Filters
total: 3354
displaying 1000 best results Help
Search results for: MOLECULAR DOCKING SIMULATIONS
-
MOLECULAR CANCER THERAPEUTICS
Journals -
MOLECULAR AND BIOCHEMICAL PARASITOLOGY
Journals -
TRENDS IN MOLECULAR MEDICINE
Journals -
Molecular factors involved in the development of diabetic foot syndrome.
Publication -
Shape resonance of the ethylene anion stabilized in a molecular trap
Publication -
Role of electronic correlations in the transport characteristics of molecular junctions
Publication -
Low-Molecular-Weight Aldehyde Inhibitors of Cathepsin G
Publication -
Lipid-protein interactions in membranes: a molecular modelling study
Publication -
Reply to “Comment on ‘Molecular Origin of Anticooperativity in Hydrophobic Association'”
Publication -
Plasma Treatment as an Unconventional Molecular Magnet Engineering Method
Publication -
Molecular diagnosis in type I epithelial ovarian cancer
Publication -
Low-Cost Design Optimization of Microwave Passives Using Multi-Fidelity EM Simulations and Selective Broyden Updates
PublicationGeometry parameters of contemporary microwave passives have to be carefully tuned in the final stages of their design process to ensure the best possible performance. For reliability reasons, the tuning has to be to be carried out at the level of full-wave electromagnetic (EM) simulations. This is because traditional modeling methods are incapable of quantifying certain phenomena that may affect operation and performance of these...
-
Virulence, antifungal susceptibility and molecular mechanisms of echinocandin resistance among Candida isolates recovered from clinical specimens
PublicationFungi of the genus Candida belong to the natural microflora of healthy individuals. However, they can also be a cause of opportunistic infections especially among patients with an impaired immune system. The first line therapy of Candida infections is based on triazoles. However, in recent years there an increase of azole resistant Candida spp., in particular C. glabrata and C. krusei, has been observed. For this reason, echinocandin...
-
Molecular basis of the low activity of antitumor anthracenediones, mitoxantrone and ametantrone, in oxygen radical generation catalyzed by NADH dehydrogenase. Enzymatic and molecular modelling studies
PublicationSyntetyczne antracenodionowe leki przeciwnowotworowe, w przeciwieństwie do antybiotyków antracyklinowych, charakteryzują się słabym wytwarzaniem wolnych rodników w układach z dehydrogenazą NADH. Wyniki prezentowane w artykule wskazują, że ani potencjał redukcyjny, ani konformacja łańcuchów bocznych, ani energie orbitali granicznych (LUMO i HOMO) nie determinują zdolności antracenedionów do stymulacji wytwarzania reaktywnych form...
-
Molecular dynamics study of 4-OH-phenylacetyl- D -Y(Me)FQNRPR-NH 2 selectivity to V1a receptor
Publication -
Electron-Induced Decomposition of Uracil-5-yl O-(N,N-dimethylsulfamate): Role of Methylation in Molecular Stability
PublicationThe incorporation of modified uracil derivatives into DNA leads to the formation of radical species that induce DNA damage. Molecules of this class have been suggested as radiosensitizers and are still under investigation. In this study, we present the results of dissociative electron attachment to uracil-5-yl O-(N,N-dimethylsulfamate) in the gas phase. We observed the formation of 10 fragment anions in the studied range of electron...
-
Knowledge-Based Expedited Parameter Tuning of Microwave Passives by Means of Design Requirement Management and Variable-Resolution EM Simulations
PublicationThe importance of numerical optimization techniques has been continually growing in the design of microwave components over the recent years. Although reasonable initial designs can be obtained using circuit theory tools, precise parameter tuning is still necessary to account for effects such as electromagnetic (EM) cross coupling or radiation losses. EM-driven design closure is most often realized using gradient-based procedures,...
-
Simplified AutoDock force field for hydrated binding sites
Publicationhas been extracted from the Protein Data Bank and used to test and recalibrate AutoDock force field. Since for some binding sites water molecules are crucial for bridging the receptor-ligand interactions, they have to be included in the analysis. To simplify the process of incorporating water molecules into the binding sites and make it less ambiguous, new simple water model was created. After recalibration of the force field on...
-
Modelling of wave propagation in spatial frame elements - numerical simulations and experimental works
PublicationW pracy porównano rozwiązania propagacji fal sprężystych w ośrodku typu belka Timoszenki, uzyskane na drodze eksperymentalnej i numerycznej. Do obliczeń numerycznych wykorzystano wielowęzłowe spektralne elementy skończone klasy C0.Omówiono algorytm całkowania po czasie i sformułowano wnioski dotyczące liczby węzłów na długość fali.
