Wyszukiwarka
Wyniki wyszukiwania dla: WIĄZANIA WODOROWE
-
9-(Trichloroacetylimino)acridine monohydrate
PublikacjaThe title compound, alternatively called N-acridin-9(10H)-ylidene-2,2,2-trichloroacetamide monohydrate, C15H9Cl3N2O·H2O, crystallizes in space group P21/c with Z = 4. The acridine moieties are arranged in layers, tilted at an angle of 15.20 (4)° relative to the ac plane, while adjacent molecules pack in a head-to-tail manner. Acridine and water molecules form columns along the b axis held in place by a network of hydrogen...
-
Donor properties of water in organic solvents derived from infrared spectraof HDO
PublikacjaPrzedyskutowano niektóre ilościowe aspekty kooperatywności wiązań wodorowych wody. Zaproponowano skalę własności elektronodonorowych wody w środowisku aprotycznych rozpuszczalników organicznych, pochodną w stosunku do skali liczb donorowych Gutmanna.
-
9-(tert-Butylamino)acridine. Acta Cryst. E**2002 vol. 58 s. o458-o460, 2rys. 2 tab. bibliogr. 11 poz. 9(tert-Butyloamino)akrydyna.
PublikacjaTytułowy związek występuje w krysztale w aminowej formie tautomerycznej. Re-szta akrydyny jest lekko zgieta wzdłuż linii C9-N10. Orientacja grupy t-bu-tyloaminowej umożliwia sprzężenie pomiędzy parą elektronową azotu aminowegoi elektronami ă pierścienia akrydynowego. W strukturze krystalicznej wystę-puje wiązanie wodorowe pomiędzy atomem azotu pierścienia akrydynowego i eg-zocykliczną grupą NH.
-
Ionic hydration behavior derived from infrared spectra in HDO
PublikacjaNa podstawie widm HDO w zakresie podczerwieni scharakteryzowano hydratacjejonów o różnym charakterze. Zastosowana analiza danych widmowych opierała się na metodzie widm różnicowych. Wyniki prowadzą do wniosku, że kationy i aniony wywierają jakościowo bardzo różny wpływ na strukturę wody. Energia wiązań wodorowych cząsteczek wody oddziaływającej z anionem zmienia się proporcjonalnie z siłą polaryzującą anionów. W przeciwieństwie...
-
Interplay between Aryl···Perfluoroaryl and Hydrogen Bonding Interactions in Cocrystals of Pentafluorophenol with Molecules of Trigonal Symmetry
PublikacjaCocrystals of seven star-shaped triaryl compounds with pentafluorophenol (pfp) were prepared and structurally characterized by the single-crystal X-ray diffraction method. Cocrystallization of pfp with planar (or almost planar) compounds gave six 3:1 molecular complexes with well-defined layered structures. The layers are composed of alternating pfp3 trimers, linked by hydrogen bonding, and triaryl molecules held together in planes...
-
Hydrogen and chalcogen bonds in crystals of chalcogenadiazolecarboxylic acids – competition or cooperation?
PublikacjaThis article presents crystal structures of chalcogenadiazolecarboxylic acids bearing both a hydrogen and a chalcogen bond donor. The selected molecules varied in the size of the aromatic unit, the chalcogen atom and/or the position of the carboxyl group in the core structure. The most common synthons in their lattice are "R" _"2" ^"2" (8) self-complementary acid dimers or four-membered [Ch···N]2 rings. Supramolecular synthons...
-
Preparation and X-ray structures of selected aminium thiosulfates
PublikacjaVarious types of aminium thiosulfates (1–6), including hydrates and mixed salts, have been obtained by the reaction of ammonium thiosulfate with amines. Tertbutylamine, cyclo-hexylamine and 1,6-diaminohexane gave crystals of (t-BuNH3)2S2O3·H2O (1), (c-C6H11NH3)2S2O3 (3) and {(NH4)2(H3NC6H12NH3)(S2O3)2} (6), respectively, which were investigated by X-ray structural analysis. Extensive hydrogen bonding of the N-H…O and N-H…S type...
