Search
Search results for: LIGATION-MEDIATED PCR
-
Personal history of chemotherapy for neoplastic disease - Female, 65 - Tissue image [6130730026853021]
Open Research DataThis is the histopathological image of BREAST tissue sample obtained in Medical University Gdańsk and deposited in ZMDL-GUMED. The sample image was taken using: Pannoramic 1000 slide scanner (20x magnification) and saved to DICOM format.
-
Personal history of chemotherapy for neoplastic disease - Female, 69 - Tissue image [6130730026856261]
Open Research DataThis is the histopathological image of BREAST tissue sample obtained in Medical University Gdańsk and deposited in ZMDL-GUMED. The sample image was taken using: Pannoramic 1000 slide scanner (20x magnification) and saved to DICOM format.
-
Personal history of chemotherapy for neoplastic disease - Female, 69 - Tissue image [6130730026853661]
Open Research DataThis is the histopathological image of BREAST tissue sample obtained in Medical University Gdańsk and deposited in ZMDL-GUMED. The sample image was taken using: Pannoramic 1000 slide scanner (20x magnification) and saved to DICOM format.
-
Personal history of chemotherapy for neoplastic disease - Female, 65 - Tissue image [613073002685331]
Open Research DataThis is the histopathological image of BREAST tissue sample obtained in Medical University Gdańsk and deposited in ZMDL-GUMED. The sample image was taken using: Pannoramic 1000 slide scanner (20x magnification) and saved to DICOM format.
-
Personal history of chemotherapy for neoplastic disease - Female, 65 - Tissue image [613073002685551]
Open Research DataThis is the histopathological image of BREAST tissue sample obtained in Medical University Gdańsk and deposited in ZMDL-GUMED. The sample image was taken using: Pannoramic 1000 slide scanner (20x magnification) and saved to DICOM format.
-
Personal history of chemotherapy for neoplastic disease - Female, 65 - Tissue image [6130730026859191]
Open Research DataThis is the histopathological image of BREAST tissue sample obtained in Medical University Gdańsk and deposited in ZMDL-GUMED. The sample image was taken using: Pannoramic 1000 slide scanner (20x magnification) and saved to DICOM format.
-
Personal history of chemotherapy for neoplastic disease - Female, 65 - Tissue image [6130730026858401]
Open Research DataThis is the histopathological image of BREAST tissue sample obtained in Medical University Gdańsk and deposited in ZMDL-GUMED. The sample image was taken using: Pannoramic 1000 slide scanner (20x magnification) and saved to DICOM format.
-
A critical review on biochar-assisted free radicals mediated redox reactions influencing transformation of potentially toxic metals: Occurrence, formation, and environmental applications
Publication -
Fuzyjne polimerazy DNA – otrzymywanie, charakterystyka i zastosowanie
PublicationObecnie reakcje PCR (ang. Polymerase Chain Reaction) wykazują bardzo szerokie zastosowanie w diagnostyce medycznej, biologii molekularnej czy inżynierii genetycznej. Efektywność tych reakcji rozumiana jako wydajność i wierność przeprowadzonej amplifikacji jest nieodłącznie związana ze stosowaną polimerazą DNA i warunkami prowadzenia reakcji PCR. Aby sprostać wymaganiom stawianym przez nowoczesne metody diagnostyczne oraz współczesną...
-
Identification of leaf rust resistance genes Lr34 and Lr46 in common wheat (Triticum aestivum L. ssp. aestivum) lines of different origin using multiplex PCR
Publication -
Józef Kur prof. dr hab.
People -
Molecular Characterization of a Novel Lytic Enzyme LysC from Clostridium intestinale URNW and Its Antibacterial Activity Mediated by Positively Charged N-Terminal Extension
Publication -
Bamboo-biochar and hydrothermally treated-coal mediated geochemical speciation, transformation and uptake of Cd, Cr, and Pb in a polymetal(iod)s-contaminated mine soil
Publication -
Multiresistant Strains Are as Susceptible to Photodynamic Inactivation as Their Naïve Counterparts: Protoporphyrin IX-Mediated Photoinactivation Reveals Differences Between Methicillin-Resistant and Methicillin-SensitiveStaphylococcus aureusStrains
Publication -
O07 Filaggrin insufficiency renders keratinocyte-derived small extracellular vesicles capable of affecting CD1a-mediated T-cell responses and promoting allergic inflammation
PublicationThe association between FLG loss-of-function mutations and the development of atopic dermatitis (AD) indicates that filaggrin is critical to skin barrier function; the mutations are also linked to additional allergic manifestations, but it is unknown how the skin may influence inflammation in distant tissues. Here we investigated the impact of filaggrin insufficiency on keratinocyte-derived exosome-enriched small extracellular...
