Filters
total: 3001
filtered: 2558
-
Catalog
Chosen catalog filters
displaying 1000 best results Help
Search results for: molecular umbrellas
-
A ferrocene-templated Pd-bearing molecular reactor
Publication -
Molecular Biology of Meniscal Healing: A Narrative Review
Publication -
Comparative molecular modelling of biologically active sterols
PublicationMembrane sterols are targets for a clinically important antifungal agent – amphotericin B. The relatively specific antifungal action of the drug is based on a stronger interaction of amphotericin B with fungal ergosterol than with mammalian cholesterol. Conformational space occupied by six sterols has been defined using the molecular dynamics method to establish if the conformational features correspond to the preferential interaction...
-
Molecular hydrogen solvated in water – A computational study
PublicationThe aqueous hydrogen molecule is studied with molecular dynamics simulations at ambient temperature and pressure conditions, using a newly developed flexible and polarizable H2 molecule model. The design and implementation of this model, compatible with an existing flexible and polarizable force field for water, is presented in detail. The structure of the hydration layer suggests that first-shell water molecules accommodate the...
-
Optimization of Hydrogen - Evolving Photochemical Molecular Devices
PublicationA molecular photocatalyst consisting of a RuII photocenter, a tetrapyridophenazine bridging ligand, and a PtX2 (X=Cl or I) moiety as the catalytic center functions as a stable system for light-driven hydrogen production. The catalytic activity of this photochemical molecular device (PMD) is significantly enhanced by exchanging the terminal chlorides at the Pt center for iodide ligands. Ultrafast transient absorption spectroscopy...
-
Do positrons measure atomic and molecular diameters?
PublicationWe report on density functional calculations (DFT) of elastic integral scattering cross-sections for positron collisions with argon, krypton, nitrogen and methane. The long-range asymptotic polarization potential is described using higher-order terms going much beyond an induced dipole potential (−α / r 4) while the short-range interaction is modeled by two different forms of electron – positron correlation potential (Boroński-Nieminen...
-
Advanced Potential Energy Surfaces for Molecular Simulation
PublicationAdvanced potential energy surfaces are defined as theoretical models that explicitly include many-body effects that transcend the standard fixed-charge, pairwise-additive paradigm typically used in molecular simulation. However, several factors relating to their software implementation have precluded their widespread use in condensed-phase simulations: the computational cost of the theoretical models, a paucity of approximate models...
-
Towards temperature-dependent coarse-grained potentials of side-chain interactions for protein folding simulations. I: Molecular dynamics study of a pair of methane molecules in water at various temperatures
Publication -
Molecular biaxiality determines the helical structure – infrared measurements of the molecular order in the nematic twist-bend phase of difluoro terphenyl dimer
Publication -
The Ellenbogen's “Matter as Software” Concept for Quantum Computer Implementation. C60 and X@C60 Molecules as Available Molecular Building Blocks (MBBs) for Tip-Based Nanofabrication (TBN) of Quantum Computing Devices
PublicationThe TBN bottom-up strategy of building quantum devices from C60 and X@C60 MBBs is proposed as an extension of the Ellenbogen's “Matter as Software” idea to quantum information processing. The capped SW or DW CNT STM tip is considered as device for manipulating C60 and X@C60 molecules. In this article, the possibility of using easily available on the market C60 Fullerene and endohedral X@C60 molecules together with commercial CNT...
-
An efficient molecular docking using conformational space annealing
Publication -
Lipid-protein interactions in membranes: a molecular modelling study
Publication -
Reply to “Comment on ‘Molecular Origin of Anticooperativity in Hydrophobic Association'”
Publication -
Molecular Imaging and Nanotechnology—Emerging Tools in Diagnostics and Therapy
PublicationPersonalized medicine is emerging as a new goal in the diagnosis and treatment of diseases. This approach aims to establish differences between patients suffering from the same disease, which allows to choose the most effective treatment. Molecular imaging (MI) enables advanced insight into molecule interactions and disease pathology, improving the process of diagnosis and therapy and, for that reason, plays a crucial role in personalized...
