Search
Filters
total: 1226
-
Catalog
- Publications 995 available results
- Journals 14 available results
- Conferences 1 available results
- Publishing Houses 1 available results
- People 50 available results
- Inventions 12 available results
- Projects 13 available results
- Laboratories 2 available results
- Research Teams 5 available results
- Research Equipment 1 available results
- e-Learning Courses 42 available results
- Events 8 available results
- Open Research Data 82 available results
displaying 1000 best results Help
Search results for: ROZPOZNAWANIE DNA MORSKIEGO
-
Rozpoznawanie statycznych i dynamicznych gestów dłoni z zastosowaniem adaptacyjnego czujnika optycznego
PublicationBezdotykowe interfejsy urządzeń stacjonarnych oraz urządzeń mobilnych są ważne zwłaszcza w ochronie zdrowia (np. przeciwdziałanie roznoszeniu bakterii i wirusów, wsparcie chirurga w trakcie przeprowadzania operacji itp.). W ramach rozprawy doktorskiej zaprojektowano i wykonano oszczędny energetycznie czujnik gestów o budowie liniowej, złożony z fotodiod i diod LED, wraz z dedykowanym mu...
-
Genome-Wide DNA Methylation and Gene Expression in Patients with Indolent Systemic Mastocytosis
PublicationMastocytosis is a clinically heterogenous, usually acquired disease of the mast cells with a survival time that depends on the time of onset. It ranges from skin-limited to systemic disease, including indolent and more aggressive variants. The presence of the oncogenic KIT p. D816V gene somatic mutation is a crucial element in the pathogenesis. However, further epigenetic regulation may also affect the expression of genes that...
-
Sequence-dependent structural properties of B-DNA: what have we learned in 40 years?
PublicationThe structure of B-DNA, the physiological form of the DNA molecule, has been a central topic in biology, chemistry and physics. Far from uniform and rigid, the double helix was revealed as a flexible and structurally polymorphic molecule. Conformational changes that lead to local and global changes in the helix geometry are mediated by a complex choreography of base and backbone rearrangements affecting the ability of the B-DNA...
-
Studia i Materiały Instytutu Transportu i Handlu Morskiego
Journals -
Covalent DNA modification by products of myrosinase catalysed glucosinolate degradation in cell-free system
PublicationThe bioactive phytochemicals found in Brassica vegetables belonging to glucosinolates (GLS) and especially the products of their degradation isothiocyanates (ITC) and indoles are regarded as the most promising cancer chemopreventive compounds. These secondary metabolites constitute defence system repelling or preventing the development of agrophages attacking brassica plants. The antibiological properties of these compounds suggest...
-
Defining a novel domain that provides an essential contribution to site-specific interaction of Rep protein with DNA
PublicationAn essential feature of replication initiation proteins is their ability to bind to DNA. In this work, we describe a new domain that contributes to a replication initiator sequence-specific interaction with DNA. Applying biochemical assays and structure prediction methods coupled with DNA–protein crosslinking, mass spectrometry, and construction and analysis of mutant proteins, we identified that the replication initiator of the...
-
Set of Experience and Decisional DNA: Toward Brains for Cyber-physical Systems and Industry of the Future
PublicationThe concept of Decisional DNA is decade old. This article introduces the initial idea of Set of Experience Knowledge Structure, its advancement into Decisional DNA, and its potential for real life applications in divers domains. The most current and future research steps into Industry 4.0 are also presented and discussed
-
Real-time isothermal DNA amplification monitoring in picoliter volumes using an optical fiber sensor
PublicationRolling circle amplification (RCA) of DNA can be considered as a great alternative to the gold standard polymerase chain reaction (PCR), especially during this pandemic period, where rapid, sensitive, and reliable test results for hundreds of thousands of samples are required daily. This work presents the first research to date on direct, real-time and label-free isothermal DNA amplification monitoring using a microcavity in-line...
