulacyjnych stanowiska VIBstand. W pracy przedstawiono dokładne wyniki badań symulacyjnych, oraz skrótowo wyniki badań eksperymentalnych w celu porównania wyników. Dokładne wyniki badań eksperymentalnych przedstawione zostały części pierwszej artykułu (Analiza modalna konstrukcji podpierającej stanowiska badawczego dynamiki małogabarytowych wirników. Część...
-
Analiza modalna konstrukcji podpierającej stanowiska badawczego dynamiki małogabarytowych wirników / część pierwsza - badania eksperymentalne
PublicationStreszczenie: W artykule przedstawiono przebieg i wyniki eksperymentalnej analizy modalnej konstrukcji stanowiska do badania wirników małogabarytowych, które miały w drugiej części pracy posłużyć do weryfikacji stworzonego modelu symulacyjnego. Wymuszeniem były dwa wzbudniki drgań, modułem akwizycji danych był SCADAS Mobile, a środowiskiem, w którym pracowano był Test.Lab 11 B. Obiekt badań podwieszono na elastycznych linach by...
-
Porównanie właściwości dynamicznych wirnika mikroturbiny łożyskowanego ślizgowo i tocznie
PublicationW artykule omówiono wyniki badań symulacyjnych małogabarytowegowirnika mikroturbiny osiowej łożyskowanego ślizgowo oraz tocznie.Obiektem badań był układ wirujący mikroturbiny zaprojektowanej dlapowstającej w IMP PAN w Gdańsku mikrosiłowni kogeneracyjnej małejmocy, pracującej w obiegu ORC. Prezentowane badania zostały wykonaneprzy wykorzystaniu własnych programów serii MESWIR oraz programówkomercyjnych: MADYN 2000 i ABAQUS. W artykule...
-
Analiza modalna konstrukcji stanowiska badawczego dynamiki małogabarytowych wirników przy wykorzystaniu wzbudników drgań. cz. II badania symulacyjne
Publicationstreszczenie: celem niniejszego artykułu było przedstawienie eksperymentalnej i symulacyjnej analizy modalnej stanowiska vibstand. w pracy przedstawiono dokładne wyniki badań symulacyjnych oraz skrótowo wyniki badań eksperymentalnych w celu porównania wyników. dokładne wyniki badań eksperymentalnych przedstawione zostały w części pierwszej artykułu (analiza modalna konstrukcji stanowiska badawczego dynamiki małogabarytowych wirników...
-
The structurally similar TRFH domain of TRF1 and TRF2 dimers shows distinct behaviour towards TIN2
PublicationThe telomere repeat binding-factor 1 and 2 (TRF1 and TRF2) proteins of the shelterin complex bind to duplex telomeric DNA as homodimers, and the homodimerization is mediated by their TRFH (TRF-homology) domains. We performed molecular dynamic (MD) simulations of the dimer forms of TRF1TRFH and TRF2TRFH in the presence/absence of the TIN2TBM (TIN2, TRF-interacting nuclear protein 2, TBM, TRF-binding motif) peptide. The MD results...
-
Extracting functional groups of ALLINI to design derivatives of FDA‐approved drugs: Inhibition of HIV‐1 integrase
PublicationHIV‐1 integrase (IN) is crucial for integration of viral DNA into the host genome and a promising target in development of antiretroviral inhibitors. In this work, six new compounds were designed by linking the structures of two different class of HIV‐1 IN inhibitors (active site binders and allosteric IN inhibitors (ALLINIs)). Among newly designed compounds, INRAT10b was found most potent HIV‐1 IN inhibitor considering different...
-
Analiza modalna konstrukcji stanowiska badawczego dynamiki małogabarytowych wirników przy wykorzystaniu wzbudników drgań. cz. I. badania eksperymentalne.
Publicationstreszczenie: w artykule przedstawiono przebieg i wyniki eksperymentalnej analizy modalnej konstrukcji stanowiska do badania wirników małogabarytowych, które miały w drugiej części pracy posłużyć do weryfikacji stworzonego modelu symulacyjnego. wymuszeniem były dwa wzbudniki drgań, modułem akwizycji danych był scadas mobile, a środowiskiem, w którym pracowano był test.lab 11 b. obiekt badań podwieszono na elastycznych linach by...
-
Structural and dynamic insights on the EmrE protein with TPP+ and related substrates through molecular dynamics simulations
PublicationEmrE is a bacterial transporter protein that forms an anti-parallel homodimer with four transmembrane helices in each monomer. EmrE transports positively charged aromatic compounds, such as TPP+ and its derivatives. We performed molecular dynamics (MD) simulations of EmrE in complex with TPP+, MeTPP+, and MBTPP+ embedded in a membrane. The detailed molecular properties and interactions were analysed for all EmrE-ligand complexes....