Filters
total: 1063
filtered: 964
Search results for: CHEMICAL STRUCTURE
-
Reverse vaccinology-based prediction of a multi-epitope SARS-CoV-2 vaccine and its tailoring to new coronavirus variants
PublicationThe genome feature of SARS-CoV-2 leads the virus to mutate and creates new variants of concern. Tackling viral mutations is also an important challenge for the development of a new vaccine. Accordingly, in the present study, we undertook to identify B- and T-cell epitopes with immunogenic potential for eliciting responses to SARS-CoV-2, using computational approaches and its tailoring to coronavirus variants. A total of 47 novel...
-
Atomic resolution crystal structure of HV-BBI protease inhibitor from amphibian skin in complex with bovine trypsin
Publication -
Jahn-Teller and related conical intersections in the benzene radical cation and the monofluoro derivate
PublicationThe multi-state multi-mode vibronic interactions in the benzene radical cation and its monofluoro derivative have been investigated theoretically, based on high-level electronic structure calculations for the system parameters and a quantum treatment of the nuclear motion. The available experimental data are well reproduced. The interplay of different vibronic coupling mechanisms is pointed out leading to multiple nonadiabatic...
-
Influence of stabilizing osmolytes on hen egg white lysozyme fibrillation
Publication-
-
Prediction of protein assemblies, the next frontier: The CASP14‐CAPRI experiment
PublicationWe present the results for CAPRI Round 50, the 4th joint CASP-CAPRI protein assembly prediction challenge. The Round comprised a total of 12 targets, including 6 dimers, 3 trimers, and 3 higher-order oligomers. Four of these were easy targets, for which good structural templates were available either for the full assembly, or for the main interfaces (of the higher-order oligomers). Eight were difficult targets for which only distantly...
-
Modeling SARS‐CoV‐2 proteins in the CASP‐commons experiment
PublicationCritical Assessment of Structure Prediction (CASP) is an organization aimed at advancing the state of the art in computing protein structure from sequence. In the spring of 2020, CASP launched a community project to compute the structures of the most structurally challenging proteins coded for in the SARS-CoV-2 genome. Forty-seven research groups submitted over 3000 three-dimensional models and 700 sets of accuracy estimates on...
-
Impact of AlphaFold on structure prediction of protein complexes: The CASP15‐CAPRI experiment
PublicationWe present the results for CAPRI Round 54, the 5th joint CASP-CAPRI protein assembly prediction challenge. The Round offered 37 targets, including 14 homodimers, 3 homo-trimers, 13 heterodimers including 3 antibody–antigen complexes, and 7 large assemblies. On average 70 CASP and CAPRI predictor groups, including more than 20 automatics servers, submitted models for each target. A total of 21 941 models submitted by these groups...
-
Core–shell excitation of isoxazole at the C, N, and O K-edges – an experimental NEXAFS and theoretical TD-DFT study
PublicationThe near-edge X-ray absorption fine structure (NEXAFS) spectra of the gas-phase isoxazole molecule have been measured by collecting total ion yields at the C, N, and O K-edges. The spectral structures have been interpreted using time-dependent density functional theory (TD-DFT) with the short-range corrected SRC2-BLYP exchange–correlation functional. Experimental and calculated energies of core excitations are generally in good...
-
The effects of gas exposure on the graphene/AlGaN/GaN heterostructure under UV irradiation
PublicationThis work demonstrates a graphene/AlGaN/GaN sensing device with two-dimensional electron gas (2DEG) toward nitrogen dioxide (NO2), tetrahydrofuran, and acetone detection under UV light irradiation. We propose combining measurements of the DC characteristics with a fluctuation-enhanced sensing method to provide insight into the gas detection mechanisms in the synergistic structure of highly stable GaN and gas-sensitive graphene....
-
Anionic states of C6Cl6 probed in electron transfer experiments
PublicationThis is the first comprehensive investigation on the anionic species formed in collisions of fast neutral potassium (K) atoms with neutral hexachlorobenzene (C6Cl6) molecules in the laboratory frame range from 10 up to 100 eV. In such ion-pair formation experiments, we also report a novel K+ energy loss spectrum obtained in the forward scattering giving evidence of the most accessible electronic states. The vertical electron affinity...
