Filters
total: 4705
filtered: 3985
-
Catalog
- Publications 3985 available results
- Journals 314 available results
- Conferences 43 available results
- People 133 available results
- Projects 5 available results
- Research Teams 1 available results
- e-Learning Courses 72 available results
- Events 3 available results
- Open Research Data 149 available results
Chosen catalog filters
displaying 1000 best results Help
Search results for: moleular modelling
-
Molecular modelling of a psychrophilic β-galactosidase
PublicationAntarktyczny szczep, gram-ujemnych bakterii, wyizolowanych z przewodu pokarmowego kryla z gatunku Thyssanoessa macrura, sklasyfikowany na podstawie analizy sekwencji nukleotydowej geny 16S rDNA jako Pseudoalteromonas sp. 22b jest producentem wewnątrzkomórkowej zimnolubnej beta-galaktozydazy. Ponieważ enzym ten wykazuje wysoką aktywność katalityczną w zakresie temperatur od 0 do 30 stC, stanowi on atrakcyjny biokatalizator, użyteczny...
-
Comparative molecular modelling of biologically active sterols
PublicationMembrane sterols are targets for a clinically important antifungal agent – amphotericin B. The relatively specific antifungal action of the drug is based on a stronger interaction of amphotericin B with fungal ergosterol than with mammalian cholesterol. Conformational space occupied by six sterols has been defined using the molecular dynamics method to establish if the conformational features correspond to the preferential interaction...
-
Molecular Modelling of the Neurophysin II/Vasopressin Complex
Publication -
Molecular Modeling of Meta II Rhodopsin
Publication -
Lipid-protein interactions in membranes: a molecular modelling study
Publication -
Molecular Modeling of the Neurohypophyseal Receptor/Atosiban Complexes
Publication -
Molecular modelling of amphotericin B-ergosterol primary complex in water
PublicationBadano właściwości pierwotnego kompleksu amfoterycyny B z ergosterolem przy pomocy symulacji dynamiki molekularnej. Otrzymane w wyniku naszych symulacji rezultaty słabo odpowiadają postulowanym przez innych autorów modelom kompleksu antybiotyk-sterol. Z drugiej strony uzyskane geometrie nie są sprzeczne z wynikami eksperymentów biofizycznych dotyczących powstawania kompleksów w wodzie i w środowisku wodno-alkoholowym.
-
Molecular modelling of membrane sterols with the use of the GROMOS 96 forcefield
PublicationPodstawowym zadaniem tego projektu było udowodnienie zasadności stosowania pola siłowego GROMOS 96 do symulacji steroli błonowych metodą dynamiki molekularnej. Uzyskane wyniki jasno wskazują, że to pole siłowe bardzo dobrze nadaje się do symulacji silnie lipofilowych układów.
-
Interatomic potential suitable for the modeling of penta-graphene: Molecular statics/molecular dynamics studies
PublicationWe test the potentials available for elemental carbon, with the scope to choose the potential suitable for the modeling of penta-graphene, the latest two dimensional carbon allotrope. By using molecular statics and molecular dynamics simulations we show that there is only one potential e namely the Tersoff-type potential proposed by Erhart and Albe in 2005 e which is able to correctly describe all the important features of penta-graphene....
-
Molecular Modeling of Interaction of the Vasopressin Analogs with Vasopressin and Oxytocin Receptors
Publication -
Synthesis, biological activity and molecular modelling studies of tricyclic alkylimidazo-, pyrimido- and diazepinopurinediones
Publication -
Molecular modelling of membrane activity of amphotericin B, a polyene macrolide antifungal antibiotic
PublicationPraca dotyczy różnego typu modelowań molekularnych cząsteczki przeciwgrzybowego antybiotyku (amfoterycyny B). Praca przeglądowa obejmuje opis badań nad właściwościami molekularnymi samej cząsteczki antybiotyku, jej oddziaływań z powierzchnią błony oraz struktur kanałowych jakie tworzą cząsteczki amfoterycyny wewnątrz błony lipidowej.