-
1,3-Di-<i>n</i>-butylthiourea
PublikacjaIn the title compound, C9H20N2S, the n-butyl groups are in syn and anti positions in relation to the C=S bond. In the crystal, two molecules are connected by two N-H···S=C hydrogen bonds into a centrosymmetric dimer. Another N-H···S=C hydrogen bond links the dimers, forming layers with a hydrophilic interior and a hydrophobic exterior, which spread across the (100) plane. Interlacing of the...
-
Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół różnych konformacji poliseryny - analiza wyników dynamiki molekularnej
PublikacjaRozpuszczalnik w istotny sposób wpływa na preferencje peptydu do przyjmowania określonej struktury drugorzędowej. Przykładem tego może być fakt, iż w przypadku polialaniny stabilność konformacji helikalnej w wodzie jest niższa aniżeli w próżni, podczas gdy w przypadku poliseryny mamy do czynienia ze zjawiskiem odwrotnym. W celu lepszego zrozumienia tego zjawiska badano właściwości otoczek hydratacyjnych dookoła czterech konformacji...
-
Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół β-warstw o zróżnicowanym składzie aminokwasowym - analiza wyników dynamiki molekularnej
Publikacjaβ-warstwa to jedna z najczęściej spotykanych struktur drugorzędowych w białkach. Jak dotąd mechanizmy rządzące ustrukturyzowaniem wody w warstwie solwatacyjnej wokół tej struktury są słabo poznane [1]. W celu lepszego zrozumienia zjawiska hydratacji wokół struktur o konformacji β-warstwy przeprowadzono analizę wyników pochodzących z symulacji metodą dynamiki molekularnej β-warstw składających się z 8 równoległych nici o różnym...
-
Charakterystyka otoczki solwatacyjnej białka przeciwdziałającego zamarzaniu wody
PublikacjaWiele organizmów rozwinęło oryginalne sposoby na radzenie sobie z niebezpieczeństwami związanymi z narażaniem na niskie temperatury. Istnieje np. szczególna grupa białek powstrzymujących wzrost zarodków krystalizacji wody. W budowie analizowanego tu białka wskazać można trzy powierzchnie: jedną wiążącą się do lodu oraz dwie pozostające w kontakcie z wodą w stanie ciekłym. Przedmiotem tej pracy było opisanie struktury wody sąsiadującej...
-
Hydratacja domeny katalitycznej kinezyny
PublikacjaKinezyna należy do białek zwanych motorami molekularnymi, które są zdolne do wykonywania pracy mechanicznej. Konwencjonalna kinezyna wyposażona jest w dwie domeny motoryczne. Potrafi ona poruszać się w uporządkowany sposób przemieszczając się po szlakach wyznaczanych przez tzw. mikrotubule, które tworzone są przez białko tubulinę. Jej rola polega m.in. na transporcie białek i organelli komórkowych. Naturalnym środowiskiem działania...
-
Structural properties of hydration shell around various conformations of simple polypeptides
PublikacjaIn this paper we investigate structural properties of water within the solvation shell around the peptide core created by a well-defined conformation of polypeptide chain. The following secondary structures are investigated: linear (straight chain), and three helices PII (polyproline-like), 310, and α. We propose using the two-particle contribution to entropy as a rational measure of the water structural ordering within the solvation...
-
The hydrogen bond network structure within the hydration shell around simple osmolytes: Urea, tetramethylurea, and trimethylamine-N-oxide, investigated using both a fixed charge and a polarizable water model
PublikacjaDespite numerous experimental and computer simulation studies, a controversy still exists regarding the effect of osmolytes on the structure of surrounding water. There is a question, to what extent some of the contradictory results may arise from differences in potential models used to simulate the system or parameters employed to describe physical properties of the mixture and interpretation of the results. Bearing this in mind,...
