Filters
total: 5816
filtered: 4966
-
Catalog
- Publications 4966 available results
- Journals 101 available results
- Conferences 4 available results
- People 79 available results
- Projects 23 available results
- Research Teams 8 available results
- Research Equipment 1 available results
- e-Learning Courses 140 available results
- Events 7 available results
- Open Research Data 487 available results
Chosen catalog filters
displaying 1000 best results Help
Search results for: SOLITON DYNAMICS
-
Analytical and numerical solution of a coupled KdV - MKdV system.
PublicationTransformację Darboux zastosowano do całkowania układów równań KdV - MKdV.Reprezentacja Laxa używa 2x2 macierzowe zagadnienie spektralne drugiego rzędu. Numeryczną metodę wprowadzono razem z dowodem zbieżności.
-
Analytical and numerical solution of a coupled KdV-MKdV system.
PublicationTransformacje Darboux zostały użyte do rozwiązania układu równań KdV-MKdV.
-
The importance of the shape of the protein-water interface of a kinesin motor domain for dynamics of the surface atoms of the protein
PublicationSingle kinesin motor domain immersed in water has been investigated using molecular dynamics. It has been found that local properties of water in solvation shell change along with the nature of neighboring protein surface. However, a detailed analysis leads to the conclusion that the geometrical features of hydrogen bonds and overall structure of kinesin hydration water is not very different from bulk water. The local values of...
-
UNRES server for physics-based coarse-grained simulations and prediction of protein structure, dynamics and thermodynamics
Publication -
On dynamics of flexible branched shell structures undergoing large overall motion using finite elements
PublicationZaprezentowano autorski algorytm do analizy dynamicznej powłok sprężystych oparty na niejawnym schemacie Newmarka. Rozważania dotyczą całkowania po czasie dynamicznych równań ruchu sformułowanych w ramach nieliniowej sześcioparametrowej teorii powłok. Opracowanie zawiera pewne elementy analizy statycznej, poprzedzającej badania dynamiczne. Przykłady numeryczne prezentują zastosowanie algorytmu stanowią podstawową część pracy.
-
Encapsulation of an anticancer drug Isatin inside a host nano-vehicle SWCNT: a molecular dynamics simulation
PublicationThe use of carbon nanotubes as anticancer drug delivery cargo systems is a promising modality as they are able to perforate cellular membranes and transport the carried therapeutic molecules into the cellular components. Our work describes the encapsulation process of a common anticancer drug, Isatin (1H-indole-2,3-dione) as a guest molecule, in a capped single-walled carbon nanotube (SWCNT) host with chirality of (10,10). The...
-
Free volume in physical absorption of carbon dioxide in ionic liquids: Molecular dynamics supported modeling
PublicationUnderstanding the mechanisms underlying the carbon dioxide (CO2) absorption in ionic liquids (ILs) is the key to their efficient utilization in industrial flue gas treatment. One of the parameters considered substantially important in the process is the Free Volume. In this study, the Fractional Free Volume (FFV) of 73 ILs was calculated using Molecular Dynamics (MD). A quantitative Structure-Property Relationship (QSPR) study...
-
Silica In Silico: A Molecular Dynamics Characterization of the Early Stages of Protein Embedding for Atom Probe Tomography
PublicationA novel procedure for the application of atom probe tomography (APT) to the structural analysis of biological systems, has been recently proposed, whereby the specimen is embedded by a silica matrix and ablated by a pulsed laser source. Such a technique, requires that the silica primer be properly inert and bio-compatible, keeping the native structural features of the system at hand, while condensing into an amorphous, glass-like...
-
Mechanical Properties of Twisted Carbon Nanotube Bundles with Carbon Linkers from Molecular Dynamics Simulations
PublicationThe manufacturing of high-modulus, high-strength fibers is of paramount importance for real-world, high-end applications. In this respect, carbon nanotubes represent the ideal candidates for realizing such fibers. However, their remarkable mechanical performance is difficult to bring up to the macroscale, due to the low load transfer within the fiber. A strategy to increase such load transfer is the introduction of chemical linkers...
-
Editorial: smart modeling support for managing complexities and dynamics of knowledge-based systems-part 1
Publication -
Molecular dynamics simulation of human neurohypophyseal hormone receptors complexed with oxytocin—modeling of an activated state
Publication -
Orientational Order and Dynamics of Nematic Multipodes Based on Carbosilazane Cores Using Optical and Dielectric Spectroscopy
Publication -
Combining Computational Fluid Dynamics with a Biokinetic Model for Predicting Ammonia and Phosphate Behavior in Aeration Tanks
PublicationThe aim of this study was to use computational fluid dynamics for predicting the behavior of reactive pollutants (ammonia and phosphate) in the aerobic zone of the bioreactor located at the Wschod wastewater treatment plant in Gdansk, Poland. The one-dimensional advection-dispersion equation was combined with simple biokinetic models incorporating the Monod-type expressions as source terms for the two pollutants. The problem was...
