Search
Search results for: bialko wiazace sie do jednoniciowego dna (ssb)
-
Novel thermostable single-stranded DNA-binding protein (SSB) from Deinococcus geothermalis
PublicationW celu zbadania właściwości biochemicznych białka wiążącego się do jednoniciowego DNA (SSB) pochodzącego z Deinococcus geothermalis (DgeSSB), sklonowano gen ssb otrzymany w reakcji PCR, a następnie uzyskano wydajną biosyntezę białka DgeSSB. Gen składa się z 900 par zasad, kodujących białko złożone z 300 reszt aminokwasowych, o wyliczonej masie molekularnej równej 32.45 kDa. Sekwencja aminokwasowa wykazuje 43, 44% i 75% identyczności...
-
Identification and properties of the Deinococcus grandis andDeinococcus proteolyticus single-stranded DNA binding proteins (SSB)
PublicationW celu poznania właściwości biochemicznych białek SSB pochodzących z Deinococcus grandis (DgrSSB) i Deinococcus proteolyticus (DprSSB) sklonowano zaamplifikowane w reakcji PCR geny ssb w systemie ekspresyjnym Escherichia coli. Geny składają się z 891(DgrSSB) i 876 (DprSSB) nukleotydów kodujących odpowiednio 296 i 291 reszt aminokwasowych o teoretycznie wyznaczonej masie cząsteczkowej dla białek, równej 32,29 i 31,33 kDa. Sekwencja...
-
Identification, cloning, expression, and characterizationof a highly thermostable single-stranded-DNA-binding protein (SSB) from Deinococcus murrayi
PublicationZidentyfikowano i scharakteryzowano białko SSB-podobne, pochodzące z Deinococcus murrayi (DmuSSB). Otrzymany w reakcji PCR fragment zawierający kompletny gen ssb sklonowano w systemie ekspresyjnym Escherichia coli. Gen składa się z 826 nt, kodujących 276 reszt aminokwasowych z wyliczoną teoretycznie masą cząsteczkową monomeru równą 30,14 kDa. DmuSSB zawiera dwie domeny wiążące jednoniciowe DNA OBna monomer I funkcjonuje jako homodimer....
-
Single-stranded DNA-binding proteins (SSBs) - sources and applicationsin molecular biology
PublicationBiałka wiążące się do jednoniciowego DNA (SSB) odgrywają ważną rolę w replikacji, rekombinacji i naprawie DNA u bakterii, archea i eukariota. Ostatnio wzrosło zainteresowanie białkami SSB jako przydatnymi narzędziami w metodach badawczych biologii molekularnej, analitycznych i diagnostycznych. Większość znanych prokariotycznych białek SSB zbudowanych jest z czterech podjednostek (homotetramer) z jedną domeną wiążąca (OB) jednoniciowe...
-
Novel DNA-binding protein from Nanoarchaeum equitans Kin4-M binds all kinds of nucleic acids
PublicationNanoarchaeum equitans is the only known representative of Archaea phylum Nanoarchaeota and stands out as one of the tiniest known living organism. What is more it has smallest genome, which is only 490.885 base pairs long. It is also one of the most compact genomes. According to predictions about 95% of the DNA encodes proteins or stable RNA. Nanoarchaeum equitans lacks genes for most vital metabolic pathways including lipid, cofactor,...
-
Novel single-stranded DNA-binding protein from psyvhrophilic bacterium Psychrobacter arcticus
PublicationTo study the biochemical properties of SSB from Psychrobacter arcticus (ParSSB), we have cloned the ssb genes obtained by PCR and have developed Escherichia coli overexpression systems. The gene consists of an open reading frame of 642 nucleotides encoding SSB protein of 213 amino acids with a calculated molecular mass of 22.8 kDa. The amino-acid sequence of ParSSB exhibits 49% identity and 57% similarity to Escherichia coli SSB....
-
Two highly thermostable paralogous single-stranded DNA-binding proteins from Thermoanaerobacter tengcongensis
PublicationThe thermophilic bacterium Thermoanaerobacter tengcongensis has two single-stranded DNA-binding (SSB) proteins, designated TteSSB2 and TteSSB3. In a SSB complementation assay in Escherichia coli, only TteSSB3 took over the in vivo function of EcoSSB. We have cloned the ssb genes obtained by PCR and have developed E. coli overexpression systems. The TteSSB2 and TteSSB3 consist of 153 and 150 amino acids with a calculated molecular...
-
Identification and properties of the psychrophilic bacterium Desulfolatea psychrophila single-stranded DNA binding proteins
PublicationTo study the biochemical properties of SSB from Desulfolatea psychrophila (DpsSSB), we have cloned the ssb genes obtained by PCR and have developed Escherichia coli overexpression systems. The gene consists of an open reading frame of 426 nucleotides encoding SSB protein of 142 amino acids with a calculated molecular mass of 15.6 kDa and it is the smallest known bacterial SSB protein indentified to date. The amino-acid sequence...