-
<i>N,N</i>'-diphenylthiourea acetone monosolvate
PublikacjaIn the title compound, C13H12N2S·C3H6O, the phenyl rings of the thiourea molecule are in syn and anti positions in relation to the C=S bond. Two molecules are connected by N-HS=C hydrogen bonds into a centrosymmetric dimer. An additional N-HO=C hydrogen bond to the acetone solvent molecule and some weak C-H interactions reinforce the crystal structure.
-
Crystallographic study of self-organization in the solid state including quasi-aromatic pseudo-ring stacking interactions in 1-benzoyl-3-(3,4-dimethoxyphenyl)thiourea and 1-benzoyl-3-(2-hydroxypropyl)thiourea
Publikacja1-Benzoylthioureas contain both carbonyl and thiocarbonyl functional groups and are of interest for their biological activity, metal coordination ability and involvement in hydrogen-bond formation. Two novel 1-benzoylthiourea derivatives, namely 1-benzoyl-3-(3,4-dimethoxyphenyl)thiourea, C₁₆H₁₆N₂O₃S, (I), and 1-benzoyl-3-(2-hydroxypropyl)thiourea, C₁₁H₁₄N₂O₂S, (II), have been synthesized and characterized. Compound (I) crystallizes...
-
Chiral and achiral crystals, charge-assisted hydrogen-bond patterns and self-organization of selected solid diaminium thiosulfates
PublikacjaAbstract A series of diaminium thiosulfates, derivatives of diamines: NH2CH2CH(CH3)NH2 (1) and NH2(CH2)nNH2, n = 3-6 (2-5 respectively)and thiosulfuric acid were prepared and their structures determined by crystal X-ray diffraction analysis. Compounds 1, 2 and 4 turned out to be hydrates. The crystal structure of 1,2-proylenediaminium thiosulfate is chiral and exhibits spontaneous resolution. Crystals for both enantiomers...
-
3,3'-Dibenzoyl-1,1'-dibenzyl-1,1'-(ethane-1,2-diyl)dithiourea
PublikacjaIn the title compound, C32H30N4O2S2, the carbonyl and thiocarbonyl groups are found in a rare synclinal conformation, with an S-C···C-O pseudo-torsion angle of 62.6(2)°. The molecule has Ci = S2 point-group symmetry with a crystallographic center of inversion located in the middle of the ethylene bridge. One of the symmetry-independent phenyl...
-
Nickel alendronate
PublikacjaKryształy tytułowego związku [Ni2(C4H12NO7P2)4(H2O)2]*2H2O, zostały otrzymane w warunkach hydrotermalnych. Jego struktura jest izotypowa ze strukturą analogicznego związku Co(II).
-
Imidazolium silanethiolates relevant to the active site of cysteineproteases. A cooperative effect in a chain of NH(+)...S(-) hydrogenbonds
PublikacjaThree imidazolium silanethiolates relevant to the active site of cysteine proteases have been synthesized and investigated by X-ray diffraction, IR spectroscopy and computational methods. As indicated by crystallographic and FT-IR data in the solid state, the transfer of proton from thiol to imidazole takes place and a thiolato-imidazolium ion pair is formed. The FT-IR spectra of crystalline imidazolium silanethiolates exhibit...
-
<i>catena</i>-Poly[[[bis(thiourea-κS)cadmium]-di-μ-thiocyanato-κ<sup>2</sup>N:S;κ<sup>2</sup>S:N] dihydrate]
PublikacjaTytułowy związek tworzy jednowymiarowy łańcuch na skutek występowania mostkujących grup SCN pomiędzy atomami kadmu. Atomy kadmu obsadzają krystalograficzne środki symetrii i są koordynowane oktaedrycznie (zdeformowany oktaedr) przez 2 atomy S i 2 atomy N z mostkujących ligandow SCN oraz przez 2 atomy S z dwóch cząsteczek tiomocznika. Upakowanie jest wspomagane przez dodatkowe wiązania międzycząsteczkowe OH...S, NH...O i NH...N....