Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół różnych konformacji poliseryny - analiza wyników dynamiki molekularnej - Publikacja - MOST Wiedzy

Wyszukiwarka

Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół różnych konformacji poliseryny - analiza wyników dynamiki molekularnej

Abstrakt

Rozpuszczalnik w istotny sposób wpływa na preferencje peptydu do przyjmowania określonej struktury drugorzędowej. Przykładem tego może być fakt, iż w przypadku polialaniny stabilność konformacji helikalnej w wodzie jest niższa aniżeli w próżni, podczas gdy w przypadku poliseryny mamy do czynienia ze zjawiskiem odwrotnym.  W celu lepszego zrozumienia tego zjawiska badano właściwości otoczek hydratacyjnych dookoła czterech konformacji poliserynowych - trzech helis (α, 310, PII) oraz formy liniowej. Do opisu lokalnego uporządkowania wody wokół peptydu wykorzystano dwucząstkowe funkcje korelacji jako podstawę racjonalnej miary uporządkowania cząsteczek wody. Miarę tę wykorzystano dla opisu dwóch rodzajów oddziaływań: woda-woda oraz peptyd-woda. Wkład biorący pod uwagę oddziaływania woda-woda po przyjęciu pewnych przybliżeń odzwierciedla stopień zmian strukturalnych w wodzie solwatującej peptyd, zaś podział tego wkładu na trzy człony: translacyjny, orientacyjny i konfiguracyjny, umożliwił wykreślenie diagramów uporządkowania. Właściwości strukturalne rozpuszczalnika wpływają na jego właściwości dynamiczne takie jak współczynniki autodyfuzji, czy też kinetykę zaniku wiązań wodorowych tworzących się pomiędzy cząsteczkami wody. Oprócz funkcji rozkładu radialnego cząsteczek wody wokół osi peptydu, określono również funkcje rozkładu radialnego atomów wodoru i tlenu wokół wybranych atomów peptydu oraz obliczono stałe czasowe "rezydencji" atomów rozpuszczalnika wokół tych atomów.

Pełna treść

pełna treść publikacji nie jest dostępna w portalu

Informacje szczegółowe

Kategoria:
Publikacja w czasopiśmie
Typ:
artykuły w czasopismach recenzowanych i innych wydawnictwach ciągłych
Opublikowano w:
CHEMIK nauka-technika-rynek
ISSN: 0009-2886
Język:
polski
Rok wydania:
2010
Opis bibliograficzny:
Czapiewski D., Zielkiewicz J.: Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół różnych konformacji poliseryny - analiza wyników dynamiki molekularnej// CHEMIK nauka-technika-rynek. -., nr. nr 9 suplement (2010),
Weryfikacja:
Politechnika Gdańska

wyświetlono 86 razy

Publikacje, które mogą cię zainteresować

Meta Tagi