Search
Department of Algorithms and Systems Modelling
Publications
Filters
total: 517
Catalog Publications
-
TreeCmp: Comparison of Trees in Polynomial Time
PublicationMetryki filogenetyczne umożliwiają ocenę jakości wyników analizy filogenetycznej oraz wiarygodności algorytmów przeprowadzających taką analizę. Aplikacja TreeCmp oferuje efektywne, wielomianowe implementacje ośmiu takich metryk (dla drzew nieukorzenionych i zawierających korzeń) zdefiniowanych dla dowolnych filogenez (nie koniecznie binarnych). Program ten jako pierwszy umożliwia wyznaczanie nowych metryk, definiowanych w oparciu...
-
How to meet when you forget: log-space rendezvous in arbitrary graphs
PublicationTwo identical (anonymous) mobile agents start from arbitrary nodes in an a priori unknown graph and move synchronously from node to node with the goal of meeting. This rendezvous problem has been thoroughly studied, both for anonymous and for labeled agents, along with another basic task, that of exploring graphs by mobile agents. The rendezvous problem is known to be not easier than graph exploration. A well-known recent result...
-
Taking advantage of symmetries: Gathering of many asynchronous oblivious robots on a ring
PublicationOne of the recently considered models of robot-based computing makes use of identical, memoryless mobile units placed in nodes of an anonymous graph. The robots operate in Look-Compute-Move cycles; in one cycle, a robot takes a snapshot of the current configuration (Look), takes a decision whether to stay idle or to move to one of the nodes adjacent to its current position (Compute), and in the latter case makes an instantaneous...
-
Fast collaborative graph exploration
PublicationWe study the following scenario of online graph exploration. A team of k agents is initially located at a distinguished vertex r of an undirected graph. At every time step, each agent can traverse an edge of the graph. All vertices have unique identifiers, and upon entering a vertex, an agent obtains the list of identifiers of all its neighbors. We ask how many time steps are required to complete exploration, i.e., to make sure...
-
Constructing a map of an anonymous graph: applications of universal sequences
PublicationWe study the problem of mapping an unknown environmentrepresented as an unlabelled undirected graph. A robot (or automaton)starting at a single vertex of the graph G has to traverse the graph and return to its starting point building a map of the graph in the process. We are interested in the cost of achieving this task (whenever possible) in terms of the number of edge traversal made by the robot. Another optimization criteria...
-
On a matching distance between rooted phylogenetic trees
PublicationThe Robinson–Foulds (RF) distance is the most popular method of evaluating the dissimilarity between phylogenetic trees. In this paper, we define and explore in detail properties of the Matching Cluster (MC) distance, which can be regarded as a refinement of the RF metric for rooted trees. Similarly to RF, MC operates on clusters of compared trees, but the distance evaluation is more complex. Using the graph theoretic approach...
-
Drawing maps with advice
PublicationRozważamy następujący problem obliczeniowy. Agent zostaje umieszczony w wierzchołku nieznanego mu grafu. Wierzchołki grafu są nierozróżnialne, natomiast krawędzie posiadają numery portów. Zadaniem agenta jest wyznaczenie mapy, tzn. obliczenie izomorficznej kopii grafu, lub obliczenie dowolnego drzewa spinającego grafu. Bez dodatkowej informacji zadań tych nie można wykonać. W artykule wyznaczamy oszacowania na minimalną liczbę...
-
Euler tour lock-in problem in the rotor-router model
PublicationW pracy rozważano model eksploracji grafu nieskierowanego przez pojedynczego agenta, w którym sterowanie agentem odbywa się zgodnie z zasadą ''rotor-router'' (inaczej: ''Propp machine''). Porównano czas stabilizacji agenta do trajektorii w postaci cyklu Eulera dla różnych klas grafów, prowadząc rozważania w kontekście teorii gier. Przydział początkowych portów i wskaźników w modelu jest traktowany jako rozgrywka pomiędzy graczem...
-
Connections between Mutually Unbiased Bases and Quantum Random Access Codes
PublicationWe present a new quantum communication complexity protocol, the promise--Quantum Random Access Code, which allows us to introduce a new measure of unbiasedness for bases of Hilbert spaces. The proposed measure possesses a clear operational meaning and can be used to investigate whether a specific number of mutually unbiased bases exist in a given dimension by employing Semi--Definite Programming techniques.
-
A graph coloring approach to scheduling of multiprocessor tasks on dedicated machines with availability constraints
PublicationWe address a generalization of the classical 1- and 2-processor unit execution time scheduling problem on dedicated machines. In our chromatic model of scheduling machines have non-simultaneous availability times and tasks have arbitrary release times and due dates. Also, the versatility of our approach makes it possible to generalize all known classical criteria of optimality. Under these stipulations we show that the problem...
