Wyszukiwarka
Abstrakt
BACKGROUND Blood platelet RNA-sequencing is increasingly used among the scientific community. Aberrant platelet transcriptome is common in cancer or cardiovascular disease, but reference data on platelet RNA content in healthy individuals are scarce and merit complex investigation. METHODS We sought to explore the dynamics of platelet transcriptome. Datasets from 204 healthy donors were used for the analysis of splice variants, particularly with regard to age, sex, blood storage time, unit of collection or library size. RESULTS Genes B2M, PPBP, TMSB4X, ACTB, FTL, CLU, PF4, F13A1, GNAS, SPARC, PTMA, TAGLN2, OAZ1 and OST4 demonstrated the highest expression in the analysed cohort, remaining substantial transcription consistency. CSF3R gene was found upregulated in males (fold change 2.10, FDR q<0.05). Cohort dichotomisation according to the median age, showed upregulated KSR1 in the older donors (fold change 2.11, FDR q<0.05). Unsupervised hierarchical clustering revealed two clusters which were irrespective of age, sex, storage time, collecting unit or library size. However, when donors are analysed globally (as vectors), sex, storage time, library size, the unit of blood collection as well as age impose a certain degree of between- and/or within-group variability. CONCLUSIONS Separately analysed platelet splice variants retain general consistency, with a few interesting deviating genes from these general trends. On the other hand, the multidimensional analysis revealed statistically significant variability between and within the analysed groups. Our work provides a reference for studies working both on healthy platelets and pathological conditions affecting platelet transcriptome.
Cytowania
-
2 3
CrossRef
-
0
Web of Science
-
2 3
Scopus
Autorzy (13)
-
Anna Supernat dr
-
Marta Popęda mgr
-
Myron G Best dr
-
Peter Gresner dr
-
Sjors In ‘t Veld drs. ing.
-
Bartłomiej Siek dr
-
Natalia Bednarz-Knoll dr
-
Matthew T. Rondina prof.
-
Tomasz Stokowy dr inż
-
Thomas Würdinger prof.
-
Jacek Jassem Prof.
-
Anna Żaczek dr hab.
Cytuj jako
Pełna treść
- Wersja publikacji
- Accepted albo Published Version
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1038/s41598-021-94003-z
- Licencja
-
otwiera się w nowej karcie
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja w czasopiśmie
- Typ:
- artykuły w czasopismach
- Opublikowano w:
-
Scientific Reports
nr 11,
ISSN: 2045-2322 - Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2021
- Opis bibliograficzny:
- Supernat A., Popęda M., Pastuszak K., Best M. G., Gresner P., In ‘t Veld S., Siek B., Bednarz-Knoll N., Rondina M. T., Stokowy T., Würdinger T., Jassem J., Żaczek A.: Transcriptomic landscape of blood platelets in healthy donors// Scientific Reports -Vol. 11,iss. 1 (2021), s.15679-
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1038/s41598-021-94003-z
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 54 razy
Publikacje, które mogą cię zainteresować
Transcriptomic landscape of blood platelets in healthy donors
- A. Supernat,
- M. Popęda,
- K. Pastuszak
- + 10 autorów
Diagnostic Accuracy of Liquid Biopsy in Endometrial Cancer
- M. Łukasiewicz,
- K. Pastuszak,
- S. Łapińska-Szumczyk
- + 10 autorów
Deep Learning-Based, Multiclass Approach to Cancer Classification on Liquid Biopsy Data
- M. A. Jopek,
- K. Pastuszak,
- S. Cygert
- + 5 autorów