Search
Filters
total: 908
-
Catalog
- Publications 753 available results
- Journals 12 available results
- Conferences 1 available results
- People 21 available results
- Inventions 11 available results
- Projects 11 available results
- Laboratories 1 available results
- Research Teams 2 available results
- e-Learning Courses 20 available results
- Open Research Data 76 available results
Search results for: DNA REPLICATION,DNA METHYLATION,CADMIUM,EPIGENETIC MODIFICATIONS
-
Changes in Epigenetic Patterns Related to DNA Replication in Vicia faba Root Meristem Cells under Cadmium-Induced Stress Conditions
PublicationExperiments on Vicia faba root meristem cells exposed to 150 µM cadmium chloride (CdCl2) were undertaken to analyse epigenetic changes, mainly with respect to DNA replication stress. Histone modifications examined by means of immunofluorescence labeling included: (1) acetylation of histone H3 on lysine 56 (H3K56Ac), involved in transcription, S phase, and response to DNA damage during DNA biosynthesis; (2) dimethylation of histone...
-
Epigenetic Basis of Regeneration: Analysis of Genomic DNA Methylation Profiles in the MRL/MpJ Mouse
PublicationEpigenetic regulation plays essential role in cell differentiation and dedifferentiation, which are the intrinsic processes involved in regeneration. To investigate the epigenetic basis of regeneration capacity, we choose DNA methylation as one of the most important epigenetic mechanisms and the MRL/MpJ mouse as a model of mammalian regeneration known to exhibit enhanced regeneration response in different organs. We report the...
-
Mass spectrometry reveals the presence of specific set of epigenetic DNA modifications in the Norway spruce genome
Publication -
Urinary Measurement of Epigenetic DNA Modifications: A Non-Invasive Assessment of the Whole-Body Epigenetic Status in Healthy Subjects and Colorectal Cancer Patients
Publication -
Characteristic profiles of DNA epigenetic modifications in colon cancer and its predisposing conditions—benign adenomas and inflammatory bowel disease
Publication -
In vivo evidence of ascorbate involvement in the generation of epigenetic DNA modifications in leukocytes from patients with colorectal carcinoma, benign adenoma and inflammatory bowel disease
Publication -
Profiles of a broad spectrum of epigenetic DNA modifications in normal and malignant human cell lines: Proliferation rate is not the major factor responsible for the 5-hydroxymethyl-2′-deoxycytidine level in cultured cancerous cell lines
Publication -
Correction: Profiles of a broad spectrum of epigenetic DNA modifications in normal and malignant human cell lines: Proliferation rate is not the major factor responsible for the 5-hydroxymethyl-2′-deoxycytidine level in cultured cancerous cell lines
Publication -
Genome-Wide DNA Methylation and Gene Expression in Patients with Indolent Systemic Mastocytosis
PublicationMastocytosis is a clinically heterogenous, usually acquired disease of the mast cells with a survival time that depends on the time of onset. It ranges from skin-limited to systemic disease, including indolent and more aggressive variants. The presence of the oncogenic KIT p. D816V gene somatic mutation is a crucial element in the pathogenesis. However, further epigenetic regulation may also affect the expression of genes that...
-
DNA methylation in cancer development, diagnosis and therapy-multiple opportunities for genotoxic agents to act as methylome disruptors or remediators
PublicationThe role of DNA methylation and recently discovered hydroxymethylation in the function of the human epigenome is currently one of the hottest topics in the life sciences. Progress in this field of research has been further accelerated by the discovery that alterations in the methylome are not only associated with key functions of cells and organisms, such as development, differentiation and gene expression, but may underlie a number...
-
Genome-wide DNA methylation profiling of the regenerative MRL/MpJ mouse and two normal strains
PublicationAims We aimed to identify the pivotal differences in the DNA methylation profiles between the regeneration capable MRL/MpJ mouse and reference mouse strains. Materials and Methods Global DNA methylation profiling was performed in ear pinnae, bone marrow, spleen, liver, heart from uninjured adult females of the MRL/MpJ and C57BL/6J and BALB/c. Results and conclusion A number of differentially methylated regions distinguishing between...
-
Beyond Antioxidant Activity: Redox Properties of Catechins May Affect Changes in the DNA Methylation Profile—The Example of SRXN1 Gene
PublicationThe role of catechins in the epigenetic regulation of gene expression has been widely studied; however, if and how this phenomenon relates to the redox properties of these polyphenols remains unknown. Our earlier study demonstrated that exposure of the human colon adenocarcinoma HT29 cell line to these antioxidants affects the expression of redox-related genes. In particular, treatment with (−)-epigallocatechin (EGC) downregulated...
