Filters
total: 3354
displaying 1000 best results Help
Search results for: MOLECULAR DOCKING SIMULATIONS
-
Molecular profiles of thyroid cancer subtypes: Classification based on features of tissue revealed by mass spectrometry imaging
Publication -
Adhesion of the genome-sequenced Lactococcus lactis subsp. cremoris IBB477 strain is mediated by specific molecular determinants
Publication -
Mass spectrometry-based serum proteome pattern analysis in molecular diagnostics of early stage breast cancer
Publication -
Steroidal Molecular Rotors with 1,4-Diethynylphenylene Rotators: Experimental and Theoretical Investigations Toward Seeking Efficient Properties
Publication -
Molecular processes induced in primed seeds—increasing the potential to stabilize crop yields under drought conditions
Publication -
Combining the MARTINI and Structure-Based Coarse-Grained Approaches for the Molecular Dynamics Studies of Conformational Transitions in Proteins
Publication -
Molecular basis for the bifunctional Uba4–Urm1 sulfur‐relay system in tRNA thiolation and ubiquitin‐like conjugation
Publication -
Hyperosmolarity adversely impacts recombinant protein synthesis by Yarrowia lipolytica—molecular background revealed by quantitative proteomics
Publication -
Molecular dynamics study of a gelsolin-derived peptide binding to a lipid bilayer containing phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate
Publication -
Structure determination of UL49.5 transmembrane protein from bovine herpesvirus 1 by NMR spectroscopy and molecular dynamics
Publication -
Multiple β-sheet molecular dynamics of amyloid formation from two ABl-SH3 domain peptides
Publication -
Gluten-Free Bread with Cricket Powder—Mechanical Properties and Molecular Water Dynamics in Dough and Ready Product
Publication -
Biological Activity and Antibiofilm Molecular Profile of Citrus aurantium Essential Oil and Its Application in a Food Model
Publication -
TiCoCrFeMn (BCC + C14) High-Entropy Alloy Multiphase Structure Analysis Based on the Theory of Molecular Orbitals
Publication -
The comparison of semiempirical and ab initio molecular modeling methods in activity and property evaluation of selected antimicrobial sulfonamides
Publication -
Determination of ionic concentration in water using reflectometric optical reader. IV Workshopon Atomic and Molecular Physics.
PublicationW artykule zaprezentowano reflektometryczną metodę oznaczania stężenia jonów w wodzie wykorzystując suche testy. Kształt widma reflektancyjnego pola testowego jest proporcjonalny do stężenia jonu w roztworze.
-
Experimental verification of multiband system of non coantact temperature measurements. IV Workshop on Atomic and Molecular Physics.
PublicationW pracy przedstawiono wielopasmowy optoelektroniczny system do bezkontaktowych pomiarów temperatury wykonane za jego pomocą w zakresie od 250 do 390 stopni Celsjusza. Przeprowadzono dyskusję błędów pomiarowych i porównano otrzymane rezultaty z wynikami modelowania komputerowego.
-
Raman investigation of minor component reaction during polymer synthesisprocess. IV Workshop on Atomic and Molecular Physics.
PublicationWykonano badania ramanowskie reakcji zachodzących podczas procesu wytwarzania polimerów hybrydowych w ich części organicznej. Optyczne monitorowanie przebiegu reakcji w czasie rzeczywistym umożliwiło zbadanie ich efektywności oraz czasu trwania. Wyjaśniono też rolę katalizatorów.
-
Analysis of spectral data by complementary methods. Inspection of the molecular complex in N,N-dimethylformamide - methanol mixtures
PublicationDane widmowe FTIR mieszanin N,N-dimetyloformamidu z metanolem poddano anlizie faktorowej oraz analizie metodą ważonych widm różnicowych. Przydatność obu metod analizy w odniesieniu do układów z wiązaniem wodorowym poddano krytycznej dyskusji. Stwierdzono obecność kompleksu molekularnego typu 1:1 w całym zakresie składów mieszanin. Forma tego kompleksu zależy jednak od składu roztworu. Postulowano występowanie słabych wiązań wodorowych...
-
Molecular mobility of water protons under interaction with chemically modified starches. DSC and HMR-relaxation investigations
PublicationThe change of water protons mobility in the system chemically modified starches – water were investigated by DSC and NMR-relaxation methods. The amount of unfrozen water at subzero temperature as well as additional unfrozen water which appears after gelatinization have lower values for chemically modified starches in comparison with the native starch. The proton spin-spin relaxation time Т2 for chemically modified starch samples,...