-
Band structure, Born effective charges, and lattice dynamics of CuInS2 from ab initio calculations
Publication -
The importance of the shape of the protein–water interface of a kinesin motor domain for dynamics of the surface atoms of the protein
PublicationA single kinesin motor domain immersed in water has been investigated using molecular dynamics. It has been found that local properties of water in the solvation shell change along with the nature of the neighboring protein surface. However, a detailed analysis leads to the conclusion that the geometrical features of hydrogen bonds and overall structure of kinesin hydration water are not very different from bulk water. The local...
-
Aerodynamic shape optimization by variable-fidelity computational fluid dynamics models: a review of recent progress
PublicationA brief review of some recent variable-fidelity aerodynamic shape optimization methods is presented.We discuss three techniques that—by exploiting information embedded in low-fidelity computationalfluid dynamics (CFD) models—are able to yield a satisfactory design at a low computational cost, usu-ally corresponding to a few evaluations of the original, high-fidelity CFD model to be optimized. Thespecific techniques considered here...
-
Anion–water interactions of weakly hydrated anions: molecular dynamics simulations of aqueous NaBF4 and NaPF6
PublicationIn aqueous ionic solutions, both the structure and the dynamics of water are altered dramatically with respect to the pure solvent. The emergence of novel experimental techniques makes these changes accessible to detailed investigations. At the same time, computational studies deliver unique possibilities for the interpretation of the experimental data at the molecular level. Here, using molecular dynamics simulations, we demonstrate...
-
Improvements and new functionalities of UNRES server for coarse-grained modeling of protein structure, dynamics, and interactions
PublicationIn this paper we report the improvements and extensions of the UNRES server (https://unres-server.chem.ug.edu.pl) for physics-based simulations with the coarse-grained UNRES model of polypeptide chains. The improvements include the replacement of the old code with the recently optimized one and adding the recent scale-consistent variant of the UNRES force field, which performs better in the modeling of proteins with the β and the...
-
Molecular Dynamics to Predict Cryo-EM: Capturing Transitions and Short-Lived Conformational States of Biomolecules
PublicationSingle-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has revolutionized the field of the structural biology, providing an access to the atomic resolution structures of large biomolecular complexes in their near-native environment. Today’s cryo-EM maps can frequently reach the atomic-level resolution, while often containing a range of resolutions, with conformationally variable regions obtained at 6 Å or worse. Low resolution...
-
Formation of Protein Networks between Mucins: Molecular Dynamics Study Based on the Interaction Energy of the System
PublicationMolecular dynamics simulations have been performed for a model aqueous solution of mucin. As mucin is a central part of lubricin, a key component of synovial fluid, we investigate its ability to form cross-linked networks. Such network formation could be of major importance for the viscoelastic properties of the soft-matter system and crucial for understanding the lubrication mechanism in articular cartilage. Thus,the inter- and...
-
Computational Fluid Dynamics Simulation of Gas–Liquid Multiphase Flow in T-junction for CO2 Separation
PublicationThe article presents the results of a computational fluid dynamics (CFD) analysis of gas-liquid multiphase flow. The simulation was conducted using CFD code and the Euler–Euler approach. The presented study relates to the non–reactive, steady-state, turbulent flow of water and carbon dioxide mixture in a 3D pipe. Separation phenomenon between phases is observed. The solution was obtained using a mixture model. Different values...
-
Pre‐exascale HPC approaches for molecular dynamics simulations. Covid‐19 research: A use case
PublicationExascale computing has been a dream for ages and is close to becoming a reality that will impact how molecular simulations are being performed, as well as the quantity and quality of the information derived for them. We review how the biomolecular simulations field is anticipating these new architectures, making emphasis on recent work from groups in the BioExcel Center of Excellence for High Performance Computing. We exemplified...
-
Solvent Exchange around Aqueous Zn(II) from Ab Initio Molecular Dynamics Simulations
PublicationHydrated zinc(II) cations, due to their importance in biological systems, are the subject of ongoing research concerning their hydration shell structure and dynamics. Here, ab initio molecular dynamics (AIMD) simulations are used to study solvent exchange events around aqueous Zn2+, for which observation in detail is possible owing to the considerable length of the generated trajectory. While the hexacoordinated Zn(H2O)62+ is the...