-
Telomerase inhibition - unfulfilled hopes in the perfect molecular target
PublicationTelomerase plays a pivotal role in cell proliferation, homeostasis, and neoplastic transformation, making it a promising molecular target for cancer chemotherapy. Of note, although hTERT has been explored thoroughly as a target, none of the promising molecules has been approved as a drug until now. The subject of research conducted as part of my doctoral dissertation is explaining the cellular and molecular mechanism of action...
-
Molecular diagnosis in type I epithelial ovarian cancer
Publication -
Molecular dynamics simulations of ultraprecision machining of fcc monocrystals
PublicationArtykuł zawiera wyniki wielkoskalowych symulacji dynamiczno-molekularnych ultraprecyzyjnego skrawania monokryształów metali niedeformowalnym narzędziem. Zmiennymi parametrami symulacji były: szybkość i głębokość skrawania, temperatura, orientacja krystalograficzna skrawanego kryształu oraz kształt narzędzia.Analizie poddano zmiany strukturalne w obrabianym materiale.
-
Role of electronic correlations in the transport characteristics of molecular junctions
Publication -
Molecular factors involved in the development of diabetic foot syndrome.
Publication -
Shape resonance of the ethylene anion stabilized in a molecular trap
Publication -
Same but different — Molecular comparison of human KTI12 and PSTK
Publication -
Molecular Recognition in Complexes of TRF Proteins with Telomeric DNA
PublicationTelomeres are specialized nucleoprotein assemblies that protect the ends of linear chromosomes. In humans and many other species, telomeres consist of tandem TTAGGG repeats bound by a protein complex known as shelterin that remodels telomeric DNA into a protective loop structure and regulates telomere homeostasis. Shelterin recognizes telomeric repeats through its two major components known as Telomere Repeat-Binding Factors, TRF1...
-
Real-Time PCR: molecular technique of many applications
PublicationReal-Time PCR is a sensitive DNA amplification technique initially applied in genetics and molecular biology. It enables in vivo copying of the selected DNA fragment (flanked by two primers) by the thermostable polymerase (in the presence of magnesium ions and deoxynucleotide triphosphates) and simultaneous measurement of the fluorescence. For one or more specific sequences in a DNA sample, real-time PCR enables both detection...
-
Fatty acids as molecular carriers in cleavable antifungal conjugates
PublicationConjugates composed of C2-18 fatty acid (FA) residues as a molecular carrier and 5-fluorocytosine (5-FC) as an active agent, released upon the action of intracellular esterases on the ester bond between FA and “trimethyl lock” intramolecular linker, demonstrate good in vitro activity against human pathogenic yeasts of Candida spp. The minimal inhibitory concentrations (MIC) values for the most active conjugates containing caprylic...
-
Changes of Conformation in Albumin with Temperature by Molecular Dynamics Simulations
PublicationThis work presents the analysis of the conformation of albumin in the temperature range of 300K – 312K, i.e., in the physiological range. Using molecular dynamics simulations, we calculate values of the backbone and dihedral angles for this molecule. We analyze the global dynamic properties of albumin treated as a chain. In this range of temperature, we study parameters of the molecule and the conformational entropy derived from...
-
Molecular Dynamics simulations of thermal conductivity of penta-graphene
PublicationThe thermal conductivity of penta-graphene (PG), a new two dimensional carbon allotrope and its dependence on temperature, strain, and direction are studied in this paper. The thermal conductivity of PG is investigated using a non-equilibrium molecular dynamics simulation (NEMD) with the Two Region Method by applying the optimized Tersoff interatomic potential. Our study shows that the thermal conductivity of PG (determined for...
