Search
Filters
total: 777
filtered: 695
Search results for: MUTS MSH6
-
MutS3: a MutS homologue of unknown biological function
PublicationThe homologues of MutS proteins are widespread among both Prokaryotes and Eukaryotes. MutS designated as MutS1 is a part of MMR (mismatch repair) system which is responsible for removal of mispaired bases and small insertion/deletion loops in DNA. Initially, the only MutS homologues known were those engaged in mismatch repair and these were later designated as MutS1. Subsequently, the MutS2 homologue was distinguished. MutS2 does...
-
Conservation and diversity of MutS proteins
PublicationThe homologues of MutS, mismatch repair protein, exist in all prokaryotes, with the exception of Actinobacteria, Mollicutes and part of the Archaea. Multiple alignments of 316 MutS amino acid sequences from 169 species revealed conserved residues and sequence motifs distinguishing MutS homologues. All MutS homologues show high conservation within the ATPase domain. MutS1, the homologue responsible for DNA mismatch recognition,...
-
MutS as a tool for mutation detection.
Publication -
MutS as a tool for mutation detection
PublicationArtykuł przeglądowy pokazujący różne możliwości zastosowania różnych form białka MutS Thermus thermophilus do wykrywania mutacji punktowych.
-
A bifunctional chimeric protein consisting of MutS and beta-galactoside
PublicationPraca pokazuje konstrukcję DNA plazmidowego kodującego bifunkcjonalne białko chimeryczne złożone z MutS Thermus thermophilus i beta-galaktozydazy E.coli, optymalizację jego ekspresji i oczyszczania. Białko to testowano w metodzie wykrywania mutacji punktowych, wykorzystując kolorymetryczne mierzenie aktywności domeny reporterowej beta galaktozydazy.
-
Construction and purification of his6-Thermus thermophilus MutS protein
Publication -
A bifunctional chimeric protein consisting of MutS and beta-galactosidase
Publication -
The construction of bifunctional fusion proteins consisting of MutS and GFP
Publication -
Construction and purification of his6-Thermus thermophilus MutS protein.
PublicationGen mutS z termofilnej bakterii Thermus thermophilus zamplifikowano przy użyciu PCR, sklonowano i przeprowadzono jego ekspresję w E. coli. Rekombinantowe białko MutS zawierające oligohistydynową domenę na N-końcu oczyszczono w jednoetapowej procedurze przy wykorzystaniu chromatografii powinowactwaNi(2+). Zdolność do rozpoznania niekomplementarności białka his(6)-MutS potwierdzono w eksperymentach ochrony DNA przed trawieniem...
-
The construction of bifunctional fusion proteins consisting of MutS and GFP
PublicationSkonstruowano białka chimeryczne zawierające białko MutS z Thermus thermophilus i białko zielonej fluoresceiny GFP z Aequorea victoria, posiadające dla łatwiejszego oczyszczania domeny oligo-histydynowe na N- lub C-końcu. Fuzyjne białka rozpoznawały niekomplementarności w DNA podobnie do MutS T. thermophilus. Fluorescencyjne białka rozpoznające niekomplementarne DNA mogą być użyteczne w wykrywaniu jednonukleotydowych polimorfizmów...
-
On UMTS security.
PublicationW artykule zaprezentowano przegląd hipotetycznych ataków na sieci i systemy telekomunikacji ruchomej, w tym systemy UMTS. Uwzględniono: podsłuch, nieautoryzowany dostęp, celowe zakłócanie oraz ataki typu DoS. Zaprezentowano mechanizmy podnoszące bezpieczeństwo pracy UMTS, w szczególności wprowadzające identyfikację i ''rozwinięte'' uwierzytelnianie a także kompleksową autoryzację dostępu.
-
On UMTS HSDPA Performance
PublicationMechanizm szybkiej transmisji danych do uzytkownika, HSDPA, zostal wprowadzony w wersji 5 systemu UMTS. Poza nowymi rozwiazaniami w warstwie fizycznej wprowadzono szereg zmian w protokole dostepu do lacza oraz dodano nowa podwarstwe MAC-hs. Celem tego artykulu jest przeanalizowanie mechanizmow odpowiedzialnych za transmisje danych w MAC-hs, przedstawienie wybranych problemow zwiazanych z ta warstwa oraz zaproponowanie mozliwych...
