Wyniki wyszukiwania dla: moleular modelling

• JOURNAL OF MOLECULAR MODELING

  Czasopisma

  ISSN: 1610-2940 , eISSN: 0948-5023

• JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING

  Czasopisma

  ISSN: 1093-3263 , eISSN: 1873-4243

• Molecular modelling of a psychrophilic β-galactosidase

  Publikacja

  • K. Tkaczuk
  • J. M. Bujnicki
  • A. Białkowska
  • S. Bielecki
  • M. Turkiewicz
  • H. Cieśliński
  • J. Kur

  - Rok 2005

  Antarktyczny szczep, gram-ujemnych bakterii, wyizolowanych z przewodu pokarmowego kryla z gatunku Thyssanoessa macrura, sklasyfikowany na podstawie analizy sekwencji nukleotydowej geny 16S rDNA jako Pseudoalteromonas sp. 22b jest producentem wewnątrzkomórkowej zimnolubnej beta-galaktozydazy. Ponieważ enzym ten wykazuje wysoką aktywność katalityczną w zakresie temperatur od 0 do 30 stC, stanowi on atrakcyjny biokatalizator, użyteczny...

• Molecular Modelling of the Neurophysin II/Vasopressin Complex

  Publikacja

  • R. Kaźmierkiewicz
  • C. Czaplewski
  • B. Lammek
  • J. Ciarkowski

  - Quantitative Structure-Activity Relationships - Rok 1997

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Comparative molecular modelling of biologically active sterols

  Publikacja

  • M. Baran
  • J. Mazerski

  - JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE - Rok 2015

  Membrane sterols are targets for a clinically important antifungal agent – amphotericin B. The relatively specific antifungal action of the drug is based on a stronger interaction of amphotericin B with fungal ergosterol than with mammalian cholesterol. Conformational space occupied by six sterols has been defined using the molecular dynamics method to establish if the conformational features correspond to the preferential interaction...

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Molecular Modeling of Meta II Rhodopsin

  Publikacja

  • R. Ślusarz
  • M. Ślusarz
  • B. Lammek
  • J. Ciarkowski

  - QSAR & COMBINATORIAL SCIENCE - Rok 2006

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Lipid-protein interactions in membranes: a molecular modelling study

  Publikacja

  • M. Pasenkiewicz-Gierula
  • M. Markiewicz
  • A. Gieldon
  • C. Czaplewski
  • J. Ciarkowski
  • C. Czaplewski

  - ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION A - Rok 2002

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• APPLIED MATHEMATICAL MODELLING

  Czasopisma

  ISSN: 0307-904X , eISSN: 1872-8480

• Molecular Modeling of the Neurohypophyseal Receptor/Atosiban Complexes

  Publikacja

  • M. Slusarz
  • R. Slusarz
  • R. Trojnar
  • K. Wisniewski
  • J. Ciarkowski
  • R. Ślusarz

  - Protein & Peptide Letters - Rok 2003

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Molecular modelling of amphotericin B-ergosterol primary complex in water

  Publikacja

  • M. Baran
  • J. Mazerski

  - BIOPHYSICAL CHEMISTRY - Rok 2002

  Badano właściwości pierwotnego kompleksu amfoterycyny B z ergosterolem przy pomocy symulacji dynamiki molekularnej. Otrzymane w wyniku naszych symulacji rezultaty słabo odpowiadają postulowanym przez innych autorów modelom kompleksu antybiotyk-sterol. Z drugiej strony uzyskane geometrie nie są sprzeczne z wynikami eksperymentów biofizycznych dotyczących powstawania kompleksów w wodzie i w środowisku wodno-alkoholowym.

