Abstrakt
has been extracted from the Protein Data Bank and used to test and recalibrate AutoDock force field. Since for some binding sites water molecules are crucial for bridging the receptor-ligand interactions, they have to be included in the analysis. To simplify the process of incorporating water molecules into the binding sites and make it less ambiguous, new simple water model was created. After recalibration of the force field on the new dataset much better correlation between the computed and experimentally determined binding affinities was achieved and the quality of pose prediction improved even more
Cytowania
-
1 4
CrossRef
-
0
Web of Science
-
1 3
Scopus
Autor (1)
Cytuj jako
Pełna treść
- Wersja publikacji
- Accepted albo Published Version
- Licencja
- otwiera się w nowej karcie
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja w czasopiśmie
- Typ:
- artykuł w czasopiśmie wyróżnionym w JCR
- Opublikowano w:
-
JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING
nr 78,
strony 74 - 80,
ISSN: 1093-3263 - Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2017
- Opis bibliograficzny:
- Wojciechowski M.: Simplified AutoDock force field for hydrated binding sites// JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING. -Vol. 78, (2017), s.74-80
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1016/j.jmgm.2017.09.016
- Bibliografia: test
-
- G. Morris, R. Huey, AutoDock4 and AutoDockTools4: Automated docking with selective receptor flexibility, J. Comput. Chem. 30 (2009) 2785-2791, https:// doi.org/10.1002/jcc.21256, (AutoDock4). otwiera się w nowej karcie
- D. Santos-Martins, S. Forli, M.J. Ramos, A.J. Olson, AutoDock4Zn: An im- proved AutoDock force field for small-molecule docking to zinc metallopro- teins, J. Chem. Inf. Model. 54 (2014) 2371-2379, https://doi.org/10.1021/ ci500209e. otwiera się w nowej karcie
- S. Uehara, S. Tanaka, AutoDock-GIST: Incorporating thermodynamics of ac- tive-site water into scoring function for accurate protein-ligand docking, Mole- cules 21 (2016) https://doi.org/10.3390/molecules21111604. otwiera się w nowej karcie
- V.Y. Tanchuk, V.O. Tanin, A.I. Vovk, G. Poda, A new, improved hybrid scoring function for molecular docking and scoring based on AutoDock and AutoDock vina, Chem. Biol. Drug Des. 87 (2016) 618-625, https://doi.org/10.1111/cbdd. 12697. otwiera się w nowej karcie
- R. Wang, X. Fang, Y. Lu, S. Wang, The PDBbind database: collection of bind- ing affinities for protein-ligand complexes with known three-dimensional struc- tures, J. Med. Chem. 47 (2004) 2977-2980, https://doi.org/10.1021/jm030580l. otwiera się w nowej karcie
- L. Hu, M.L. Benson, R.D. Smith, M.G. Lerner, H.A. Carlson, Binding MOAD (Mother of all databases), Proteins Struct. Funct. Genet. 60 (2005) 333-340, https://doi.org/10.1002/prot.20512. otwiera się w nowej karcie
- J. Yang, A. Roy, Y. Zhang, BioLiP: A semi-manually curated database for bio- logically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Res. 41 (2013) https://doi.org/10.1093/nar/gks966. otwiera się w nowej karcie
- C.R. Corbeil, C.I. Williams, P. Labute, Variability in docking success rates due to dataset preparation, J. Comput. Aided Mol. Des. 26 (2012) 775-786, https:// doi.org/10.1007/s10822-012-9570-1. otwiera się w nowej karcie
- P. Cozzini, M. Fornabaio, A. Marabotti, D.J. Abraham, G.E. Kellogg, A. Moz- zarelli, Free energy of ligand binding to protein: evaluation of the contribution of water molecules by computational methods, Curr. Med. Chem. 11 (2004) 3093-3118, https://doi.org/10.2174/0929867043363929. otwiera się w nowej karcie