-
Tailoring properties of indium tin oxide thin films for their work in both electrochemical and optical label-free sensing systems
PublicationThis work is devoted to the identification properties of indium tin oxide (ITO) thin films responsible for their possible application in combined optical and electrochemical label-free sensing systems offering enhanced functionalities. Since any post-processing would make it difficult to identify direct relation between deposition parameters and properties of the ITO films, especially when deposition on temperature-sensitive substrates...
-
Molecular dynamics study on the role of solvation water in the adsorption of hyperactive AFP to the ice surface
PublicationUsing computer simulations, the early stages of the adsorption of the CfAFP molecule to the ice surface were analyzed. We found that the ice and the protein interact at least as early as when the protein is about 1 nm away from the ice surface. These interactions are mediated by interfacial solvation water and are possible thanks to the structural ordering of the solvent. This ordering leads to positional preference of the protein...
-
Noble metal modified TiO2 microspheres: Surface properties and photocatalytic activity under UV-vis and visible light
PublicationComposite photocatalysts that consist of TiO2and noble metal nanostructures have been considered tobe the promising and pivotal material for accessible enhancement of the efficiency in the photocatalyticprocess carried out in the aqueous and gas phases. In this work we fabricated porous TiO2microspheresthrough a hydrothermal process followed by photochemical reduction of noble metal nanoparticles atthe TiO2surface. The morphology...
-
Preparation, characterization and photocatalytic activity of TiO2 microspheres decorated by bimetallic nanoparticles
PublicationComposite photocatalysts that consist of TiO2and noble metal nanostructures have been considered tobe the promising and pivotal material for accessible enhancement of the efficiency in the photocatalyticprocess carried out in the aqueous and gas phases. In this work we fabricated porous TiO2microspheresthrough a hydrothermal process followed by photochemical reduction of noble metal nanoparticles atthe TiO2surface. The morphology...
-
Magnetically recyclable TiO2/MXene/MnFe2O4 photocatalyst for enhanced peroxymonosulphate-assisted photocatalytic degradation of carbamazepine and ibuprofen under simulated solar light
PublicationIn this study, a novel TiO2/Ti3C2/MnFe2O4 magnetic photocatalyst with dual properties, enabling (i) improved photocatalytic degradation with PMS activation under simulated solar light and (ii) magnetic separation after the degradation process in an external magnetic field was developed and applied for the efficient photodegradation pharmaceutically active compounds (PhACs) frequently present in wastewater and surface waters worldwide. MXene...
-
Redetermination of bis(O,O′-diethyl dithiophosphato-κ2S,S′)nickel(II)
Publication -
Chlorido(ethyldiphenylphosphine-P)(1-pyrrolidinecarbodithioato-S,S)nickel(II)
PublicationPrzedmiotem publikacji jest struktura krystaliczna tytułowego [NiCl{S2CN(CH2)4}Cl(C14H15P)]. Atom niklu jest w tym przypadku skoordynowany przez S,S-chelatującą resztę ditiokarbaminianową, cząsteczkę fosfiny, zaś geometrię koordynacyjną dopełnia atom chloru.
-
Tetra-n-butylammonium iodido(pyrrolidine-1-carbodithioato-κ2S,S')(tris-tert-butoxysilane-thiolato-κS)cadmate(II)
PublicationTytułowy (N,N tetrametylenoditiokarbaminiano)(tri-tert-butoksysilanotiolano)jodokadmian tetra-n-butyloamoniowy krystalizuje w układzie jednoskośnym, w grupie P21/c. W anionie [Cd{SSi(OtBu)3}(S2CNC4H9)I]() wyróżnić można centralny rdzeń o składzie CdS3I. Ułożenie atomów donorowych może być, w pierwszym przybliżeniu, opisane jako zniekształcony (ze względu na obecność S,S'-chelatującego liganda) tetraedr z największym kątem S1-Cd1-S2...
