Wyniki wyszukiwania dla: biochemistry
-
Preclusion of irreversible destruction of Dr adhesin structures by a high activation barrier for the unfolding stage of the fimbrial DraE subunit
PublikacjaFimbrie Dr uropatogennych szczepów Escherichia coli stanowią przykład eksponowanych powierzchniowo struktur adhezyjnych podlegających biogenezie według zakonserwowanego, pośród bakterii Gram-ujemnych, systemu "chaperone-usher" ("białko opiekuńcze-zewnątrzbłonowe białko kanałowe"). Powyższe struktury adhezyjne są niezbędne w procesie specyficznej adhezji bakterii do receptorów zlokalizowanych na powierzchni docelowych komórek gospodarza....
-
The noncanonical disulfide bond as the important stabilizing element of the immunoglobulin fold of the Dr fimbrial DraE subunit
PublikacjaAdhezyny fimbrialne bakterii patogennych stanowią liniowe asocjaty białkowe odpowiedzialne za wiązanie do specyficznych receptorów na powierzchni komórek gospodarza. Biogeneza tych struktur odbywa się przez system sekrecji typu chaperone/usher zakonserwowany pośród bakterii Gram-ujemnych. Powyższe struktury adhezyjne charakteryzują się wysoką odpornością na denaturację i deasocjację, powodowane przez temperaturę lub chemiczne czynniki...
-
A novel cold-active β-D-galactosidase with transglycosylation activity from the Antarctic Arthrobacter sp. 32cB - gene cloning, purification and characterization
PublikacjaA gene encoding a novel β-D-galactosidase from the psychrotolerant Antarctic bacterium Arthrobacter sp. 32cB was isolated, cloned and expressed in Escherichia coli. The active form of recombinant β-D-galactosidase consists of two subunits with a combined molecular weight of approximately 257 kDa. The enzyme's maximum activity towards o-nitrophenyl-β-D-galactopyranoside was determined as occurring at 28 °C and pH 8.0. However, it...
-
Picomolar analysis of flavins in biological samples by dynamic pH junction-sweeping capillary electrophoresis with laser-induced fluorescence detection
Publikacja -
Critical factors for the performance of chip array-based electrical detection of DNA for analysis of pathogenic bacteria
Publikacja -
Detection of DNA Replication Intermediates after Two-Dimensional Agarose Gel Electrophoresis Using a Fluorescein-Labeled Probe
Publikacja -
Gene-based identification of bacterial colonies with an electric chip
Publikacja -
Detection of bacteriophage infection and prophage induction in bacterial cultures by means of electric DNA chips
Publikacja -
Importance of the combined effects of dissolved oxygen and pH on optimization of nitrogen removal in anammox-enriched granular sludge
PublikacjaThe combined effects of dissolved oxygen (DO) and pH on nitrogen removal were investigated in a laboratory-scale sequencing batch reactor (SBR) with anammox-enriched granular sludge obtained from a nitritation/anammox system. The highest specific nitrogen removal rate (SNRR) (1.1 gN gVSS−1 d−1) was observed under non-aerated conditions, resulting in the nitrogen removal efficiency of 81.6%. Although nitrogen removal was readily...
-
A simple modification to improve the accuracy of methylation-sensitive restriction enzyme quantitative polymerase chain reaction
PublikacjaDNA digestion with endonucleases sensitive to CpG methylation such as HpaII followed by polymerase chain reaction (PCR) quantitation is commonly used in molecular studies as a simple and inexpensive solution for assessment of region-specific DNA methylation. We observed that the results of such analyses were highly overestimated if mock-digested samples were applied as the reference.We determined DNA methylation levels in several...
-
Evaluation of solid phase extraction for downstream separation of propane-1,3-diol and butan-1-ol from fermentation broth
PublikacjaGlycerol is mainly a by-product of fat splitting and biodiesel production. This study examined the use of chemically modified silica gels for downstream separation of propane-1,3-diol and butan-1-ol from fermentation broths obtained through the glycerol fermentation process. The developed method was found to be simple and efficient for the isolation and purification of butan-1-ol from the other components in the fermentation mixture....
-
Increased resonance energy transfer between fluorophores bound to DNA in proximity to metallic silver particles.
PublikacjaZbadano wpływ nanocząstek metalicznego srebra na rezonansowe przekazywanie energii między fluoroforami związanymi z DNA. Donor (pochodna kumaryny) i akceptor (Cy3) umieszczono na przeciwległych końcach DNA o strukturze podwójnej helisy i o 23 parach bazowych. W nieobecności cząstek srebra wydajność przekazywania energii w tym układzie wynosiła ok. 9%, zaś po umieszczeniu go między kwarcowymi płytkami pokrytymi filmem wysepek...