-
Synergistic effects and mechanisms of hydroxyl radical-mediated oxidative degradation of sulfamethoxazole by Fe(II)-EDTA catalyzed calcium peroxide: Implications for remediation of antibiotic-contaminated water
Publication -
Antibody reactivity in patients with IgE-mediated wheat allergy to various subunits and fractions of gluten and non-gluten proteins from ω-gliadin-free wheat genotypes
Publication -
Techniki amplifikacji kwasów nukleinowych -2022-2023
e-Learning CoursesSpecjalność: Biotechnologia molekularna (WCh), II stopnia, stacjonarne Prowadzący wykład: dr hab. Beata Krawczyk, prof. uczelni - forma stacjonarna Prowadzący laboratoria: mgr inż. Bartosz Ostrowski - zajęcia stacjonarne na PG, sala 17 WCH C. Kontakt: (58) 347-23-83 Beata Krawczyk (wykłady): e-mail: beata.krawczyk@pg.edu.pl; WCH B; p.218; Bartosz Ostrowski, WCH B, p.218 tel. (58) 347-13-83 Konsultacje: stacjonarnie we wtorki ...
-
Techniki amplifikacji kwasów nukleinowych -2021-2022
e-Learning CoursesSpecjalność: Biotechnologia molekularna (WCh), II stopnia, stacjonarne Prowadzący wykład: dr hab. Beata Krawczyk, prof. uczelni - stacjonarnie na uczelni Prowadzący laboratoria: mgr inż. Magdalena Fordon - zajęcia stacjonarne na PG, sala 17 WCH C. Kontakt: (58) 347-23-83 Beata Krawczyk (wykłady): e-mail: beata.krawczyk@pg.edu.pl; WCH B; p.218; Magdalena Fordon (laboratoria): magda.fordon@gmail.com; WCH B; p.218 Konsultacje:...
-
Techniki Amplifikacji Kwasów Nukleinowych -2023-2024
e-Learning CoursesSpecjalność: Biotechnologia molekularna (WCh), II stopnia, stacjonarne Prowadzący wykład: dr hab. Beata Krawczyk, prof. uczelni - forma stacjonarna Prowadzący laboratoria: mgr inż. Bartosz Ostrowski - zajęcia stacjonarne na PG, sala 209 WCH B (bud.7); II piętro. Kontakt: (58) 347-23-83 Beata Krawczyk (wykłady): e-mail: beata.krawczyk@pg.edu.pl; WCH B; p.217;tel. (58) 347-23-83 Bartosz Ostrowski, WCH B, p.218 tel. (58) 347-13-83 Konsultacje:...
-
Synthesis of 11,12-dihydro benzo[c]phenanthridines via a Pd-catalyzed unusual construction of isocoumarin ring/FeCl3-mediated intramolecular arene-allyl cyclization: First identification of a benzo[c]phenanthridine based PDE4 inhibitor
Publication -
Analizator PCR
Research Equipment -
Roman Kotlowski dr hab. inż.
People -
A universal method for the identification of genes encoding amatoxins and phallotoxins in poisonous mushrooms
PublicationABSTRACT Background. As the currently known diagnostic DNA targets amplified in the PCR assays for detection of poisonous mushrooms have their counterparts in edible species, there is a need to design PCR primers specific to the genes encoding amanitins and phallotoxins, which occur only in poisonous mushrooms. Objective. The aim of the study was testing of PCR-based method for detection of all genes encoding hepatotoxic cyclic...
-
Identification and cloning of C. albicans SC5314 genes encoding L-methionine biosynthetic pathway enzymes.
