Search
dr inż. Tomasz Dziubich
Employment
- Assistant professor at Department of Computer Architecture
Publications
Filters
total: 60
Catalog Publications
Year 2024
-
Assessment Of the Relevance of Best Practices in The Development of Medical R&D Projects Based on Machine Learning
PublicationMachine learning has emerged as a fundamental tool for numerous endeavors within health informatics, bioinformatics, and medicine. However, novices among biomedical researchers and IT developers frequently lack the requisite experience to effectively execute a machine learning project, thereby increasing the likelihood of adopting erroneous practices that may result in common pitfalls or overly optimistic predictions. The paper...
-
Deep Learning-Based Cellular Nuclei Segmentation Using Transformer Model
PublicationAccurate segmentation of cellular nuclei is imperative for various biological and medical applications, such as cancer diagnosis and drug discovery. Histopathology, a discipline employing microscopic examination of bodily tissues, serves as a cornerstone for cancer diagnosis. Nonetheless, the conventional histopathological diagnosis process is frequently marred by time constraints and potential inaccuracies. Consequently, there...
-
Segmentation-Based BI-RADS ensemble classification of breast tumours in ultrasound images
PublicationBackground: The development of computer-aided diagnosis systems in breast cancer imaging is exponential. Since 2016, 81 papers have described the automated segmentation of breast lesions in ultrasound images using arti- ficial intelligence. However, only two papers have dealt with complex BI-RADS classifications. Purpose: This study addresses the automatic classification of breast lesions into binary classes (benign vs. ma- lignant)...
Year 2023
-
AngioScore: An artificial intelligence tool to assess coronary artery lesions
PublicationThe functionality scope of the AngioScore tool in semi-automatic assessment of stenoses according to the SYNTAX scale was presented. An evaluation of the preliminary accuracy of AngioScore in lesion assessment was performed.
-
Antipsychotic drug prescription sequence analysis in relation to death occurrence and cardiometabolic drug usage: A retrospective longitudinal study
PublicationThe potential role of antipsychotics in increasing cardiovascular risk of mortality is still debated. The aim of this study was to assess the death risk associated with sequences of first-generation antipsychotic (FGA) and second-generation antipsychotic (SGA) prescriptions, including clozapine and lithium, and drugs for cardiometabolic diseases. We conducted a retrospective longitudinal analysis involving 84,881 patients who received...
-
Comparison of Selected Neural Network Models Used for Automatic Liver Tumor Segmentation
PublicationAutomatic and accurate segmentation of liver tumors is crucial for the diagnosis and treatment of hepatocellular carcinoma or metastases. However, the task remains challenging due to imprecise boundaries and significant variations in the shape, size, and location of tumors. The present study focuses on tumor segmentation as a more critical aspect from a medical perspective, compared to liver parenchyma segmentation, which is the...
-
Visual Features for Improving Endoscopic Bleeding Detection Using Convolutional Neural Networks
PublicationThe presented paper investigates the problem of endoscopic bleeding detection in endoscopic videos in the form of a binary image classification task. A set of definitions of high-level visual features of endoscopic bleeding is introduced, which incorporates domain knowledge from the field. The high-level features are coupled with respective feature descriptors, enabling automatic capture of the features using image processing methods....
Year 2022
-
Creating a radiological database for automatic liver segmentation using artificial intelligence.
PublicationImaging in medicine is an irreplaceable stage in the diagnosis and treatment of cancer. The subsequent therapeutic effect depends on the quality of the imaging tests performed. In recent years we have been observing the evolution of 2D to 3D imaging for many medical fields, including oncological surgery. The aim of the study is to present a method of selection of radiological imaging tests for learning neural networks.
Year 2021
-
Assessment of particular abdominal aorta section extraction from contrast-enhanced computed tomography angiography
PublicationThe aim of this work is to improve the accuracy of extraction of a particular abdominal aorta section and to reduce the distortion in three-dimensional Computed Tomography Angiography (CTA) images. Imaging modality and quality plays crucial role in the medical diagnostic process, thus ensuring high quality of images is essential at every stage of acquisition and processing.Noise is defined as a disturbance of the image quality...