-
A Colorimetric Microplate Assay for DNA-Binding Activity of His-Tagged MutS Protein
PublicationA simple microplate method was designed for rapid testing DNA-binding activity of proteins. The principle of the assay involves binding of tested DNA by his-tagged protein immobilized on a nickel-coated ELISA plate, following colorimetric detection of biotinylated DNA with avidin conjugated to horseradish peroxidase. The method was used to compare DNA mismatch binding activities of MutS proteins from three bacterial species. The...
-
Usługi w systemie UMTS.
PublicationUzupełniona i poszerzona wersja referatu plenarnego przedstawionego na Krajowej Konferencji Radiokomunikacji, Radiofonii i Telewizji 2002.
-
Boiling crisis - danger or a must?
PublicationW artykule przedstawiono zjawisko kryzysu wrzenia w przepływie. W głównej mierze skupiono się na zjawisku dryout'u podczas przepływu pierścieniowego. W pracy przedstawiono teoretyczny model wysychania filmu cieczowego na ściance wraz z jego modyfikacją w oparciu o model dwurównaniowy zaprezentowany przez Sedlera i Mikielewicza (1981). Model ten opiera się na bilansie cieczy w rdzeniu przepływu i w filmie cieczowym, gdzie głównym...
-
Conserved motifs of MutL proteins
PublicationtThe MutL protein is best known for its function in DNA mismatch repair (MMR). However, there isevidence to suggest that MutL is not only the linker connecting the functions of MutS and MutH in MMR,but that it also participates in other repair systems, such as Very Short Patch (VSP), Base Excision (BER)and Nucleotide Excision Repair (NER). This study set out to identify the most highly conserved aminoacid sequence motifs in MutL...
-
Preliminary studies on DNA retardation by MutS applied to the detection of point mutations in clinical samples
Publication -
One tube mutation detection using sensitive fluorescent dyeing of MutS protected DNA
Publication -
Zastosowanie immobilizowanego białka MutS do wychwytywania fragmentów DNA zawierających niesparowane zasady
PublicationBiałko MutS wiąże DNA zawierające błędnie sparowane oraz niesparowane zasady w DNA. Podjęto szereg prób wykorzystania tego białka jako narzędzia do detekcji nieznanych mutacji lub zagęszczania frakcji DNA z niesparowaną zasadą. Dotychczas żadna z metod oparta na użyciu białka MutS nie została wdrożona powszechnie do praktyki laboratoryjnej. Głównym powodem takiego stanu rzeczy jest stosunkowo silne powinowactwo MutS do DNA w pełni...
-
On performance of MAC-c/sh in UMTS.
PublicationPrzeanalizowano efektywność działania warstwy MAC-c/sh w warstwie drugiej stosu protokołów radiowych systemu UMTS. Omówiono wpływ parametrów stosu oraz rodzaju używanych algorytmów na działanie MAC-c/sh.Zaproponowano efektywny algorytm zarządzania kolejkami priorytetowymi, oparty na dyscyplinie kolejkowej WRR, przy multipleksowaniu ruchu na kanale transportowym FACH. Przedstawiono również nowy algorytm sterowania natężeniem ruchu...
-
Flow Control Algorithm for UMTS HSDPA
PublicationHSDPA (High Speed Downlink Packet Access) jest istotnym etapem ewolucji systemu UMTS. Pozwala na transmisję do użytkownika z prędkością dochodzącą do 14.4 Mbit/s; aby to umożliwić, wprowadzono w wersji 5 UMTS szereg nowych mechanizmów w warstwie fizycznej oraz MAC. W tej pracy przedstawiono szczegółową analizę jednego z nowych mechanizmów - algorytmu kontroli natężenia ruchu między MAC-hs i MAC-d. Zaproponowano nowy, efektywny...
-
Simplified algorithm for location service for the UMTS
PublicationPrzedstawiono uproszczony algorytm lokalizowania terminala ruchomego w systemie UMTS. Algorytm ten umożliwia wyznaczanie pozycji geograficznej terminala ruchomego bez znajomości różnic czasowych w synchronizacji stacji bazowych RTD (Relative Time Differences). Opisany został model symulacyjny oraz przedstawiono wyniki efektywności lokalizowania terminala ruchomego w środowisku tzw. złym miejskim. otrzymane rezultaty dowodzą, że...
-
Badania nad wykorzystaniem rekombinantowego białka MutS do wykrywania muta-cji punktowych.**2002, ????s. ???rys. ??? tab. bibliogr.???poz. maszyn. Rozprawa doktorska 10.04.2002, P. Gdań. Wydz. Chem. Promotor: prof. dr hab. J. Kur.