-
Investigation of volatile low molecular weight compounds formed during continuous reclaiming of ground tire rubber
PublicationGround tire rubber was thermo-mechanically reclaimed at different temperature conditions (80, 120, 160 °C) using a co-rotating twin screw extruder. The progress of ground tire rubber reclaiming was evaluated with specific mechanical energy, sol fraction and thermogravimetric analysis. Volatile organic compounds (VOCs) including volatile sulfur compounds (VCSs) released from ground tire rubber and ground tire rubber after reclaiming...
-
Hybrid Monte-Carlo simulations of fluorescence anisotropy decay in disordered two-component systems in the presence of forward and back energy transfer
PublicationW pracy przedstawiono hybrydowy algorytm symulacji Monte Carlo zaniku anizotropii emisji fluorescencji w układach dwuskładnikowych z uwzględnieniem prostego i powrotnego transferu energii. Poprawność nowego algorytmu symulacji Monte Carlo zweryfikowano poprzez porównanie z wynikami obliczeń teoretycznych otrzymanymi w ramach modelu SCDM i z wynikami standardowej symulacji Monte Carlo (algorytm 'step by step').
-
Hybrid Monte-Carlo simulations of fluorescence anisotropy decayin three-component donor-mediator-acceptor systems in the presenceof energy transfer
PublicationW pracy przedstawiono nowy hybrydowy algorytm symulacji Monte-Carlo układu trójskładnikowego donor-mediator-akceptor. Działanie algorytmu zilustrowano na przykładzie zaników anizotropii emisji fluorescencji powyższego układu. Porównano wyniki hybrydowej symulacji Monte-Carlo z wynikami klasycznej metody ''step by step''. Stwierdzono bardzo dobrą zgodność wyników obu symulacji, przy czym algorytm hybrydowy wymaga znacznie krótszego...
-
CELLULAR AND MOLECULAR BIOLOGY
Journals -
CURRENT MOLECULAR MEDICINE
Journals -
International Conference on Computational Molecular Biology
Conferences -
Przemysław Krata dr hab. inż.
People -
New Molecular Markers Involved in Regulation of Ovarian Granulosa Cell Morphogenesis, Development and Differentiation during Short-Term Primary In Vitro Culture—Transcriptomic and Histochemical Study Based on Ovaries and Individual Separated Follicles
Publication -
Trees as a Shading System for Streets on the East–West Axis: Computer Simulations for the Selected Geometrical Proportions of Building Developments in Humid Continental Climate
PublicationThe study is aimed at investigating the possibilities for solar protection provided to the street canyon located on the E–W axis and with the following profiles: shallow (height/width (H/W) = 0.2, 0.6, and 1) and deep (H/W = 2) by two rows of trees located at a distance of 3 m away from southern and northern façades. The research was based on numerical simulation analyses conducted in the Rhinoceros® program, with the application...
-
Hydraulic fracturing process in rocks – small-scale simulations with a novel fully coupled DEM/CFD-based thermo-hydro-mechanical approach
PublicationW artykule przedstawiono dwuwymiarową (2D) symulację numeryczną szczelinowania hydraulicznego w małej skali przeprowadzoną w próbkach skał posiadających pojedynczą szczelinę wtryskową. Wykorzystano unikalny model termo-hydro-mechaniczny (THM) w skali porów oparty na DEM/CFD do symulacji dwufazowego laminarnego przepływu płynu (wody i gazu) z przenoszeniem ciepła w nienasyconych materiałach porowatych o niskiej porowatości. Korzystając...
-
Kinetics of molecular decomposition under irradiation of gold nanoparticles with nanosecond laser pulses—A 5-Bromouracil case study
Publication -
High- and low-Molecular Weight oat Beta-Glucan Reveals Antitumor Activity in Human Epithelial Lung Cancer
Publication -
Design of a D3h-symmetry prismatic tris-(ferrocene-1,1′-diyl) molecular cage bearing boronate ester linkages
Publication -
Molecular Response in Intestinal and Immune Tissues to in Ovo Administration of Inulin and the Combination of Inulin and Lactobacillus lactis Subsp. cremoris
Publication -
Molecular organization of antifungal antibiotic amphotericin B in lipid monolayers studied by means of Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy
Publication -
Transcriptomic Profile of Genes Encoding Proteins Involved in Pathogenesis of Sjögren’s Syndrome Related Xerostomia—Molecular and Clinical Trial
Publication -
Application of Multiplexed Replica Exchange Molecular Dynamics to the UNRES Force Field: Tests with α and α+β Proteins
Publication -
Micelle-bound conformations of neurohypophyseal hormone analogues modified with a Cα-disubstituted residue: NMR and molecular modelling studies
Publication -
Conformational studies of vasopressin and mesotocin using NMR spectroscopy and molecular modelling methods. Part I: studies in water
Publication -
Self-assembly and interactions of short antimicrobial cationic lipopeptides with membrane lipids: ITC, FTIR and molecular dynamics studies
Publication -
Chemically Bonded Silica Stationary Phases: Synthesis, Physicochemical Characterization, and Molecular Mechanism of Reversed-Phase HPLC Retention
Publication -
Molecular characterisation of fowl adenovirus type 7 isolated from poultry associated with inclusion body hepatitis in Poland
Publication -
THE EFFECTS OF APPLYING CHITOSAN OF DIFFERENT MOLECULAR WEIGHTS ON THE QUALITY OF KAMCHATKA BERRIES (LONICERA CAERULEA L.): PART 2
Publication -
Formation, crystal and molecular structures of heteroleptic zinc(II) tri-tert-butoxysilanethiolates with ZnNO2S2 and ZnN2S2 coordination pattern.