-
Process of Medical Dataset Construction for Machine Learning-Multifield Study and Guidelines
PublicationThe acquisition of high-quality data and annotations is essential for the training of efficient machine learning algorithms, while being an expensive and time-consuming process. Although the process of data processing and training and testing of machine learning models is well studied and considered in the literature, the actual procedures of obtaining data and their annotations in collaboration with physicians are in most cases...
-
Segmentation Quality Refinement in Large-Scale Medical Image Dataset with Crowd-Sourced Annotations
PublicationDeployment of different techniques of deep learning including Convolutional Neural Networks (CNN) in image classification systems has accomplished outstanding results. However, the advantages and potential impact of such a system can be completely negated if it does not reach a target accuracy. To achieve high classification accuracy with low variance in medical image classification system, there is needed the large size of the...
-
Semantic segmentation training using imperfect annotations and loss masking
PublicationOne of the most significant factors affecting supervised neural network training is the precision of the annotations. Also, in a case of expert group, the problem of inconsistent data annotations is an integral part of real-world supervised learning processes, well-known to researchers. One practical example is a weak ground truth delineation for medical image segmentation. In this paper, we have developed a new method of accurate...
Year 2020
-
Abdominal Aortic Aneurysm segmentation from contrast-enhanced computed tomography angiography using deep convolutional networks
PublicationOne of the most common imaging methods for diagnosing an abdominal aortic aneurysm, and an endoleak detection is computed tomography angiography. In this paper, we address the problem of aorta and thrombus semantic segmentation, what is a mandatory step to estimate aortic aneurysm diameter. Three end-to-end convolutional neural networks were trained and evaluated. Finally, we proposed an ensemble of deep neural networks with underlying...
-
Automated Classifier Development Process for Recognizing Book Pages from Video Frames
PublicationOne of the latest developments made by publishing companies is introducing mixed and augmented reality to their printed media (e.g. to produce augmented books). An important computer vision problem that they are facing is classification of book pages from video frames. The problem is non-trivial, especially considering that typical training data is limited to only one digital original per book page, while the trained classifier...
Year 2019
-
Przetwarzanie wielkoskalowych danych w ochronie zdrowia - możliwości i korzyści
PublicationW rozdziale przedstawiona została idea, pojęcia związane z przetwarzaniem wielkoskalowych danych oraz uogólniona architektura aktualnie wykorzystywanych tego typu systemów w zastosowaniach medycznych. Opisano funkcje oferowane przez bazowe elementy architektury ze szczególnym uwzględnieniem możliwości komponentu analityki dużych zbiorów danych medycznych. Na bazie dostępnej literatury przedmiotu dokonano zestawienia kluczowych...
Year 2017
-
Platforma IPMed jako elastyczne źródło danych dla medycznych zespołów naukowych
PublicationPrzedstawiono architekturę rozproszonej platformy IPMed, która umożliwia akwizycję i przechowywanie zanonimizowanych danych medycznych. Pokazano wyniki zastosowania platformy w obszarze badań z zakresu hemodynamiki układu krążenia. Uzyskane dane pozwoliły na weryfikację hipotezy zespołu badawczego i określenie reguł rekomendacji w z leczeniu udarów.
-
Qualitative evaluation of distributed clinical systems supporting research teams working on large-scale data
PublicationInthispaper,fivecontemporaryscalablesystemstosupportmedicalresearchteams are presented. Their functionalities extend from heterogeneous unstructured data acquisition through large-scale data storing, to on-the-fly analyzing by using robust methods. Such kinds of systems can be useful in the development of new medical procedures and recommendation rules for decision support systems. A short description of each of them is provided....
-
Spectral Clustering Wikipedia Keyword-Based search Results
PublicationThe paper summarizes our research in the area of unsupervised categorization of Wikipedia articles. As a practical result of our research, we present an application of spectral clustering algorithm used for grouping Wikipedia search results. The main contribution of the paper is a representation method for Wikipedia articles that has been based on combination of words and links and used for categoriation of search results in this...
