Publikacje
Filtry
wszystkich: 455
Katalog Publikacji
-
Zastosowanie immobilizowanego białka MutS do wychwytywania fragmentów DNA zawierających niesparowane zasady
PublikacjaBiałko MutS wiąże DNA zawierające błędnie sparowane oraz niesparowane zasady w DNA. Podjęto szereg prób wykorzystania tego białka jako narzędzia do detekcji nieznanych mutacji lub zagęszczania frakcji DNA z niesparowaną zasadą. Dotychczas żadna z metod oparta na użyciu białka MutS nie została wdrożona powszechnie do praktyki laboratoryjnej. Głównym powodem takiego stanu rzeczy jest stosunkowo silne powinowactwo MutS do DNA w pełni...
-
A universal method for the identification of genes encoding amatoxins and phallotoxins in poisonous mushrooms
PublikacjaABSTRACT Background. As the currently known diagnostic DNA targets amplified in the PCR assays for detection of poisonous mushrooms have their counterparts in edible species, there is a need to design PCR primers specific to the genes encoding amanitins and phallotoxins, which occur only in poisonous mushrooms. Objective. The aim of the study was testing of PCR-based method for detection of all genes encoding hepatotoxic cyclic...
-
Identyfikacja 20 nowych rejonów zmiennych w genomach Staphylococcus aureus przydatnych do genotypowania koagulazo-dodatnich gronkowców
PublikacjaW pracy zidentyfikowano 20 nowych rejonów zmiennych w genomach gronkowca złocistego przydatnych do badań epidemiologicznych metodą PCR. Teoretyczna analiza 35 genomów metodą PCR z udziałem 20 nowych regionów zmiennych pozwoliła na uzyskanie większej liczby genotypów w porównaniu do dwóch metod referencyjnych: REA-PFGE z udziałem endonukleazy SmaI oraz metody MLVA z udziałem 16 rejonów zmiennych.
-
Izolacja drożdży psychrotolerancyjnych oraz ocena ich zdolności do wykorzystania N-fosfonometyloglicyny jako źródła pierwiastków biogennych
PublikacjaN-fosfonometyloglicyna (PMG, glifosat) jest substancją aktywną herbicydu Roundup o szerokim spektrum aktywności biologicznej. Mechanizm jego działania opiera się na inhibicji aktywności syntazy 5-enolopirogroniano-szikimowo-3-fosforanowej (EPSP), przez co hamowana jest biosynteza aminokwasów aromatycznych u roślin. Glifosat jest związkiem fosforoorganicznym, w którego budowie wyróżnia się trwałe wiązanie C-P. Szybkość rozkładu...
-
An MTA-phosphorylase gene discovered in the metagenomic library derived from Antarctic top soil during screening for lipolytic active clones confers strong pink fluorescence in the presence of rhodamine B.
PublikacjaIn this work, we present the construction of a metagenomic library in Escherichiacoli using the pUC19 vector and environmental DNA directly isolated fromAntarctic topsoil and screened for lipolytic enzymes. Unexpectedly, the screeningon agar supplemented with olive oil and rhodamine B revealed one unusual pinkfluorescent clone (PINKuv) out of 85 000 clones. This clone harbored a plasmid,pPINKuv, which has an insert of 8317 bp that...
-
Optimised five-hour multiplex PCR test for the detection of Tinea ungium: performance in a routine PCR laboratory
PublikacjaWe recently published the development of a 5-hour multiplex PCR test for the detection of dermatophyte nail infection. We have optimized this test by inclusion of an inhibition control and evaluated the test in a routine laboratory when compared to the conventional microscopy and culture. A total of 109 clinical samples received at the mycology reference lab at Statens Serum Institute were included. The samples were divided equally...
-
Structure of EstA esterase from psychrotrophic Pseudoalteromonas sp. 643A covalently inhibited by monoethylphosphonate.