-
Unraveling the Interplay between DNA and Proteins: A Computational Exploration of Sequence and Structure-Specific Recognition Mechanisms
PublicationMy PhD dissertation focused on DNA-protein interactions and the recognition of specific DNA sequences and structures. I discovered that acidic amino acid residues (Asp/Glu) play a crucial role by exhibiting a preference for cytosine. Their contribution to binding affinity depends on nearby cytosines, balancing electrostatic repulsion with specific interactions. Acidic residues act as negative selectors, discouraging non-cytosine...
-
Decisional DNA based intelligent knowledge model for flexible manufacturing system
PublicationModeling an effective mechanism for design and control strategies for the implementation of a flexible manufacturing system (FMS) has been a challenge. Consequently, to overcome this issue various techniques have applied in the past but most of these models are effective only for some specific situation or an element of FMS. In this study, the knowledge representation technique of Decisional DNA (DDNA) is applied to FMS to develop...
-
Prediction based on integration of Decisional DNA and a feature selection algorithm Relief-F
PublicationThe paper presents prediction model based on Decisional DNA and Set of experienced integrated with Relief_F algorithm for feature selection
-
Molecular differences in mitochondrial DNA (mtDNA) genomes of dogs with malignant mammary tumours
Open Research DataThe aim of this study was to determine molecular defects in mitochondrial DNA with the use of large-scale genome analysis in malignant canine mammary gland tumours and indicate whether these changes were linked with the carcinogenesis process. With the use of the NGS technology, we sequenced 27 samples of mtDNA isolated from blood and tumours obtained...
-
Profesor Stanisław Hueckel. Współtwórca polskiej szkoły budownictwa morskiego i geotechniki
PublicationW artykule przedstawiono działalność dydaktyczną i naukową Prof. St. Hueckla prowadzoną w Politechnice Gdańskiej i Instytucie Budownictwa Wodnego Polskiej Akademii Nauk w Gdańsku. Działalność ta obejmuje szeroko pojętą geoinżynierię i budownictwo morskie. Ponadto omówiono w artykule działalność wydawniczą w redakcjach czasopism naukowych i organizacyjną w Politechnice Gdańskiej, Akademii Nauk oraz w instytutach i organizacjach...
-
Analiza stateczności skarpy klifu w ciągubrzegu morskiego w miejscowości Rozewie
PublicationW opracowaniu przedstawiono wariantową analizę stateczności wykonaną dla klifu znajdującego się w miejscowości Rozewie. Na zboczu z uwagi na gęstą roślinność oraz wysokie nachylenie zachodzą procesy osuwiskowe i wymaga ono wzmocnienia. W porównaniu przeprowadzonych analiz szczególną uwagę zwrócono na sposób modelowania poziomu wody gruntowej oraz wartości parametrów przyjmowanych dla modelu van Genuchtena, odpowiedzialnego za analizę...
-
Rewitalizacja Dworca Morskiego w Gdyni : rekomendacje dla kształtowania programu funkcjonalnego
PublicationReferat analizujący historię funkcjonowania i przemiany przestrzenne jakim podlegał gdyński Dworzec Morski. Wytyczne dla określenia przyszłych funkcji użytkowych jakie Dworzec Morski ma szansę pełnić w przyszłości w kontekście modernizacji Portu Wschodniego w Gdyni.
-
Aplikacja wspomagająca przetwarzanie sekwencji dna: moduł dopasowań
PublicationBiologia molekularna jest obecnie bardzo dynamicznie rozwijającą się dziedziną nauki. Wzrost mocy obliczeniowej komputerów pozwala na coraz szybszą i dokładniejszą analizę wielocząsteczkowych biologicznych polimerów. Poniższy artykuł przedstawia jeden z modułów programu AlignGator - modułowego systemu przeznaczonego do analizy DNA. Omawiany moduł pozwala na tworzenie, oraz edycję wielodopasowań. W początkowej części artykułu opisane...