Year 2016
-
Depth Images Filtering In Distributed Streaming
PublicationIn this paper, we propose a distributed system for point cloud processing and transferring them via computer network regarding to effectiveness-related requirements. We discuss the comparison of point cloud filters focusing on their usage for streaming optimization. For the filtering step of the stream pipeline processing we evaluate four filters: Voxel Grid, Radial Outliner Remover, Statistical Outlier Removal and Pass Through....
-
DEPTH IMAGES FILTERING IN DISTRIBUTED STREAMING
PublicationIn this paper we discuss the comparison of point cloud filters focusing on their applicability for streaming optimization. For the filtering stage within a stream pipeline processing we evaluate three filters: Voxel Grid, Pass Through and Statistical Outlier Removal. For the filters we perform series of the tests aiming at evaluation of changes of point cloud size and transmitting frequency (various fps ratio). We propose a distributed...
-
Ischemic stroke in general practice - risk factors, prognosis - prospective single center study
PublicationBackground. Ischemic stroke is one of the leading causes of death and disability in Poland, in the European Union and in the United States. Awareness related to the risk factors, particularly the modifiable ones, is of crucial importance in general practice and may improve early and long-term prognoses. Objectives. The aim of this study was to assess the risk factors and half-year survival rate in patients with ischemic stroke...
-
Towards Healthcare Cloud Computing
PublicationIn this paper we present construction of a software platform for supporting medical research teams, in the area of impedance cardiography, called IPMed. Using the platform, research tasks will be performed by the teams through computer-supported cooperative work. The platform enables secure medical data storing, access to the data for research group members, cooperative analysis of medical data and provide analysis supporting tools...
Year 2015
-
Program IPMed — zastosowanie kardiografii impedancyjnej do monitorowania układu krążenia
PublicationZaburzenia hemodynamiczne stanowią drugą najczęstszą przyczynę zgonu u chorych po udarze mózgu. Istniejące standardy postępowania nie uwzględniają pełnej diagnostyki układu sercowo-naczyniowego u tych chorych. W niniejszej pracy przedstawiono wieloośrodkowy projekt IPMed, który jest próbą aplikacji kardiografii impedancyjnej (ICG) do monitorowania hemodynamiki pacjentów po udarze mózgu.
Year 2014
-
Accelerometer-based Human Activity Recognition and the Impact of the Sample Size
PublicationThe presented study focused on the recognition of eight user activities (e.g. walking, lying, climbing stairs) basing on the measurements from an accelerometer embedded in a mobile device. It is assumed that the device is carried in a specific location of the user’s clothing. Three types of classifiers were tested on different sizes of the samples. The influence of the time window (the duration of a single trial) on selected activities...
-
AN ALGORITHM FOR PORTAL HYPERTENSIVE GASTROPATHY RECOGNITION ON THE ENDOSCOPIC RECORDINGS
PublicationSymptoms recognition of portal hypertensive gastropathy (PHG) can be done by analysing endoscopic recordings, but manual analysis done by physician may take a long time. This increases probability of missing some symptoms and automated methods may be applied to prevent that. In this paper a novel hybrid algorithm for recognition of early stage of portal hypertensive gastropathy is proposed. First image preprocessing is described....
-
Automatic Classification of Polish Sign Language Words
PublicationIn the article we present the approach to automatic recognition of hand gestures using eGlove device. We present the research results of the system for detection and classification of static and dynamic words of Polish language. The results indicate the usage of eGlove allows to gain good recognition quality that additionally can be improved using additional data sources such as RGB cameras.
-
Merging Images from Parallel Depth Cameras
PublicationIn this paper a problem of simultaneous information acquisition from multiple depth cameras is investigated, aiming at obtaining single overall picture containing information from all cameras. The experiments are carried out on Microsoft Kinect devices. A methodology for merging images from multiple positioned in a line cameras is proposed. The method is based on the concept of simulating a view of an imaginary camera covering...