• Molecular modelling of membrane sterols with the use of the GROMOS 96 forcefield

  Publikacja

  • M. Baran
  • J. Mazerski

  - CHEMISTRY AND PHYSICS OF LIPIDS - Rok 2002

  Podstawowym zadaniem tego projektu było udowodnienie zasadności stosowania pola siłowego GROMOS 96 do symulacji steroli błonowych metodą dynamiki molekularnej. Uzyskane wyniki jasno wskazują, że to pole siłowe bardzo dobrze nadaje się do symulacji silnie lipofilowych układów.

• Interatomic potential suitable for the modeling of penta-graphene: Molecular statics/molecular dynamics studies

  Publikacja

  • S. Winczewski
  • M. Y. Shaheen
  • J. Rybicki

  - CARBON - Rok 2018

  We test the potentials available for elemental carbon, with the scope to choose the potential suitable for the modeling of penta-graphene, the latest two dimensional carbon allotrope. By using molecular statics and molecular dynamics simulations we show that there is only one potential e namely the Tersoff-type potential proposed by Erhart and Albe in 2005 e which is able to correctly describe all the important features of penta-graphene....

  Pełny tekst do pobrania w portalu

• Molecular Modeling of Interaction of the Vasopressin Analogs with Vasopressin and Oxytocin Receptors

  Publikacja

  • R. Ślusarz
  • M. Ślusarz
  • R. Kaźmierkiewicz
  • B. Lammek

  - QSAR & COMBINATORIAL SCIENCE - Rok 2003

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Synthesis, biological activity and molecular modelling studies of tricyclic alkylimidazo-, pyrimido- and diazepinopurinediones

  Publikacja

  • A. Drabczyńska
  • T. Karcz
  • E. Szymańska
  • M. Köse
  • C. Müller
  • M. Paskaleva
  • J. Karolak-Wojciechowska
  • J. Handzlik
  • O. Yuzlenko
  • K. Kieć-Kononowicz

  - Purinergic Signalling - Rok 2013

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Molecular modelling of membrane activity of amphotericin B, a polyene macrolide antifungal antibiotic

  Publikacja

  • M. Bagiński
  • K. Sternal
  • J. Czub
  • E. Borowski

  - Rok 2005

  Praca dotyczy różnego typu modelowań molekularnych cząsteczki przeciwgrzybowego antybiotyku (amfoterycyny B). Praca przeglądowa obejmuje opis badań nad właściwościami molekularnymi samej cząsteczki antybiotyku, jej oddziaływań z powierzchnią błony oraz struktur kanałowych jakie tworzą cząsteczki amfoterycyny wewnątrz błony lipidowej.

• Processing and Maturation of Cathepsin C Zymogen: A Biochemical and Molecular Modeling Analysis

  Publikacja

  • A. Lamort
  • Y. Hamon
  • C. Czaplewski
  • A. Gieldon
  • S. Seren
  • L. Coquet
  • F. Lecaille
  • A. Lesner
  • G. Lalmanach
  • F. Gauthier... i 2 innych

  - International Journal of Molecular Sciences - Rok 2019

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Molecular modeling of amphotericin B - ergosterol primary complex in water II

  Publikacja

  • M. Baran
  • E. Borowski
  • J. Mazerski

  - BIOPHYSICAL CHEMISTRY - Rok 2009

  Prezentowane badania dotyczą oddziaływania antybiotyku polienowego anfoterycyny B (AmB) i ergosterolu (ERG) (typowego sterolu błonowego komórek grzybowych) na poziomie molekularnym. W odróżnieniu od badanego poprzednio kompleksu binarnego analizowany obecnie kompleks AnB/ERG/AmB charakteryzuje się zdecydowanie wiekszą stabilnością i wzglednie sztywną, sandwiczową geometrią. Za trwałość i geometrie kompleksu odpowiedzialne są oddziaływania...

