Search
Filters
total: 447
filtered: 303
-
Catalog
Chosen catalog filters
Search results for: lsdyna
-
Influence of temperature and interactions with ligands on dissociation of dsDNA and ligand-dsDNA complexes of various types of binding : an electrochemical study.
PublicationSeveral medicinally important compounds that bind to dsDNA strands via intercalation (C-1311, C-1305, EtBr), major groove binding (Hoechst 33258) and covalent binding (cis-Pt) were examined. The obtained results suggest that both the transfer of conformation B to C and the denaturation process, for the ligand-dsDNA complexes, except for covalently bound cis-Pt, took place at higher temperatures compared to the unbound helix. Furthermore,...
-
Spectrofotometric titration of dsDNA by nitroacridines - chemometrics approach
PublicationW pracy zastosowano podejście chemometryczne do analizy zestawów widm absorpcyjnych w obszarze widzialnym, uzyskanych podczas miareczkowania spektrofotometrycznego nitroakrydyn o potencjalnej aktywności przeciwnowotworowej przy pomocy DNA.Zastosowanie analizy głównych składowych (PCA) wykazało, że podczas miareczkowania 1-nitroakrydyn powstają dwa typy kompleksów, podczas gdy w przypadku 3-nitroakrydyn tylko jeden. Iteracyjna procedura...
-
Electrooxidation of dissolved dsDNA backed by in situ UV-Vis spectroscopy
PublicationPrzeprowadzono badania elektrochemicznego utleniania dsDNA stosując metody cyklowoltametryczne na elektrodzie weglowej, platynowej, platynowej w formie siatki oraz z siatki platynowej osadzonej na węglu. Otrzymane wyniki analizy spektroelektrochemicznej wykazały, że wraz ze wzrostem potencjału i piku prądowego absorpcja roztworu dsDNA wzrasta w sposób zależny od typu elektrody. Jednak położenie maksimum absorpcji nie zmieniało...
-
X-ray and UV Radiation Damage of dsDNA/Protein Complexes
PublicationRadiation and photodynamic therapies are used for cancer treatment by targeting DNA. However, efficiency is limited due to physico-chemical processes and the insensitivity of native nucleobases to damage. Thus, incorporation of radio- and photosensitizers into these therapies should increase both efficacy and the yield of DNA damage. To date, studies of sensitization processes have been performed on simple model systems, e.g.,...
-
Bibliografia wybranych prac Magister Lucyny Szczukowskiej [Bibliography of selected works by Lucyna Szczukowska, MA]
Publication -
Interactions of dissolved dsDNA with intercalating drug by anodic voltammetry and spectroscopy. Influence of pH
PublicationOddziaływanie związku przeciwnowotworowego C-1305 z DNA było badane przy pomocy impulsowej voltametrii różnicowej oraz spektroskopii UV/Vis. Triazoloakrydon C-1305 oddziałuje z DNA na dwóch drogach: przez interkalacje pomiedzy pary zasad oraz przez wiązanie sie w małym rowku helisy. W fizjologicznym pH (7,4) stałe wiązania wynoszą: K1=3,36E+5 i K2=0,18E+5 [1/M] a wielkość miejsca wiązania: n1=2,5 i n2=4,0, odpowiednio dla pierwszego...
-
Znaczenie dopasowania układu koło-szyna w transporcie tramwajowym - przegląd doświadczeń
PublicationEksploatacja i utrzymanie nawierzchni tramwajowych napotyka liczne problemy. Wynikają one głównie z braku kompleksowych badań naukowych w tym zakresie oraz niedostosowania przepisów. Tymczasem, aby wykorzystać istniejące możliwości taboru i nawierzchni istnieje pilna potrzeba sprecyzowania nowych warunków utrzymania i eksploatacji elementów infrastruktury. W artykule przedstawiono efekty prac nad problemem styku koła i szyny, jednym...
-
On the validation of the LS-DYNA Geo Metro numerical model
PublicationThe paper presents experiences gained during work with numerical model of Geo Metro vehicle used for simulations of crash tests with road safety barriers. Attention is drawn to the subject of tire/wheel breakage during collision events. Some methods for improvement of the model are presented in the paper. Several results for the normative vehicle numerical tests are introduced. Simulations were carried out using LS-DYNA finite...