-
The role of epigenetics in regeneration
PublicationComplex changes in chromatin structure and at the transcriptional level occur from the creation of a single parental gamete throughout fertilization, embryo development and the life of an adult organism. Epigenetic changes, such as methylation and hydroxymethylation of DNA or histone methylation and acetylation, are an important part of these processes. Epigenetic regulation has an essential influence on gene expression level. DNA...
-
Transcriptional activity of epigenetic remodeling genes declines in keratinocytes after in vitro expansion
PublicationPURPOSE: In vitro expansion is an invaluable method to obtain keratinocytes in amounts necessary for effective transplantation therapies. In vitro cell culturing provokes questions concerning potential epigenetic alterations occurring in expanded cells in the context of usefulness for transplantation and safety. The purpose of this study was to investigate as to whether keratinocyte expansion is associated with changes in the activity...
-
Changes in gene methylation patterns in neonatal murine hearts: Implications for the regenerative potential
PublicationBackground The neonatal murine heart is able to regenerate after severe injury; this capacity however, quickly diminishes and it is lost within the first week of life. DNA methylation is an epigenetic mechanism which plays a crucial role in development and gene expression regulation. Under investigation here are the changes in DNA methylation and gene expression patterns which accompany the loss of regenerative potential. Results The...
-
Genetic and Epigenetic Aspects of Atopic Dermatitis
PublicationAtopic dermatitis is a heterogeneous disease, in which the pathogenesis is associated with mutations in genes encoding epidermal structural proteins, barrier enzymes, and their inhibitors; the role of genes regulating innate and adaptive immune responses and environmental factors inducing the disease is also noted. Recent studies point to the key role of epigenetic changes in the development of the disease. Epigenetic modifications...
-
Increased concentration of Taq DNA polymerase as a solution for GC-rich templates from clinical and environmental samples
PublicationDNA polymerase is an enzyme which plays crucial role in replication and DNA repair. It found application in PCR (polymerase chain reaction) where catalyses process of in vitro DNA synthesis. To meet the demands posed by mod- ern diagnostic, molecular biology or genetic engineering it is necessary to improve DNA polymerases to obtain new or better features useful in these fields. So far implemented modifications in majority are...
-
Epigenetic regulation and regeneration: the search for differentially methylated genes in the MRL mouse
PublicationThe MRL mouse is an inbred laboratory strain, which was developed in the 60’s of the 20th century and has been extensively used as a model of lupus erythematosus. The regenerative abilities of the strain were discovered in the 90' when the MRL mouse was shown to close 2 mm hole punches made in the ear pinnae four weeks after injury without scarring. The phenomenon has not been observed in other mouse strains, where the holes...
-
Epigenetic inhibitor zebularine activates ear pinna wound closure in the mouse
PublicationBackground:Most studies on regenerative medicine focus on cell-based therapies and transplantations.Small-molecule therapeutics, though proved effective in different medical conditions, have not been extensivelyinvestigated in regenerative research. It is known that healing potential decreases with development and devel-opmental changes are driven by epigenetic mechanisms, which suggests epigenetic repression of regenerativecapacity.Methods:We...
-
Interactions of telomeric proteins with nucleic acids: sequence recognition on intact and oxidatively damaged telomeres
PublicationTelomeres are complex nucleoprotein assemblies that play a vital role in the maintenance of functional ends of linear chromosomes. Telomeric DNA, composed of tandem repeats of the 5'-TTAGGG-3' motif, solves the so-called end replication problem: as chromosomes shorten with each cell division, no information is lost, and the telomere can be re-extended. In the cell, many protein factors regulate telomere length, nuclear positioning...
-
The methylome and transcriptome of fetal skin: implications for scarless healing
PublicationAim: Fetal skin is known to heal without scarring. In mice, the phenomenon is observed until the 16–17 day of gestation – the day of transition from scarless to normal healing. The study aims to identify key methylome and transcriptome changes following the transition. Materials & methods: Methylome and transcriptome profiles were analyzed in murine dorsal skin using microarray approach. Results & conclusion: The genes associated...
-
Interactions of antitumor triazoloacridinones with DNA
PublicationW niniejszej pracy zbadano oddziaływanie sześciu wybranych pochodnych triazoloakrydonu z DNA. Analiza wiskozymetryczna pokazała, że związki te interkalują do DNA. Jednocześnie dalsze badania wykazały, że proces interkalacji nie jest istotny aktywności cytotoksycznej tej grupy związków. Badania z wykorzystaniem fibroblastów dowiodły, że jedna z pochodnych triazoloakrydonu, związek C-1305, po uprzedniej metabolicznej aktywacji indukuje...