-
O-4-Chlorobenzoyl diphenylselenophosphinate
PublicationTytułowy związek difenyloselenofosfinian O-4-chlorobenzoilu krystalizuje w układzie jednoskośnym, w grupie P21/c. Upakowanie molekuł w krysztale wskazuje na oddziaływania van der Waalsa pomiędzy pierścieniami aromatycznymi reszt acylowych. Z kolei kąt dwuścienny pomiędzy pierścieniami fenylowymi reszty fosforowej wynosi 72.64 (14) stopni. Geometrię cząsteczki badanego związku porównano z opisanymi w litaraturze chemicznej estrami...
-
1,1,2,2-Tetrakis(diisopropylamino)diphosphane
PublicationTytułowy związek otrzymano w trakcie badań raktywności (i-Pr2N)2P-P(SiMe3)Li z Cp2ZrCl2 (Cp-cyklopentadienyl). Strukturę C24H56N4P2 wyznaczono metodą rentgenowskiej analizy strukturalnej. Wiązanie P-P należy do najdłuższych wśród tego typu wiązań wyznaczonych dla niekoordynowanych difosfanów. W sieci krystalicznej obserwuje się nieuporządkowanie...
-
(Di-tert-butylmethylphosphane)(η2-di-tert-butylphosphanylphosphinidene)(triphenylphosphane)platinum(0)
PublicationStruktura krystaliczna tytułowego związku, [(Ph3P)(tBu2PMe)Pt(η2-tBu2PP)], zawiera cztery cząsteczki w części niezależnej nieznacznie różniące się konformacjami. Odległości P-P w ligandzie tBu2PP są zbliżone dla wszystkich czterech cząsteczek [2.0661(13)-2.0678(13)A˚]. Odległości te, wskazują na wielokrotny charakter wiązania P-P w ligandzie tBu2PP. Atom platyny w kompleksie wykazuje koordynację płaską kwadratową. Prezentowana...
-
Bis(3,5-dimethylpyridine-kN)bis(tri-tert-butoxysilanethiolato-kS)chromium(II)toluene solvate
PublicationW tytułowym związku atom chromu jest czterokrotnie koordynowany: przez dwa atomy siarki grup tri-tert-butoksysilanotiolanowych oraz dwa atomy azotu z dwóch cząsteczek 3,5-dimetylopirydyny. Geometria ligandów wokół centrum metalicznego jest płaska kwadratowa. Cząsteczka leży na dwukrotnej osi symetrii przechodzącej przez atom N 3,5-dimetylopirydyny. Dodatkowo w krysztale na jedną cząsteczkę kompleksu przypada jedna cząsteczka toluenu.
-
Bromidotetrakis(1H-2-ethyl-5-methylimidazole-κN3)copper(II) bromide
PublicationAtom Cu(II) w tytułowym kompleksie jest skoordynowany przez cztery atomy N obojętnych cząsteczek imidazolu oraz jon bromkowy. Jon kompleksowy ma geometrię piramidy kwadratowej. Kationy kompleksowe w krysztale tworzą układ dipoli ułożonych ''głowa do ogona'' równolegle do osi c.
-
4-[(tert-Butyldimethylsilyl)oxy]-6-methoxy-7-methyl-5-(oxiran-2-ylmethyl)-2-benzofuran-3(1H)-one
PublicationThe title compound, C19H28O5Si, was obtained in the reaction of 1,3-dihydro-4-[(tert-butyldimethylsilyl)oxy]-6-methoxy-7-methyl-3-oxo-5-(prop-2-enyl)isobenzofuran with meta-chloroperbenzoic acid. This reaction is one of the stages of the total synthesis of mycophenolic acid, which we attempted to modify. The title compound forms crystals with only weak intermolecular interactions. The strongest stacking interaction is found between...
-
Influence of chloroform on crystalline products yielded in reactions of 5,10,15,20-tetraphenylporphyrin with HCl and copper(II) salts
PublicationStwierdzono, że chloroform wbudowuje się do sieci krystalicznej dichlorowodorku 5,10,15,20-tetrafenyloporfiryny, oraz że powoduje krystalizację nowej, jednoskośnej odmiany polimorficznej porfirynianu miedzi(II), CuTPP. W pracy opisano strukturę krystaliczną solwatu dichlorowodorku porfiryny z ośmioma cząsteczkami chloroformu, C44H32N42+·2Cl-·8CHCl3, i porównano ją...
