Wyszukiwarka
Abstrakt
We combine molecular dynamics, statistical mechanics, and hybrid quantum mechanics/molecular mechanics simulations to describe mechanistically the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA-dependent RNA polymerase (RdRp). Our study analyzes the binding mode of both natural triphosphate substrates as well as remdesivir triphosphate (the active form of drug), which is bound preferentially over ATP by RdRp while being poorly recognized by human RNA polymerase II (RNA Pol II). A comparison of incorporation rates between natural and antiviral nucleotides shows that remdesivir is incorporated more slowly into the nascent RNA compared with ATP, leading to an RNA duplex that is structurally very similar to an unmodified one, arguing against the hypothesis that remdesivir is a competitive inhibitor of ATP. We characterize the entire mechanism of reaction, finding that viral RdRp is highly processive and displays a higher catalytic rate of incorporation than human RNA Pol II. Overall, our study provides the first detailed explanation of the replication mechanism of RdRp.
Cytowania
-
2 4
CrossRef
-
0
Web of Science
-
2 3
Scopus
Autorzy (5)
-
Juan Aranda
-
Montserrat Terrazas
-
Isabelle Brun-Heath
-
Modesto Orozco
Cytuj jako
Pełna treść
- Wersja publikacji
- Accepted albo Published Version
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1016/j.checat.2022.03.019
- Licencja
-
otwiera się w nowej karcie
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja w czasopiśmie
- Typ:
- artykuły w czasopismach
- Opublikowano w:
-
Chem Catalysis
nr 2,
strony 1084 - 1099,
ISSN: 2667-1107 - Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2022
- Opis bibliograficzny:
- Aranda J., Wieczór M., Terrazas M., Brun-Heath I., Orozco M.: Mechanism of reaction of RNA-dependent RNA polymerase from SARS-CoV-2// Chem Catalysis -Vol. 2,iss. 5 (2022), s.1084-1099
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1016/j.checat.2022.03.019
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 100 razy
Publikacje, które mogą cię zainteresować
Albumin–Hyaluronan Interactions: Influence of Ionic Composition Probed by Molecular Dynamics
- P. Bełdowski,
- M. Przybyłek,
- P. Raczyński
- + 6 autorów
Mechanism of Binding of Antifungal Antibiotic Amphotericin B to Lipid Membranes: An Insight from Combined Single-Membrane Imaging, Microspectroscopy, and Molecular Dynamics
- E. Grela,
- M. Wieczór,
- R. Luchowski
- + 7 autorów