-
Novel thermostable ssDNA-binding proteins from Thermus thermophilus and T. aquaticus-expression and purification
PublicationSklonowano w system ekspresyjny pET-30LIC Escherichia coli gen kodujący białka SSB-podobne Thermus thermophilus i T. aquaticus. Oczyszczono do homogenności białka SSB-podobne, a uzyskane preparaty umożliwiają wykonanie badań strukturalnych w/w białek.
-
Molecular dynamics simulation and MM-PBSA analysis of Oxytricha nova TEBP ternary complex with ssDNA
PublicationPraca dotyczy badań metodami chemii obliczeniowej właściwości elektrostatycznych i termodynamicznych kompleksu telomerowego białka TEBP pochodzącego z organizmu Oxytricha z jednoniciowym telomerowym DNA (ssDNA).
-
Novel thermostable ssDNA-binding proteins from Thermus thermophilus and T. aquaticus - expression and purification
PublicationBiałka SSB są niezbędne do życia każdemu organizmowi. W tej pracy prezentujemy wyniki otrzymania i oczyszczania białek SSB Thermus thermophilus i T. aquaticus. Dotąd były znane białka SSB jedynie o budowie homotetrameru lub heterotrimeru. Białka SSB Thermus thermophilus i T. aquaticus stanowią nową klasę białek SSB - białek homodimerycznych. Ponadto dowiedziono, iż białka te są użyteczne w reakcji PCR.
-
Structural properties of hypothetical CeBa2Cu3O7 compound from LSDA+DMFT calculations
PublicationThe hypothetical stoichiometric CeBa2Cu3O7 (Ce123) compound, which has not been synthesized as a single phase yet, was studied by the density functional theory (DFT). We utilized a method which merges the local spin density approximation (LSDA) with the dynamical mean-field theory (DMFT) to account for the electronic correlations. The LSDA+DMFT calculations were performed in the high-temperature range. The particular emphasis was...
-
CaZnO-based nanoghosts for the detection of ssDNA, pCRISPR and recombinant SARS-CoV-2 spike antigen and targeted delivery of doxorubicin
PublicationOverexpression of proteins/antigens and other gene-related sequences in the bodies could lead to significant mutations and refractory diseases. Detection and identification of assorted trace concentrations of such proteins/antigens and/or gene-related sequences remain challenging, affecting different pathogens and making viruses stronger. Correspondingly, coronavirus (SARS-CoV-2) mutations/alterations and spread could lead to overexpression...
-
LS-DYNA simulations of the impacts of a 38-ton Heavy Goods Vehicle into a road cable barrier
PublicationNowadays, more and more attention is being paid to safety on roads and motorways. It is due to the continuous development of road and motorway network and a significant increase of the number of vehicles on roads. To meet the expectations of improving road safety in Poland, the Road Innovations Development (RID) research programme was implemented in 2016. The aim of the RID 3A - Road Safety Equipment (RoSE) project is a comprehensive...
-
Obowiązek naprawienia szkody lub zadośćuczynienie za doznaną krzywdę – główna czy jedyna forma kompensacji szkody na rzecz pokrzywdzonego na gruncie prawa karnego?
Publication -
RecA Proteins from Deinococcus geothermalis and Deinococcus murrayi - Cloning, Purification and Biochemical Characterisation
PublicationEscherichia coli RecA plays a crucial role in recombinational processes, the induction of SOS response and mutagenic lesion bypasses. It has also been demonstrated that RecA protein is indispensable when it comes to the reassembly of shattered chromosomes in gamma-irradiated Deinococcus radiodurans, one of the most radiation-resistant organisms known. Moreover, some functional differences between E. coli and D. radiodurans RecA...
-
A strong preference for the TA/TA dinucleotide step discovered for an acridine-based, potent antitumor dsDNA intercalator, C-1305: NMR-driven structural and sequence-specificity studies
PublicationTriazoloacridinone C-1305, a potent antitumor agent recommended for Phase I clinical trials, exhibits high activity towards a wide range of experimental colon carcinomas, in many cases associated with complete tumor regression. C-1305 is a well-established dsDNA intercalator, yet no information on its mode of binding into DNA is available to date. Herein, we present the NMR-driven and MD-refined reconstruction of the 3D structures...
