Wyszukiwarka
Wyniki wyszukiwania dla: GROMACS
-
Keep It Flexible: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with GROMACS
PublikacjaWe describe a versatile method to enforce the rotation of subsets of atoms, e.g., a protein subunit, in molecular dynamics (MD) simulations. In particular, we introduce a “flexible axis” technique that allows realistic flexible adaptions of both the rotary subunit as well as the local rotation axis during the simulation. A variety of useful rotation potentials were implemented for the GROMACS 4.5 MD package. Application to the...
-
OROMACS: A Design Framework for Multi-agent Control System
Publikacja -
Molecular modelling of membrane sterols with the use of the GROMOS 96 forcefield
PublikacjaPodstawowym zadaniem tego projektu było udowodnienie zasadności stosowania pola siłowego GROMOS 96 do symulacji steroli błonowych metodą dynamiki molekularnej. Uzyskane wyniki jasno wskazują, że to pole siłowe bardzo dobrze nadaje się do symulacji silnie lipofilowych układów.
-
Chemical Characteristics and Sensory Evaluation of Raw and Roasted Buckwheat Groats Fermented by Rhizopus Oligosporus
Publikacja -
Effect of roasting time of buckwheat groats on the formation of Maillard reaction products and antioxidant capacity
Publikacja -
The influence of cooking on the antioxidant properties and polyphenol content in buckwheat, barley and millet groats and the transfer of the compounds to the water
Publikacja -
Corrigendum to “Effect of roasting time of buckwheat groats on the formation of Maillard reaction products and antioxidant capacity” [Food Chem. 196 (2016) 355–358]
Publikacja -
EMAS (merger of DALT, AOSE and PROMAS)
Konferencje -
Uczenie poprzez auto-kodowanie w celu redukcji wymiarowości obrazu w zadaniach zaganiania
PublikacjaPraca dotyczy redukcji wymiarowości w problemie zaganiania (spychania) gromady złożonej z dużej liczby dynamicznych obiektów (ludzi, zwierząt, cząstek chemicznych, itp.) przez zespół aktywnych agentów. Proces zaganiania powinien spełniać określone kryteria, a algorytmy działania agentów uzyskiwane są na drodze uczenia. Przy dużej liczbie obiektów w gromadzie powstaje potrzeba redukcji wymiarowości poprzez ekstrakcję cech reprezentujących...
-
Wystawa malarstwa ŚWIAT JEST PIĘKNY – autor Tomasz Groma
Wydarzeniatermin: 9 stycznia 2017 – 10 lutego 2017; miejsce: hol przed Biblioteką, Gmach Główny Politechniki Gdańskiej, parter
-
Optimization of parallel implementation of UNRES package for coarse‐grained simulations to treat large proteins
PublikacjaWe report major algorithmic improvements of the UNRES package for physics-based coarse-grained simulations of proteins. These include (i) introduction of interaction lists to optimize computations, (ii) transforming the inertia matrix to a pentadiagonal form to reduce computing and memory requirements, (iii) removing explicit angles and dihedral angles from energy expressions and recoding the most time-consuming energy/force terms...
-
Pomiar tłumienia propagacyjnego na pokładzie promu pasażerskiego
PublikacjaW artykule przedstawiono problematykę predykcji i pomiarów poziomu sygnału radiowego we wnętrzach promów pasażerskich. Znany z literatury model propagacyjny pozwalający na szacowanie tłumienia propagacyjnego na promach został zweryfikowany poprzez wykonanie pomiarów rozkładu poziomu sygnałów radiowych na wybranym promie i porównanie wyników z obliczeniami przy użyciu modelu. Artykuł zawiera także opis zastosowanego stanowiska i...
-
Molecular basis and potential activity of HIV-1 reverse transcriptase toward trimethylamine-based compounds
PublikacjaReverse transcriptase (RT) inhibitors are currently used to treat human immunodeficiency virus (HIV)-1 infections. In this work, novel triethylamine derivatives were designed and studied by rigid and flexible docking and molecular dynamics (MD) approaches. An apo form of HIV-1 RT was also studied by MD simulation to analyze comparative response of protein in ligand-bound and ligand-unbound forms. Among newly designed HIV-1 RT inhibitors,...
-
Intercalation complex of imidazoacridinone C-1311, a potential anticancer drug, with DNA helix d(CGATCG)2: stereostructural studies by 2D NMR spectroscopy.