-
Chemical Aspects of Biological Activity of Isothiocyanates and Indoles, the Products of Glucosinolate Decomposition
PublicationThere is growing evidence that cancer chemoprevention employing natural, bioactive compounds may halt or at least slow down the different stages of carcinogenesis. A particularly advantageous effect is attributed to derivatives of sulfur-organic phytochemicals, such as glucosinolates (GLs) synthesized mainly in Brassicaceae plant family. GLs are hydrolysed enzymatically to bioactive isothiocyanates (ITC) and indoles, which exhibit strong...
-
Abstract DNA-type systems
PublicationAbstrakcyjny system typu DNA jest definiowany przez zestaw nieliniowych kinetycznych równań z wielomianowymi nieliniowościami, które przyjmują rozwiązania solitonowe związane z geometrią helis. Zestaw równań pozwala na dwie różne reprezentacje Laxa: forma von Neumanna i Darboux-kowariantna para Laxa. Wyjaśniamy dlaczego nie-Kolmogorowskie modele prawdopodobieństwa pojawiające się w kinetyce solitonowej są naturalnie związane z...
-
Fuzyjne polimerazy DNA – otrzymywanie, charakterystyka i zastosowanie
PublicationObecnie reakcje PCR (ang. Polymerase Chain Reaction) wykazują bardzo szerokie zastosowanie w diagnostyce medycznej, biologii molekularnej czy inżynierii genetycznej. Efektywność tych reakcji rozumiana jako wydajność i wierność przeprowadzonej amplifikacji jest nieodłącznie związana ze stosowaną polimerazą DNA i warunkami prowadzenia reakcji PCR. Aby sprostać wymaganiom stawianym przez nowoczesne metody diagnostyczne oraz współczesną...
-
Processing of 1-nitroacridine-induced DNA-DNA cross-links by topoisomerase I is associated with enhanced cellular survival: a possible role of topoisomerase I in the removal of DNA cross-links
PublicationW tej pracy wykazujemy, że modyfikacje plazmidu indukowane przez wzrastające dawki 1-nitroakrydyn (nitracrine i związek C-857) prowadzą do zahamowania aktywności katalitycznej topoizomerazy I. Hamowanie to związane jest z pojawieniem się pojedynczoniciowych uszkodzeń DNA i tworzeniem kowalencyjnych kompleksów topoizomeraza I-DNA. Nie obserwowano takich efektów dla topoizomerazy typu II.Dalsze badania wykazały, że jedna z 1-nitroakrydyn...
-
Applying fuzzy logic to decisional DNA digital TV
PublicationWprowadzono wspomaganie oparte na logice rozmytej do modelu telewizji wykorzystujacej decyzyjny DNA.
-
Naturally occurring mitochondrial DNA heteroplasmy in the MRL mouse
PublicationThe MRL/MpJ mouse is an inbred laboratory strain of Mus musculus, known to exhibit enhanced autoimmunity, increased wound healing, and increased regeneration properties. We report the full-length mitochondrial DNA (mtDNA) sequence of the MRL mouse (Accession # EU450583), and characterize the discovery of two naturally occurring heteroplasmic sites. The first is a T3900C substitution in the TpsiCloop of the tRNA methionine gene...
-
DNA Methylation Changes Induced by Redox-Active Compounds—Choosing the Right PCR-Based Method
PublicationThe impact of catechins on the expression profile of redox-related genes in HT29 cell line has been studied recently by our group using Oxidative Stress RT2 Profiler PCR Array. Within the examined panel of 84 genes, the down-regulation of SRXN1 gene was unique among other up-regulated genes. We hypothesized that the observed down-regulation resulted from DNA methylation and have exploited this observation to choose the proper strategy...
-
DNA modification by 1-nitroacridine derivatives. Comparison of 32P-Postlabeling and restriction enzyme analysis method for the detection of DNA adducts formed by 1-nitroacridines C-1748 and C-857
Publication4-podstawione 1-nitroakrydyny reprezentują nową grupę pochodnych akrydyny, zsyntetyzowanych na Politechnice Gdańskiej. Metoda 32P-postlabellingu wykazała, że pochodne C-1748 i C-857 tworzą od 4-6 adduktów DNA w systemie komórkowym i bezkomórkowym o innym rozkładzie plam chromatograficznych, jednakże niezależnym od zastosowanego systemu aktywacyjnego. Metoda enzymatycznej analizy restrykcyjnej pozwoliła natomiast śledzić kinetykę...