Open Research DataEnzymes of fungal L-methionine biosynthetic pathway: homoserine O-acetyltransferase (Met2p), O-acetylhomoserine sulfhydrylase (Met15p) and cystathionine-γ-synthase (Str2p) could be exploited as molecular targets for antifungal chemotherapy. The goal of the study was to identify and clone genes encoding mentioned above enzymes. MET2, MET15 and STR2 genes...
-
Collective angst and collective action for progressive city policies: study2
Open Research DataPaweł Adamowicz, the liberal mayor of Gdańsk, died on January 14, 2019, after being stabbed by a man who rushed onstage during a charity event. Three studies were carried out to analyze the predictors of willingness to engage in collective action for the support of the progressive city policies he initiated. Since we assumed that the time after the...
-
A new assay for the simultaneous identification and differentiation of Klebsiella oxytoca strains.
PublicationKlebsiella oxytoca is the second most frequently identified species of Klebsiella isolated from hospitalized patients. Klebsiella spp. is difficult to identify using conventional methods and is often misclassified in clinical microbiology laboratories. K. oxytoca is responsible for an increasing number of multi-resistant infections in hospitals because of insufficient detection and identification. In this study, we propose a new...
-
Paweł Filipkowski dr inż.
PeoplePaweł Filipkowski Ph.D. Biotechnology Department of Chemistry, Technology and Biotechnology of Food Faculty of Chemistry Gdansk University of Technology Narutowicza 11/12 80-233 Gdansk, Poland Tel: +48 58 3472456 e-mail: pawel.filipkowskiATpg.edu.pl Current position: Assistant Professor/Senior Lecturer*(from Jan.2019) of Biotechnology, Department of Chemistry, Technology and Biotechnology of Food, Gdansk University of Technology. Education: Eng....
-
Five-hour diagnosis of dermatophyte nail infections with specific detection of Trichophyton rubrum
PublicationW publikacji przedstawiono szybką dwuetapową metodę oczyszczania DNA oraz opartą na technice multiplex PCR metodę wykrywania grzybów z rodzaju dermatofitów oraz gatunku Trichophyton rubrum z hodowli grzybów oraz bezpośrednio ze zmienionych chorobowo paznokci. Testy stu osiemnastu próbek z użyciem zaprojektowanej reakcji multiplex PCR i dwóch kolejnych (jedna wykrywająca grzyby z rodzaju dermatofitów, druga wykrywająca gatunek T....
-
Retrospective analysis of genetic diversity of Klebsiella oxytoca isolated in Poland over a 50-year period.
PublicationAnaliza genetyki populacji i określenie powiązań filogenetycznych pomiędzy szczepami może być niezwykle użytecznym podejściem w określaniu rozprzestrzeniania się wzorów genetycznych różnych gatunków bakterii na potrzeby epidemiologiczne. Nie ma danych, które opisywałyby długoterminowe sytuacje epidemiologiczne powodowane przez wielolekooporne, oportunistyczne szczepy Klebsiella oxytoca metodami molekularnymi. Celem przedstawionych...
-
The effect of anthraquinone derivatives on telomerase activity
Open Research DataThe data set contains images of the PCR products obtained from the Telomerase Repeated Amplification Protocol (TRAP). The effect of anthraquinone derivatives (TXT1-TXT9) on telomerase activity was comparatively examined using the following reference compounds: BIBR1532, TMPyP4 and mitoxantrone (MTX).
-
The effect of anthraquinone derivatives (C1-C9) on telomerase activity
Open Research DataThe data set contains images of the PCR products obtained from the Telomerase Repeated Amplification Protocol (TRAP). The effect of anthraquinone derivatives (C-C9) on telomerase activity was analyzed using lysates from drug-treatedcancer cell line.
-
Sequences of internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2 of psychrotolerant pigment-producing yeast-like fungi
Open Research DataDNA encoding ITS1-5.8S-ITS2 fragments of psychrotolerant pigment-producing yeast-like fungi named Red, Pink and Black were PCR amplified using ITS1 5' TCCGTAGGTGAACCTGCGG 3' and ITS4 5’ TCCTCCGCTTATTGATATGC 3’ primers and sequenced by Sanger method using the same primers.