PublikacjaImidazoacridinone C-1311 (Symadex®) is a powerful antitumor agent, which successfully made its way through the Phase I clinical trials and has been recommended for Phase II few a years ago. It has been shown experimentally that during the initial stage of its action C-1311 forms a relatively stable intercalation complex with DNA, yet it has shown no base-sequence specificity while binding to DNA. In this paper, the d(CGATCG)2:C-1311...
-
Electronic Noses in Medical Diagnostics
PublikacjaElectronic nose technology is being developed in order to identify aromas in a way parallel to the biologic olfaction. When applied to the field of medicine, such device should be able to identify and discriminate between different diseases. In recent years this kind of approach finds application in medical diagnostics, and especially in disease screening. Despite the fact that devices utilizing chemical sensor arrays are not routinely...
-
HDAC Inhibitors: Innovative Strategies for Their Design and Applications
PublikacjaHistone deacetylases (HDACs) are a large family of epigenetic metalloenzymes that are involved in gene transcription and regulation, cell proliferation, differentiation, migration, and death, as well as angiogenesis. Particularly, disorders of the HDACs expression are linked to the development of many types of cancer and neurodegenerative diseases, making them interesting molecular targets for the design of new efficient drugs...
-
Analysis of volatile fraction of sweetie (Citrus maxima × Citrus paradisi) and its parent fruit using proton transfer reaction mass spectrometry
PublikacjaThe quality of the fruit is affected by several main ingredients and the aroma plays a fundamental role during the selection of fruit by consumers. In the case where several fruit have similar aromas and only one of them has specific health properties, it is very important to find the differences in the volatile organic compounds (VOCs) composition to distinguish these samples. Such situations are often found for hybrid fruit....
-
Membrane technologies assisting plant-based and agro-food by-products processing: A comprehensive review
PublikacjaBackground Nowadays, membrane-based technologies (e.g. microfiltration, ultrafiltration, nanofiltration, membrane distillation, and pervaporation) have demonstrated to meet the requirements to be involved in different food and bioproduct processes. Scope and approach Several applications have been developed, including either separation, recovery or concentration of bioactive molecules from agro-food products and by-products,...
-
Analysis of Transparent Concrete as an Innovative Material Used in Civil Engineering
PublikacjaSince the dawn of history concrete has been, right behind stone and brick, one of the oldest building materials. The ancient Romans took advantage of its opportunities. They constructed amazing architectural objects, which survived centuries as whole buildings or parts of them. Concrete is so ubiquitous, that when we are walking in a newer districts of cities we are virtually surrounded by concrete from everywhere. Sometimes...
-
Freelance technical writing application for a job which I did not get.
PublikacjaIn this essay I am going to explore the different ways in which developments in engineering technology and materials science have improved the quality of learning and at the same time somewhat diminished students innate intellectual ability which came as the result of what we know as A.I. According to wikipedia.org the word "education" comes from the conjunction of a Latin words "I lead" or "duco" meaning "I...
-
We are in touch
PublikacjaIn Touch - opis pracy „Dłonie stanowią część indywidualnej osobowości i charakteru, ale wykonują również swoje niezależne działania, i jako wyposażone we własny język, mają kluczowe znaczenie dla ludzkiej komunikacji.” Myśląca dłoń, J. Pallasmaa Obraz In Touch powstał z potrzeby zbudowania metafory czasu, którego aktualnie doświadczamy. Popularny w języku angielskim, wyrażający intencję pozostania w kontakcie, zwrot we are in...
-
O bliżej nieznanej faunie z Państwa Środka
PublikacjaArtykuł dotyczy arkana zwierząt ze wzgórz Daba oraz informacji praktycznych o nieznanej faunie z Państwa Środka. Jest to charakterystyka priorytetów badawczych z uwzględnieniem europejskiego wkładu naukowego. Oczywiście fauna i flora z gór środkowej części państwa mandaryńskiego wymaga dokładnego zbadania, ale zwróćmy też uwagę na dzikie gatunki ze wschodu. O okiełznanie bliżej nieznanych drapieżników ssaczych, przeżuwaczy,...
-
N6-methyladenosine regulates the stability of RNA:DNA hybrids in human cells
Publikacja -
A European Multi Lake Survey dataset of environmental variables, phytoplankton pigments and cyanotoxins
Publikacja -
40th EASD Annual Meeting of the European Association for the Study of Diabetes
Publikacja