-
Versatile method employing basic techniques of genetic engineering to study the ability of low molecular weight compounds to bind covalently with DNA in cell free systems.
PublikacjaMechanizm działania większości leków przeciwnowotworowych oraz związków rakotwórczych polega na ich kowalencyjnym wiązaniu z DNA. Poziom tego wiązania jest zazwyczaj bardzo niski, co powoduje, że potrzebne są niezwykle czułe metody aby kowalencyjna modyfikacja mogła być w ogóle wykryta. My podjęliśmy próbę zastosowania w tym celu prostych, szybkich i sprawdzonych technik inżynierii genetycznej: metody PCR do uzyskania fragmentu...
-
Unusual odd-chain and trans-octadecenoic fatty acids in tissues of feral European beaver (Castor fiber), Eurasian badger (Meles meles) and raccoon dog (Nyctereutes procyonoides).
PublikacjaW lipidach wyizolowanych z różnych partii ciała bobrów, borsuków i jenotów stwierdzono obecność znaczących ilości niezwykłych jak na zwierzęta jednożołądkowe kwasów tłuszczowych - nieparzystowęglowych nasyconych i jednonienasyconych KT (15:0, 17:0, 15:1 i 17:1) oraz (w lipidach tkanek bobra i jenota) oktadecenowych KT konfiguracji trans, w tym kwasu wakcenowego - KT charakterystycznych dla tkanek i mleka przeżuwaczy. Obecność tych...
-
Solubilization of keratins and functional properties of their isolates and hydrolysates
PublikacjaThe keratinous wastes of the textile industry and poultry slaughterhouses may be used as sources of soluble keratins or hydrolysates. This review presents methods for processing raw keratin-based materials into bioproducts with functional and bioactive properties suitable for biomedical, cosmetic, food, and agricultural applications. Soluble keratin can be obtained by thermal treatment in some organic solvents, reduction, or oxidation...
-
The psychrotrophic yeast Sporobolomyces roseus LOCK 1119 as a source of a highly active aspartic protease for the in vitro production of antioxidant peptides
PublikacjaA psychrotrophic yeast strain producing a cold-adapted protease at low temperature was classified as Sporobolomyces roseus. In standard YPG medium, S. roseus LOCK 1119 synthesized an extracellular protease with an activity of approximately 560 U/L. Optimization of medium composition and process temperature considerably enhanced enzyme biosynthesis; an approximate 70% increase in activity (2060 U/L). The native enzyme was purified...
-
The structurally similar TRFH domain of TRF1 and TRF2 dimers shows distinct behaviour towards TIN2
PublikacjaThe telomere repeat binding-factor 1 and 2 (TRF1 and TRF2) proteins of the shelterin complex bind to duplex telomeric DNA as homodimers, and the homodimerization is mediated by their TRFH (TRF-homology) domains. We performed molecular dynamic (MD) simulations of the dimer forms of TRF1TRFH and TRF2TRFH in the presence/absence of the TIN2TBM (TIN2, TRF-interacting nuclear protein 2, TBM, TRF-binding motif) peptide. The MD results...
-
Extracting functional groups of ALLINI to design derivatives of FDA‐approved drugs: Inhibition of HIV‐1 integrase
PublikacjaHIV‐1 integrase (IN) is crucial for integration of viral DNA into the host genome and a promising target in development of antiretroviral inhibitors. In this work, six new compounds were designed by linking the structures of two different class of HIV‐1 IN inhibitors (active site binders and allosteric IN inhibitors (ALLINIs)). Among newly designed compounds, INRAT10b was found most potent HIV‐1 IN inhibitor considering different...
-
In vivoevaluation of the CB1allosteric modulator LDK1258 reveals CB1-receptor independent behavioral effects
PublikacjaIn the present study, we examined whether LDK1258, which produces strong CB1receptor allosteric effects ininvitroassays, would elicitin vivoeffects consistent with allosteric activity. In initial studies, LDK1258 reducedfood consumption and elicited delayed antinociceptive effects in the chronic constrictive injury of the sciaticnerve (CCI) model of neuropathic pain, which unexpectedly emerged 4 h post-injection. UPLC-MS/MS analysisquantified...
-
Plasma lipidomic profile signature of rheumatoid arthritis versus Lyme arthritis patients
Publikacja -
Activity and primary characterization of enzyme from Thermus ruber cells catalyzing conversion of maltose into trehalose
PublikacjaTermofilna bakteria Thermus ruber wytwarza syntazę trehalozy użyteczną do jednoetapowego przekształcania maltozy w trehalozę. Enzym ten wykazuje największą aktywność w temperaturze 65 C przy pH 6,5. Największą wydajność wytwarzania enzymu osiągano podczas hodowli drobnoustroju w temp. 55 stC w podłożu zawierającym 0,5% peptonu,0,1% ekstraktu drożdżowego oraz 0,% maltozy lub skrobi.
