Wyszukiwarka
Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół różnych konformacji poliseryny - analiza wyników dynamiki molekularnej
Abstrakt
Rozpuszczalnik w istotny sposób wpływa na preferencje peptydu do przyjmowania określonej struktury drugorzędowej. Przykładem tego może być fakt, iż w przypadku polialaniny stabilność konformacji helikalnej w wodzie jest niższa aniżeli w próżni, podczas gdy w przypadku poliseryny mamy do czynienia ze zjawiskiem odwrotnym. W celu lepszego zrozumienia tego zjawiska badano właściwości otoczek hydratacyjnych dookoła czterech konformacji poliserynowych - trzech helis (α, 310, PII) oraz formy liniowej. Do opisu lokalnego uporządkowania wody wokół peptydu wykorzystano dwucząstkowe funkcje korelacji jako podstawę racjonalnej miary uporządkowania cząsteczek wody. Miarę tę wykorzystano dla opisu dwóch rodzajów oddziaływań: woda-woda oraz peptyd-woda. Wkład biorący pod uwagę oddziaływania woda-woda po przyjęciu pewnych przybliżeń odzwierciedla stopień zmian strukturalnych w wodzie solwatującej peptyd, zaś podział tego wkładu na trzy człony: translacyjny, orientacyjny i konfiguracyjny, umożliwił wykreślenie diagramów uporządkowania. Właściwości strukturalne rozpuszczalnika wpływają na jego właściwości dynamiczne takie jak współczynniki autodyfuzji, czy też kinetykę zaniku wiązań wodorowych tworzących się pomiędzy cząsteczkami wody. Oprócz funkcji rozkładu radialnego cząsteczek wody wokół osi peptydu, określono również funkcje rozkładu radialnego atomów wodoru i tlenu wokół wybranych atomów peptydu oraz obliczono stałe czasowe "rezydencji" atomów rozpuszczalnika wokół tych atomów.
Autorzy (2)
Cytuj jako
Pełna treść
pełna treść publikacji nie jest dostępna w portalu
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja w czasopiśmie
- Typ:
- artykuły w czasopismach recenzowanych i innych wydawnictwach ciągłych
- Opublikowano w:
-
CHEMIK nauka-technika-rynek
ISSN: 0009-2886 - Język:
- polski
- Rok wydania:
- 2010
- Opis bibliograficzny:
- Czapiewski D., Zielkiewicz J.: Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół różnych konformacji poliseryny - analiza wyników dynamiki molekularnej// CHEMIK nauka-technika-rynek. -., nr. nr 9 suplement (2010),
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 356 razy
Publikacje, które mogą cię zainteresować
Fast dynamics in the optical storage with Langmuira-Blodgett films of a diazocrown ether molecule
- F. M. Shimizu,
- M. Ferreira,
- C. J. Constantino
- + 3 autorów