-
Processing and Maturation of Cathepsin C Zymogen: A Biochemical and Molecular Modeling Analysis
Publication -
Molecular modeling of amphotericin B - ergosterol primary complex in water II
PublicationPrezentowane badania dotyczą oddziaływania antybiotyku polienowego anfoterycyny B (AmB) i ergosterolu (ERG) (typowego sterolu błonowego komórek grzybowych) na poziomie molekularnym. W odróżnieniu od badanego poprzednio kompleksu binarnego analizowany obecnie kompleks AnB/ERG/AmB charakteryzuje się zdecydowanie wiekszą stabilnością i wzglednie sztywną, sandwiczową geometrią. Za trwałość i geometrie kompleksu odpowiedzialne są oddziaływania...
-
Conformational Preferences of Proline Derivatives Incorporated into Vasopressin Analogues: NMR and Molecular Modelling Studies
Publication -
Explicit solvent repulsive scaling replica exchange molecular dynamics ( RS‐REMD ) in molecular modeling of protein‐glycosaminoglycan complexes
PublicationGlycosaminoglcyans (GAGs), linear anionic periodic polysaccharides, are crucial for many biologically relevant functions in the extracellular matrix. By interacting with proteins GAGs mediate processes such as cancer development, cell proliferation and the onset of neurodegenerative diseases. Despite this eminent importance of GAGs, they still represent a limited focus for the computational community in comparison to other classes...
-
Identification and molecular modeling of a novel lipase from an Antarctic soil metagenomic library.
PublicationIn this work, we present the construction of a metagenomic library in Escherichia coli using pUC19 vector and environmental DNA directly isolated from Antarctic topsoil and screened for lipolytic enzymes. The screening on agar supplemented with olive oil and rhodamine B revealed one clone with lipolytic activity (Lip1) out of 11,000 E. coli clones. This clone harbored a plasmid, pLip1, which has an insert of 4722 bp that has been...
-
Interaction of amphotericin B and its selected derivatives with membranes: molecular modeling studies
PublicationJest to praca przeglądowa obejmująca krytyczną analizę danych dotyczących oddziaływania amfoterycyny B (AmB) i jej wybranych, mniej toksycznych pochodnych, z błonami lipidowymi. Amfoterycyna B jest antybiotykiem przeciwgrzybowym ale ze względu na jej toksyczność trwają prace nad modyfikacjami chemicznymi tego związku. Celem molekularnym dla tego antybiotyku jest błona lipidowa i dlatego różnicowe powinowactwo AmB i jej pochodnych...
-
Molecular basis of the low activity of antitumor anthracenediones, mitoxantrone and ametantrone, in oxygen radical generation catalyzed by NADH dehydrogenase. Enzymatic and molecular modelling studies
PublicationSyntetyczne antracenodionowe leki przeciwnowotworowe, w przeciwieństwie do antybiotyków antracyklinowych, charakteryzują się słabym wytwarzaniem wolnych rodników w układach z dehydrogenazą NADH. Wyniki prezentowane w artykule wskazują, że ani potencjał redukcyjny, ani konformacja łańcuchów bocznych, ani energie orbitali granicznych (LUMO i HOMO) nie determinują zdolności antracenedionów do stymulacji wytwarzania reaktywnych form...
-
Pharmacological Profile and Molecular Modeling of Cyclic Opioid Analogues Incorporating Various Phenylalanine Derivatives
Publication -
Modular Approach for Modelling Warming Up Process in Water Installations with Flow-Regulating Elements
PublicationThe paper presents a new method for modelling the warming up process of a water system with elements regulating the flow in a stochastic manner. The paper presents the basic equations describing the work of typical elements which the water installation is composed of. In the proposed method, a new computational algorithm was used in the form of an iterative procedure enabling the use of boundary conditions that can be stochastically...
-
Molecular modeling and evaluation of novel dibenzopyrrole derivatives as telomerase inhibitors and potential drug for cancer therapy
PublicationDuring previous years, many studies on synthesis, as well as on anti-tumor, anti-inflammatory and anti-bacterial activities of the pyrazole derivatives have been described. Certain pyrazole derivatives exhibit important pharmacological activities and have proved to be useful template in drug research. Considering importance of pyrazole template, in current work the series of novel inhibitors were designed by replacing central...
-
Molecular dynamics simulation of human neurohypophyseal hormone receptors complexed with oxytocin—modeling of an activated state
Publication -
Free volume in physical absorption of carbon dioxide in ionic liquids: Molecular dynamics supported modeling
PublicationUnderstanding the mechanisms underlying the carbon dioxide (CO2) absorption in ionic liquids (ILs) is the key to their efficient utilization in industrial flue gas treatment. One of the parameters considered substantially important in the process is the Free Volume. In this study, the Fractional Free Volume (FFV) of 73 ILs was calculated using Molecular Dynamics (MD). A quantitative Structure-Property Relationship (QSPR) study...