-
Theoretical Investigation of the Electron-Transfer Dynamics and Photodegradation Pathways in a Hydrogen-Evolving Ruthenium-Palladium Photocatalyst
PublicationTime-dependent density functional theory calcula- tions combinedwith the Marcus theory of electron transfer (ET) were app lied on the molecular photocatalys t [(tbbpy) 2 Ru(tpph z)PdC l 2 ] 2 + in order to elucidate thelight-in- duced relaxation pathways populated upon excitation in the longer wavelength range of its absorption spectrum. The computational resultsshow that after the initial excitation, metal (Ru) to ligand (tpphz)chargetransfer...
-
Early stages of condensation from the gaseous phase in a H2O-N2 system: a molecular dynamics study.
PublicationW pracy przedstawiono wyniki symulacji wczesnych etapów kondensacji z fazy gazowej w układzie xH2O (1-x)N2. Przeanalizowano całkowitą liczbę klastrów, średni rozmiar klastra i rozmiar klastra maksymalnego w funkcji czasu.
-
Molecular dynamics simulation and MM-PBSA analysis of Oxytricha nova TEBP ternary complex with ssDNA
PublicationPraca dotyczy badań metodami chemii obliczeniowej właściwości elektrostatycznych i termodynamicznych kompleksu telomerowego białka TEBP pochodzącego z organizmu Oxytricha z jednoniciowym telomerowym DNA (ssDNA).
-
Degradation of a nano-cutting tool: an MD simulation
PublicationW pracy przedstawiono wyniki symulacji wielokrotnego oddziaływania realistycznie ukształtowanego ostrza tnącego z modelowym, nieskończenie twardym ziarnem, przy zastosowaniu metody dynamiki molekularnej. Ostrze składało się z kilkuset tysięcy atomów metalu fcc, traktowanego za pomocą potencjału Suttona-Chena, przesuwane było ze stałą prędkością 20 m/s. Obserwowane deformacje plastyczne pojawiające się na skutek kontaktu ostrza...
-
On the theory and numerical simulation of acoustic and heat modes interaction in a liquid with bubbles: acoustic quasi-solitons
PublicationTeoria rzutowania zaburzenia ogólnego na mody. Zastosowanie metody do badań układu równań typu Korteweg`a-de Vries`a. Rozwiązania analityczne i simulacje numeryczne.
-
Connection matrix theory for discrete dynamical systems
Publication -
Zatrudnienie i bezrobocie a dynamika wzrostu gospodarczego
PublicationW pierwszej części artykułu przedstawiono koncepcję teoretyczną opisującaą związki pomiędzy dynamiką wzrostu produktu krajowego a stopą wzrostu zatrudnienia i stopą bezrobocia w warunkach zmian nakładów kapitałowych i postępu technicznego. W następnej kolejności przedstawiono model teoretyczny opisujący te związki i sformułowano założenia leżące u jego podstaw. W końcowej części artykułu, na podstawie informacji kwartalnych z lat...
-
Metody sprzęgania modeli dynamiki rurociągów przemysłowych
PublicationArtykuł opisuje dwie metody sprzęgania modeli dynamiki rurociągów przesyłowych. Stanowią one niezbędny element przy budowie efektywnych systemów symulacji rozległych i złożonych instalacji rurociągów stosowanych w przemyśle. Pierwsza z proponowanych metod (globalna metoda sprzęgania - GMS) wykorzystuje 'globalne' (w skali modelu) zależności (oraz fizyczne przybliżone zależności) pomiędzy ciśnieniem i przepływem masowym medium w...
-
Connection matrix theory for discrete dynamical systems
PublicationIn [C] and [F1] the connection matrix theory for Morse decomposition is developedin the case of continuous dynamical systems. Our purpose is to study the case of discrete timedynamical systems.
-
Wybrane elementy nieliniowej dynamiki struktur kratowych
PublicationW pracy jest dyskutowany problem nieliniowej dynamiki struktur kratowych. Zastosowano stacjonarny opis Lagrange'a (ang. Total Lagrange), pokazano silne i słabe sformułowanie dla pręta kratowego, jego aplikację do MES. W zakresie całkowania równań ruchu przedstawiono metodę Newmarka i metodę-a dla problemów liniowych i nieliniowych. Załączony przykład numeryczny ilustruje cechy przedstawionych metod.
-
Dynamika piły tarczowej i wrzeciona przecinarki
PublicationOpisano metodykę określania właściwości dynamicznych układu wrzecionowego pilarki tarczowej w sposób eksperymentalny. Opisana metoda pozwala wykazać, że w określonych przypadkach o zachowaniu piły decydującą rolę może odgrywać wrzeciono pilarki i sposób jego napędu.