PublicationZsyntetyzowano pięć tri-tert-butoksysilanotiolanów cynku zawierających jako dodatkowe ligandy heterocykliczne, zasady azotowe. Wzór ogólny tych kompleksów to Zn(SSi(OBut)3)2L, gdzie L=alfa-pikolina, 2,4-lutydyna, N-metyloimidazol lub Zn(SSiOBut)3)2L2, gdzie L=N-metyloimidazol lub pirydyna. Określono strukturę krystaliczną otrzymanych związków oraz zmierzono widma IR i NMR.
-
Molecular modelling of transition state analogue inhibitors of glucosamine-6-P synthase and glucose-6-P isomerase.
PublicationStruktura kompleksu 2-amino-2-deoksy-D-glucitolo-6-P (ADGP) z centrum aktywnym syntazy GlcN-6-P z E. coli została wykorzystAna jako punkt wyjścia do modelowania molekularnego analogów ADGP. Używając programu GROMOS96 wygenerowano konformacje analogów o najniższych energiach wewnętrznych, które następnie ''dokowano'' w centrum aktywnym enzymu. Dokonano syntezy wybranych związków i określono parametry kinetyczne i termodynamiczne...
-
Oscillating water-oil-water liquid membrane systems for molecular recognition of substances belonging to diferent taste classes
PublicationBadano oscylacje róznicy potencjału elektrochemicznego miedzy fazami wodnymi. Jedna faza wodna zawiera kationowy lub anionowy surfaktant podczas gdy w drugiej fazie wodnej znajduje sie substancja odpowiedzialna za smak. Dwie fazy wodne sa rozdzielone faza olejową. Oscylacje były analizowane poprzez konstrukcje portretów fazowych uzywając metody opoznienia czasowego. Kształt portretów fazowych jest rozny dla oscylatorów z kationowym...
-
Ionic liquids: predictions of physicochemical properties with experimental and/or DFT-calculated LFER parameters to understand molecular interactions in solution
PublicationPublikacja zawiera modele pozwalające na przewidywanie współczynnika podziału oktanol-woda (log P), rozpuszczalności w wodzie oraz krytycznego stężenia micelizacji (CMC) cieczy jonowych oraz współczynników aktywności anionowej i hydrofobowości w wodzie i w mieszaninie oktanolu z wodą. Modele oparte są na liniowych zależnościach energii swobodnej (LFER) i wykorzystują parametry zmierzone i/lub wyliczone na podstawie funkcjonalnej...
-
Kinetics of molecular decomposition under irradiation of gold nanoparticles with nanosecond laser pulses—A 5-Bromouracil case study
PublicationABSTRACT Laser illuminated gold nanoparticles (AuNPs) efficiently absorb light and heat up the surrounding medium, leading to versatile applications ranging from plasmonic catalysis to cancer photothermal therapy. Therefore, an in-depth understanding of the thermal, optical, and electron induced reaction pathways is required. Here, the electrophilic DNA nucleobase analog 5-Bromouracil (BrU) has been used as a model compound to...
-
The Ellenbogen's “Matter as Software” Concept for Quantum Computer Implementation. C60 and X@C60 Molecules as Available Molecular Building Blocks (MBBs) for Tip-Based Nanofabrication (TBN) of Quantum Computing Devices
PublicationThe TBN bottom-up strategy of building quantum devices from C60 and X@C60 MBBs is proposed as an extension of the Ellenbogen's “Matter as Software” idea to quantum information processing. The capped SW or DW CNT STM tip is considered as device for manipulating C60 and X@C60 molecules. In this article, the possibility of using easily available on the market C60 Fullerene and endohedral X@C60 molecules together with commercial CNT...
-
COMPARATIVE BIOCHEMISTRY AND PHYSIOLOGY A-MOLECULAR & INTEGRATIVE PHYSIOLOGY
Journals