-
Micelle-bound conformations of neurohypophyseal hormone analogues modified with a Cα-disubstituted residue: NMR and molecular modelling studies
Publication -
Conformational studies of vasopressin and mesotocin using NMR spectroscopy and molecular modelling methods. Part I: studies in water
Publication -
Molecular modelling of transition state analogue inhibitors of glucosamine-6-P synthase and glucose-6-P isomerase.
PublicationStruktura kompleksu 2-amino-2-deoksy-D-glucitolo-6-P (ADGP) z centrum aktywnym syntazy GlcN-6-P z E. coli została wykorzystAna jako punkt wyjścia do modelowania molekularnego analogów ADGP. Używając programu GROMOS96 wygenerowano konformacje analogów o najniższych energiach wewnętrznych, które następnie ''dokowano'' w centrum aktywnym enzymu. Dokonano syntezy wybranych związków i określono parametry kinetyczne i termodynamiczne...
-
The comparison of semiempirical and ab initio molecular modeling methods in activity and property evaluation of selected antimicrobial sulfonamides
Publication -
Conformational studies of vasopressin and mesotocin using NMR spectroscopy and molecular modelling methods. Part II: studies in the SDS micelle
Publication -
Modeling and simulation of a demonstration robot fed by a modular hybrid source with the dc brushless motor drive.
PublicationPrzedstawiono model demonstracyjnego robota mobilnego wykonany w środowisku Matlab-Simulink. Robot napędzany jest przez dwa silniki bezszczotkowe prądu stałego. Hybrydowe źródło energii składa się z wodorowego ogniwa paliwowego PEMFC oraz banku superkondensatorów. Wyniki symulacji przedstawiają zapotrzebowanie na moc podczas znormalizowanego cyklu jazdy robota oraz zachowanie układu w zależności od struktury hybrydowego źródła...
-
Intramolecular transformation of an antifungal antibiotic nystatin A1 into its isomer, iso-nystatin A1 - structural and molecular modeling studies
PublicationNystatin A1, a polyene macrolide antifungal antibiotic, in a slightly basic or acidic solution undergoes an intramolecular transformation, yielding a structural isomer, the translactonization product, iso-nystatin A1 with lactone ring diminished by two carbon atoms. Structural evidence is provided by advanced NMR and Mass Spectrometry (MS) studies. Molecular dynamics simulations and quantum mechanics calculations gave the insight...
-
Influence of bulky 3,3′-diphenylalanine enantiomers replacing position 2 of AVP analogues on their conformations: NMR and molecular modeling studies
Publication -
Molecular modeling of Gram-positive bacteria peptidoglycan layer, selected glycopeptide antibiotics and vancomycin derivatives modified with sugar moieties
Publication -
Screening of potential inhibitors for COVID-19 main protease from phytoconstituents of Tectona grandis Linn: application of molecular modeling studies
Publication -
Imidazolidine-4-one derivatives in the search for novel chemosensitizers of Staphylococcus aureus MRSA: Synthesis, biological evaluation and molecular modeling studies
Publication -
Pharmacological Classification and Activity Evaluation of Furan and Thiophene Amide Derivatives Applying Semi-Empirical ab initio Molecular Modeling Methods
Publication -
Integrated membrane bioreactors modelling: A review on new comprehensive modelling framework
PublicationIntegrated Membrane Bioreactor (MBR) models, combination of biological and physical models, have been representing powerful tools for the accomplishment of high environmental sustainability. This paper, produced by the International Water Association (IWA) Task Group on Membrane Modelling and Control, reviews the state-of-the-art, identifying gaps for future researches, and proposes a new integrated MBR modelling framework. In...
-
Modeling pragmatics for visual modeling language evaluation
PublicationPodczas oceny użyteczności języków modelowania wizualnego istnieje potrzeba uwzględnienia ich pragmatyki. Języki modelowania wizualnego mogą być stosowane w różnym kontekście, co powoduje różnice w wymaganiach, które są im stawiane. Jawny opis kontekstu użycia ułatwia precyzyjną ocenę. Pragmatyka składa się ze zbioru profili, które opisują konkretne konteksty użycia. W referacie podjęto próbę zastosowania modeli zadań do opisu...