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Conformational Preferences of Proline Derivatives Incorporated into Vasopressin Analogues: NMR and Molecular Modelling Studies

  Publikacja

  • E. Sikorska
  • D. Sobolewski
  • A. Kwiatkowska

  - Chemical Biology & Drug Design - Rok 2012

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Explicit solvent repulsive scaling replica exchange molecular dynamics ( RS‐REMD ) in molecular modeling of protein‐glycosaminoglycan complexes

  Publikacja

  • M. Marcisz
  • M. Gaardløs
  • K. Bojarski
  • T. Siebenmorgen
  • M. Zachariasen
  • S. A. Samsonov

  - JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY - Rok 2022

  Glycosaminoglcyans (GAGs), linear anionic periodic polysaccharides, are crucial for many biologically relevant functions in the extracellular matrix. By interacting with proteins GAGs mediate processes such as cancer development, cell proliferation and the onset of neurodegenerative diseases. Despite this eminent importance of GAGs, they still represent a limited focus for the computational community in comparison to other classes...

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• MOLECULAR PHYSICS

  Czasopisma

  ISSN: 0026-8976 , eISSN: 1362-3028

• Interaction of amphotericin B and its selected derivatives with membranes: molecular modeling studies

  Publikacja

  • M. Bagiński
  • J. Czub
  • K. Sternal

  - CHEMICAL RECORD - Rok 2006

  Jest to praca przeglądowa obejmująca krytyczną analizę danych dotyczących oddziaływania amfoterycyny B (AmB) i jej wybranych, mniej toksycznych pochodnych, z błonami lipidowymi. Amfoterycyna B jest antybiotykiem przeciwgrzybowym ale ze względu na jej toksyczność trwają prace nad modyfikacjami chemicznymi tego związku. Celem molekularnym dla tego antybiotyku jest błona lipidowa i dlatego różnicowe powinowactwo AmB i jej pochodnych...

• Identification and molecular modeling of a novel lipase from an Antarctic soil metagenomic library.

  Publikacja

  • H. Cieśliński
  • A. Białkowska
  • K. Tkaczuk
  • A. Długołęcka
  • J. Kur
  • M. Turkiewicz

  - Polish Journal of Microbiology - Rok 2009

  In this work, we present the construction of a metagenomic library in Escherichia coli using pUC19 vector and environmental DNA directly isolated from Antarctic topsoil and screened for lipolytic enzymes. The screening on agar supplemented with olive oil and rhodamine B revealed one clone with lipolytic activity (Lip1) out of 11,000 E. coli clones. This clone harbored a plasmid, pLip1, which has an insert of 4722 bp that has been...

  Pełny tekst do pobrania w portalu

• Molecular basis of the low activity of antitumor anthracenediones, mitoxantrone and ametantrone, in oxygen radical generation catalyzed by NADH dehydrogenase. Enzymatic and molecular modelling studies

  Publikacja

  • J. Tarasiuk
  • J. Mazerski
  • K. Tkaczyk-Gobis
  • E. Borowski

  - Rok 2005

  Syntetyczne antracenodionowe leki przeciwnowotworowe, w przeciwieństwie do antybiotyków antracyklinowych, charakteryzują się słabym wytwarzaniem wolnych rodników w układach z dehydrogenazą NADH. Wyniki prezentowane w artykule wskazują, że ani potencjał redukcyjny, ani konformacja łańcuchów bocznych, ani energie orbitali granicznych (LUMO i HOMO) nie determinują zdolności antracenedionów do stymulacji wytwarzania reaktywnych form...