-
Intrinsic effects of AM4113, a putative neutral CB1 receptor selective antagonist, on open-field behaviors in rats
PublikacjaW pracy przedstawiono wyniki testów otartego pola na zachowanie szczurów po iniekcji zwierzętom WIN55,21-2 (WIN; 3 mg/kg) agonisty receptora kanabinoidowego CB1R, bądź AM4113 (0.3−5.6 mg/kg) przypuszczalnie neutralnego antagonisty receptora kanabinoidowego CB1R oraz mieszaniny obu związków. W badaniach pod uwagę brano następujące zachowania zwierząt; ilość kwadratów, którą szczury przechodziły na czterech nogach, częstotliwość...
-
Antibacterial and antioxidant activity of the secondary metabolites from in vitro cultures of alice sundew (drosera aliciae)
PublikacjaRośliny owadożerne (D. aliciae) produkują metabolity wtórne, farmakologicznie czynne substancje. Na wzrost akumulacji tychże substancji w tkankach roślin owadożernych ma wpływ dodatek elicytora. W pracy przedstawiono zarówno optymalizacje warunków hodowli roślin, jak również prawdopodobne mechanizmy działania bakteriobójczego. Końcowego oznaczenia zawartości metabolitów w ekstraktach roślinnych dokonano techniką chromatografii...
-
Epigenetic modifications and NF-κB pathway activity in Cu,Zn-SOD-deficient mice
Publikacja -
Structure, physicochemical and biological properties of new complex salt of aqua-(nitrilotriacetato-N,O,O′,O″)-oxidovanadium(IV) anion with 1,10-phenanthrolinium cation
Publikacja -
Gene Expression and Activity Profiling Reveal a Significant Contribution of Exo‐Phosphotransferases to the Extracellular Nucleotides Metabolism in HUVEC Endothelial Cells
Publikacja -
High Quality Independent From a Donor: Human Amniotic Fluid Derived Stem Cells—A Practical Analysis Based on 165 Clinical Cases
Publikacja -
Structural analogues of reactive intermediates as inhibitors of glucosamine-6-phosphate synthase and phosphoglucose isomerase
PublikacjaCentra aktywne izomerazy fosfoglukozowej (PGI) oraz domeny izomerazowej (HPI) syntazy glukozamino-6-fosforanu (GlcN-6-P), wykazują podobieństwo ułożenia przestrzennego kluczowych reszt aminokwasowych, z wyjątkiem reszty Arg272 PGI i reszt Lys603 i Lys485 HPI. Dziesięć pochodnych D-heksitolo-6-P, kwasu 5-fosfoarabonowego i kwasu 6-fosfoglukonowego, strukturalnych analogów cis-enolaminy lub cis-enolanu, przypuszczalnych stanów przejściowych...
-
Development of the first internally-quenched fluorescent substrates of human cathepsin C: The application in the enzyme detection in biological samples
Publikacja -
Entrapment of DyP‐type peroxidase from Pseudomonas fluorescens Pf‐5 into Ca‐alginate magnetic beads
Publikacja -
Silicon nanoparticles enhanced the growth and reduced the cadmium accumulation in grains of wheat (Triticum aestivum L.)
Publikacja -
Manganese(II) tri-tert-butoxysilanethiolate complexes with imidazole based coligands. A neutral complex with four independent ligands and MNOS2 core (M=Mn) related to the liver alcohol dehydrogenase catalytic center (M=Zn)
PublikacjaReakcja silanotiolanu manganu(II) z imidazolem oraz dwiema jego metylowymi pochodnymi prowadzi do uzyskania kompleksów heteroleptycznych o różnym typie. Gdy do syntez wykorzystano 2-metyloimidazol uzyskano związek zawierający w komórce elementarnej dwie różniące się od siebie cząsteczki, powiązane wiązaniami wodorowymi typu N-H…S. W jednej z tych molekuł centralny atom manganu jest skoordynowany z czterema ligandami: dwoma podstawnikami...
-
Expression and intein-mediated purification of novel staphylokinase SakSTAR with reduced immunogenicity and antiplatelet and antithrombin activation
PublikacjaSkonstruowano nową formę stafylokinazy zawierającej na swoim C-końcu domenę pochodzącą z C-konieca ----(KOŃCA)---??? hirudyny. Wprowadzono do sekwencji stafylokinazy sekwencje RGD i DGR, odpowiedzialne za zmniejszenie agregacji płytek krwi (52% do 38%) a tym samym zwiększenie skuteczności działania tego białka jako potencjalnego leku. Otrzymany nowy wariant stafylokinazy posiadał zwiększoną aktywność fibrynolityczną, czego przejawem...