PublikacjaThe crystal structure of the esterase EstA from the cold-adapted bacteriumPseudoalteromonas sp. 643A was determined in a covalently inhibited form at aresolution of 1.35 A˚. The enzyme has a typical SGNH hydrolase structureconsisting of a single domain containing a five-stranded beta-sheet, with threehelices at the convex side and two helices at the concave side of the sheet, and isornamented with a couple of very short helices...
-
GRA2 and ROP1 recombinant antigens as potential markers for detection of Toxoplasma gondii-specific immunoglobulin G in humans with acute toxoplasmosis.
PublikacjaArtykuł przedstawia oszacowanie przydatności w serodiagnostyce toksoplazmozy dwóch rekombinatowych białek antygenowych GRA2 i ROP1 Toxoplasma gondii. Białka rekombinantowe otrzymano z wykorzystaniem bardzo wydajnego, bakteryjnego systemu ekspresyjnego, który pozwolił na otrzymanie miligramowych ilości antygenów z 1 litra hodowli po zastosowaniu jednoetapowego oczyszczania metodą chromatografii metalopowinowactwa. Użyteczność diagnostyczna...
-
A new B-D-galactosidase with a low temperature optimum isolated from the Antarctic Arthrobacter sp. 20B: gene cloning, purification and characterization.
PublikacjaA psychrotrophic bacterium producing a coldadaptedB-galactosidase upon growth at low temperatureswas classiWed as Arthrobacter sp. 20B. A genomic DNAlibrary of strain 20B introduced into Escherichia coliTOP10F' and screening on X-Gal (5-bromo-4-chloro-3-indolyl-B-D-galactopyranoside)-containing agar plates ledto the isolation of B-galactosidase gene. The B-galactosidasegene (bgaS) encoding a protein of 1,053 amino acids,with a...
-
Badania epidemiologiczne populacji kobiet gminy Przodkowo w kierunku toksoplazmozy
PublikacjaW pracy przedstawiono badania dotyczące rozpowszechnienia toksoplazmozy wśród grupy kobiet w wieku 12-81 lat zamieszkujących teren typowej wiejskiej gminy Przodkowo w województwie pomorskim. Analizowano częstość występowania specyficznych przeciwciał IgG i IgM anty-Toxoplasma gondii oraz awidność przeciwciał IgG w tej grupie społecznej.
-
Szczepionki DNA i antygeny rekombinantowe w prewencji zarażeń Toxoplasma gondii - aktualny stan badań
PublikacjaToksoplazmoza wywoływana przez wewnątrzkomórkowego pasożyta Toxoplasma gondii jest jedną z najbardziej rozpowszechnionych odzwierzęcych chorób na świecie o bardzo dużym znaczeniu medycznym. Stanowi ponadto bardzo poważny problem weterynaryjny, ponieważ jest główną przyczyną strat reprodukcyjnych w hodowli zwierząt (głównie owiec). Z tego względu bardzo ważne są prace dotyczące konstrukcji i opracowania nowych, skutecznych i tanich...
-
Identification and molecular modeling of a novel lipase from an Antarctic soil metagenomic library.
PublikacjaIn this work, we present the construction of a metagenomic library in Escherichia coli using pUC19 vector and environmental DNA directly isolated from Antarctic topsoil and screened for lipolytic enzymes. The screening on agar supplemented with olive oil and rhodamine B revealed one clone with lipolytic activity (Lip1) out of 11,000 E. coli clones. This clone harbored a plasmid, pLip1, which has an insert of 4722 bp that has been...
-
Purification and biochemical characteristic of a cold-active recombinant esterase from Pseudoalteromonas sp. 643A under denaturing conditions.
PublikacjaIn this paper production of a cold-active esterase EstA from the Antarctic bacterium Pseudoalteromonas sp. 643A in E. coli expression system was described. The purification and biochemical characteristic of EstA were performed in the presence of urea and then compared with results obtained for the esterase with no addition of urea and isolated from the native source. In both cases the cold-active enzyme displayed similar properties....
