Justyna Borucka jest adiunktem na Wydziale Architektury Politechniki Gdańskiej, koordynatorem programu Erasmus i współpracy zagranicznej, a od 2016 roku prodziekanem ds. rozwoju. Jest również członkiem Zarządu Stowarzyszenia Architektów Polskich (SARP Oddział Wybrzeże).

Jej badania koncentrują się na teorii architektury i strategii odnowy miejskiej ze szczególnym wpływem interdyscyplinarnych relacji współczesnej architektury i urbanistyki, a w szczególności na podstawie relacji architektury i innych dziedzin sztuki oraz miasta i sztuki. Obecnie prowadzi badania w ramach kilku międzynarodowych projektów z partnerami z Włoch, Niemiec, Hiszpanii, Turcji, Portugalii, Danii, Norwegii, Szwecji. Jest autorką i współautorką następujących projektów międzynarodowych: „Art and Science – Synergy of Art and Technology in Urban Spaces” (2011), „Sensing the City – Designing Urban Experience” (2009–2012),  koordynatorką międzynarodowych warsztatów w ramach programu IP Gdańsk 2009, L'Aquila 2010, Caceres 2012 – projektowanie jako ważny stymulator w strategiach rewitalizacji społecznej, kulturowej, architektonicznej i urbanistycznej; ekspertem w dziedzinie rewitalizacji przestrzeni publicznych oraz zachowania dziedzictwa kulturowego i naturalnego w kontekście rozwoju XXI wieku – udział w badaniach regionalnych na Żuławach w latach 2008–2009 we współpracy z ICOMOS oraz National Service for Archeology, Cultural, Landscape and Monuments, the Nederlands; interdyscyplinarne badania w Delcie Wisły i uczestnictwo w projektach na Żuławach m.in.: konsultant i doradca naukowy w projektach (Pogotowie Konserwatorskie); współpraca z instytucjami naukowo-badawczymi (Instytut Etnologii i Antropologii Kulturowej Uniwersytetu Adama Mickiewicza w Poznaniu, Starostwo Powiatowe w Malborku, Muzeum Zamkowe w Malborku, Oddział Etnograficzny Muzeum Narodowego w Gdańsku). Pracuje także dla organizacji pozarządowych, m.in. dla Stowarzyszenia Inicjatywa Miasto, Towarzystwa Muzyczne Non Serio.