-
Selected problems of estimation of road and marine transport resources operation fuel consumption = Wybrane problemy oceny eksploatacyjnego zużycia paliwa w środkach transportu drogowego i morskiego
PublicationW referacie przedstawiono metody oceny eksploatacyjnego zużycia paliwa w środkach transportu drogowego. Omówiono testy zużycia paliwa prowadzone przez producentów pojazdów oraz zaprezentowano problematykę ich reprezentatywności dla dzisiejszych warunków ruchu. W drugiej części referatu przedstawiono problematykę prognozowania zużycia paliwa statków towarowych ze szczególnym uwypukleniem odmienności opisu warunków eksploatacji środków...
-
Dominant Pathways of Adenosyl Radical-Induced DNA Damage Revealed by QM/MM Metadynamics
PublicationBrominated nucleobases sensitize double stranded DNA to hydrated electrons, one of the dominant genotoxic species produced in hypoxic cancer cells during radiotherapy. Such radiosensitizers can therefore be administered locally to enhance treatment efficiency within the solid tumor while protecting the neighboring tissue. When a solvated electron attaches to 8-bromoadenosine, a potential sensitizer, the dissociation of bromide...
-
Decisional DNA with embedded Relief-F linear regression for knowledge and experience management
PublicationOmowiono zastowania Decyzyjnego DNA, regresji liniowej oraz funkcji RELIEF-F w procesach formalnego modelowania i wspomagania zarzadzania wiedza oraz zarzadzania doswiadczeniem.
-
DNA repair is responsible for the presence of oxidatively damaged DNA lesions in urine
Publication -
Low-Molecular Pyrazine-Based DNA Binders: Physicochemical and Antimicrobial Properties
PublicationPyrazine and its derivatives are a large group of compounds that exhibit broad biological activity, the changes of which can be easily detected by a substituent effect or a change in the functional group. The present studies combined theoretical research with the density functional theory (DFT) approach (B3LYP/6-311+G**) and experimental (potentiometric and spectrophotometric) analysis for a thorough understanding of the structure...
-
The Neural Knowledge DNA Based Smart Internet of Things
PublicationABSTRACT The Internet of Things (IoT) has gained significant attention from industry as well as academia during the past decade. Smartness, however, remains a substantial challenge for IoT applications. Recent advances in networked sensor technologies, computing, and machine learning have made it possible for building new smart IoT applications. In this paper, we propose a novel approach: the Neural Knowledge DNA based Smart Internet...
-
Molecular basis for the DNA damage induction and anticancer activity of asymmetrically substituted anthrapyridazone PDZ-7
Publicationnthrapyridazones, imino analogues of anthraquinone, constitute a family of compounds with remarkable anti-cancer activity. To date, over 20 derivatives were studied, of which most displayed nanomolar cytotoxicity towards broad spectrum of cancer cells, including breast, prostate and leukemic ones. BS-154, the most potent derivative, had IC50 values close to 1 nM, however, it was toxic in animal studies. Here, we characterize another...
-
Decisional DNA based framework for representing Virtual Engineering Objects
PublicationIn this paper, we propose a frame-work to represent the Virtual Engineering Objects (VEO) utilizing Set of Knowledge Experience Structure (SOEKS) and Decisional DNA. A VEO will enable the discovery of new knowledge in a manufacturing unit and the generation of new rules that drive reasoning. The proposed VEO framework will not only be knowledge based representation but it will also have its associated experience embedded within...
-
How acidic amino acid residues facilitate DNA target site selection
PublicationDespite the negative charge of the DNA backbone, acidic residues (Asp/Glu) commonly participate in the base readout, with a strong preference for cytosine. In fact, in the solved DNA/protein structures, cytosine is recognized almost exclusively by Asp/Glu through a direct hydrogen bond, while at the same time, adenine, regardless of its amino group, shows no propensity for Asp/Glu. Here, we analyzed the contribution of Asp/Glu...
-
Effects of metallic silver particles on resonance energy transfer between fluorophores bound to DNA.