-
Novel single-stranded DNA-binding proteins from extreme psychrophilic bacterium Psychromonas ingrahamii 37
PublicationWe report the identification and characterization of the single-stranded DNA binding protein (SSB) from extreme psychrophilic bacterium Psychromonas ingrahamii 37 (PinSSB) that grows expotentially at -12°C and may well grow at even lower temperatures. PinSSB is one of the largest known bacterial SSB protein consisting 222 amino acid residues with a calculated molecular mass of 25.1 kDa. The analysis by gel filtration chromatography...
-
Benzonaza(R): możliwości praktycznych zastosowań.
PublicationBenzonaza znajduje zastosowanie w efektywnym obniżaniu lepkości i usuwaniu kwasów nukleinowych z roztworów białkowych. Zbadano w praktyce jej możliwości aplikacyjne w oczyszczaniu białek rekombinantowych wiążących jednoniciowe DNA (ang. SSB - single stranded DNA binding protein).
-
Identification and characterization of single-stranded DNA-binding protein from the facultative psychrophilic bacteria Pseudoalteromonas haloplanktis
PublicationSingle-stranded DNA-binding protein (SSB) plays an important role in DNA metabolism such as DNAreplication, repair, and recombination, and is essential for cell survival. This study reports on the ssb-likegene cloning, gene expression and characterization of a single-stranded DNA-binding protein of Pseudoal-teromonas haloplanktis (PhaSSB) and is the first report of such a protein from psychrophilic microorganism.PhaSSB possesses...
-
Intramolecular Proton Transfer in the Radical Anion of Cytidine Monophosphate Sheds Light on the Sensitivities of Dry vs Wet DNA to Electron Attachment-Induced Damage
PublicationSingle-strand breaks (SSBs) induced via electron attachment were previously observed in dry DNA under ultrahigh vacuum (UHV), while hydrated electrons were found not able to induce this DNA damage in an aqueous solution. To explain these findings, crossed electron-molecular beam (CEMB) and anion photoelectron spectroscopy (aPES) experiments coupled to density functional theory (DFT) modeling were used to demonstrate the fundamental...
-
Białka prokariotycznego systemu MMR: rola oraz interakcje
PublicationUszkodzenia komórkowego DNA w postaci błędnie sparowanych lub niesparowanych zasad azotowych są wynikiem niewłaściwie zachodzących procesów metabolizmu DNA, takich jak replikacja, rekombinacja oraz naprawa DNA. Utrwalenie tego rodzaju zmian prowadzi do powstania mutacji. System MMR (ang. DNA mismatch repair) usuwa te uszkodzenia przyczyniając się do zwiększenia wierności replikacji DNA oraz utrzymania stabilności genomu komórki....
-
Characterization of single-stranded DNA-binding proteins from the psychrophilic bacteria
PublicationSingle-stranded DNA-binding proteins (SSBs) are indispensable elements in the cells of all living organisms. SSB proteins interact with ssDNA insequence in an independent manner, preventing them from forming secondary structures and from degradation by nucleases. In this way, SSB-binding proteins participate in all processes involving ssDNA, such as replication, repair and recombination. Although there are differences in amino...
-
Characterization of single-stranded DNA-binding proteins from the psychrophilic bacteria
PublicationSingle-stranded DNA-binding proteins (SSBs) are indispensable elements in the cells of all living organisms. SSB proteins interact with ssDNAinsequence in an independent manner, preventing them from forming secondary structures and from degradation by nucleases. In this way, SSB-binding proteins participate in all processes involving ssDNA, such as replication, repair and recombination.Although there are differences in amino acid...
-
A highly thermostable, homodimeric single-stranded DNA-binding protein from Deinococcus radiopugnans
PublicationWe report the identification and characterization of the single-stranded DNA-binding protein (SSB) from the mesophile and highly radiation-resistant Deinococcus radiopugnans (DrpSSB). PCR-derived DNA fragment containing the complete structural gene for DrpSSB protein was cloned and expressed in Escherichia coli. The gene consisting of an open reading frame of 900 nucleotides encodes a protein of 300 amino acids with a calculated...
-
Characterization of exceptionally thermostable single-stranded DNA-binding proteins from Thermotoga maritima and Thermotoga neapolitana
PublicationBACKGROUND: In recent years, there has been an increasing interest in SSBs because they find numerous applications in diverse molecular biology and analytical methods.RESULTS: We report the characterization of single-stranded DNA binding proteins (SSBs) from the thermophilic bacteria Thermotoga maritima (TmaSSB) and Thermotoga neapolitana (TneSSB). They are the smallest known bacterial SSB proteins, consisting of 141 and 142 amino...