Year 2013
-
Aplikacja wspomagania badań medycznych
PublicationOpisano przeznaczenie i konstrukcję aplikacji wspomagania badań medycznych WBM. Przedstawiono układ komponentów i modułów składowych w modelu warstwowym. Scharakteryzowano proces wytwarzania aplikacji. Opisano utworzoną architekturę sprzętową niezbędną do prawidłowej realizacji funkcjonalności aplikacji WBM.
-
Charakterystyka i wspomaganie badań gastroenterologicznych
PublicationOpisano znaczenie wybranych etapów diagnostyki chorób gastroenterologicznych. Przedstawiono wybrane metody endoskopowe oraz oprogramowanie wspomagające proces diagnozowania chorób układu pokarmowego człowieka przy użyciu endoskopu.
-
Tworzenie aplikacji użytkowych
PublicationW ramach projektu Mayday zbudowano zestaw aplikacji pilotażowych dotyczących wykrywania zdarzeń i obiektów, rozpoznawania plagiatów w dokumentach cyfrowych i wspomagania analizy chorób na podstawie nagrań endoskopowych. Przedstawiono głównych udziałowców mających istotny wpływ na realizowane aplikacje, charakteryzowano środowisko zarządzania i wykonania tych aplikacji. Każda z opracowanych aplikacji rożni się typem strumieni danych...
Year 2012
-
A Ubiquitous System Using Semantic Knowledge in Dynamic Service Integration
Publication -
Dependable Integration of Medical Image Recognition Components
PublicationComputer driven medical image recognition may support medical doctors in the diagnosis process, but requires high dependability considering potential consequences of incorrect results. The paper presentsa system that improves dependability of medical image recognition by integration of results from redundant components. The components implement alternative recognition algorithms of diseases in thefield of gastrointestinal endoscopy....
-
Evaluation of multimedia applications in a cluster oriented environment
PublicationIn the age of Information and Communication Technology (ICT), Web and the Internet have changed significantly the way applications are developed, deployed and used. One of recent trends is modern design of web-applications based on SOA. This process is based on the composition of existing web services into a single scenario from the point of view of a particular user or client. This allows IT companies to shorten product time-to-market....
-
Klasyfikacja usług i ich wykorzystanie do wytwarzania aplikacji na platformie Kaskada
PublicationPrzedstawiono metodologię komponentowego wytwarzania aplikacji bazujących na strumieniowym przetwarzaniu danych. Scharakteryzowano proces wytwarzania oparty o nowo utworzoną platformę Kaskada, ulokowaną w środowisku superkomputera Galera. Przedstawiono gotową listę usług dostępnych na tej platformie. Podano przykładowy scenariusz orkiestracji usług z różnych kategorii, pozwalającym na skrócenie czasu wytwarzania gotowej aplikacji.
-
Konstrukcja bazy danych dla systemu wspomagania diagnostyki chorób przewodu pokarmowego
PublicationW artykule krótko przedstawiono charakterystykę procesu diagnostyki chorób przewodu pokarmowego oraz istniejące techniki wspomagania go na bazie analizy zdjęć z badań endoskopowych. Szczegółowo opisano proces tworzenia specjalistycznej bazy danych medycznych, której przeznaczeniem jest wspomaganie procesu uczenia klasyfikatorów chorób przewodu pokarmowego. Na koniec przedstawiono zebrane w bazie dane oraz uzyskane efekty.
-
Merging Images From Parallel Depth Cameras
PublicationIn this paper a problem of simultaneous information acquisition from multiple depth cameras is investigated, aiming at obtaining single overall picture containing information from all cameras. The experiments are carried out on Microsoft Kinect devices. A methodology for merging images from multiple positioned in a line cameras is proposed. The method is based on the concept of simulating a view of an imaginary camera covering...
