Search
Filters
total: 215
filtered: 179
Search results for: FUZYJNA POLIMERAZA, PCR
-
PCR-Based Genotyping of Mycobacterium tuberculosis with New GC-Rich Repeated Sequences and IS6110 Inverted Repeats Used as Primers.
PublicationW pracy przedstawiono nową metodę genotypowania Mycobacterium tuberculosis. Zastosowanie oligonukleotydu Mtb1 5'-CCG-GCG-GGG-CCG-GCG-G lub Mtb2 5'-CGG-CGG-CAA-CGG-CGG-C wraz z oligonukleotydami specyficznymi do terminalnych sekwencji elementu insercyjnego IS6110 pozwala na różnicowanie szczepów Mycobacterium tuberculosis w metodzie PCR. Opracowana metoda może być wykorzystana w badaniach epidemiologicznych gruźlicy.
-
Różnicowanie C. albicans i C. dubliniensis w oparciu o polimorfizm genu syntazy homocytrynianowej z wykorzystaniem metody PCR RFLP
PublicationNajczęstszym czynnikiem etiologicznym zakażeń wywołanych przez drożdżaki z rodzaju Candida jest C. albicans. Gatunek ten posiada bardzo zbliżone cechy fenotypowe do C. dubliniensis co często wiąże się z błędną identyfikacją. Skutkuje to wtórnym zakażeniem wywołanym przez współwystepujący gatunek C. dubliniensis, który nabywa oporność na flikonazol stosowany w terapii C. albicans. Celem badań była konstrukcja układu diagnostycznego...
-
Fusion of DNA-binding domain of Pyrococcus furiosus ligase with TaqStoffel DNA polymerase as a useful tool in PCR with difficult targets
PublicationThe DNA coding sequence of TaqStoffel polymer- ase was fused with the DNA-binding domain of Pyrococcus furiosus ligase. The resulting novel recombinant gene was cloned and expressed in E. coli. The recombinant enzyme was purified and its enzymatic features were studied. The fusion protein (PfuDBDlig-TaqS) was found to have enhanced processivity as a result of the conversion of the Taq DNA polymerase from a relatively low processive...
-
Recombinant !ermostable AP Exonuclease from Thermoanaerobacter tengcongensis: Cloning, Expression, Purification, Properties and PCR Application
PublicationApurinic/apyrimidinic (AP) sites in DNA are considered to be highly mutagenic and must be corrected to preserve genetic integrity, especially at high temperatures. !e gene encoding a homologue of AP exonuclease was cloned from the thermophilic anaerobic bacterium Thermoanaerobacter tengcongensis and transformed into Escherichia coli. The protein product showed high identity (80%) to human Ape1 nuclease, whereas to E. coli exonuclease...
-
Motility activity, slime production, biofilm formation and genetic typing by ERIC-PCR for Pseudomonas aeruginosa strains isolated from bovine and other sources (human and environment)
PublicationThe molecular-typing strategy, ERIC-PCR was used in an attempt to determine the genomic relationship of 28 P. aeruginosa strains isolated from faeces of healthy bovine, bovine mastitis and from faeces of hospital patients as well as from environment. ERIC-PCR fingerprinting revealed large molecular differentiation within this group of isolates. Twenty two out of 28 strains tested generated unique patterns of DNA bands and only...
-
Quantification of Plasmid Copy Number with Single Colour Droplet Digital PCR
Publication -
BDNF Val66Met Polymorphism, the Allele-Specific Analysis by qRT-PCR - a Novel Protocol
Publication -
Nested PCR for the detection of Aspergillus species in maxillary sinus samples of patients with chronic sinusitis
Publication -
A NEW IDENTIFICATION METHOD FOR CLARIAS GARIEPINUS, CLARIAS MACROCEPHALUS AND THEIR HYBRIDS USING PCR-RFLP
Publication -
Identification of Leaf Rust Resistance Genes in Selected Wheat Cultivars and Development of Multiplex PCR
Publication -
Application of PCR-HRM method for microsatellite polymorphism genotyping in the LDHA gene of pigeons (Columba livia)
Publication -
PCR amplification with primers based on IS2404 and GC-rich repeated sequence reveals polymorphism in Mycobacterium ulcerans
PublicationOpracowano prostą w wykonaniu metodę genotypowania szczepów bakterii z gatunku Mycobacterium ulcerans. Polimorfizm genetyczny 32 badanych izolatów Mycobacterium ulcerans odzwierciedla ich geograficzne pochodzenie z rejonów Afryki Centralnej, Ameryki Południowej i Łacińskiej, Azji Południowo-Wschodniej, Malezji oraz Australii.