-
Genotyping and characterization of virulence factors in Escherichia coli strains isolated from patients from Polish hospital
PublicationZakażenia układu moczowego (UTIs - ang. urinary track infections) są jedną z najczęstszy infekcji, za które w 85% przypadków odpowiedzialne są bakterie Escherichia coli. Infekcje układu moczowego mogą prowadzić do groźnych powikłań m. in. odmiedniczkowego zapalenia nerek. Śmiertelność wśród tej grupy pacjentów wynosi 1-3%. Zakażenia układu moczowego występują również u ok. 7% kobiet ciężarnych. W pracy przebadano 82 szczepy E....
-
Laboratorium PCR
Laboratories -
Sequences of large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence encoding D1/D2 domain of psychrotolerant pigment-producing yeast-like fungi
Open Research DataDNA fragments encoding D1/D2 domain of large subunit ribosomal RNA of psychrotolerant pigment-producing yeast-like fungi named Red, Pink and Black were PCR amplified using NL1 5’ GCATATCAATAAGCGGAGGAAAAG 3’ and NL4 5’ GGTCCGTGTTTCAAGACGG 3’ primers and sequenced by Sanger method using the same primers.
-
Genotyping of clinical isolates of fluconazole-resistant Candida albicans
PublicationThe aim of the study was to compare the discriminatory power of RAPD-PCR method with using RSD10 primer and microsatellite analysis with using (GACA)4 primer for genotyping clinical isolates of fluconazole-resistant C. albicans. Isolates were received from patients of Children's Memorial Health Institute in Warsaw. However in the case of both tested methods low number of amplified fragments was generated, nine and six different...
-
Identyfikacja 20 nowych rejonów zmiennych w genomach Staphylococcus aureus przydatnych do genotypowania koagulazo-dodatnich gronkowców
PublicationW pracy zidentyfikowano 20 nowych rejonów zmiennych w genomach gronkowca złocistego przydatnych do badań epidemiologicznych metodą PCR. Teoretyczna analiza 35 genomów metodą PCR z udziałem 20 nowych regionów zmiennych pozwoliła na uzyskanie większej liczby genotypów w porównaniu do dwóch metod referencyjnych: REA-PFGE z udziałem endonukleazy SmaI oraz metody MLVA z udziałem 16 rejonów zmiennych.
-
Identification of anisakid nematodes from the Southern Baltic Sea usingPCR-based methods
PublicationZaproponowano metodę identyfikacji nicieni gatunków Anisakis, Hysterothyla-cium, Contracaecum przy użyciu techniki PCR/RFLP.
-
Insight into heart regeneration
PublicationThe mammalian heart is thought to be incapable of regeneration because of the limited ability of cardiomyocytes. to proliferate. However, it has been recently shown that the neonatal murine heart is able to restore its normal function after coronary artery ligation or even partial resection. Unfortunately, this feature is lost in a few days after birth, although lower vertebrates as zebrafish or newt, retain this ability until adulthood. Therefore,...
-
Enabling simultaneous redox transformation of toxic chromium(VI) and arsenic(III) in aqueous media—A review
PublicationSimultaneous conversion of most harmful As(III) and Cr(VI) to their less toxic counterparts is environmentally desirable and cost-effective. It has been confirmed that simultaneous oxidation of As(III) to As(V) and reduction of Cr(VI) to Cr(III) can occur via free radical or mediated electron transfer processes. While Cr(VI) is reduced by reacting with H•, eaq−, photoelectron directly or undergoing ligand exchange with H2O2 and...
-
Comparative studies of the Acinetobacter genus and the species identification method based on the recA sequences
PublicationZaproponowano metodę genotypowania bakterii rodzaju Acinetobacter, opartą o analizę sekwencji genów recA, amplifikację fragmentów genu recA i analizę profili fragmentów restrykcyjnych po cięciu produktów reakcji PCR enzymami restrykcyjnymi (recA PCR/RFLP). Profile RFLP otrzymane za pomocą enzymu Tsp509I są użyteczne w identyfikacji poszczególnych gatunków bakterii rodzaju Acinetobacter. Na podstawie analizy otrzymanych sekwencji...
