Wyszukiwarka
Abstrakt
G-quadruplexes (G4s) are nucleic acid structures crucial for the regulation of gene expression and genome maintenance. While they hold promise as nanodevice components, achieving desired G4 folds requires understanding the interplay between stability and structural properties, like helicity. Although right-handed G4 structures dominate the experimental data, the molecular basis for this preference over left-handed helicity is unclear. To address this, we employ all-atom molecular dynamics simulations and quantum chemical methods. Our results reveal that right-handed G4s exhibit greater thermodynamic and kinetic stability as a result of favorable sugar–phosphate backbone conformations in guanine tracts. Moreover, while hydrogen-bonding patterns influence helicity-specific G4 loop conformations, they minimally affect stability differences. We also elucidate the strong correlation between helicity and the strand progression direction, essential for G4 structures. These findings deepen our understanding of G4s, providing molecular-level insights into their structural and energetic preferences, which could inform the design of novel nanodevices.
Cytowania
-
1
CrossRef
-
0
Web of Science
-
0
Scopus
Autorzy (4)
Cytuj jako
Pełna treść
- Wersja publikacji
- Accepted albo Published Version
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1021/acs.jpclett.3c03589
- Licencja
-
otwiera się w nowej karcie
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja w czasopiśmie
- Typ:
- artykuły w czasopismach
- Opublikowano w:
-
Journal of Physical Chemistry Letters
nr 15,
strony 3142 - 3148,
ISSN: 1948-7185 - Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2024
- Opis bibliograficzny:
- Jurkowski M., Kogut M., Sappati S., Czub J.: Why Are Left-Handed G-Quadruplexes Scarce?// Journal of Physical Chemistry Letters -Vol. 15,iss. 11 (2024), s.3142-3148
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1021/acs.jpclett.3c03589
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 72 razy