-
Highly thermostable RadA protein from the archaeon Pyrococcus woesei enhances specificity of simplex and multiplex PCR assays
Publication -
Multiplex PCR assay for the simultaneous identification of race specific and non-specific leaf resistance genes in wheat (Triticum aestivum L.)
Publication -
Identification of Powdery Mildew Blumeria graminis f. sp. tritici Resistance Genes in Selected Wheat Varieties and Development of Multiplex PCR
Publication -
Enterococci from ready-to-eat food - horizontal gene transfer of antibiotic resistance genes and genotypic characterization by PCR melting profile
Publication -
One-tube cell lysis and DNA extraction procedure for PCR based detection of Mycobacterium ulcerans in aquatic insects, molluscs and fish.
PublicationMycobacterium ulcerans jest bakterią wywołującą choroby skóry u ludzi i zwierząt. W trakcie prowadzonych badań opracowano prostą w wykonaniu metodę ekstrakcji DNA Mycobacterium ulcerans z próbek środowiskowych oraz klinicznych. Opracowana metoda izolacji DNA może być przydatna w badaniu źródeł infekcji oraz dróg szerzenia się Mycobacterium ulcerans.
-
Discovery and characterization of RecA protein of thermophilic bacterium Thermus thermophilus MAT72 phage Tt72 that increases specificity of a PCR-based DNA amplification
Publication -
Use of rapid immunochromatographic tests and PCR for the detection of vaccine viruses (CPV, CDV CAV) in faeces and conjunctival sac swabs of vaccinated dogs
Publication -
Validation of Real-time PCR Reference Genes of Muscle Metabolism in Harvested Spiny-Cheek Crayfish (Faxonius limosus) Exposed to Seasonal Variation
Publication -
Identification of leaf rust resistance genes Lr34 and Lr46 in common wheat (Triticum aestivum L. ssp. aestivum) lines of different origin using multiplex PCR
Publication -
A universal method for the identification of genes encoding amatoxins and phallotoxins in poisonous mushrooms
PublicationABSTRACT Background. As the currently known diagnostic DNA targets amplified in the PCR assays for detection of poisonous mushrooms have their counterparts in edible species, there is a need to design PCR primers specific to the genes encoding amanitins and phallotoxins, which occur only in poisonous mushrooms. Objective. The aim of the study was testing of PCR-based method for detection of all genes encoding hepatotoxic cyclic...
-
A new assay for the simultaneous identification and differentiation of Klebsiella oxytoca strains.
PublicationKlebsiella oxytoca is the second most frequently identified species of Klebsiella isolated from hospitalized patients. Klebsiella spp. is difficult to identify using conventional methods and is often misclassified in clinical microbiology laboratories. K. oxytoca is responsible for an increasing number of multi-resistant infections in hospitals because of insufficient detection and identification. In this study, we propose a new...
-
Five-hour diagnosis of dermatophyte nail infections with specific detection of Trichophyton rubrum
PublicationW publikacji przedstawiono szybką dwuetapową metodę oczyszczania DNA oraz opartą na technice multiplex PCR metodę wykrywania grzybów z rodzaju dermatofitów oraz gatunku Trichophyton rubrum z hodowli grzybów oraz bezpośrednio ze zmienionych chorobowo paznokci. Testy stu osiemnastu próbek z użyciem zaprojektowanej reakcji multiplex PCR i dwóch kolejnych (jedna wykrywająca grzyby z rodzaju dermatofitów, druga wykrywająca gatunek T....
-
Retrospective analysis of genetic diversity of Klebsiella oxytoca isolated in Poland over a 50-year period.
PublicationAnaliza genetyki populacji i określenie powiązań filogenetycznych pomiędzy szczepami może być niezwykle użytecznym podejściem w określaniu rozprzestrzeniania się wzorów genetycznych różnych gatunków bakterii na potrzeby epidemiologiczne. Nie ma danych, które opisywałyby długoterminowe sytuacje epidemiologiczne powodowane przez wielolekooporne, oportunistyczne szczepy Klebsiella oxytoca metodami molekularnymi. Celem przedstawionych...
-
Genotyping and characterization of virulence factors in Escherichia coli strains isolated from patients from Polish hospital
PublicationZakażenia układu moczowego (UTIs - ang. urinary track infections) są jedną z najczęstszy infekcji, za które w 85% przypadków odpowiedzialne są bakterie Escherichia coli. Infekcje układu moczowego mogą prowadzić do groźnych powikłań m. in. odmiedniczkowego zapalenia nerek. Śmiertelność wśród tej grupy pacjentów wynosi 1-3%. Zakażenia układu moczowego występują również u ok. 7% kobiet ciężarnych. W pracy przebadano 82 szczepy E....