-
Low-Molecular-Weight Aldehyde Inhibitors of Cathepsin G
Publication -
Plasma Treatment as an Unconventional Molecular Magnet Engineering Method
Publication -
Molecular dynamics of fentanyl bound to μ-opioid receptor
Publication -
Molecular basis of the low activity of antitumor anthracenediones, mitoxantrone and ametantrone, in oxygen radical generation catalyzed by NADH dehydrogenase. Enzymatic and molecular modelling studies
PublicationSyntetyczne antracenodionowe leki przeciwnowotworowe, w przeciwieństwie do antybiotyków antracyklinowych, charakteryzują się słabym wytwarzaniem wolnych rodników w układach z dehydrogenazą NADH. Wyniki prezentowane w artykule wskazują, że ani potencjał redukcyjny, ani konformacja łańcuchów bocznych, ani energie orbitali granicznych (LUMO i HOMO) nie determinują zdolności antracenedionów do stymulacji wytwarzania reaktywnych form...
-
Moleculars Materials in Optoelectronics and Photovoltaic Devices
Publication -
Identification of 1H‐indene‐(1, 3, 5, 6)‐tetrol derivatives as potent pancreatic lipase inhibitors using molecular docking and molecular dynamics approach
PublicationPancreatic lipase is a potential therapeutic target to treat diet-induced obesity in humans, as obesity-related diseases continue to be a global problem. Despite intensive research on finding potential inhibitors, very few compounds have been introduced to clinical studies. In this work, new chemical scaffold 1H-indene-(1,3,5,6)-tetrol was proposed using knowledge-based approach, and 36 inhibitors were derived by modifying its...
-
Molecular modelling of membrane sterols with the use of the GROMOS 96 forcefield
PublicationPodstawowym zadaniem tego projektu było udowodnienie zasadności stosowania pola siłowego GROMOS 96 do symulacji steroli błonowych metodą dynamiki molekularnej. Uzyskane wyniki jasno wskazują, że to pole siłowe bardzo dobrze nadaje się do symulacji silnie lipofilowych układów.
-
Molecular modelling of amphotericin B-ergosterol primary complex in water
PublicationBadano właściwości pierwotnego kompleksu amfoterycyny B z ergosterolem przy pomocy symulacji dynamiki molekularnej. Otrzymane w wyniku naszych symulacji rezultaty słabo odpowiadają postulowanym przez innych autorów modelom kompleksu antybiotyk-sterol. Z drugiej strony uzyskane geometrie nie są sprzeczne z wynikami eksperymentów biofizycznych dotyczących powstawania kompleksów w wodzie i w środowisku wodno-alkoholowym.
-
Cation diffusion coefficients in CuAgI via molecular dynamics simulations
PublicationPraca prezentuje wyniki analizy strukturalnej otrzymane poprzez symulacje dynamiczno-molekularne (zespół NpT, dwuciałowy potencjał Vashisty-Rahmana) superjonowego związku o składzie (1-x)Cu-xAg-I, x = 0.0, 0.25, 0.5, 0.75, 1.0). Wyznaczono wartość współczynnika dyfuzji kationów i energii aktywacji w funkcji składu szkła i temperatury. Otrzymane rezultaty porównano z danymi literaturowymi.
-
Molecular Dynamics of a Vasopressin V2 Receptor in a Phospholipid Bilayer Membrane
Publication -
Functionalized polypyrroles. New molecular materials for electrocatalysis and related applications
Publication -
The structure of rarefied and densified PbSiO3 glass: a molecular dynamics study.
PublicationArtykuł przedstawia wyniki symulacji dynamiczno-molekularnychstruktury rozrzedzonego i zagęszczonego szkła PbSiO3 (w zakresie gęstości od 3000 kg/m3 do 8000 kg/m3). Otrzymane wyniki dokładnie przedyskutowano pod kątem blisko- i średnio-zasięgowego uporządkowania atomów i porównano ze strukturą szkła PbSiO3 o normalnej gęstości (5970kg/m3) oraz ze strukturą rozrzedzonych i zagęszczonych szkieł PbGeO3.