• ECONOMIC MODELLING

  Czasopisma

  ISSN: 0264-9993 , eISSN: 1873-6122

• STATISTICAL MODELLING

  Czasopisma

  ISSN: 1471-082X , eISSN: 1477-0342

• Pharmacological Profile and Molecular Modeling of Cyclic Opioid Analogues Incorporating Various Phenylalanine Derivatives

  Publikacja

  • A. Adamska‐Bartłomiejczyk
  • P. Lipiński
  • J. Piekielna‐Ciesielska
  • A. Kluczyk
  • A. Janecka

  - CHEMMEDCHEM - Rok 2020

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Modular Approach for Modelling Warming Up Process in Water Installations with Flow-Regulating Elements

  Publikacja

  • J. Kropiwnicki
  • M. Furmanek
  • A. Rogala

  - ENERGIES - Rok 2021

  The paper presents a new method for modelling the warming up process of a water system with elements regulating the flow in a stochastic manner. The paper presents the basic equations describing the work of typical elements which the water installation is composed of. In the proposed method, a new computational algorithm was used in the form of an iterative procedure enabling the use of boundary conditions that can be stochastically...

  Pełny tekst do pobrania w portalu

• Journal of Chemical Information and Modeling

  Czasopisma

  ISSN: 1549-9596 , eISSN: 1549-960X

• Free volume in physical absorption of carbon dioxide in ionic liquids: Molecular dynamics supported modeling

  Publikacja

  • J. Eichenlaub
  • K. Baran
  • M. Śmiechowski
  • A. Kloskowski

  - SEPARATION AND PURIFICATION TECHNOLOGY - Rok 2023

  Understanding the mechanisms underlying the carbon dioxide (CO2) absorption in ionic liquids (ILs) is the key to their efficient utilization in industrial flue gas treatment. One of the parameters considered substantially important in the process is the Free Volume. In this study, the Fractional Free Volume (FFV) of 73 ILs was calculated using Molecular Dynamics (MD). A quantitative Structure-Property Relationship (QSPR) study...

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Molecular dynamics simulation of human neurohypophyseal hormone receptors complexed with oxytocin—modeling of an activated state

  Publikacja

  • M. Ślusarz
  • R. Ślusarz
  • J. Ciarkowski

  - JOURNAL OF PEPTIDE SCIENCE - Rok 2006

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Molecular modeling and evaluation of novel dibenzopyrrole derivatives as telomerase inhibitors and potential drug for cancer therapy

  Publikacja

  • U. Kalathiya
  • M. Padariya
  • M. Bagiński

  - IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics - Rok 2014

  During previous years, many studies on synthesis, as well as on anti-tumor, anti-inflammatory and anti-bacterial activities of the pyrazole derivatives have been described. Certain pyrazole derivatives exhibit important pharmacological activities and have proved to be useful template in drug research. Considering importance of pyrazole template, in current work the series of novel inhibitors were designed by replacing central...

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Micelle-bound conformations of neurohypophyseal hormone analogues modified with a Cα-disubstituted residue: NMR and molecular modelling studies

  Publikacja

  • E. Sikorska
  • A. Kwiatkowska

  - JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS - Rok 2013

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Conformational studies of vasopressin and mesotocin using NMR spectroscopy and molecular modelling methods. Part I: studies in water

  Publikacja

  • E. Sikorska
  • S. Rodziewicz-MotowidŁo

  - JOURNAL OF PEPTIDE SCIENCE - Rok 2008

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Molecular modelling of transition state analogue inhibitors of glucosamine-6-P synthase and glucose-6-P isomerase.

  Publikacja

  • S. Milewski
  • A. Janiak
  • J. Nowak
  • M. Wojciechowski

  - Rok 2004

  Struktura kompleksu 2-amino-2-deoksy-D-glucitolo-6-P (ADGP) z centrum aktywnym syntazy GlcN-6-P z E. coli została wykorzystAna jako punkt wyjścia do modelowania molekularnego analogów ADGP. Używając programu GROMOS96 wygenerowano konformacje analogów o najniższych energiach wewnętrznych, które następnie ''dokowano'' w centrum aktywnym enzymu. Dokonano syntezy wybranych związków i określono parametry kinetyczne i termodynamiczne...