- S. Forli, A.J. Olson, A force field with discrete displaceable waters and desolva- tion entropy for hydrated ligand docking, J. Med. Chem. 55 (2012) 623-638, https://doi.org/10.1021/jm2005145. otwiera się w nowej karcie
- F. Österberg, G.M. Morris, M.F. Sanner, A.J. Olson, D.S. Goodsell, Automated docking to multiple target structures: incorporation of protein mobility and struc- tural water heterogeneity in autodock, Proteins Struct. Funct. Genet. 46 (2002) 34-40, https://doi.org/10.1002/prot.10028. otwiera się w nowej karcie
- H. Claußen, C. Buning, M. Rarey, T. Lengauer, FlexE: efficient molecular dock- ing considering protein structure variations1 1Edited by J. Thornton, J. Mol. Biol. 308 (2001) 377-395, https://doi.org/10.1006/jmbi.2001.4551. otwiera się w nowej karcie
- A. Sali, T.L. Blundell, Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints, J. Mol. Biol. 234 (1993) 779-815, https://doi.org/10.1006/jmbi.1993. 1626. otwiera się w nowej karcie
- J.M. Word, S.C. Lovell, J.S. Richardson, D.C. Richardson, Asparagine and glut- amine: using hydrogen atom contacts in the choice of side-chain amide orienta- tion, J. Mol. Biol. 285 (1999) 1735-1747, https://doi.org/10.1006/jmbi.1998. 2401. otwiera się w nowej karcie
- C.X. Weichenberger, M.J. Sippl, Self-consistent assignment of asparagine and glutamine amide rotamers in protein crystal structures, Structure 14 (2006) 967-972, https://doi.org/10.1016/j.str.2006.04.002. otwiera się w nowej karcie
- M.M. Mysinger, M. Carchia, J.J. Irwin, B.K. Shoichet, Directory of useful de- coys, enhanced (DUD-E): Better ligands and decoys for better benchmarking, J. Med. Chem. 55 (2012) 6582-6594, https://doi.org/10.1021/jm300687e. otwiera się w nowej karcie
- R. Wang, Y. Lu, X. Fang, S. Wang, An extensive test of 14 scoring functions us- ing the PDBbind refined set of 800 protein-ligand complexes, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 44 (2004) 2114-2125, https://doi.org/10.1021/ci049733j. otwiera się w nowej karcie
- D. Plewczynski, M. Łaźniewski, R. Augustyniak, K. Ginalski, Can we trust docking results? Evaluation of seven commonly used programs on PDBbind database, J. Comput. Chem. 32 (2011) 742-755, https://doi.org/10.1002/jcc. 21643. otwiera się w nowej karcie
- G.L. Warren, C.W. Andrews, A.M. Capelli, B. Clarke, J. LaLonde, M.H. Lam- bert, M. Lindvall, N. Nevins, S.F. Semus, S. Senger, G. Tedesco, I.D. Wall, J.M. Woolven, C.E. Peishoff, M.S. Head, A critical assessment of docking programs and scoring functions, J. Med. Chem. 49 (2006) 5912-5931, https://doi.org/10. 1021/jm050362n. otwiera się w nowej karcie
- R. Kim, J. Skolnick, Assessment of programs for ligand binding affinity predic- tion, J. Comput. Chem. 29 (2008) 1316-1331, https://doi.org/10.1002/jcc.20893. otwiera się w nowej karcie
- M.J. Hartshorn, M.L. Verdonk, G. Chessari, S.C. Brewerton, W.T.M. Mooij, P.N. Mortenson, C.W. Murray, Diverse, high-quality test set for the validation of protein-ligand docking performance, J. Med. Chem. 50 (2007) 726-741, https:// doi.org/10.1021/jm061277y. otwiera się w nowej karcie
- J.C. Cole, C.W. Murray, J.W.M. Nissink, R.D. Taylor, R. Taylor, Comparing protein-ligand docking programs is difficult, Proteins Struct. Funct. Genet. 60 (2005) 325-332, https://doi.org/10.1002/prot.20497. otwiera się w nowej karcie
- J.D. Hunter, Matplotlib: a 2D graphics environment, Comput. Sci. Eng. 9 (2007) 99-104, https://doi.org/10.1109/MCSE.2007.55. otwiera się w nowej karcie
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 105 razy
Publikacje, które mogą cię zainteresować
Brownian Motion in Optical Tweezers, a Comparison between MD Simulations and Experimental Data in the Ballistic Regime
- K. Zembrzycki,
- S. Pawłowska,
- F. Pierini
- + 1 autorów