-
Ocena możliwości zautomatyzowanej analizy obrazów z badań endoskopowych do wspomagania diagnostyki gastropatii wrotnej
PublicationAnaliza obrazów z powszechnie wykonywanych badań endoskopowych jest jedną z możliwych metod wykrywania wczesnego stadium gastropatii wrotnej fragmentów przewodu pokarmowego człowieka. W artykule przedstawiono opis eksperymentów związanych z utworzeniem autorskiego algorytmu wykrywania gastropatii na obrazach z nagrań badań endoskopowych w celu wspomagania procesu diagnostycznego. Przedstawiono cechy charakterystyczne schorzenia....
-
Ocena skuteczności wybranych metod klasyfikacji statycznych i dynamicznych gestów rąk
PublicationW artykule przedstawiono porównanie technik sztucznej inteligencji w aspekcie rozpoznawania statycznych i dynamicznych gestów rąk. Jako urządzenie wejściowe posłużyła bezprzewodowa elektroniczna rękawica e-Glove. Gesty rozpoznawane są w procesie analizy wartości sygnałów pochodzących z magnetometru i akcelerometrów trójosiowych. W referacie przedstawiono porównanie skuteczności wybranych technik zastosowanych w rozpoznawaniu gestów...
-
Real-Time Gastrointestinal Tract Video Analysis on a Cluster Supercomputer
PublicationThe article presents a novel approach to medical video data analysis and recognition. Emphasis has been put on adapting existing algorithms detecting le- sions and bleedings for real time usage in a medical doctor's office during an en- doscopic examination. A system for diagnosis recommendation and disease detec- tion has been designed taking into account the limited mobility of the endoscope and the doctor's requirements. The...
-
Zwiększanie wiarygodności procesu konsolidacji chmur punktów
PublicationW pracy przedstawiono opis procesu konsolidacji chmur punktów oraz opis dwóch wybranych metod rejestracji: AA3DM i FPFH. Dla tych metod przedstawiono metryki pomiarowe oraz wyniki pomiaru dokładności dopasowania i wydajności procesu rejestracji. Opisano metodę integracyjną pozwalającą na zwiększenie wiarygodności tego procesu oraz wymieniono osiągnięte korzyści z jej stosowania.
Year 2011
-
Moduł gier miejskich dla elektronicznego przewodnika multimedialnego EGIT
PublicationW artykule przedstawiono charakterystykę dostępnych rozwiązań i platform gier miejskich oraz dokonano ich porównania. Przedstawiono koncepcję definiowania funkcjonalności modułu gier miejskich stanowiącego rozszerzenie przewodnika eGIT. Opisano architekturę komponentową elektonicznego, bezprzewodowego, multimedialnego przewodnika eGIT wraz z modułem gier miejskich. Przedstawiono proces integracji modułu z aplikacją bazową eGIT,...
-
Zautomatyzowana budowa modeli 3D pomieszczeń
PublicationW artykule przedstawiono budowę systemu do automatycznej budowy modeli 3D wnętrz budynków. System taki może być stosowany do tworzenia lokacji w grach komputerowych. Model jest tworzony na bazie kolorowych oraz głębokościowych obrazów pobranych z kamery Microsoft Kinect. Opisano architekturę komponentową systemu, zastosowane sterowniki do komunikacji. Podano zastosowany algorytm sekwencyjny i równoległy, środowisko testowe oraz...
Year 2010
-
Scenariusze przepływu pracy sprzężone z automatyczną akwizycją danych
PublicationPrzedstawiono tematykę inteligentnych przepływów pracy (smart workflow). Przedstawiono aplikacje oparte o inteligentne scenariusz przepływu pracy: sterowanie systemem audio, monitorowanie warunków środowiskowych pomieszczenia i dynamiczną kontekstową listę zadań. Opisano komponentową architekturę systemu. Opisano etapy poszerzające proces projektowania i implementacji. Wskazano na problemy występujące podczas wykonywania tych aplikacji...
Year 2009
-
Realizacja bezprzewodowego multimedialnego przewodnika na bazie usług LBS
PublicationOpisano koncepcję definiowania funkcjonalności elektronicznego, bezprzewodowego, multimedialnego przewodnika eGIT. Scharakteryzowano jego architekturę w ujęciu warstwowym i komponentowym. Przedstawiono zagadnienie wykorzystania w aplikacji usług webowych oferujących podanie aktualnej lokalizacji użytkownika. Udostępnienie tych usług pozwala na wytwarzanie aplikacji oferujących odmienne funkcjonalności w zależności od aktualnego...