• Systems Analysis Modelling Simulation

  Czasopisma

  ISSN: 0232-9298

• The comparison of semiempirical and ab initio molecular modeling methods in activity and property evaluation of selected antimicrobial sulfonamides

  Publikacja

  • P. Kawczak
  • L. Bober
  • T. Bączek

  - MEDICINAL CHEMISTRY RESEARCH - Rok 2019

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Conformational studies of vasopressin and mesotocin using NMR spectroscopy and molecular modelling methods. Part II: studies in the SDS micelle

  Publikacja

  • S. Rodziewicz-MotowidŁo
  • E. Sikorska
  • M. Oleszczuk
  • C. Czaplewski

  - JOURNAL OF PEPTIDE SCIENCE - Rok 2008

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• COMBUSTION THEORY AND MODELLING

  Czasopisma

  ISSN: 1364-7830 , eISSN: 1741-3559

• Journal of Modelling in Management

  Czasopisma

  ISSN: 1746-5664 , eISSN: 1746-5672

• Journal of Choice Modelling

  Czasopisma

  ISSN: 1755-5345

• Journal of Language Modelling

  Czasopisma

  ISSN: 2299-8470 , eISSN: 2299-856X

• Modelling, Measurement and Control A

  Czasopisma

  ISSN: 1259-5985

• Mathematical Modelling and Control

  Czasopisma

  eISSN: 2767-8946

• Infectious Disease Modelling

  Czasopisma

  ISSN: 2468-0427

• Dependence Modeling

  Czasopisma

  ISSN: 2300-2298

• Modeling and simulation of a demonstration robot fed by a modular hybrid source with the dc brushless motor drive.

  Publikacja

  • B. Szadkowski
  • E. Rulliere
  • P. Chrzan

  - Rok 2004

  Przedstawiono model demonstracyjnego robota mobilnego wykonany w środowisku Matlab-Simulink. Robot napędzany jest przez dwa silniki bezszczotkowe prądu stałego. Hybrydowe źródło energii składa się z wodorowego ogniwa paliwowego PEMFC oraz banku superkondensatorów. Wyniki symulacji przedstawiają zapotrzebowanie na moc podczas znormalizowanego cyklu jazdy robota oraz zachowanie układu w zależności od struktury hybrydowego źródła...

• Multidiscipline Modeling in Materials and Structures

  Czasopisma

  ISSN: 1573-6105 , eISSN: 1573-6113

• Influence of bulky 3,3′-diphenylalanine enantiomers replacing position 2 of AVP analogues on their conformations: NMR and molecular modeling studies

  Publikacja

  • E. Sikorska
  • A. Kwiatkowska
  • D. Sobolewski
  • R. Ślusarz
  • M. Ślusarz

  - European Journal of Medicinal Chemistry - Rok 2010

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Intramolecular transformation of an antifungal antibiotic nystatin A1 into its isomer, iso-nystatin A1 - structural and molecular modeling studies

  Publikacja

  • K. Szwarc-Karabyka
  • M. Płosiński
  • K. Czerniejewska
  • T. Laskowski
  • A. Leniak
  • J. Czub
  • P. Kubica
  • P. Sowiński
  • J. Pawlak
  • E. Borowski

  - MAGNETIC RESONANCE IN CHEMISTRY - Rok 2016

  Nystatin A1, a polyene macrolide antifungal antibiotic, in a slightly basic or acidic solution undergoes an intramolecular transformation, yielding a structural isomer, the translactonization product, iso-nystatin A1 with lactone ring diminished by two carbon atoms. Structural evidence is provided by advanced NMR and Mass Spectrometry (MS) studies. Molecular dynamics simulations and quantum mechanics calculations gave the insight...

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym

• Molecular modeling of Gram-positive bacteria peptidoglycan layer, selected glycopeptide antibiotics and vancomycin derivatives modified with sugar moieties

  Publikacja

  • R. Ślusarz
  • M. Szulc
  • J. Madaj

  - CARBOHYDRATE RESEARCH - Rok 2014

  Pełny tekst do pobrania w serwisie zewnętrznym