-
Characterization of a single-stranded DNA-binding-like Protein from Nanoarchaeum equitans - a nucleic acid binding protein with broad substrate specificity
PublicationBackground SSB (single-stranded DNA-binding) proteins play an essential role in all living cells and viruses, as they are involved in processes connected with ssDNA metabolism. There has recently been an increasing interest in SSBs, since they can be applied in molecular biology techniques and analytical methods. Nanoarchaeum equitans, the only known representative of Archaea phylum Nanoarchaeota, is a hyperthermophilic, nanosized,...
-
EKSPERTYZA WSPÓŁPRACY KOŁO-SZYNA Z WYPADKU KOLEJOWEGO ZAISTNIAŁEGO Z POCIĄGIEM TMEJ NR 764014 W DNIU 07.03.2015 r. O GODZ. 20.30 NA SZLAKU KROTOSZYN – CHOJNICE ORAZ WSKAZANIE PRZYCZYN WYPADKU
PublicationCelem opracowania zgodnie z treścią zlecenia było sporządzenie ekspertyzy współpracy koło-szyna z wypadku kolejowego zaistniałego z pociągiem TMEJ Nr 764014 w dniu 07.03.2015 r. o godz. 20.30 na szlaku Krotoszyn – Chojnice, w torze szlakowym nr 1, w km 60,785 linii kolejowej nr 281 Oleśnica – Chojnice oraz wskazanie przyczyn wypadku.
-
Multisine impedimetric probing of biocatalytic reactions for label-free detection of DEFB1 gene: How to verify that your dog is not human?
PublicationAlbert is a dog (Canis familiaris), but he does not realize this. Albert loves human food (and beer), watching movies on the internet, sleeping in bed, and more. But he should not do all these things. To convince him that, we have desinged a test procedure. The DEFB1 gene is unique to human species. Detecting its presence from saliva and in short periods may offer an advantage in the field of forensic medicine, and influence Albert’s...
-
Identification and characterization of single-stranded DNA-binding protein from the facultative psychrophilic bacteria Pseudoalteromonas haloplanktis
PublicationSingle-stranded DNA-binding protein (SSB) plays an important role in DNA metabolism such as DNAreplication, repair, and recombination, and is essential for cell survival. This study reports on the ssb-likegene cloning, gene expression and characterization of a single-stranded DNA-binding protein of Pseudoal-teromonas haloplanktis (PhaSSB) and is the first report of such a protein from psychrophilic microorganism.PhaSSB possesses...
-
Recombinant !ermostable AP Exonuclease from Thermoanaerobacter tengcongensis: Cloning, Expression, Purification, Properties and PCR Application
PublicationApurinic/apyrimidinic (AP) sites in DNA are considered to be highly mutagenic and must be corrected to preserve genetic integrity, especially at high temperatures. !e gene encoding a homologue of AP exonuclease was cloned from the thermophilic anaerobic bacterium Thermoanaerobacter tengcongensis and transformed into Escherichia coli. The protein product showed high identity (80%) to human Ape1 nuclease, whereas to E. coli exonuclease...
-
The interactions of monomeric acridines and unsymmetrical bisacridines (UAs) with DNA duplexes: an insight provided by NMR and MD studies
PublicationMembers of a novel class of anticancer compounds, exhibiting high antitumor activity, i.e. the unsymmetrical bisacridines (UAs), consist of two heteroaromatic ring systems. One of the ring systems is an imidazoacridinone moiety, with the skeleton identical to the structural base of Symadex. The second one is a 1-nitroacridine moiety, hence it may be regarded as Nitracrine’s structural basis. These monoacridine units are connected...
-
Identification and characterization of single-stranded-DNA-binding proteins from Thermus thermophilus and Thermus aquaticus - new arrangement of binding domains
PublicationOkreślono molekularne właściwości białek SSB-podobnych z Thermus thermophi-lus i T. aquaticus. Zbadano aktywność białek oraz termostabilność. Ponadto, dowiedziono homodimeryczność obu białek i ustalono minimalną sekwencję wiążącą ssDNA.