-
Realizacja multimedialnego przewodnika po kampusie Politechniki Gdańskiej na bazie usług LBS
PublicationOpisano koncepcję definiowania funkcjonalności elektronicznego, bezprzewodowego, multimedialnego przewodnika eGIT. Scharakteryzowano jego architekturę w ujęciu warstwowym i komponentowym. Przedstawiono zagadnienie wykorzystania w aplikacji usług webowych oferujących podanie aktualnej lokalizacji użytkownika. Udostępnienie tych usług pozwala na wytwarzanie aplikacji oferujących odmienne funkcjonalności w zależności od aktualnego...
-
Realizacja multimedialnego przewodnika po kampusie Politechniki Gdańskiej na bazie usług LBSW : Perspektywy Rozwoju e-Uczelni w Kontekście Globalnej Informatyzacji; - e-uczelnia, konferencja krajowa; 14-15 maja 2009, Gdańsk. - [skrypt prezentacji]
PublicationOpisano koncepcję definiowania funkcjonalności elektronicznego, bezprzewodowego, multimedialnego przewodnika eGIT. Scharakteryzowano jego architekturę w ujęciu warstwowym i komponentowym. Przedstawiono zagadnienie wykorzystania w aplikacji usług webowych oferujących podanie aktualnej lokalizacji użytkownika. Udostępnienie tych usług pozwala na wytwarzanie aplikacji oferujących odmienne funkcjonalności w zależności od aktualnego...
-
Rozwój środowiska szkieletowego do uruchamiania kontekstowej aplikacji przetwarzania wszechobecnego
PublicationPrzedstawiono koncepcje przetwarzania wszechobecnego orazinteraktywnej aplikacji wykorzystuj¡cej kontekst. Przeanalizowano kluczowe składowe tego typu aplikacji. Opisano znaczenie i architekturę szkieletowego środowiska uruchomieniowego dla takich aplikacji. Środowisko to integruje usługi sieciowe, konteksty, scenariusze i ontologie w czasie działania. Na bazieeksperymentów, scharakteryzowano kolejne etapy jego budowy i metodologię...
-
System kontroli obecności osób oparty na dwustrumieniowej analize obrazu
PublicationOpisano zagadnienia automatycznej detekcji i identyfikacji osób oraz ich zliczania w pomieszczeniach zamkniętych. Zaproponowano budowę elastycznej aplikacji opartej o usługi webowe. W celu kompozycji zaimplementowanych usług przedstawiono metodę tworzenia aplikacji w oparciu o procesy przepływu pracy. Przedstawiono rezultaty badań eksperymentalnych dla różnych algortymów detekcji i identyfikacji.
-
System zliczania osób oparty na dwustrumieniowej analize obrazu
PublicationOpisano zagadnienia automatycznej detekcji i identyfikacji osób oraz ich zliczania w pomieszczeniach zamkniętych. Zaproponowano budowę elastycznej aplikacji opartej o usługi webowe. W celu kompozycji zaimplementowanych usług przedstawiono metodę tworzenia aplikacji w oparciu o procesy przepływu pracy. Przedstawiono rezultaty badań eksperymentalnych dla różnych algortymów detekcji i identyfikacji.
Year 2008
-
Aplikacje i środowiska kontekstowe: Ontologie w interaktywnych aplikacjach zorientowanych kontekstowo
PublicationPrzedstawiono model przetwarzania typu pervasive computing. Zanalizowano składowe aplikacji interaktywnej zorientowanej kontekstowo. Opisano architekturę takiej aplikacji, wykorzystującej usługi sieciowe, konteksty, scenariusze i ontologie. Scharakteryzowano metodę integracji tych elementów w wykorzystaniem adnotacji. zaproponowano motor wykonawczy dla kontenera usług sieciowych, bazujący na standardach: OSGi OWL-S
seen 5373 times