-
Characterization of single-stranded DNA-binding proteins from the psychrophilic bacteria Desulfotalea psychrophila, Flavobacterium psychrophilum, Psychrobacter arcticus, Psychrobacter cryohalolentis, Psychromonas ingrahamii, Psychroflexus torquis, and Photobacterium profundum
PublicationBackground: Single-stranded DNA-binding proteins (SSBs) play essential roles in DNA replication, recombination and repair in Bacteria, Archaea and Eukarya. In recent years, there has been an increasing interest in SSBs, since they find numerous applications in diverse molecular biology and analytical methods. Results: We report the characterization of single-stranded DNA-binding proteins from the psychrophilic bacteria Desulfotalea...
-
Application of SSB-like protein from Thermus aquaticus in multiplex PCR of human Y-STR markers identification
PublicationW tej publikacji prezentujemy zastosowanie białka SSB-podobnego Thermus aquaticus (TaqSSB) w reakcji multiplex PCR w celu identyfikacji markerów ludzkiego Y-STR. Wykorzystanie termostabilnego białka TaqSSB chroni lub redukuje tworzenie przez startery struktur dimerycznych, które powodują hamowanie hybrydyzacji starterów do badanego DNA i redukują ilość starterów dostępnych w reakcji PCR.
-
Characterization of a single-stranded DNA-binding-like Protein from Nanoarchaeum equitans - a nucleic acid binding protein with broad substrate specificity
PublicationBackground SSB (single-stranded DNA-binding) proteins play an essential role in all living cells and viruses, as they are involved in processes connected with ssDNA metabolism. There has recently been an increasing interest in SSBs, since they can be applied in molecular biology techniques and analytical methods. Nanoarchaeum equitans, the only known representative of Archaea phylum Nanoarchaeota, is a hyperthermophilic, nanosized,...
-
A Semiautomatic Experience-Based Tool for Solving Product Innovation Problem
PublicationIn this paper we present the idea of Smart Innovation Engineering (SIE) System and its implementation methodology. The SIE system is semi-automatic system that helps in carrying the process of product innovation. It collects the experiential knowledge from the formal decisional events. This experiential knowledge is collected from the group of similar products having some common functions and features. The SIE system behaves like...
-
Novel primosomal protein B from Clostridium pastuerianum
PublicationPriB is a primosomal protein that catalyzes DNA replication in Procaryota. The replication pathway starts with PriA protein - the initiator protein that binds to a DNA replication fork, unwinds double-stranded DNA and role of PriB is to stabilize PriA on the DNA. However there are many biochemical differences in replication mechanism in bacteria and only some of them use PriB proteins. A few of PriB proteins were published and...
-
Novel primosomal protein B from Clostridium pasteurianum
PublicationPriB is a primosomal protein that catalyzes DNA replication in Procaryota. The replication pathway starts with PriA protein - the initiator protein that binds to a DNA replication fork, unwinds double-stranded DNA and role of PriB is to stabilize PriA on the DNA. However there are many biochemical differences in replication mechanism in bacteria and only some of them use PriB proteins. A few of PriB proteins were published and...
-
Fuzyjne polimerazy DNA – otrzymywanie, charakterystyka i zastosowanie
PublicationObecnie reakcje PCR (ang. Polymerase Chain Reaction) wykazują bardzo szerokie zastosowanie w diagnostyce medycznej, biologii molekularnej czy inżynierii genetycznej. Efektywność tych reakcji rozumiana jako wydajność i wierność przeprowadzonej amplifikacji jest nieodłącznie związana ze stosowaną polimerazą DNA i warunkami prowadzenia reakcji PCR. Aby sprostać wymaganiom stawianym przez nowoczesne metody diagnostyczne oraz współczesną...
-
Smart Innovation Engineering Using Set of Experience and Decisional DNA
PublicationKnowledge-based Engineering Systems are founded upon integration of knowledge into computer systems and are one of the core requirements for the future Industry 4.0. Since the fourth industrial revolution is passing through the developing phase, implementation of Cyber-Physical Production Systems require more realistic approach. Knowledge Management and Knowledge Engineering plays an important role in manufacturing industries facing...
-
Interactions of dissolved dsDNA with intercalating drug by anodic voltammetry and spectroscopy. Influence of pH
PublicationOddziaływanie związku przeciwnowotworowego C-1305 z DNA było badane przy pomocy impulsowej voltametrii różnicowej oraz spektroskopii UV/Vis. Triazoloakrydon C-1305 oddziałuje z DNA na dwóch drogach: przez interkalacje pomiedzy pary zasad oraz przez wiązanie sie w małym rowku helisy. W fizjologicznym pH (7,4) stałe wiązania wynoszą: K1=3,36E+5 i K2=0,18E+5 [1/M] a wielkość miejsca wiązania: n1=2,5 i n2=4,0, odpowiednio dla pierwszego...