-
3,3'-Dibenzoyl-1,1'-dibenzyl-1,1'-(ethane-1,2-diyl)dithiourea
PublicationIn the title compound, C32H30N4O2S2, the carbonyl and thiocarbonyl groups are found in a rare synclinal conformation, with an S-C···C-O pseudo-torsion angle of 62.6(2)°. The molecule has Ci = S2 point-group symmetry with a crystallographic center of inversion located in the middle of the ethylene bridge. One of the symmetry-independent phenyl...
-
1,3-Di-<i>n</i>-butylthiourea
PublicationIn the title compound, C9H20N2S, the n-butyl groups are in syn and anti positions in relation to the C=S bond. In the crystal, two molecules are connected by two N-H···S=C hydrogen bonds into a centrosymmetric dimer. Another N-H···S=C hydrogen bond links the dimers, forming layers with a hydrophilic interior and a hydrophobic exterior, which spread across the (100) plane. Interlacing of the...
-
Ammonium <i>O</i>,<i>O</i>'-diethyl dithiophosphate
PublicationIn the title compound, NH4+·(C2H5O)2PS2−, the ammonium cation is connected by four charge-assisted N−H···S hydrogen bonds to four tetrahedral O,O'-diethyl dithiophosphate anions, forming layers parallel to (100). The polar and non-polar constituents of the layers are stacked alternately along [100]. Interlacing of the external ethyl groups...
-
Bromidotetrakis(2-isopropyl-1Himidazole-kN3)copper(II) bromide
PublicationAtom Cu(II) w tytułowym kompleksie jest skoordynowany przez cztery atomy N obojętnych cząsteczek imidazolu oraz jon bromkowy. Jon kompleksowy ma geometrię piramidy kwadratowej.
-
Nickel alendronate
PublicationKryształy tytułowego związku [Ni2(C4H12NO7P2)4(H2O)2]*2H2O, zostały otrzymane w warunkach hydrotermalnych. Jego struktura jest izotypowa ze strukturą analogicznego związku Co(II).
-
N-(4-Methylpiperazin-4-ium-1-yl)dithiocarbamate sesquihydrate
PublicationW strukturze krystalicznej tytułowego związku, C6H13N3S2-1.5H2O, obserwuje się słabe wiązania wodorowe typu NH...S pomiędzy cząsteczkami jonów obojnaczych. Prowadzi to do wytworzenia pofałdowanej struktury warstwowej, równoległej do płaszczyzny (100). W jednostce asymetrycznej występują trzy niezależne cząsteczki wody, obsadzone połówkowo.
-
(1H-Pyrazole-[kappa]N)bis(tri-tert-butoxysilanethiolato-[kappa]2O,S)cadmium
PublicationThe CdII atom in the title complex, [Cd(C12H27O3SSi)2-(C3H4N2)], is penta-coordinated by two O and two S atoms from the O,S-chelating silanethiolate residue and one pyrazole N atom in a distorted trigonal-bipyramidal geometry. The pyrazole ligand forms an intramolecular N-H---O hydrogen bond.
-
Bromidotetrakis(2-ethyl-1H-imidazole-KN3)copper(II) bromide
PublicationThe CuII ion in the title complex, [CuBr(C5H8N2)4]Br, is coordinated in a square-pyramidal geometry by four N atoms of imidazole ligands and one bromide anion in the apical position. In the crystal, the ions are linked by a 3-D network of N-H---Br and CH---Br hydrogen bonds.
-
1,3-Dibenzylimidazolidine-2-thione
PublicationW strukturze 1,3-Dibenzylimidazolidino-2-tionu w ciele stałym pierścień imidazolidy występuje w konformacji skręconej (Twisted). Stwierdzono obecność oddziaływań międzycząsteczkowych (typu π-π stacking) pomiędzy pierścieniami fenylowymi reszt benzylowych.