-
Prediction of Overall In Vitro Microsomal Stability of Drug Candidates Based on Molecular Modeling and Support Vector Machines. Case Study of Novel Arylpiperazines Derivatives
PublicationOther than efficacy of interaction with the molecular target, metabolic stability is the primary factor responsible for the failure or success of a compound in the drug development pipeline. The ideal drug candidate should be stable enough to reach its therapeutic site of action. Despite many recent excellent achievements in the field of computational methods supporting drug metabolism studies, a well-recognized procedure to model...
-
Method of Skeletal System Modelling
PublicationAn original method of skeletal system modelling is presented in detail. Using DICOM images obtained from CT and PET tests, shell models of nine bones were created (humerus, radius, ulna, scapula, clavicle, femur, tibia, fibula, pelvis). Two methods of bone behaviour are also proposed, the first method treating the bone as a solid structure and the second method treating the bone as a complex porous structure. The behaviour of model...
-
Probability modelling of vessel collisions
Publication -
Modelling of the Svalbard fjord Hornsund
Publication -
Numerical Modelling of Structures with Uncertainties
PublicationThe nature of environmental interactions, as well as large dimensions and complex structure of marine offshore objects, make designing, building and operation of these objects a great challenge. This is the reason why a vast majority of investment cases of this type include structural analysis, performed using scaled laboratory models and complemented by extended computer simulations. The present paper focuses on FEM modelling...
-
Modelling of foundations for supporting structures.
PublicationW pracy przedstawiono problemy współpracy fundamentów konstrukcji wsporczych z otaczającym ośrodkiem gruntowym w warunkach przestrzennego stanu odkształcenia. Przedstawiono możliwości analizy odporu granicznego podłoża i przemieszczeń fundamentów sztywnych obciążonych siłą poziomą lub momentem. Porównano modelowanie fizyczne zjawisk z modelowaniem matematycznym z wykorzystaniem symulacji numerycznych opartych na analizie płaskiego...
-
Descriptive Modelling of Virtual Transactions.
PublicationArtykuł prezentuje opisowy model transakcji detalicznych, w którym ich znaczenie (IOR) wyrażone przez strukturę sprzedaży i udział w rynku jest uwarunkowane funkcjonalnością (FUN), na którą wpływają w sposób zwrotny trzy grupy czynników : technologicznych, (TFG) ludzkich (HFG) oraz rynkowych (MFG).
-
Modelling of engineering materials with microstructure
PublicationArtykuł omawia różne modele do opisu lokalizacji odkształceń w postaci rys i stref ścinania w materiałach budowlanych takich jak grunt i beton. Zastosowane modele mechaniki ośrodka ciągłego i modele dyskretne.
-
Targeting Spike‐ACE2 Interface of SARS‐CoV‐2 and its Omicron Variant: A Comparative Screening of Potential Inhibitors for Existing and Anticipating Variants Using Molecular Modelling Approach
PublicationThe recent COVID pandemic has shown major impact on public health and economic crisis. Despite the development of many vaccines and drugs against the severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus 2, the pandemic still persists. The continued spread of the virus is largely driven by the emergence of viral variants such as α, β, γ, delta, epsilon spike, omicron and its subvariants (BA.1,2,3) which can evade the current vaccines...
-
Molecular modeling study of tectoquinone and acteoside from Tectona grandis linn: a new SARS-CoV-2 main protease inhibitor against COVID-19
Publication -
In silico modelling for predicting the cationic hydrophobicity and cytotoxicity of ionic liquids towards the Leukemia rat cell line, Vibrio fischeri and Scenedesmus vacuolatus based on molecular interaction potentials of ions
PublicationIn this study we present prediction models for estimating in silico the cationic hydrophobicity and the cytotoxicity (log [1/EC50]) of ionic liquids (ILs) towards the Leukemia rat cell line (IPC-81), the marine bacterium Vibrio fischeri and the limnic green algae Scenedesmus vacuolatus using linear free energy relationship (LFER) descriptors computed by COSMO calculations. The LFER descriptors used for the prediction model (i.e....
-
Exploiting the S4–S5 Specificity of Human Neutrophil Proteinase 3 to Improve the Potency of Peptidyl Di(chlorophenyl)-phosphonate Ester Inhibitors: A Kinetic and Molecular Modeling Analysis
Publication