-
Cationic or anionic surfactant oscillators for molecular recognition of taste substances
PublicationOtrzymano krzywe oscylacyjne róznicy potencjału elektrochemicznego miedzy fazami wodnymi oscylatora zawierajacego jonowy surfanktant. Były one analizowane poprzez konsrukcje portretów fazowych uzywając metody opóźnienia czasowego. Kształt portertów fazowych jest rożny dla układów z kationowym lub anionowym surfanktantem. Szeregi wzrostu powierzchni atraktorów dla tych dwoch oscylatorów sa także rózne.
-
Oscillators with anionic surfactants as systems for molecular recognition of taste substances
PublicationZaprezentowano, charakterystyki oscylacyjne układów trojfazowych, ktore mogą byc uzyte do rozpoznawania substancji smakowych. Zaobserwowano, że zmiany osylacyjne róznicy potencjału elektrycznego miedzy fazami wodnymi zależą od rodzaju substancji smakowej obecnej w układzie. Ich rózne wartosci poczatkowe są ważną cechą z punktu mozliwości zastosowania tych układów w sensorach smaku. Dla kazdego układu wyznaczono portrety fazowe...
-
Understanding homogenous nucleation: the recent phenomenological and molecular dynamic approaches
PublicationPraca przedstawia dwa podejścia do problemu homogenicznej nukleacji. Pierwsze jest podejściem fenomenologicznym. Nukleacja jest tu rozumiana jako wzrost kropel krytycznych, które po przejściu określonego wymiaru, warunku równowagi termodynamicznej, mają tendencje do wzrostu. W tym podejściu problem wzrostu kropel oraz problem populacji kropel jest określany poprzez parametry makroskopowe. Przedstawiono nowe rozwiązania uzyskane...
-
New Peptide Based Fluconazole Conjugates with Expanded Molecular Targets
PublicationInfections of Candida spp. etiology are frequently treated with azole drugs. Among azoles, the most widely used in the clinical scenario remains fluconazole (FLC). Promising results in treatment of dangerous, systemic Candida infections demonstrate the advantages of combined therapies carried out with combinations of at least two different antifungal agents. Here, we report five conjugates composed of covalently linked FLC and...
-
Molecular targets for antifungals in amino acid and protein biosynthetic pathways
PublicationFungi cause death of over 1.5 million people every year, while cutaneous mycoses are among the most common infections in the world. Mycoses vary greatly in severity, there are long-term skin (ringworm), nail or hair infections (tinea capitis), recurrent like vaginal candidiasis or severe, life-threatening systemic, multiorgan infections. In the last few years, increasing importance is attached to the health and economic problems...
-
Molecular-dynamics simulation of clustering processes in sea-ice floes
Publication -
Molecular Determinants of Proton Transfer in ATP Synthase FO Complex
Publication -
Slow growth conservation and molecular characterization of Deutzia scabra Thunb
Publication -
FT-IR studies of molecular interactions in formamide-methanol mixtures
PublicationTechniką ATR zmierzono widma FT-IR roztworów metanolu(MeOH) i formamidu(FA) w całym zakresie ich składu. Przeprowadzono analizę faktorową widm, która wykazała obecność dwóch kompleksów molekularnych matanolu z formamidem. Na podstawie profilów stężeniowych indywiduów absorbujących wyznaczono średni skład kompleksów w zależności od składu mieszaniny. Przeprowadzono również analizę pasma CO formamidu metodą widm różnicowych. Wyniki...
-
Molecular interaction sensors: a new detector platform for separation methods
PublicationPotencjometria jest nową metodą detekcji dla chromatografii cieczowej (LC)i elektroforezy kapilarnej (CE). Zastosowanie potencjometrii dla chromatograficznych technik wynika z faktu, że sygnał z detektora jest zależny od stanu rozdzielenia analitów nad pokryciem sensora i od rodzaju eluentu. Rozdzielenie analitu powoduje zmiany potencjału, a zmiany te można zaklasyfikować jako potencjometryczne. Do opisu ilościowego potrzebny jest...
-
Current molecular methods for the detection of hepatitis B virus quasispecies
Publication -
Current rectification in molecular junctions produced by local potential fields
Publication