Publication.
-
Zasady projektowania sieci radiokomunikacyjnej UMTS-LTE
PublicationW referacie opisano zasady projektowania sieci radiokomunikacyjnej UMTS-LTE. Omówiono procedurę projektowania oraz podano metodologię określania rzeczywistych przepływności sygnałów dla różnych wariantów transmisyjnych. Opisano zagadnienie określania parametrów bilansu łącza radiowego oraz przedyskutowano wpływ szumu i interferencji na pracę interfejsu radiowego.
-
Automatic cuts for magnetic scalar potential formulations
Publication -
Social Convergence in Nordic NUTS-3 Regions
PublicationGeographical proximity, common historical roots and collaboration within the Nordic Council make the Nordic countries, often wrongly treated as monoliths. However, in reality, Nordic regions differ in terms of broadly defined social and economic development. Issues concerning the standard of living are one of the priorities of the Helsinki Treaty signed by Nordic countries. The main goal of this paper is to analyze the existence...
-
Dynamiczne kształtowanie pojemności w systemie UMTS
PublicationW pracy przedstawiono wyniki badań symulacyjnych zjawiska przenoszenia pojemności pomiędzy komórkami w tej samej warstwie oraz pomiędzy różnymi warstwami hierarchicznej struktury komórek w sieci UMTS. Wskazano własności systemu umożliwiające dynamiczne kształtowanie jego pojemności w różnych warunkach operacyjnych. Wykorzystanie opisanych mechanizmów może prowadzić do zwiększenia efektywności oraz racjonalizacji wykorzystania zasobów...
-
Wykorzystanie mechanizmu HARQ w systemie UMTS
PublicationW artykule przedstawiono charakterystykę mechanizmu HARQ, stanowiącego jedną z kluczowych funkcjonalności szybkiego dostępu pakietowego HSDPA w systemie komórkowym trzeciej generacji. Przedstawiono ogólną klasyfikację rodzajów mechanizmu HARQ oraz opisano szczegóły implementacyjne dla systemu UMTS. Przeprowadzono także analizę porównawczą różnych rodzajów mechanizmu HARQ przy zastosowaniu modelu systemu zrealizowanego zgodnie ze...
-
Efektywność mechanizmu HARQ w systemie UMTS
PublicationW artykule przedstawiono analizę różnych metod mechanizmu HARQ określonego dla szybkiego dostępu pakietowego HSDPA systemu UMTS. Przedstawiono charakterystykę oraz zawarto opis implementacji mechanizmu HARQ w HSDPA. Analizę porównawczą różnych metod mechanizmu HARQ przeprowadzono na podstawie wyników symulacji modelu zrealizowanego zgodnie ze specyfikacją techniczną standardu.
-
Techniki transmisji informacji w systemie komórkowym UMTS.
PublicationW pracy przedstawiono potencjalne możliwości realizacji różnych rodzajów usług telekomunikacyjnych o odmiennych wymaganiach jakościowych w systemie UMTS. W pracy są też analizowane zagadnienia pojemności systemu dla usług rozmów, różnych środowisk propagacyjnych i szybkości poruszania się terminali ruchomych. Rozważania zostały zilustrowane wynikami badań jakości transmisji i pojemności systemu.
-
Stability analysis of multilayered composite shells with cut-outs
PublicationW pracy analizowana jest stateczność ściskanej osiowo kompozytowej powłoki warstwowej. Badany jest wpływ usytuowanego centralnie w powłoce kwadratowego otworu na stateczność konstrukcji. Obliczenia wykonano w programie NX-Nastran (wersja 6.0). Poziom obciążeń krytycznych wyznaczony został w rozwiązaniu liniowym (liniowy problem własny) oraz na drodze analizy przyrostowej z uwzględnieniem dużych przemieszczeń (statyka nieliniowa)....
-
Cavitation Erosion of P110 Steel in Different Drilling Muds
PublicationThe P110 steel specimens were subjected to ultrasonic cavitation erosion in different compositions of drilling muds and surfactant additive. The test procedure was based on ASTM-G-32 standard recommendations. API 5CT-P110 steel is used for pipes in oil and gas industry. The harsh environment and high velocity of flows poses corrosive and erosive threat on materials used there. The composition of drilling fluid influences its rheological...
-
On root finding algorithms for complex functions with branch cuts
PublicationA simple and versatile method is presented, which enhances the complex root finding process by eliminating branch cuts and branch points in the analyzed domain. For any complex function defined by a finite number of Riemann sheets, a pointwise product of all the surfaces can be obtained. Such single-valued function is free of discontinuity caused by branch cuts and branch points. The roots of the new function are the same as the...