PublicationZbadano wpływ filmów wysepek metalicznego srebra na rezonansowe przekazywanie energii między fluoroforami związanymi z DNA. Donorem i akceptorem były odpowiednio 4´,6 diamidyno-2-fenylindon i jodek propydyny. Zmierzone dla tego układu czasy zaniku i widma fluorescencji pokazują, że sąsiedztwo cząstek srebra dramatycznie zwiększa promień Forstera, a tym samym i przekazywanie energii w znakowanym DNA.
-
Two-photon induced fluorescence of Cy5-DNA in buffer solution and on silver island film
PublicationOpisano fluorescencję barwnika CY5 połączonego z DNA w roztworze buforowym na wysepkach srebrowych.
-
Principles and applications of Ligation Mediated PCR methods for DNA-based typing of microbial organisms
PublicationA significant number of DNA-based techniques has been introduced into the field of microorganisms’ characterization and taxonomy. These genomic fingerprinting methods were developed to detect DNA sequence polymorphisms by using general principles, such as restriction endonuclease analysis, molecular hybridization, and PCR amplification. In recent years, some alternative techniques based on ligation of oligonucleotide adapters before...
-
Rozpoznawanie dynamicznych i statycznych gestów rąk w zastosowaniu do sterowania aplikacjami komputerowymi
PublicationW referacie przedstawiono interfejs, metody oraz algorytmy sterowania komputerem za pomocą dynamicznych i statycznych gestów rąk. Komponentami opracowanego rozwiązania są komputer klasy PC wraz z opracowanym interfejsem i oprogramowaniem, kamera internetowa oraz projektor multimedialny. Gesty rozpoznawane są w procesie analizy obrazu wizyjnego pozyskanego z kamery internetowej przymocowanej do projektora oraz analizy obrazu wyświetlanego...
-
Metoda diagnostyki cieplno-przepływowej umożliwiająca rozpoznawanie miejsca i stopnia degradacji turbozespołów energetycznych
PublicationPrzedyskutowano problem rozpoznawania degradacji urządzeń składowych turbozespołów energetycznych dużej mocy. Scharakteryzowano systemy DCS dużych obiektów energetycznych dostarczające dane eksperymentalne o występowaniu degradacji eksploatacyjnej urządzeń składowych tych obiektów. Zastosowano sieci neuronowe (SSN) o skokowych i ciągłych funkcjach przejścia do zbudowania relacji diagnostycznych opartych o modułowy system diagnostyczny....
-
AUTOMATYCZNE ROZPOZNAWANIE GATUNKÓW MUZYCZNYCH W APLIKACJI SYNTEZUJĄCEJ NISKIE CZĘSTOTLIWOŚCI W URZĄDZENIACH MOBILNYCH
PublicationW pracy został opisany inteligentny algorytm syntezy niskich częstotliwości w urządzeniach mobilnych (Smart VBS). Algorytm Smart VBS rozpoznaje gatunek muzyczny i w zależności od wskazania dobiera optymalne parametry syntezy niskich częstotliwości. Synteza niskich częstotliwości odbywa się z wykorzystaniem metody funkcji nieliniowych (NLD). Modyfikacji podlega wykorzystywana funkcja nieliniowa, liczba oraz poziom wzmocnienia dodawanych...
-
Rozpoznawanie urządzeń i wykrywanie nieautoryzowanego poboru energii elektrycznej na podstawie pomiaru napięcia
PublicationW pracy rozpatrywany jest problem wykrywania nieautoryzowanego poboru energii z sieci elektrycznej przez identyfikację podłączonych urządzeń. Estymacja stanu sieci, rozumianej jako zbiór podpiętych układów, wraz z ustaloną listą urządzeń dopuszczonych, pozwala określić, czy w danej chwili ma miejsce pobór nieautoryzowany. W celu wykrywania urządzeń, proponuje się wykorzystać prostą metodę opartą na analizie wysokoczęstotliwościowego...