-
Characterization of single-stranded DNA-binding proteins from the psychrophilic bacteria
PublicationSingle-stranded DNA-binding proteins (SSBs) are indispensable elements in the cells of all living organisms. SSB proteins interact with ssDNA insequence in an independent manner, preventing them from forming secondary structures and from degradation by nucleases. In this way, SSB-binding proteins participate in all processes involving ssDNA, such as replication, repair and recombination. Although there are differences in amino...
-
Novel single-stranded DNA-binding proteins from extreme psychrophilic bacterium Psychromonas ingrahamii 37
PublicationWe report the identification and characterization of the single-stranded DNA binding protein (SSB) from extreme psychrophilic bacterium Psychromonas ingrahamii 37 (PinSSB) that grows expotentially at -12°C and may well grow at even lower temperatures. PinSSB is one of the largest known bacterial SSB protein consisting 222 amino acid residues with a calculated molecular mass of 25.1 kDa. The analysis by gel filtration chromatography...
-
Digital mono-pulse method in cylindrical antena.
PublicationArtykuł prezentuje metodę poprawy dokładności namiaru w wielowiązkowym sonarze z anteną cylindryczną. Metoda oparta jest na metodzie monopulsowej, wykorzystywanej w radarach i sonarach. Metoda zapewnia dobrą dokładność namiaru dla pojedynczego impulsu sondującego. Jedyna modyfikacja w stosunku do metody oryginalnej polega na wytworzeniu dwóch odchylonych wiązek i wykonaniu prostych obliczeń. Symulacja komputerowa dowodzi , że uzyskanie...
-
Metoda biograficzna w badaniach pedagogicznych
Publication -
Podmiot i podmiotowość w wychowaniu. Studium w perspektywie poznawczej pedagogiki integralnej
Publication -
Wiedza o wychowaniu. Od różnorodnośći do jedności
Publication -
Podmiot i podmiotowość w wychowaniu. Studium w perspektywie poznawczej pedagogiki integralnej
Publication -
Błogosławiony Edmund Bojanowski jako pedagog
Publication -
Axiological problematic aspects in the works by the representatives of Polish general pedagogy: Kazimierz Sośnicki and Stefan Kunowski
Publication -
Analysis of Selected Approaches to the Integral Pedagogy in Polish Pedagogical Thought
Publication -
Wiedza o wychowaniu. Od różnorodnośći do jedności
Publication -
Podstawy współczesnej pedagogiki Stefana Kunowskiego jako przykład kreowania pedagogiki ogólnej
Publication -
Szkic do biografii pedagogicznej Bogdana Nawroczyńskiego
Publication -
Autentyczność i pasja nauczyciela jako uwarunkowania rozwoju ucznia. Pedeutologiczne inspiracje płynące z biografii Anny Nagórskiej (1882-1963)
Publication -
Architecture and water - new concepts of blurring borders
PublicationArtykuł ukazuje współczesne relacje pomiędzy architekturą i wodą na tle przełomowej myśli teoretycznej wczesnego modernizmu i koncepcji sztuki XX wieku.
-
Nowe krajobrazy : redefinicja relacji architektura-woda na przykładzie wybranych realizacji
PublicationW wyznaczaniu nowego rodzaju powiązań pomiędzy architekturą i wodą przełomową rolę odegrały lata 60. i 70. XX wieku, w tym powstające wtedy koncepcje sztuki. Dzisiaj woda jest ponownie odkrywana i wchodzi w nowego rodzaju związki z budynkiem, stając się niestabilnym komponentem jego formy. Rośnie zainteresowanie obecnością wody w przestrzeni zamieszkiwania, staje się ona cennym elementem krajobrazu miasta. Znajduje swoje miejsce...
-
Postrzeganie zabytkowego miasta
Publication -
Od architektury cyrkulacji do urbanistycznych krajobrazów
Publication -
Budynek jako środowisko - od teoretycznych postulatów do przezroczystej architektury.
PublicationWspółcześnie dyskurs teoretyczny staje się komplementarny z dyskursem realizowanym poprzez wzniesione obiekty architektury. W szczególności rozwijany jest w tych obiektach, które kształtowane są odniesieniami do natury. Budynki takie stają się środowiskami, obszarami generującymi zdarzenia i nieoczekiwane zmiany. Architektura staje się nierozłączną częścią takiego środowiska i staje się wobec niego przezroczysta.