-
Optimization and improvement of the ARQ mechanism in RLC layer in UMTS.
PublicationParametry wydajnościowe warstwy RLC systemu UMTS są silnie uzależnione od ich konfiguracji początkowej i dynamicznych zmian. Celem referatu była prezentacja efektywności pracy warstwy RLC, w trybie AM, ze szczególnym uwzględnieniem mechanizmu ARQ. Zaproponowano procedury optymalizacji ustawień parametrów RLC. Opisano też metody dalszej poprawy efektywności funkcjonowania RLC AM, poprzez zdefiniowanie i zaimplementowanie nowych...
-
Performance analysis and optimization of the MAC-d scheduler in UMTS.
PublicationArtykuł prezentuje wyniki analizy efektywności pracy schedulera obsługującego dedykowane kanały logiczne podwarstwy MAC-d systemu UMTS. Zbadano wpływ różnych opcji konfiguracyjnych, parametrów i dyscyplin obsługi implementowanych w podwarstwie MAC. Dokonano weryfikacji symulacyjnej. W oparciu o uzyskane wyniki zaproponowano optymalną konfigurację schedulera MAC-d oraz zasady multipleksji kanałów logicznych i selekcji TFC.
-
Seamless roaming between UMTS and IEEE 802.11 networks.
PublicationW artykule opisano metody przełączania pomiędzy systemami UMTS i sieciami standardu IEEE 802.11 - wykorzystującymi protokół MIP. Zaproponowano parametry i ........związane z przełączeniami połączeń, pozwalające na zwiększenie efektywności pracy systemów końcowych, uzyskujących dostęp do Intrnetu za pomocą wspomnianych wyżej systemów. Propozycje zostały zweryfikowane metodami symulacyjnymi, z wykorzystaniem symulatora NS-2.
-
Estymacja odpowiedzi impulsowej kanału w systemie UMTS.
PublicationW referacie omówiono zagadnienie estymacji odpowiedzi impulsowej kanału w technice DS-CDMA oraz metody jej implementacji w odbiorniku RAKE. Przedstawiono warunki systemowe zdefiniowane w specyfikacjach systemu UMTS umożliwiające wiarygodną estymację odpowiedzi impulsowej kanału. Na podstawie badań symulacyjnych porównano jakość różnych algorytmów estymacji odpowiedzi impulsowej dla systemu UMTS.
-
Wykorzystanie zasobów radiowych do planowania sieci UMTS
PublicationPrzedstawiono wyniki badań symulacyjnych zjawiska przenoszenia pojemności pomiędzy różnymi warstwami hierarchicznej struktury komórek w sieci UMTS. Wskazano własności systemu umozliwiające dynamiczne kształtowanie jego pojemności w różnych warunkach operacyjnych. Wykorzystanie opisanych mechanizmów może prowadzić do zwiększenia efektywności oraz racjonalizacji wykorzystania zasobów radiowych oraz zwiększenia dostępnej pojemności.
-
HSDPA - szybka transmisja danych w systemie UMTS
PublicationW artykule przedstawiono architekture nowej metody dostepu pakietowego HSDPA w systemie UMTS wraz z jej analiza funkcjonalna. Scharakteryzowano mechanizmy warstwy fizycznej realizujace adaptacje parametrów transmisji do stanu łacza radiokomunikacyjnego poprzezwybór odpowiedniej wartosciowosci modulacji (AMC), szybki protokół retransmisyjny (HARQ) oraz zaplanowanie ruchu pakietowego.
-
Analiza efektywności kodowania kanałowego w systemie UMTS
Publication.
-
Dywersyfikacja nadawania i jej zastosowanie w systemie UMTS.
PublicationW referacie przedstawiono technikę zwielokrotnionego nadawania przewidzianą do zastosowania w stacjach bazowych systemów DSC DMA, w celu zmniejszenia skutków zaników sygnałów odbieranych przez stacje ruchome. Zamieszczono klasyfikację i przegląd metod dywersyfikacji nadania zarówno z pętlą zamkniętą.Opisano sposób implementacji tych metod w systemie UMTS.