-
Dynamical properties of ordered Fe–Pt alloys
Publication -
Badania dynamiki wybranych morskich obiektów pływających
PublicationPraca zawiera - w ujęciu skróconym materiał z zakresu ogólnych badań dynamiki morskich obiektów pływających - w ujęciu rozszerzonym i pogłębionym - materiał z badań dynamiki morskich obiektów pływających, należących do klasy pływakowych obiektów segmentowych. Dla obiektów segmentowych reprezentujących katamarany i trimarany załączone są wyniki obliczeń i badań modelowych.
-
Problem opisu dynamiki recyrkulacji w reaktorach.
PublicationOmówiono aktualne problemy związane z kwestią recyrkulacji w obiektach oczyszczalni ścieków. Wskazano na znaczny wzrost stosowanych stopni recyrkulacji w ostatnim czasie i przeanalizowano jego przypuszczalne przyczyny oraz konsekwencje. Omówiono wyniki badań przeprowadzonych w laboratoryjnym modelu osadnika.
-
Laboratorium Dynamiki i Automatyzacji Maszyn Technologicznych
PublicationW dokumencie zawarto opis profilu działalności Laboratorium Dynamiki i Automatyzacji Maszyn Technologicznych utworzonego w ramach Katedry Technologii Maszyn i Automatyzacji Produkcji. Na dołączonych ilustracjach przedstawiono najważniejsze stanowiska badawczo- dydaktyczne oraz kilka przykładowych wyników testów zautomatyzowanych napędów.
-
Investigations of the passive layer cracking by means of Dynamic Electrochemical Impedance Spectroscopy
Publication -
Interline power flow controller - properties and control strategy in dynamic states
Publication -
Dynamic mechanical thermal analysis of polyamide 6/thermoplastic polyurethane blends
Publication -
Dynamic analysis of the first stage compressor bladed disc of an aircraft engine
Publication -
Comparative study of neural networks used in modeling and control of dynamic systems
PublicationIn this paper, a diagonal recurrent neural network that contains two recurrent weights in the hidden layer is proposed for the designing of a synchronous generator control system. To demonstrate the superiority of the proposed neural network, a comparative study of performances, with two other neural network (1_DRNN) and the proposed second-order diagonal recurrent neural network (2_DRNN). Moreover, to confirm the superiority...
-
Experimental dynamic study on a timber-frame house using shaking table
PublicationThe aim of this paper is to show the results of the shaking table experimental study concerning the behaviour of the model of the timber-frame house under earthquake excitation and impact loading. In order to determine the basic dynamic properties of the undamaged structure, the free vibration and the sweep-sine tests were first conducted. Then, the model was excited using the time history record of the El Centro earthquake of...
-
Multibody and electromechanical modelling in dynamic balancing of mechanisms for mechanical and electromechanical systems
PublicationPraca prezentuje zagadnienia wspólnego modelowania układu wieloczłonowego i napędu elektrycznego oraz problemy wyrównoważania mechanizmów. Analizowanym układem mechanicznym jest płaski czworobok przegubowy. Analizowany mechanizm zamodelowano jako układ wieloczłonowy z zamkniętymi wielobokami ciał. Do wymuszenia ruchu układu wykorzystano model silnika prądu stałego. Zbadano oddziaływania pomiędzy płytą mocującą czworoboku i otoczeniem....
-
Quasi-Static and Dynamic Testing of Carbon Fiber Reinforced Magnesium Composites
Publication -
Supporting High-Tech Crime Investigation through Dynamic Service Integration
Publication -
CAVER 3.0: A Tool for the Analysis of Transport Pathways in Dynamic Protein Structures
Publication -
Dynamic Modeling of COVID-19 Disease with Impact of Lockdown in Pakistan and Malaysia
PublicationBeing researchers, it is an utmost responsibility to provide insight on social issues thus, this work addresses the dynamic modeling of first and most contagious disease named as COVID-19 caused by coronavirus. The first case of COVID-19 appeared in Pakistan was on 26th February 2020 and in Malaysia on 27th February 2020; both patients had foreign travel history. In the paper, the number of total affected cases and total deaths...
-
Dynamic Execution of Engineering Processes in Cyber-Physical Systems of Systems Toolchains
PublicationEngineering tools support the process of creating, operating, maintaining, and evolving systems throughout their lifecycle. Toolchains are sequences of tools that build on each others' output during this procedure. The complete chain of tools itself may not even be recognized by the humans who utilize them, people may just recognize the right tool being used at the right place in time. Modern engineering processes, however, do...