-
Methyl 3-[(1,1-dioxo-1λ<sup>6</sup>,2-benzothiazol- 3-yl)amino]-5-nitrothiophene-2-carboxylate
PublicationTytułowy związek został otrzymany przez nitrowanie odpowiedniej pochodnej tiofenu. Wyznaczono i opisano jego strukturę rentgenowską w ciele stałym. Związek wykazuje pewne właściwości inhibicyjne w stosunku do enzymu ludzkiej elastazy leukocytowej (HLE).
-
Tetrakis(m2-methanol-k2O:O)bis(methanol-kO)-(m2-tri-tert-butoxysilane-thiolato-k3S:O,S)-bis(tri-tert-butoxysilanethiolato-k2O,S)-tetrasodium(i)
PublicationZwiązek [Na4(C12H27O3SSi)4(CH4O)6] jest rozpatrywany jako addukt trzech jonów - dwujądrowego kationu [Na2(MeOH)6]2+ oraz dwóch anionów [Na{SSi(OtBu)3}2] - utworzony dzięki istnieniu krótkich kontaktów pomiędzy tymi jonami.Obecność mostków siarczkowych i tlenkowych oraz wiązań wodorowych O-H...O and O-H...S, sprawia, że w rezultacie wszystkie atomy Na w czterojądrowym kompleksie są pięciokoordynacyjne.
-
Diamminebis(tri-tert-butoxysilanetiolato)cadmium(II) acetonitrile solvate
PublicationTytułowy związek jest cząsteczkowym, mieszanym kompleksem kadmu, zawierającym jako ligandy reszty tiolanowe i amoniak. Kadm w kompleksie jest koordynowany tetraedrycznie przez 2 atomy siarki i dwa atomy azotu. Wszystkie atomy wodoru koordynowanych cząsteczek amoniaku oraz jeden z atomów wodoru grupy metylowej acetonitrylu tworzą wiązania wodorowe, które łączą sąsiadujące cząsteczki kompleksu w łańcuchy.
-
Hexa(4-methylphenoxy)disiloxane
PublicationTytułowy związek otrzymano jako produkt uboczny w reakcji (p-Tol-O)3SiCl z [PhC(S)S]2Mg*2THF (p-Tol oznacza para-tolil, THF to tetrahydrofuran).Czasteczka posiada symetrię własną -3 i jest przykładem związku o kącie walencyjnym Si-O-Si równym 180 stopni. Omówiono i przedyskutowano rozkład wartości tego kąta w obrębie różnych disiloksanów.
-
Bis(dithiobenzoato-k2S,S')bis(tetrahydrofuran-kO)magnesium(II)
PublicationTytułowy związek [Mg(C7H5S2)2(C4H8O)2] został otrzymany w reakcji PhMgBr z nadmiarem CS2. Jest to pierwszy kompleks magnezu zawierający dwa ligandy ditiobenzoesanowe. Kompleks posiada zniekształconą geometrię oktaedryczną.
-
Bromo(dithiobenzoato-k2S,S')tris(tetrahydrofuran-kO)magnesium(II): a redetermination
PublicationZwiązek [MgBr(C6H5CS2)(C4H8O)3]zawiera ligand ditiobenzoesowy. Dzięki pomiarom rentgenograficznym w niskiej temperaturze została określona struktura tego związku. Kompleks posiada zniekształconą geometrię oktaedryczną.
-
Bis(tri-tert-butoxysilanethiolato-kS)bis(pyrrolidine-kN)cobalt(II)
PublicationReakcja [Co{SSi(OtBu)3}2(NH3)]2 z pyrrolidyną prowadzi do otrzymania kompleksu [Co(C12H27O3SSi)2(C4H9N)2], gdzie atom kobaltu(II) jest koordynowany przez dwie reszty silanotiolanowe i dwie reszty pyrrolidyny. Specyficzne przestrzenne ułożenie wszystkich ligandów dodatkowo daje możliwość utworzenia dwóch wewnątrzcząsteczkowych wiązań wodorowych N-H***O.
-
The 2:1 cocrystal of benzamide and pentafluororbenzoic acid
PublicationKrystaliczna struktura centrosymetrycznej supermolekuły składa się z czterech cząsteczek benzamidu oraz dwóch kwasu karboksylowego, które powiązane są ze sobą za pomocą wiązań wodorowych typu O-H...O oraz N-H...O.