-
Recycling Gdańsk´s an urban spaces: the proceses supporting the identity of the city
PublicationPrzeobrażenia epoki postindustrialnej przybliżają wyobrażenie miasta inten- sywnego i zróżnicowanego. Istnieje potrzeba dostosowania istniejącej struk- tury miasta na nowych oczekiwań, poprzez uwypuklenie narracji już zapisanych w strukturze miasta, między innymi w nie docenianych obecnie układach wod- nych. Wskazano także na potencjał przetwarzania przestrzeni miasta związany z prawidłowym skonfigurowaniem przestrzennym samego...
-
Pomiędzy ideą i materią - architektura w kontekście zmiennych koncepcji przestrzeni.
PublicationCiągła odnowa i przedefiniowywanie architektury są efektem nieustannie zmieniających się koncepcji przestrzeni. Współczesne koncepcje opierając się zarówno na teoriach nauk przyrodniczych jak i estetyki, nauk społecznych, pozwalają na kształtowanie obiektu architektury jako odpowiedzi na swoisty układ zależności wynikający z szeroko pojmowanego kontekstu. Dynamika kontekstu znajduje swoje odzwierciedlenie w strukturze budynku coraz...
-
Domy - wewnętrzne krajobrazy.
PublicationPrzestrzenna redefinicja domu stanowi dziś jeden z wątków dyskusji ze zdeterminowanym wyrazem formalnym architektury i hermetycznością miejsca. Coraz częściej akcentowana jest potrzeba elastyczności domu i jego otwarcia na świat zewnętrzny. Jego przestrzeń wewnętrzna kształtowana jest coraz częściej jako ewoluujący ciągu sekwencji kompozycyjnych, formowany na wzór krajobrazu i poszukujący do niego odniesień. Domy stają się...
-
Wielowarstwowa natura miejska jako kontekst współczesnej architektury miejskiej.
PublicationWartości kształtujące tożsamość miasta wznoszone są nie tylko przez zewnętrzne wizerunki obiektów architektury, ale przez specyficzne cechy miejskiej przestrzeni, jej skalę, morfologię i inne wzajemne zależności. Obiekt współczesnej architektury otwarty na bodźce płynące ze środowiska i składający się z wielu systemów i układów jawi się jako złożony układ, którego elewacja jest jedynie zewnętrzną obudową i poza funkcją...
-
Architektoniczne poszukiwania natury.
PublicationW publikacji zawarto interpretację nowych zjawisk i tendencji w architekturze jako efektu poszukiwania architektonicznych odniesień do natury. Wskazano na nowy sposób widzenia natury jako efektu przewartościowań w naukach przyrodniczych i sztuce. Wskazano na realizację tych inspiracji w nurtach architektury płynnej, architektury zespolonej ze środowiskiem na wzór sztuki minimalizmu, adaptacyjnej architektury inteligentnej...
-
W kierunku zmiennej metafory miasta-miejsca, zdarzenia, krajobrazy. W: Ka- zimierz Wejchert - teoria kompozycji urbanistycznej. Warszawa: Akapit-DTP** 2003 s. 52-61, 3 il. bibliogr. 26 poz. Urbanistyka. Międzyuczelniane Zeszyty Naukowe R. VIII. Red. serii: prof. S. Gzel.
PublicationW latach 60. XX wieku, w dużej mierze za sprawą koncepcji K. Lyncha, corazwyraźniej zaczęła się wykształcać zmiana w wyobrażeniu miasta, które rozu-miane jest dzisiaj nie tylko jako statyczny wzór, ale jako układ wzajemnychoddziaływań, scena życia społecznego, miejsce zdarzeń i dynamicznych wpływówśrodowiska. Miejsca definiowane są dzisiaj nie tylko w kryteriach kompozycy-jnych, ale także poprzez zdarzenia, interakcje, miejskie...
-
POLDER AND CITY: SUSTAINING WATER LANDSCAPES ON AN URBAN EDGE
PublicationThe question investigated in this paper is how to maintain the environmental quality of the polder landscape encompassing the city in the condition of urban pressure on this landscape. On the basis of theoretical approaches, historical surveys and introductory study models new ideas are tested on the case study of Gdansk, a city located in the Vistula River delta in northern Poland. Research shows that the city was created as a...