-
Biofilm formation as a virulence determinant of uropathogenic Escherichia coli Dr+ strains
PublikacjaInfekcje dróg moczowych stanowią największy problem zdrowotny dotykający miliony osób populacji ludzkiej każdego roku. Uropatogenne szczepy Escherichia coli są najczęstszym czynnikiem etiologicznym odpowiedzialnym za wywoływanie górnych i dolnych dróg moczowych. Powyższe szczepy bakteryjne produkują szereg czynników wirulentnych pośród, których wyróżnić można eksponowane powierzchniowo polimeryczne struktury adhezyjne (fimbrie/pile)...
-
Genotyping and characterization of virulence factors in Escherichia coli strains isolated from patients from Polish hospital
PublikacjaZakażenia układu moczowego (UTIs - ang. urinary track infections) są jedną z najczęstszy infekcji, za które w 85% przypadków odpowiedzialne są bakterie Escherichia coli. Infekcje układu moczowego mogą prowadzić do groźnych powikłań m. in. odmiedniczkowego zapalenia nerek. Śmiertelność wśród tej grupy pacjentów wynosi 1-3%. Zakażenia układu moczowego występują również u ok. 7% kobiet ciężarnych. W pracy przebadano 82 szczepy E....
-
Retrospective analysis of genetic diversity of Klebsiella oxytoca isolated in Poland over a 50-year period.
PublikacjaAnaliza genetyki populacji i określenie powiązań filogenetycznych pomiędzy szczepami może być niezwykle użytecznym podejściem w określaniu rozprzestrzeniania się wzorów genetycznych różnych gatunków bakterii na potrzeby epidemiologiczne. Nie ma danych, które opisywałyby długoterminowe sytuacje epidemiologiczne powodowane przez wielolekooporne, oportunistyczne szczepy Klebsiella oxytoca metodami molekularnymi. Celem przedstawionych...
-
Diagnostic PCR assay for Microsporum and Trichophyton infections
PublikacjaWe have previously described a highly sensitive 5-hour PCR test for the rapid diagnosis of onychomycosis which detects any dermatophyte and species-identify T. rubrum from patient specimens. We have subsequently developed and evaluated new PCR tests for detection of Trichophyton and Microsporum canis/audouinii infections.58 dermatophyte isolates (21) Microsporum spp. (4 different species), 35 Trichophyton spp (10 different species)...
-
Diagnostic PCR tests for Microsporum audouinii, M. canis and Trichophyton infections
PublikacjaSince traditional diagnosis of dermatophyte infections is slow, we present a rapid new pcr test for detection of trichophyton spp., microsporum canis and m. audouinii infections. the performance of the test was evaluated with: 58 dermatophyte isolates; 10 yeast, mould and human dna control samples; 25 routine specimens from patients suspected of having dermatophytosis; 10 hair specimens from guinea pigs experimentally infected...
-
Antarctic, cold-adapted beta-galactosidase of Pseudoalteromonas sp. 22b as an effective tool for alkyl galactopyranosides synthesis
PublikacjaPrzedstawione jest zastosowanie arktycznej beta-galaktozydazy Pseudoalteromonas sp. 22b do katalizy syntezy alkilowych galaktopyranozydów. Njwyższą wydajność syntezy uzyskuje się przy pH 6-9 i 10-30% stężenia wody. Podobnie jak dla mezofilnych beta-galaktozydaz enzym antarktyczny syntetyzował najwydajniej kiedy reakcja przebiega w mieszaninie buforu i rozpuszczalnika organiczego (poniżej 50%, v/v).
-
Evaluation of a PCR Melting Profile method for intra-species differentiation of Trichophyton rubrum and Trichophyton interdigitale
PublikacjaW celu identyfikacji źródła infekcji spowodowanych przez dermatofity, jak i drogi ich transmisji, istnieje potrzeba szukania nowych metod, które pozwolą na głębokie zróżnicowanie genetyczne szczepów w obrębie rodzaju. W pracy po raz pierwszy pokazano zastosowanie techniki PCR MP opartej o adaptory oligonukleotydowe i różnice w temperaturze topnienia fragmentów restrykcyjnych DNA w reakcji PCR do wewnątrzgatunkowego typowania dermatofitów....