-
Cost minimization in wireless networks with a bounded and unbounded number of interfaces
PublicationPraca dotyczy problemu minimalizacji energii poprzez selektywne odłączanie urządzeń komunikacyjnych w wielointerfejsowych sieciach bezprzewodowych w taki sposób, by zapewnić realizację wymaganego grafu połączeń. Sformułowano problem optymalizacyjny, podano wyniki dotyczące jego trudności i zaproponowano algorytmy optymalizacyjne. Rozważono zarówno wariant, w którym liczba interfejsów komunikacyjnych jest parametrem stałym (narzuconym...
-
Monitoring of the Process of System Information Broadcasting in Time
PublicationOne of the problems of quantum physics is how a measurement turns quantum, noncopyable data, towards copyable classical knowledge. We use the quantum state discrimination in a central system model to show how its evolution leads to the broadcasting of the information, and how orthogonalization and decoherence factors allow us to monitor the distance of the state in question to the one perfectly broadcasting information, in any...
-
Taking advantage of symmetries: gathering of asynchronous oblivious robots on a ring
PublicationW pracy rozważano problem rendezvous (spotkania, zebrania) dla zbioru bezpamięciowych robotów umieszczonych na wierzchołkach cyklu nieskierowanego, niewyposażonych w urządzenia komunikacyjne. Przyjęto model systemu rozproszonego występujący w literaturze pod nazwą asynchronicznego systemu z cyklami Look-Compute-Move. Problem istnienia rozwiązania rozwiązano dla wszystkich konfiguracji poczatkowych składających się z więcej niż...
-
Experimentally feasible semi-device-independent certification of four-outcome positive-operator-valued measurements
PublicationRecently the quantum information science community devoted a lot of attention to the theoretical and practical aspects of generalized measurements, the formalism of all possible quantum operations leading to acquisition of classical information. On the other hand, due to imperfections present in quantum devices, and limited thrust to them, a trend of formulating quantum information tasks in a semi-device-independent manner emerged....
-
Edge ranking and searching in partial orders
PublicationArtykuł jest poświęcony problemowi konstrukcji optymalnej (wymagającej minimalnej ilości porównań/zapytań) strategii wyszukiwania elementu w częściowym porządku. W pracy wskazano związki pomiędzy tym problemem oraz uporządkowanym kolorowaniem krawędzi grafów, co implikuje liniowy algorytm dla częściowych porządków o strukturze drzewa. Pokazano również, że znalezienie optymalnej strategii jest problemem obliczeniowo trudnym dla...
-
Transcriptomic landscape of blood platelets in healthy donors
PublicationBlood platelet RNA-sequencing is increasingly used among the scientific community. Aberrant platelet transcriptome is common in cancer or cardiovascular disease, but reference data on platelet RNA content in healthy individuals are scarce and merit complex investigation. We sought to explore the dynamics of platelet transcriptome. Datasets from 204 healthy donors were used for the analysis of splice variants, particularly with...
-
Transcriptomic landscape of blood platelets in healthy donors
PublicationBACKGROUND Blood platelet RNA-sequencing is increasingly used among the scientific community. Aberrant platelet transcriptome is common in cancer or cardiovascular disease, but reference data on platelet RNA content in healthy individuals are scarce and merit complex investigation. METHODS We sought to explore the dynamics of platelet transcriptome. Datasets from 204 healthy donors were used for the analysis of splice variants,...
-
From Pathwidth to Connected Pathwidth
PublicationW pracy przedstawiono dowód faktu, że spójna szerokość ścieżkowa grafu wynosi co najwyżek 2k+1, gdzie k jest jego szerokością ścieżkową. Dowód jest konstruktywny, tzn., został skonstruowany algorytm, który dla podanej na wejściu dekompozycji grafu o szerekości k zwraca dekompozycję spóją o szerekości co najwyżej 2k+1.
-
Experimental certification of an informationally complete quantum measurement in a device-independent protocol
PublicationMinimal informationally complete positive operator-valued measures (MIC-POVMs) are special kinds of measurement in quantum theory in which the statistics of their d2-outcomes are enough to reconstruct any d-dimensional quantum state. For this reason, MIC-POVMs are referred to as standard measurements for quantum information.Here, we report an experiment with entangled photon pairs that certifies, for what we believe is the first...
-
Exploiting Multi-Interface Networks: Connectivity and Cheapest Paths
PublicationRozważano zagadnienie minimalizacji energii w sieciach bezprzewodowych bez infrastruktury, w których niektóre węzły są wyposażone w więcej, niż jeden interfejs. W przyjętym modelu sieci podano nowe algorytmy przybliżone oraz wyniki dotyczące złożoności obliczeniowej dla dwóch problemów: aktywacji najtańszej spójnej podsieci spinającej oraz aktywacji ścieżki pomiędzy ustaloną parą węzłów.