-
A picocellular UMTS/TDD overlay on GSM system for indoor environment
PublicationW pracy przedstawiono nakładkę CDMA na system GSM. Nakładka użytkuje system UMTS w trybie TDD i jest przeznaczona do funkcjonowania wewnątrz budynków w obszarze makrokomórki systemu GSM. Wyniki badań przedstawione w pracy ukazują znaczny wzrost efektywności wykorzystania tego samego pasma przez oba systemy i uzyskanie znacznej pojemności dla nakładki bez degradacji pracy systemu GSM
-
On efficiency of layer 2 of the radio interface protocol stack in UMTS
PublicationCelem pracy jest szczegółowa analiza funkcjonowania warstwy łącza danych w podsystemie dostępu radiowego UTRAN systemu UMTS i na tej podstawie przedstawienie szeregu zmian i usprawnień oraz wskazówek odnośnie konfiguracji protokołów, jakie należy w tej warstwie zastosować aby zmaksymalizować jej wydajność głównie pod kątem oferowanej przepływności, wprowadzanych opóźnień oraz wsparcia priorytetów przesyłanego ruchu. Teza pracy...
-
MutL protein as a constituent of vsp, ner and mmr repair systems
PublicationMutS and MutL proteins are renowned mostly for their functions in well-characterized, post-DNA replication mis- match repair system (MMR). However, there is growing evidence that MMR system is not the only field of action for these pro- teins. Moreover, the participation in MMR does not even have to be their primary function. There are some reports indicat- ing involvement of MutL in BER, NER and VSP (very short patch repair)....
-
System ekspertowy do planowania sieci komórkowej systemu UMTS.
PublicationW referacie przedstawiono system ekspertowy przeznaczony do wieloaspektowego planowania sieci komórkowej systemu UMTS z interfejsem radiowym WCDMA/FDD. Scharakteryzowano algorytm pracy oraz przytoczono przykłady zastosowań omawianego systemu.
-
Uproszczony algorytm lokalizowania stacji ruchomej w systemie UMTS.
PublicationW niniejszym artykule został przedstawiony uproszczony algorytm lokalizowania stacji ruchomej UE w systemie UMTS. Algorytm ten umożliwia wyznaczanie położenia geograficznego stacji ruchomej bez znajomości różnic czasowych w synchronizacji poszczególnych stacji bazowych RTD.
-
Performance analysis and optimization of the Radio Link Control layer in UMTS.
PublicationRLC (Radio Link Control) jest jedną z podwarstw warstwy 2 stosu radiowego systemu UMTS. RLC wspiera trzy podstawowe tryby działania: przezroczysty (Transparent Mode, TM), bezpotwierdzeniowy (Unacknowledged Mode, UM) oraz potwierdzeniowy (Acknowledged Mode, AM). Wydajność RLC AM jest mocno uzależniona od konfiguracji RLC oraz jej zdolności do dynamicznej rekonfiguracji, odzwierciedlającej zmiany w przesyłanym ruchu oraz w jakości...
-
Nowy mechanizm dynamicznego sterowania mocą w systemie UMTS.
PublicationW referacie zaprezentowano nowy mechanizm dynamicznego sterowania mocą, pracujący z częstotliwością 3000 rozk/sek, możliwy do zastosowania w interfejsie radiowym WCDMA/FDD systemu UMTS. Na podstawie badań, przeprowadzonych w oparciu o własne oprogramowanie symulujące pracę systemu i kanał, dokonano porównana nowego mechanizmu z mechanizmem zaproponowany w specyfikacji systemu UMTS, pracującym z częstotliwością 1500 rozk/sek. Ponadto...
-
Optymalizacja pojemności systemu UMTS dla hierarchicznej struktury komórkowej
PublicationW pracy przedstawiono metodę optymalizacji pojemności interfejsu radiowego WCDMA/FDD w systemie UMTS z hierarchiczną strukturą komórek. Wprowadzono wskaźnik jakosciowy określający zysk lub stratę pojemności w przypadku alokacji stacji ruchomej do makrokomórki bądź mikrokomórki. Omówiona metoda umożliwia racjonalizację wykorzystania zasobów radiowych systemu UMTS.
-
In vitro affinity of Deinococcus radiodurans MutS towards mismatched DNA exceeds that of its orthologues from Escherichia coli and Thermus thermophilus
PublicationThe mismatch binding protein MutS is responsible for the recognition of mispaired and unpaired bases, which is the initial step in DNA repair. Among the MutS proteins most extensively studied in vitro are those derived from Thermus thermophilus, Thermus aquaticus and Escherichia coli. Here, we present the first report on the in vitro examination of DNA mismatch binding activity of MutS protein from Deinococcus radiodurans and confront...