-
Chemosensitization of multidrug resistant Candida albicans by the oxathiolone fused chalcone derivatives
PublicationThree structurally related oxathiolone fused chalcone derivatives appeared effective chemosensitizers, able to restore in part sensitivity to fluconazole of multidrug-resistant C.albicans strains. Compound 21 effectively chemosensitized cells resistant due to the overexpression of the MDR1 gene, compound 6 reduced resistance of cells overexpressing the ABC-type drug transporters CDR1/CDR2 and derivative 18 partially reversed fluconazole...
-
Emerging linezolid-resistant, vancomycin resistant Enterococcus faecium from a patient of a haematological unit in Poland.
PublicationOksazolidynowy antybiotyk, linezolid, jest stosowany w terapii infekcji powodowanych przez różne Gram-dodatnie bakterie, włączając w to vankomycyno-oporne enterokoki (VRE). Praca pokazuje po raz pierwszy w Polsce izolację szczepu Enterococcus faecium (LRVREF)opornego na linezolid oraz vankomycynę. Stosując techniki PCR-RFLP regionu rDNA i allelo specyficzny PCR domeny V regionu 23S rDNA wykazano obecność mutacji G2576U, identyfikowanej...
-
Taq DNA polymerase fused with DNA binding protein with increased resistance to inhibitors from clinical samples
PublicationNowadays PCR method is commonly used in molecular diagnostic. However, in many cases PCR is limited, by the presence of inhibitory substances in biological, soil or food samples Efficiency and fidelity of amplification is strongly connected with DNA polymerase and reaction conditions. To meet the requirements of modern diagnostic methods it is essential to seeking for new DNA polymerases with better properties useful in these field....
-
cDNA fingerprint from the hepatopancreatic glands of pond snails (Lymnaea stagnalis) exposed to benzo[a]pyrene
PublicationIdentification of differentially expressed genes that could be potentially used as biomarkers of PAH exposure of common invertebrate animal (like freshwater snail) would be a valuable resource for investigators interested in toxicology and biomonitoring of aquatic environments. Therefore, the aim of this research was to investigate effects of waterborne benzo[a]pyrene (B[a]P) exposure on mRNA expression in the pond snail’s (Lymnaea...
-
Knowledge Sharing and Organizational Culture Dimensions: Does Job Satisfaction Matter?
PublicationThe aim of this study is to examine how job satisfaction influences the relationship between company performance, knowledge sharing, and organizational culture, perceived through the prism of Hofstede’s cultural dimensions, controlled by company size and staff position. A survey of 910 Polish employees (mainly knowledge workers) with different roles and experiences across different industries was conducted. The data were analyzed...
-
Konstrukcja nowych układów do diagnostyki molekularnej zakażeń o etiologii Candida spp.
PublicationDrożdżaki z rodzaju Candida należą do jednych z najczęściej izolowanych czynników etiologicznych zakażeń krwi. Szybka i bezbłędna identyfikacja gatunkowa pozwala na wdrożenie odpowiedniego leczenia i zwiększa szansę na powodzenie terapii. Celem badań była konstrukcja nowych układów wykorzystujących narzędzia diagnostyki molekularnej do specyficznej identyfikacji gatunkowej i rodzajowej drożdżaków Candida. Poszukiwano również nowych...
-
Techniki biologii molekularnej w analityce produktów mięsnych
PublicationW pracy przedstawiono możliwości wykorzystania reakcji PCR (Polymerase Chain Reaction) do identyfikacji patogennych drobnoustrojów a także do badania składu surowcowego w mięsnych produktach żywnościowych.
-
Versatile method employing basic techniques of genetic engineering to study the ability of low molecular weight compounds to bind covalently with DNA in cell free systems.
PublicationMechanizm działania większości leków przeciwnowotworowych oraz związków rakotwórczych polega na ich kowalencyjnym wiązaniu z DNA. Poziom tego wiązania jest zazwyczaj bardzo niski, co powoduje, że potrzebne są niezwykle czułe metody aby kowalencyjna modyfikacja mogła być w ogóle wykryta. My podjęliśmy próbę zastosowania w tym celu prostych, szybkich i sprawdzonych technik inżynierii genetycznej: metody PCR do uzyskania fragmentu...