-
Interstrand crosslinking of DNA by C-1311 (Symadex) and other imidazoacridinones
PublicationImidazoakrydony, w tym pochodna C-1311 (Symadex) znajdująca się w pierwszej fazie badań klinicznych prowadzonych w USA, należą do grupy bardzo aktywnych związków przeciwnowotworowych zsyntetyzowanych w Katedrze Technologii Leków i Biochemii PG. Za pomocą zmodyfikowanej metody Parsons'a wykazaliśmy, że C-1311 indukuje, w sposób zależny od stężenia, międzyłańcuchowe wiązania sieciujące w komórkach różnych nowotworów ludzkiego pochodzenia...
-
Electroanalytical and spectroscopic procedures for examination of interactions between double stranded DNA and intercalating drugs
PublicationPrzedstawiono metodę elektrochemicznego opisu oddziaływań dsDNA ze związkiem biologicznie czynnym w warunkach, w których zarówno badany związek jak i cząsteczka DNA są w roztworze elektrolitu. Opracowano warunki pomiaru, gdzie ani związek, ani DNA nie adsorbuje na elektrodzie. Wykazano, podobnie jak podczas badania innymi metodami, że oddziaływania są dwojakiego rodzaju: elektrostatyczne i poporzez interkalację.
-
Two highly thermostable paralogous single-stranded DNA-binding proteins from Thermoanaerobacter tengcongensis
PublicationThe thermophilic bacterium Thermoanaerobacter tengcongensis has two single-stranded DNA-binding (SSB) proteins, designated TteSSB2 and TteSSB3. In a SSB complementation assay in Escherichia coli, only TteSSB3 took over the in vivo function of EcoSSB. We have cloned the ssb genes obtained by PCR and have developed E. coli overexpression systems. The TteSSB2 and TteSSB3 consist of 153 and 150 amino acids with a calculated molecular...
-
Interaction of antitumor triazoloacridone C-1305 and its analogs with telomeric DNA
PublicationBadaliśmy oddziaływanie pochodnej triazoloakrydonu C-1305 i jego bliskich analogów strukturalnych z oligonukleotydami zawierającycmi sekwencje telomerowe TTAGGG oraz oligonukleotydami sfałdowanymi w strukturę G-kwadrupleksu. Wykazaliśmy, że spośród badanych związków pochodna C-1305 wykazała największą specyficzność w stosunku do telomerowego DNA. Związek ten stabilizował także strukturę G-kwadrupleksu, podczas gdy jego analogi...
-
DNA methylation as a mediator of HLA-DRB1*15:01 and a protective variant in multiple sclerosis
PublicationThe human leukocyte antigen (HLA) haplotype DRB1*15:01 is the major risk factor for multiple sclerosis (MS). Here, we find that DRB1*15:01 is hypomethylated and predominantly expressed in monocytes among carriers of DRB1*15:01. A differentially methylated region (DMR) encompassing HLA-DRB1 exon 2 is particularly affected and displays methylation-sensitive regulatory properties in vitro. Causal inference and Mendelian randomization...
-
Cellular senescence induced by DNA damage and its role in carcinogenesis and chemotherapy
PublicationUszkodzenia DNA indukują w komórce różne procesy, w tym starzenie komórkowe, co może uruchamiać proces karcinogenezy jak i być związane z odpowiedzią na leki przecinowotworowe. Biologiczna rola starzenia komórkowego nie jest jednak jasna. Zasugerowano, że proces starzenia komórkowego może hamować proces karcinogenezy poprzez indukcję nieodwracalnego zahamowania wzrostu przez czynniki genotoksyczne. Indukcja starzenia komórkowego...
-
Comet assay-based methods for measuring DNA repair in vitro; estimates of inter- and intra-individual variation.
PublicationZdolność do naprawy uszkodzeń DNA jest jednym z najważniejszych wyznaczników podatności na choroby nowotworowe. Dlatego też użytecznym staje się możliwość pomiaru stopnia naprawy DNA w próbkach materiału badawczego pobranego od ochotników. Celem pracy było, po pierwsze, opracowanie w warunkach in vitro prostej metody (z wykorzystaniem techniki testu kometowego), w której naprawa DNA odbywa się poprzez wycinanie nukleotydów (NER)....