-
DNA and its Metaphors
Publication -
Increased concentration of Taq DNA polymerase as a solution for GC-rich templates from clinical and environmental samples
PublicationDNA polymerase is an enzyme which plays crucial role in replication and DNA repair. It found application in PCR (polymerase chain reaction) where catalyses process of in vitro DNA synthesis. To meet the demands posed by mod- ern diagnostic, molecular biology or genetic engineering it is necessary to improve DNA polymerases to obtain new or better features useful in these fields. So far implemented modifications in majority are...
-
Silver nanoparticles induce premutagenic DNA oxidation that can be prevented by phytochemicals from Gentiana asclepiadea
PublicationAmong nanomaterials, silver nanoparticles (AgNPs) have the broadest and most commercial applications due to their antibacterial properties, highlighting the need for exploring their potential toxicity and underlying mechanisms of action. Our main aim was to investigate whether AgNPs exert toxicity by inducing oxidative damage to DNA in human kidney HEK 293 cells. In addition, we tested whether this damage could be counteracted...
-
How proteins bind to DNA: target discrimination and dynamic sequence search by the telomeric protein TRF1
PublicationTarget search as performed by DNA-binding proteins is a complex process, in which multiple factors contribute to both thermodynamic discrimination of the target sequence from overwhelmingly abundant off-target sites and kinetic acceleration of dynamic sequence interrogation. TRF1, the protein that binds to telomeric tandem repeats, faces an intriguing variant of the search problem where target sites are clustered within short fragments...
-
The influence of the substrate temperature on the preparation of DNA films for studies under vacuum conditions
PublicationPrzeanalizowano wpływ temperatury na formowanie warstw DNA. Sprawdzono wpływ stabilizatorów na jakość otrzymanych próbek. Stwierdzono, że optymalnymi warunkami przygotowywania filmów do badań w warunkach próżniowych jest - 10 st. C przy minimalnej zawartości NaOH.
-
Photostability pf Cy3 and Cy5-labeled DNA in the presence of metallic silver particles
PublicationZbadano wpływ cząstek metalicznego srebra na fotostabilność oligomerów DNA kowalencyjnie związanych z Cy3 lub Cy5. Zbliżenie fluoroforów do cząstek srebra powodowało zwiększenie intensywności fluorescencji i pojawienie się frakcji emisji bardziej odpornej na wybielanie.
-
DNA adduct formation by C-1748, a potent antitumor 4-methyl-1-nitroacridine of lowered toxicity.
Publication4-podstawione 1-nitroakrydyny reprezentują nową grupę pochodnych zsyntetyzowanych na Politechnice Gdańskiej. W porównaniu do macierzystych 1-nitroakrydyn związki te wykazują obniżoną toksyczność i podwyższoną aktywność przeciwnowotworową. Wiodąca pochodna 4-metylo-1-nitroakrydyna o symbolu C-1748 jest obecnie w przygotowaniu do I fazy badań klinicznych w leczeniu raka okrężnicy. Wprowadzenie elektrodonorowej grupy metylowej w...
-
Toward Smart Innovation Engineering: Decisional DNA-Based Conceptual Approach
PublicationABSTRACT Knowledge and experience are essential requirements for product innovation. The presented paper proposes a systematic approach for product innovation support using a Smart Knowledge Management System comprising a Set of Experience Knowledge Structure (SOEKS) and Decisional DNA (DDNA). This proposed system is dynamic in nature because it updates itself every time a new decision related to innovation is made. Through this...
-
Aplikacja wspomagająca przetwarzanie sekwencji dna: moduł edycji chromatogramu
PublicationModuł edycji chromatogramu jest częścią większej aplikacji, służącej do wspomagania przetwarzania danych pochodzących z sekwencjonowania DNA. Aplikacja skonstruowana jest z odrębnych, samodzielnych programów, które współpracują dwiema drogami - poprzez popularne formaty plików, co umożliwia wprowadzenie do modułów danych opracowanych częściowo w aplikacjach zewnętrznych, oraz poprzez przesyłanie danych pomiędzy modułami, co usprawnia...