-
Novel primosomal protein B from thermophilic bacterium Thermoanerobacter tengcongensis
PublicationWe report the identification and characterization of theprimosomal protein B (PriB) from thermophilic bacteriumThermoanerobacter tengcongensis (TtePriB). It is the largestknown bacterial PriB protein consisting 216 amino acidresidues with a calculated molecular mass of 25 kDa. Surprisingly,it is functional as monomer containing two single-stranded DNA binding domain (OB-fold) and it is thecompletely new kind structure of SSB protein....
-
Electrooxidation of dissolved dsDNA backed by in situ UV-Vis spectroscopy
PublicationPrzeprowadzono badania elektrochemicznego utleniania dsDNA stosując metody cyklowoltametryczne na elektrodzie weglowej, platynowej, platynowej w formie siatki oraz z siatki platynowej osadzonej na węglu. Otrzymane wyniki analizy spektroelektrochemicznej wykazały, że wraz ze wzrostem potencjału i piku prądowego absorpcja roztworu dsDNA wzrasta w sposób zależny od typu elektrody. Jednak położenie maksimum absorpcji nie zmieniało...
-
Antitumour imidazoacridone C-1311 induces cell death by mitotic catastrophe in human colon carcinoma cells
PublicationW przedstawionych badaniach określano mechanizm śmierci komórkowej indukowanej przez imidazoakrydon C-1311 (Symadex) w komórkach HT-29 ludzkiego raka jelita grubego, które wykazywały szczególną wrażliwość na ten związek w eksperymentalnych modelach in vitro i in vivo. Przy stężeniu odpowiadającemu dawce IC99, związek powodował zahamowanie progresji cyklu komórkowej w fazie S po czym następował blok w fazie G2. Po czasach 48-96...
-
Joanna Raczek dr inż.
PeopleEmployment 2003 -- 2019: Faculty of Applied Physics and Mathematics, Gdańsk University of Technology. 2019 - present: Faculty of Electronic, Informatics and Telecominications, Gdańsk University of Technology. Education May 2007: Doctor of Philosophy in Mathematics, University of Gdańsk. Doctoral dissertation: "Paired domination and doubly domination in graphs". Supervisor: dr hab. Jerzy Topp. 2000 -- 2004 Bachelor of Science...
-
Effect of neoteric solvents on the activated sewage sludge activity
PublicationCiecze jonowe (ILs) cieszą sie rosnącym zainteresowaniem z uwagi na fakt, iż znajdują coraz więcej zastosowań jako alternatywa dla rozpuszczalników organicznych. W związku z zaistnieniem możliwości zastosowania ILs w nowych czystych technologiach nastała potrzeba zbadania ich toksyczności w stosunku do organizmów żywych i środowiska. Celem badań było oszacowanie wpływu cieczy jonowych na wyselekcjonowane mikroorganizmy osadu czynnego....
-
Sekwencja DNA, startery oligonukleotydowe, sekwencja DNA wraz z miejscami rozpoznania dla enzymów restrykcyjnych NcoI i HindIII, wektor ekspresyjny, rekombinowany szczep Escherichia coli TOP10/F' i jego sposób otrzymywania oraz sposób wytwarzania termostabilnego białka SSB-podobnego Deinococcus radiopugnans DSMZ 12027
Inventions -
Sekwencja DNA, startery oligonukleotydowe, sekwencja DNA wraz z miejscami rozpoznania dla enzymów restrykcyjnych NcoI i HindIII, wektor ekspresyjny, rekombinowany szczep Escherichia coli TOP10/F' i jego sposób otrzymywania oraz sposób wytwarzania termostabilnego białka SSB-podobnego Deinococcus radiopugnans DSMZ 11303
Inventions -
Marek Czachor prof. dr hab.
People -
Techniki amplifikacji kwasów nukleinowych -2022-2023
e-Learning CoursesSpecjalność: Biotechnologia molekularna (WCh), II stopnia, stacjonarne Prowadzący wykład: dr hab. Beata Krawczyk, prof. uczelni - forma stacjonarna Prowadzący laboratoria: mgr inż. Bartosz Ostrowski - zajęcia stacjonarne na PG, sala 17 WCH C. Kontakt: (58) 347-23-83 Beata Krawczyk (wykłady): e-mail: beata.krawczyk@pg.edu.pl; WCH B; p.218; Bartosz Ostrowski, WCH B, p.218 tel. (58) 347-13-83 Konsultacje: stacjonarnie we wtorki ...