-
Numerical simulations of the influence of injection moulding parameters on mechanical properties of the polyamide composite
PublicationZaprezentowano wyniki symulacji numerycznej wpływu parametrów technologicznych procesu wtryskiwania na wybrane właściwości mechaniczne kompozytu poliamidowego. Symulacje przeprowadzono z wykorzystaniem programu Cadmould-3d.
-
Growth of polymer brushes by “grafting from” via ATRP – Monte Carlo simulations
Publication -
Local and long range potentials for heparin‐protein systems for coarse‐grained simulations
Publication -
Particulate organic carbon in the southern Baltic Sea: numerical simulations and experimental data
Publication -
Numerical Simulations of DDT Limits in Hydrogen-Air Mixtures in Obstacle Laden Channel
Publication -
<title>Cavity control system model simulations for the TESLA linear accelerator</title>
Publication -
Determination of model's fixing boundary conditions for the numerical simulations of the dynamic experimental tests
PublicationZaprezentowano badania eksperymentalne oraz ich symulacje numeryczne przeprowadzone na płytach obciążanych impulsowo (wybuch mieszanki gazowej). Głównym obszarem zainteresowania pracy jest wyznaczenie warunków brzegowych w stosowanym modelu.
-
Discrete Green's function approach to disjoint domain simulations in 3D FDTD method
PublicationA discrete Green’s function (DGF) approach to couple 3D FDTD subdomains is developed. The total-field/scattered-field subdomains are simulated using the explicit FDTD method whilst interaction between them is computed as a convolution of the DGF with equivalent current sources measured over Huygens surfaces. In the developed method, the DGF waveforms are truncated using the Hann’s window. The error varies in the range -65 to -40...
-
3D DEM SIMULATIONS OF BASIC GEOTECHNICAL TESTS WITH EARLY DETECTION OF SHEAR LOCALIZATION.
PublicationW artykule przedstawiono rezultaty numeryczne dla podstawowych testów geotechnicznych: testu trójosiowego ściskania oraz w aparacie bezpośredniego ścinania dla piasku bez kohezji. Wszystkie testy zostały wykonane w 3D, a piasek został wymodelowany w postaci kulek wraz z momentami symulującymi nieregularny kształt ziarna. Podczas badań sprawdzono wpływ parametrów fizycznych (m. in. początkowy wskaźnik porowatości, obciążenie pionowe...
-
Constitutive Modelling of Knitted Abdominal Implants in Numerical Simulations of Repaired Hernia Mechanics
PublicationThe paper presents a numerical approach to describe mechanical behavior of anisotropic textile material, which is a selected abdominal prosthesis. Two constitutive nonlinear concepts are compared. In the first one the material is considered composed from two families of threads (dense net model) and in the second one the material is homogeneous but anisotropic (as proposed by Gassel, Ogden, Holzapfel). Parameters of both models...
-
Numerical simulations of transverse pounding-involved response of buildings due to earthquake excitation.
PublicationCelem artykułu jest analiza (w kierunku poprzecznym) zachowania się uderzających o siebie budynków podczas trzęsienia ziemi. W analizie tej obie konstrukcje modelowane są przy użyciu dyskretnego, sprężysto-plastycznego modelu o skupionych masach, zaś do symulacji zderzeń zastosowano nieliniowy model lepko-sprężysty. Wyniki analizy pokazują, iż zderzanie prowadzi do znacznego wzrostu odpowiedzi w kierunku poprzecznym dla konstrukcji...
-
FE-simulations of a direct and a true simple shear test within a polar hypoplasticity
PublicationW artykule przedstawiono wyniki numerycznej analizy testu bezpośredniego ścinania i testu prostego ścinania w materiałach granulowanych. Obliczenia wykonano stosując metodę elementów skończonych i mikropolarne hipoplastyczne prawo konstytutywne. W analizie uwzględniono lokalizację odkształceń stycznych.
-
Dynamic FE simulations of buckling process in thin-walled cylindrical metal silos
PublicationW artykule przedstawiono wyniki dynamicznej analizy wyboczeniowej cienkościennych silosów metalowych o przekroju kołowym. Analizy MES wykonano dla wstępnych imperfekcji geometrycznych o różnym kształcie i amplitudzie. Wyniki analizy dynamicznej porównano z analizami statycznymi.