-
Decisional-DNA Based Smart Production Performance Analysis Model
Publicationn order to allocate resources effectively according to the production plan and to reduce disturbances, a framework for smart production performance analysis is proposed in this article. Decisional DNA based knowledge models of engineering objects, processes and factory are developed within the proposed framework. These models are the virtual representation of manufacturing resources, and with help of Internet of Things, are capable...
-
DNA methylation in cancer development, diagnosis and therapy-multiple opportunities for genotoxic agents to act as methylome disruptors or remediators
PublicationThe role of DNA methylation and recently discovered hydroxymethylation in the function of the human epigenome is currently one of the hottest topics in the life sciences. Progress in this field of research has been further accelerated by the discovery that alterations in the methylome are not only associated with key functions of cells and organisms, such as development, differentiation and gene expression, but may underlie a number...
-
Nowoczesne obiekty budownictwa lądowego i budownictwa morskiego XXI wieku w Trójmieście
PublicationPrzedstawiono charakterystykę konstrukcyjna i funkcjonalną 17 obiektów budowlanych w Trójmieście. Uwypuklono nowoczesność rozwiązań konstrukcyjnych i technologii wykonawstwa, a poszczególne obiekty przedstawiono na licznych rysunkach. Podano informację o przyznaniu części z wymienionych obiektów nagród ''Budowa Roku'' lub ''Zabytek Zadbany''.
-
Zaopatrzenie w wodę mieszkańców Orłowa Morskiego wraz z Witominem (1930-1960)
PublicationW pracy odtworzono trzydziestoletni proces budowy i eksploatacji grupowego wodociągu miejskiego na przedwojennym obszarze administracyjnym Witomina, Małego Kacka, Orłowa, Kolibek i Redłowa. W analizowanym czasokresie ustalono chronologię zdarzeń inwestycyjnych uwarunkowanych lokalnymi czynnikami, parametry techniczne urządzeń w wybudowanych obiektach i przebieg rozbudowy sieci wodociągowej. W efekcie udokumentowano zachodzące przemiany...
-
Projektowanie systemów radiokomunikacyjnych opartych na metodzie OFDMA na potrzeby transportu morskiego
PublicationW referacie przedstawiono podstawy projektowania systemów radiokomunikacyjnych do szybkiej transmisji danych, opartych na metodzie OFDMA, na potrzeby morskich systemów transportowych. W pierwszej części scharakteryzowano podstawowe właściwości kanału radiokomunikacyjnego w morskiej strefie przybrzeżnej A1, mające wpływ na proces projektowania interfejsu radiowego OFDMA. Następnie opisano podstawowe charakterystyki systemu oraz...
-
Stan identyfikacji ryzyka i jego ocena w przedsiębiorstwach budownictwa inżynieryjno-morskiego
PublicationPrzedstawiono charakterystykę ryzyka w budownictwie inżynieryjno-morskim i omówiono sposoby zarządzania nim. W dalszej części przedstawiono wyniki badań nad metodami oceny i zarządzania ryzykiem w kilku wybranych przedsiębiorstwach. Stwierdzono, iż brakuje profesjonalnego podejścia do zarządzania ryzykiem. Powszechnie stosowaną metodą jest unikanie go lub ubezpieczenie.
-
From Individual to Collective: Intelligence Amplification with Bio-Inspired Decisional DNA and its Extensions
PublicationIn nature, deoxyribonucleic acid (DNA) contains the genetic instructions used in the development and functioning of all known living organisms. The idea behind our vision is to develop an artificial system, an architecture that would support discovering, adding, storing, improving and sharing information and knowledge among agents and organizations through experience. We propose a novel Knowledge Representation (KR) approach in...
-
Total DNA Methylation Changes Reflect Random Oxidative DNA Damage in Gliomas
Publication -
Total DNA methylation as a biomarker of DNA damage and tumor malignancy in intracranial meningiomas
Publication