-
Genotyping of clinical isolates of fluconazole-resistant Candida albicans
PublicationThe aim of the study was to compare the discriminatory power of RAPD-PCR method with using RSD10 primer and microsatellite analysis with using (GACA)4 primer for genotyping clinical isolates of fluconazole-resistant C. albicans. Isolates were received from patients of Children's Memorial Health Institute in Warsaw. However in the case of both tested methods low number of amplified fragments was generated, nine and six different...
-
Identyfikacja 20 nowych rejonów zmiennych w genomach Staphylococcus aureus przydatnych do genotypowania koagulazo-dodatnich gronkowców
PublicationW pracy zidentyfikowano 20 nowych rejonów zmiennych w genomach gronkowca złocistego przydatnych do badań epidemiologicznych metodą PCR. Teoretyczna analiza 35 genomów metodą PCR z udziałem 20 nowych regionów zmiennych pozwoliła na uzyskanie większej liczby genotypów w porównaniu do dwóch metod referencyjnych: REA-PFGE z udziałem endonukleazy SmaI oraz metody MLVA z udziałem 16 rejonów zmiennych.
-
Identification of anisakid nematodes from the Southern Baltic Sea usingPCR-based methods
PublicationZaproponowano metodę identyfikacji nicieni gatunków Anisakis, Hysterothyla-cium, Contracaecum przy użyciu techniki PCR/RFLP.
-
Comparative studies of the Acinetobacter genus and the species identification method based on the recA sequences
PublicationZaproponowano metodę genotypowania bakterii rodzaju Acinetobacter, opartą o analizę sekwencji genów recA, amplifikację fragmentów genu recA i analizę profili fragmentów restrykcyjnych po cięciu produktów reakcji PCR enzymami restrykcyjnymi (recA PCR/RFLP). Profile RFLP otrzymane za pomocą enzymu Tsp509I są użyteczne w identyfikacji poszczególnych gatunków bakterii rodzaju Acinetobacter. Na podstawie analizy otrzymanych sekwencji...
-
Molecular identification and genotyping of Staphylococci: genus, species, strains, colnes, lineages, and interspecies exchanges
PublicationStaphylococci are increasingly recognized as etiological agents of many opportunistic human and animal infections, emphasizing the need for a rapid and accurate identification, even to a genotypical level of these bacteria. In the recent years, there has been a significant progress in typing and phylogenetic study of Staphylococcus species. Here, we describe molecular methods used in taxonomy as well as staphylococci characterization....
-
Emerging linezolid-resistant, vancomycin resistant Enterococcus faecium from a patient of a haematological unit in Poland.
PublicationOksazolidynowy antybiotyk, linezolid, jest stosowany w terapii infekcji powodowanych przez różne Gram-dodatnie bakterie, włączając w to vankomycyno-oporne enterokoki (VRE). Praca pokazuje po raz pierwszy w Polsce izolację szczepu Enterococcus faecium (LRVREF)opornego na linezolid oraz vankomycynę. Stosując techniki PCR-RFLP regionu rDNA i allelo specyficzny PCR domeny V regionu 23S rDNA wykazano obecność mutacji G2576U, identyfikowanej...
-
Taq DNA polymerase fused with DNA binding protein with increased resistance to inhibitors from clinical samples
PublicationNowadays PCR method is commonly used in molecular diagnostic. However, in many cases PCR is limited, by the presence of inhibitory substances in biological, soil or food samples Efficiency and fidelity of amplification is strongly connected with DNA polymerase and reaction conditions. To meet the requirements of modern diagnostic methods it is essential to seeking for new DNA polymerases with better properties useful in these field....
-
cDNA fingerprint from the hepatopancreatic glands of pond snails (Lymnaea stagnalis) exposed to benzo[a]pyrene
PublicationIdentification of differentially expressed genes that could be potentially used as biomarkers of PAH exposure of common invertebrate animal (like freshwater snail) would be a valuable resource for investigators interested in toxicology and biomonitoring of aquatic environments. Therefore, the aim of this research was to investigate effects of waterborne benzo[a]pyrene (B[a]P) exposure on mRNA expression in the pond snail’s (Lymnaea...
-
Konstrukcja nowych układów do diagnostyki molekularnej zakażeń o etiologii Candida spp.