-
Au nanostructures coated with a ultrathin film of Al2O3 - measurements and FDTD simulations
Open Research DataGold plasmonic platforms have been coated with an ultra-thin films of aluminium oxide. Optical measurements, showing the influence of the thickness of Al2O3 on plasmon resonance position. The observed red-shift of the resonance location with the increase of the thickness of the Al2O3 film, can be explained by the change in the dielectric function of...
-
Accelerated Gradient-Based Optimization of Antenna Structures Using Multi-Fidelity Simulations and Convergence-Based Model Management Scheme
PublicationThe importance of numerical optimization has been steadily growing in the design of contemporary antenna structures. The primary reason is the increasing complexity of antenna topologies, [ a typically large number of adjustable parameters that have to be simultaneously tuned. Design closure is no longer possible using traditional methods, including theoretical models or supervised parameter sweeping. To ensure reliability, optimization...
-
Reduced-cost optimization-based miniaturization of microwave passives by multi-resolution EM simulations for internet of things and space-limited applications
PublicationStringent performance specifications along with constraints imposed on physical dimensions, make the design of contemporary microwave components a truly onerous task. In recent years, the latter demand has been growing in importance, with the innovative application areas such as Internet of Things coming into play. The need to employ full-wave electromagnetic (EM) simu-lations for response evaluation, reliable yet CPU heavy, only...
-
FT-IR studies of molecular interactions in formamide-methanol mixtures
PublicationTechniką ATR zmierzono widma FT-IR roztworów metanolu(MeOH) i formamidu(FA) w całym zakresie ich składu. Przeprowadzono analizę faktorową widm, która wykazała obecność dwóch kompleksów molekularnych matanolu z formamidem. Na podstawie profilów stężeniowych indywiduów absorbujących wyznaczono średni skład kompleksów w zależności od składu mieszaniny. Przeprowadzono również analizę pasma CO formamidu metodą widm różnicowych. Wyniki...
-
Molecular interaction sensors: a new detector platform for separation methods
PublicationPotencjometria jest nową metodą detekcji dla chromatografii cieczowej (LC)i elektroforezy kapilarnej (CE). Zastosowanie potencjometrii dla chromatograficznych technik wynika z faktu, że sygnał z detektora jest zależny od stanu rozdzielenia analitów nad pokryciem sensora i od rodzaju eluentu. Rozdzielenie analitu powoduje zmiany potencjału, a zmiany te można zaklasyfikować jako potencjometryczne. Do opisu ilościowego potrzebny jest...
-
Molecular Modeling of Interaction of the Vasopressin Analogs with Vasopressin and Oxytocin Receptors
Publication -
PF5 and PCl5 interacting with water – Comparative study at the molecular level
Publication -
Molecular-dynamics simulation of clustering processes in sea-ice floes
Publication -
Molecular Determinants of Proton Transfer in ATP Synthase FO Complex
Publication -
Current molecular methods for the detection of hepatitis B virus quasispecies
Publication -
Current rectification in molecular junctions produced by local potential fields
Publication -
Parkinson’s disease: Etiopathogenesis, molecular basis and potential treatment opportunities
Publication -
Molecular Dynamics of a Vasopressin V2 Receptor in a Phospholipid Bilayer Membrane
Publication -
Functionalized polypyrroles. New molecular materials for electrocatalysis and related applications
Publication -
Raman spectroscopy analysis of molecular configuration forms of the macular xanthophylls
Publication -
Porphyrazines as Molecular Scaffolds: Flexible Syntheses of Novel Multimetallic Complexes
Publication -
Synthesis and hydrogen evolving catalysis of a panchromatic photochemical molecular device
PublicationA dinuclear hydrogen evolution photocatalyst [(tbbpy)2Os(tpphz)PtI2](PF6)2 (tbbpy = 4,4′-tert-butyl-2,2′-bipyridine; tpphz = tetrapyrido[3,2-a:2′,3′-c:2′′,3′′-h:2′′′,3′′′-j]phenazine) is synthesized in order to make use of the broader range of visible light absorption mitigated by the osmium center. In a first step, the activity of the complex for hydrogen evolution is investigated by evaluating the role of different electron donors...
-
Molecular modelling of amphotericin B-ergosterol primary complex in water
PublicationBadano właściwości pierwotnego kompleksu amfoterycyny B z ergosterolem przy pomocy symulacji dynamiki molekularnej. Otrzymane w wyniku naszych symulacji rezultaty słabo odpowiadają postulowanym przez innych autorów modelom kompleksu antybiotyk-sterol. Z drugiej strony uzyskane geometrie nie są sprzeczne z wynikami eksperymentów biofizycznych dotyczących powstawania kompleksów w wodzie i w środowisku wodno-alkoholowym.