-
Efficient production of Staphylococcus simulans lysostaphin in a benchtop bioreactor by recombinant Escherichia coli.
PublikacjaLysostaphin is an enzyme with bactericidal activity against Staphylococcus aureus and other staphylococcal species. In spite of many advantages and promising results of preliminary research, the enzyme is still not widely used in medicine, veterinary or as a food preservative. One of the most important factors limiting application of the enzyme in clinical or technological practice is the high costs of its production. In the present...
-
The antioxidative properties of white cabbage (Brassica oleracea var. capitata f. alba) fresh and submitted to culinary processing
PublikacjaKapusta biała stanowi jeden z podstawowych składników diety w Europie centralnej. W publikacji autorzy skupili się na określeniu właściwościach przeciwutleniających kapusty świeżej, kiszonej i poddanej obróbce termicznej. Te właściwości zostały oszacowane dla soków przy wykorzystaniu systemów pozakomórkowych, w komórkach HT29 pod kątem ochrony przed utlenieniem DNA oraz poprzez symulację GSTs i naprawę DNA. Wszystkie badane soki...
-
Chemical composition, antioxidant and anticancer effects of the seeds and leaves and indigo (polygonum tinctorium Ait.) Plant
PublikacjaSeeds and leaves of indigo (Polygonum tinctorium Ait.) plant were investigated and compared with another medicinal plant named prolipid for their properties such as chemical composition, antioxidant, and anticancer effects by Fourier transform infrared, three-dimensional fluorescence spectroscopy, and electrospray ionization-MS in negative mode. It was found that polyphenols, flavonoids, and flavanols were significantly higher...
-
Identification of 1H‐indene‐(1, 3, 5, 6)‐tetrol derivatives as potent pancreatic lipase inhibitors using molecular docking and molecular dynamics approach
PublikacjaPancreatic lipase is a potential therapeutic target to treat diet-induced obesity in humans, as obesity-related diseases continue to be a global problem. Despite intensive research on finding potential inhibitors, very few compounds have been introduced to clinical studies. In this work, new chemical scaffold 1H-indene-(1,3,5,6)-tetrol was proposed using knowledge-based approach, and 36 inhibitors were derived by modifying its...
-
In Vitro Studies on the Relationship Between the Antioxidant Activities of Some Berry Extracts and Their Binding Properties to Serum Albumin
PublikacjaThe aim of this study was to investigate the possibility to use the bioactive components from cape gooseberry (Physalis peruviana), blueberry (Vaccinium corymbosum), and cranberry (Vaccinium macrocarpon) extracts as a novel source against oxidation in food supplementation. The quantitative analysis of bioactive compounds (polyphenols, flavonoids, flavanols, carotenoids, and chlorophyll) was based on radical scavenging spectrophometric assays...
-
Functionalized Magnetic Bacterial Cellulose Beads as Carrier for Lecitase® Ultra Immobilization
Publikacja -
Carotenoid binding to proteins: Modeling pigment transport to lipid membranes
Publikacja -
Lipids Composition in Plant Membranes
Publikacja -
Phthalocyanines functionalized with 2-methyl-5-nitro-1H-imidazolylethoxy and 1,4,7-trioxanonyl moieties and the effect of metronidazole substitution on photocytotoxicity
Publikacja -
Antimicrobial and anticancer photodynamic activity of a phthalocyanine photosensitizer with N -methyl morpholiniumethoxy substituents in non-peripheral positions
Publikacja -
Photochemical studies and nanomolar photodynamic activities of phthalocyanines functionalized with 1,4,7-trioxanonyl moieties at their non-peripheral positions
Publikacja -
Antiplasmodial activity of quinones: Roles of aziridinyl substituents and the inhibition of Plasmodium falciparum glutathione reductase
Publikacja -
Quantitative Structure–Activity Relationships in Two-Electron Reduction of Nitroaromatic Compounds by Enterobacter cloacae NAD(P)H:Nitroreductase
Publikacja -
Two-electron reduction of quinones by rat liver NAD(P)H:quinone oxidoreductase: quantitative structure–activity relationships
Publikacja -
Nitrobenzimidazoles as Substrates for DT-Diaphorase and Redox Cycling Compounds: Their Enzymatic Reactions and Cytotoxicity
Publikacja -
Cytotoxicity of RH1 and related aziridinylbenzoquinones: involvement of activation by NAD(P)H:quinone oxidoreductase (NQO1) and oxidative stress
Publikacja -
Flavoenzyme-catalyzed redox cycling of hydroxylamino- and amino metabolites of 2,4,6-trinitrotoluene: implications for their cytotoxicity
Publikacja