-
Novel thermostable single-stranded DNA-binding protein (SSB) from Deinococcus geothermalis
PublicationW celu zbadania właściwości biochemicznych białka wiążącego się do jednoniciowego DNA (SSB) pochodzącego z Deinococcus geothermalis (DgeSSB), sklonowano gen ssb otrzymany w reakcji PCR, a następnie uzyskano wydajną biosyntezę białka DgeSSB. Gen składa się z 900 par zasad, kodujących białko złożone z 300 reszt aminokwasowych, o wyliczonej masie molekularnej równej 32.45 kDa. Sekwencja aminokwasowa wykazuje 43, 44% i 75% identyczności...
-
GRA1 protein vaccine confers better immune response compared to codon-optimized GRA1 DNA vaccine
PublicationW publikacji oszacowano immunogenność i właściwości protekcyjne szczepionki anty-Toxoplasma gondii opartej na białku rekombinantowym GRA1 oraz dwóch rodzajach szczepionek DNA (plazmidu zawierającego gen kodujący białko GRA1 dzikiego typu oraz modyfikowanego genu kodującego białko GRA1). Uzyskane wyniki sugerują lepsze właściowści immunoprotekcyjne rekombinantowego białka antygenowego niż szczepionek DNA.
-
Total DNA Methylation Changes Reflect Random Oxidative DNA Damage in Gliomas
Publication -
Total DNA methylation as a biomarker of DNA damage and tumor malignancy in intracranial meningiomas
Publication -
Geologia dna morskiego 2021/2022
e-Learning CoursesKurs przeznaczony jest dla studentów I semestru studiów II stopnia kierunku Inżynieria Morska i Brzegowa na WOiO i WILIŚ. Tematyka kursu obejmuje zagadnienia geologii morza, procesów formujących dno morskie i oceaniczne a także strefę brzegową oraz skał powstających w środowisku morskim.
-
Ocena wpływu pokarmowych kwasów nukleinowych i ich komponentów na replikacyjną i naprawczą syntezę DNA w modelach komórek ludzkiego układu pokarmowego
PublicationKwasy nukleinowe, do których należą DNA i RNA, są podstawowymi elementami każdej komórki niezbędnymi do prawidłowego funkcjonowania organizmu. Pomimo, że cząsteczki te stanowią również nieodłączne składniki produktów żywnościowych spożywanych przez człowieka, to badania na temat ich zawartości w żywności oraz wartości odżywczej są ograniczone. Wyniki uzyskane w niniejszej pracy doktorskiej pokazały istotne różnice w ilości, wielkości...
-
Generation and Characterization of a DNA-GCN4 Oligonucleotide-Peptide Conjugate: The Impact DNA/Protein Interactions on the Sensitization of DNA
PublicationRadiotherapy, the most common therapy for the treatment of solid tumors, exerts its effects by inducing DNA damage. To fully understand the extent and nature of this damage, DNA models that mimic the in vivo situation should be utilized. In a cellular context, genomic DNA constantly interacts with proteins and these interactions could influence both the primary radical processes (triggered by ionizing radiation) and secondary reactions,...
-
Taq DNA polymerase fused with DNA binding protein with increased resistance to inhibitors from clinical samples
PublicationNowadays PCR method is commonly used in molecular diagnostic. However, in many cases PCR is limited, by the presence of inhibitory substances in biological, soil or food samples Efficiency and fidelity of amplification is strongly connected with DNA polymerase and reaction conditions. To meet the requirements of modern diagnostic methods it is essential to seeking for new DNA polymerases with better properties useful in these field....
-
Interstrand crosslinking of DNA in tumor and fibroblast cells by C-1311 (Symadex) and other imidazoacridinones
PublicationImidazoakrydony, w tym pochodna C-1311 znajdująca się w pierwszej fazie badań klinicznych prowadzonych przez firmę Xanthus Life Sciences, należą do grupy bardzo aktywnych związków przeciwnowotworowych zsyntetyzowanych w Katedrze Technologii Leków i Biochemii PG. Za pomocą zmodyfikowanej metody Parsons'a wykazaliśmy, że C-1311 indukuje w sposób zależny od stężenia międzyłańcuchowe wiązania sieciujące w komórkach różnych nowotworów...
-
Modified DNA polymerases for PCR troubleshooting
PublicationPCR has become an essential tool in biological science. However, researchers often encounter problems with difficult targets, inhibitors accompanying the samples, or PCR trouble related to DNA polymerase. Therefore, PCR optimization is necessary to obtain better results. One solution is using modified DNA polymerases with desirable properties for the experiments. In this article, PCR troubleshooting, depending on the DNA polymerase...
-
Global DNA methylation level in females with idiopathic scoliosis
Publication -
DNA REPAIR
Journals -
DNA SEQUENCE
Journals