PublicationDrożdżaki z rodzaju Candida należą do jednych z najczęściej izolowanych czynników etiologicznych zakażeń krwi. Szybka i bezbłędna identyfikacja gatunkowa pozwala na wdrożenie odpowiedniego leczenia i zwiększa szansę na powodzenie terapii. Celem badań była konstrukcja nowych układów wykorzystujących narzędzia diagnostyki molekularnej do specyficznej identyfikacji gatunkowej i rodzajowej drożdżaków Candida. Poszukiwano również nowych...
-
Techniki biologii molekularnej w analityce produktów mięsnych
PublicationW pracy przedstawiono możliwości wykorzystania reakcji PCR (Polymerase Chain Reaction) do identyfikacji patogennych drobnoustrojów a także do badania składu surowcowego w mięsnych produktach żywnościowych.
-
Versatile method employing basic techniques of genetic engineering to study the ability of low molecular weight compounds to bind covalently with DNA in cell free systems.
PublicationMechanizm działania większości leków przeciwnowotworowych oraz związków rakotwórczych polega na ich kowalencyjnym wiązaniu z DNA. Poziom tego wiązania jest zazwyczaj bardzo niski, co powoduje, że potrzebne są niezwykle czułe metody aby kowalencyjna modyfikacja mogła być w ogóle wykryta. My podjęliśmy próbę zastosowania w tym celu prostych, szybkich i sprawdzonych technik inżynierii genetycznej: metody PCR do uzyskania fragmentu...
-
Fatal sepsis in a pregnant woman with pyelonephritis caused by Escherichia coli bearing Dr and P adhesins: diagnosis based on postmortem strain genotyping
PublicationW pracy został opisany pierwszy śmiertelny przypadek młodej kobiety w ciąży z powodu przewlekłego zapalenia odmiedniczkowego nerek spowodowany przez szczepy E. coli z fimbriami typu Dr + i P. Badania pośmiertne wykazały, że śmierć nastąpiła z powodu posocznicy do której doszło na skutek zakażenia szczepami E. coli Dr + . Odmiedniczkowe zapalenie nerek w ciąży jest związane z wieloma powikłaniami, w tym ograniczeniem wzrostu płodu,...
-
Rapid Assays for Specific Detection of Fungi of Scopulariopsis and Microascus Genera and Scopulariopsis brevicaulis Species
PublicationPurpose Fungi of Scopulariopsis and Microascus genera cause a wide range of infections, with S. brevicaulis being the most prevalent aetiological agent of mould onychomycosis. Proper identification of these pathogens requires sporulating culture, which considerably delays the diagnosis. So far, sequencing of rDNA regions of clinical isolates has produced ambiguous results due to the lack of reference sequences in publicly available...
-
Glyceraldehyde - 3 - phosphate dehydrogenase gene from Coprinus atramenta-rius. Accession AJ532581, 2002 GenBank NCBI [on line].**2002 [cytowany 07.01.03]. Dostępny: http://www.ncbi.nlm.nih.gov Sekwencja genu kodujacego dehydrogenazę aldehydu - 3 - fosfoglicerynowego dla czernidłaka pospolitego (Coprinus atramentarius).
PublicationPo raz pierwszy ustalono sekwencję nukleotydową fragmentu genu gpd (dehydro-genazy aldehydu - 3 - fosfoglicerynowego)dla gatunku Coprinus atramentarius,pozwoli to na zaprojektowanie pary starterów umożliwiających wykrywaniegrzybów tego gatunku za pomocą reakcji PCR.
-
Increased concentration of Taq DNA polymerase as a solution for GC-rich templates from clinical and environmental samples
PublicationDNA polymerase is an enzyme which plays crucial role in replication and DNA repair. It found application in PCR (polymerase chain reaction) where catalyses process of in vitro DNA synthesis. To meet the demands posed by mod- ern diagnostic, molecular biology or genetic engineering it is necessary to improve DNA polymerases to obtain new or better features useful in these fields. So far implemented modifications in majority are...
-
Novel application of terminal restriction fragments length polymorphism method (t-RFLP) for identification of six clinically important Candida sp.
PublicationTerminal restriction fragments length polymorphism method (t-RFLP) is a modified classical RFLP method. The main difference is based on carrying out PCR using a fluorescently labeled primer or primers. The result of such modification is that after digestion of amplicons only terminal fragments of PCR product (containing fluorescent dye) are visualized. T-RFLP method has found application in environmental microbiology and epidemiology....
-
Fusion of Taq DNA polymerase with single-stranded DNA binding-like protein of Nanoarchaeum equitans—Expression and characterization
PublicationDNA polymerases are present in all organisms and are important enzymes that synthesise DNA molecules. They are used in various fields of science, predominantly as essential components for in vitro DNA syntheses, known as PCR. Modern diagnostics, molecular biology and genetic engineering need DNA polymerases which demonstrate improved performance. This study was aimed at obtaining a new NeqSSB-TaqS fusion DNA polymerase from the...