-
(2,2'-bipyridine)bis(tri-tert-butoxysilanethiolato-κ2O,S)cadmium(II)
PublicationW pracy przedstawiono strukturę heteroleptycznego kompleksu silanotiolanu kadmu(II) z bipirydylem, który krystalizuje w układzie jednoskośnym, w grupie przestrzennej C2/c. Rdzeń kompleksu CdS2O2N2 ze względu na chelatujący charakter reszt silanotiolanowych posiada zniekształconą geometrię oktaedryczną.
-
The first compound with an unusual type of anion, [Li(SR)2]-:bis(µ2-aqua-d2)tetrakis(aqua-d2)]dilithium(I)bis[bis(tri-tert-butoxysilanethiolato-k2O,S)lithate(I)]dihydrate-d2
PublicationTytułowy związek [Li2(D2O)6][Li(C9H27SSiO3)2]2*2D2O, jest pierwszym związkiem z wiązaniem S-M (M-metal alkaliczny), zawierającym niespotykany typ anionu litanowego: [Li(SR)2]-,gdzie R=Si{OC{CH3)3}3. Centrum symetrii związku znajduję się pośrodku pierścienia Li2O2 wchodzącego w skład kationu. Wszystkie atomy litu budujące rdzenie kationów - LiO4 i anionów - LiO2S2, są czterokoordynacyjne. Jednoujemne aniony [Li(SR)2]- są dobrze...
-
Hexakis(1-methylimidazole-kN3)iron(II) dichloride dihydrate
PublicationTytułowy związek, [Fe(C4H6N2)6]Cl2.2H2O jest izostrukturalny z odpowiednimi związkami Co, Ni i Ru. W kompleksowym kationie żelazo(II) jest koordynowane oktaedrycznie przez sześć ligandów 1-metyloimidazolowych. Jon ujemny jest agregatem dwóch jonów chlorkowych i dwóch cząsteczek wody połączonych wiązaniami wodorowymi.
-
2,2'-(p-Phenylenediimino)dipyridinium dichloride hexahydrate
PublicationW krysztale tytułowego związku jony chlorkowe oraz cząsteczki wody oddziałują ze sobą poprzez tworzenie wiązań wodorowych (O-H...O oraz O-H...Cl). Kationy pirydyniowe są czterokrotnym donorem wiązania wodorowego i oddziałują z komponentem anionowym, tworząc polimeryczne, trójwymiarowe struktury.
-
Bis(2-methylquinolinium) tetrachloroferrate(III) chloride
PublicationW krysztale współkrystalizują tetrachlorożelazian i chlorek 2-metylochinoliny. Anion tetrachlorożelazianowy wykazuje nieuporządkowanie. W strukturze występują wiązania wodorowe N-H...Cl oraz oddziaływania Fe-Cl...π oraz π...π.
-
Quinolinium tetrachloroferrate(III)
PublicationZbadano strukturę krystaliczną tetrachlorożelazianu chinoliny. Jon tetrachlorożelazianowy leży na płaszczyźnie symetrii, a kation chinolinowy wykazuje orientacyjne nieuporządkowanie. W strukturze występują oddziaływania C-H...Cl oraz Fe-Cl...π.
-
(2R)-N-{3-[Bis(methylsulfanyl)methyleneamino]-propionoyl}bornane-10,2-sultam
PublicationW strukturze związku tytułowego występują słabe oddziaływania C-H...S oraz C-H...O.
-
cis-Dichloro(di-tert-butylphosphine-kappa-P)(triphenylphosphine-kappa-P)platinum(II) tetrahydrofuran hemisolvate
PublicationTytułowy związek, [cis-(t-Bu2PH)(Ph3P)PtCl2] został otrzymany w reakcji (Ph3P)2PtCl2 z 1,1,3,3-tetra-tert-butylo-2-trimetylosililotrifosfanem. Widmo 31P{1H} NMR wskazuje na tworzenie się tytułowego związku razem ze znacznymi ilościami Ph3P oraz 1,1,3,3-tetra-tert-butylotrifosfanu.