-
Rozdział 5. Nowoczesne metody diagnostyki zakażeń grzybiczych wywoływanych przez dermatofity = Novel diagnostic methods of funfal infections caused by dermatophytes
PublicationDermatofity są głównym czynnikiem etiologicznym grzybic powierzchownych. Do tej klasy grzybów należą przedstawiciele trzech rodzajów: Epidermophyton, Microsporum i Trichophyton. Klasyczne metody diagnostyczne polegają na bezpośredniej ocenie mikroskopowej oraz badaniu hodowlanym. Identyfikacja gatunkowa jest możliwa na podstawie cech makroskopowych kolonii: ich struktury, koloru, kształtu, oraz obserwacji mikroskopowych (kształt...
-
Glyceraldehyde - 3 - phosphate dehydrogenase gen from Amanita citrina. Ac-cession AJ532582, 2002 GenBank NCBI [on line].**2002 [cytowany 07.01.03]. Dostępny: http://www.ncbi.nml.nih.gov Sekwencja genu kodującego dehydrogenzę aldehydu - 3 - fsfoglicerynowego dla muchomora cytrynowego (Amanita citrina).
PublicationPo raz pierwszy ustalono sekwencję nukleotydową fragmentu genu gpd (dehydro-genazy aldehydu - 3 - fosfoglicerynowego) dla muchomora cytrynowego (Amanitacitrina), pozwoli to na ustalenie sekwencji starterów umożliwiających wykry-wanie grzybów tego gatunku za pomocą techniki PCR.
-
Fungal Typin Methods
PublicationThe broad application of the molecular techniques in mycoses diagnosis is related to increase of infections caused by fungi in many countries. The oldest typing methods relaying on fenotypic observation, physiological and biochemical examination have had very limited importance from decades. Novadays, the molecular biology methods took their place. Most of the genotyping methods have been devoleped to be applied for typing of bacteria...
-
Evaluation and comparison of random amplification of polymorphic DNA, pulsed field gel electrophoresis and ADSRRS-fingerprinting for typing Serratiamarcescens outbreaks.
PublicationADSRRS-fingerprinting, nowa metoda genotypowania oparta na supresji reakcji PCR została zastosowana do badań epidemiologicznych izolatów S. marcescens,pochodzących z trzech różnych epidemii Szpitala Publicznego w Gdańsku. Wyniki uzyskane metodą ADSRRS-fingerprinting porównano z wynikami uzyskanymi technikami RAPD-fingerprinting i PFGE.
-
Experimental guinea pig model of dermatophytosis: a simple and useful tool for the evaluation of new diagnostics and antifungals
PublicationCelem badań było opracowanie prostego modelu zwierzęcego (świnki morskie) odpowiedniego do sprawdzania systemów diagnostycznych oraz terapii infekcji dermatofitów. Następujące zmienne były analizowane: przygotowanie skóry przez golenie versus użycie taśmy, testowy szczep Microsporum canis czy Trichophyton mentagrophytes jako czynnik etiologiczny, sposób inokulacji. Przebieg infekcji był oceniany poprzez ocenę zaczerwienienia i...
-
Molecular epidemiology of Serratia marcescens in two hospitals in Danzig, Poland, over a 5-year period.Molecular epidemiology of Serratia marcescens in two hospitals in Gdańsk, Poland, over a 5-year period.
PublicationW pracy badano zmiany populacji Serratia marcescens w ciągu 5 lat w dwóch szpitalach klinicznych Gdańska. Posłużono się wartościami MIC, wynikami typowania genetycznego RAPD-PCR, PFGE i nową metodą ADSRRS-fingerprinting oraz analizą beta-laktamaz o rozszerzonym spektrum substratowym (ESBL). Dzięki określeniu lekowrażliwości na najnowsze antybiotyki beta-laktamowe wykryto fenotypy wykazujące derepresję cefalosporynazy AmpC u 23%...
-
Host and pathogen factors in Klebsiella pneumoniae upper urinary tract infections in renal transplant patients
PublicationPurpose . To analyse the role of virulence factors (VFs) and host in Klebsiella pneumoniae upper urinary tract infections (UTIs) in renal transplant (RTx) recipients. Methodology. Clinical and demographic data were registered prospectively. Phylogenetic background of K. pneumoniae isolates was analysed by PCR melting profiles (MP) and the following VFs genes: fimH-1, uge, kpn, ycfM, mrkD, rmpA, magA, hlyA, cnf-1, irp-1, irp-2,...