Filters
total: 4673
-
Catalog
- Publications 3955 available results
- Journals 314 available results
- Conferences 43 available results
- People 132 available results
- Projects 5 available results
- Research Teams 1 available results
- e-Learning Courses 71 available results
- Events 3 available results
- Open Research Data 149 available results
displaying 1000 best results Help
Search results for: moleular modelling
-
The FMO analysis of the molecular interaction of fentanyl derivatives with the μ-opioid receptor
Publication -
Interaction of amphotericin B with phospholipids in the model membrane - molecular dynamics study.
PublicationAmfoterycyna B jest antybiotykiem używanym w leczeniu układowych infekcji grzybowych. Jej mechanizm działania polega na tworzeniu kanałów wewnątrz błon lipidowych. W przedstawianej pracy publikowane są wyniki symulacji przeprowadzonej dynamiką molekularną monomerycznej i dimerycznej formy antybiotyku wewnątrz błony lipidowej zbudowanej z cząsteczek DMPC. Wyniki te wskazują, że powinowactwo cząsteczek amfoterycyny wewnątrz dimeru...
-
The structure of porous and spontaneously densified amorphous PbSiO3: a Molecular Dynamics study.
PublicationW pracy zaproponowano nową metodę numerycznego otrzymywania strukturporowatych metodą dynamiki molekularnej. Metoda polega na rozpoczęciu symulacji z ładunkami ekranowanymi i stopniowym zwiększaniu ich do pełnych ładunków jonowych. Metodę zastosowano do układu PbSiO3.
-
A Molecular dynamics study of the influence of chemical reduction on the structure of amorphous germania
PublicationPraca poświęcona jest badaniom struktury blisko- i średniozasięgowej redukowanego amorficznego tlenku germanu o składzie 1Ge 1GeO2 za pomocą symulacji dynamiczno-molekularnych. Symulacje MD realizowano w zespole mikrokanonicznym (NVE), z wykorzystaniem dwuciałowego potencjału oddziaływania miedzyatomowego Borna-Mayera-Hugginsa. Wyraźnie widoczna tendencja do aglomeracji neutralnych atomów Ge została porównana z tendencją do aglomeracji...
-
Study of the transport properties of a molecular junction as a function of the distance between the leads
Publication -
Molecular epidemiology of chronic hepatitis B virus infection in northern Poland
Publication -
The structure of Pb-PbO-SiO2 glass via molecular dynamics simulation
PublicationPraca poświęcona jest badaniom struktury blisko i średniozasięgowej częściowo zredukowanego szkła ołowiowo-krzemianowego o stechiometrii 1Pb1PbO1SiO2 uzyskanego na drodze symulacji dynamiczno-molekularnych. Otrzymane rezultaty porównamy z danymi otrzymanymi dla szkła niemodyfikowanego (2PbO1SiO2) i całkowicie zredukowanego (2Pb1SiO2).
-
Ab initio molecular treatment for charge transfer by S3+ ion on hydrogen.
PublicationPoliczono adiabatyczne potencjały oddziaływania między jonem siarki i wodoru. Dokonano obliczeń nieadiabatycznych sprzężeń pomiędzy tymi potencjałami. Obliczenia wykazały, że należy wziąć pod uwagę niezbadany wcześniej poziom energetyczny jonu siarki aby dokładnie wyjaśnić mechanizm przechwytu ładunku.
-
On the possibility of molecular recognition of taste substances studied by Gabor analysis of oscillations
PublicationBadano wpływ substancji odpowiedzialnych za wrażenia smakowe należące do czterech klas smaku (słodki, słony, gorzki i kwaśny) na charakterystyki oscylacyjne w nitrometanowym oscylatorze zawierającym kationowy surfaktant: chlorek benzylodimetylotetradecyloamoniowy. Zapropnowano nowe podejście oparte o transformację Gabora za pomocą której otrzymano widma mocy dla posczególnych układów. Wykazano, że dwuwymiarowa forma tych widm może...
-
Hydration of N-Hydroxyurea from Ab Initio Molecular Dynamics Simulations
PublicationN-Hydroxyurea (HU) is an important chemotherapeutic agent used as a first-line treatment in conditions such as sickle cell disease and β-thalassemia, among others. To date, its properties as a hydrated molecule in the blood plasma or cytoplasm are dramatically understudied, although they may be crucial to the binding of HU to the radical catalytic site of ribonucleotide reductase, its molecular target. The purpose of this work...
-
Analysis of molecular structure of starch citrate obtained by a well-stablished method
Publication -
Molecular action of isoflavone genistein in the human epithelial cell line HaCaT
Publication -
The molecular mechanism of genistein action in lysosomal storage diseases: A transcriptomic approach
Publication -
Molecular Dynamics Study of the Internal Water Molecules in Vasopressin and Oxytocin Receptors
Publication -
Molecular Diagnostics of Brain Tumours by Measuring the 5-Methylcytosine Level in Their DNA
Publication -
Separation of variables in molecular-dynamics simulations: A criterion to estimate the quality of the approximation
Publication -
Molecular Diffusion Simulation on ARUZ – Massively-parallel FPGA-based Machine
Publication -
A Model of Thermally Activated Molecular Transport: Implementation in a Massive FPGA Cluster
Publication -
Effect of Nanohydroxyapatite on Silk Fibroin–Chitosan Interactions—Molecular Dynamics Study
PublicationFibroin–chitosan composites, especially those containing nanohydroxyapatite, show potential for bone tissue regeneration. The physicochemical properties of these biocomposites depend on the compatibility between their components. In this study, the intermolecular interactions of fibroin and chitosan were analyzed using a molecular dynamics approach. Two types of systems were investigated: one containing acetic acid and the other...
-
Molecular dynamics simulations of the growth of poly (chloro-para-xylylene) films.
PublicationParylene C, poly(chloro-para-xylylene) is the most widely used member of the parylene family due to its excellent chemical and physical properties. In this work we analyzed the formation of the parylene C film using molecular mechanics and molecular dynamics methods. A five unit chain is necessary to create a stable hydrophobic cluster and to adhere to a covered surface. Two scenarios were deemed to take place. The obtained results...
-
Molecular and structural characteristics of cod gelatin films modifiedwith EDC and TGase
PublicationCod gelatin films before and after cross-linking of gelatin with 1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl) carbodiimide (EDC) or transglutaminase (TGase) have been characterized by FT-IR spectroscopy and DSC analysis. For comparison, a film prepared from unmodified pig gelatin has been also analysed. The difference spectra showed that cod gelatin during the film formation involved first of all water-to-amide hydrogen bonds, and the film...
-
Transport deficiency is the molecular basis of Candida albicans resistance to antifungal oligopeptides
Publication(FMDP), an inhibitor of glucosamine-6-phosphate synthase, exhibited growth inhibitory activity against Candida albicans, with minimal inhibitory concentration values in the 0.05–50 mg/L range. Uptake by the peptide permeases was found to be the main factor limiting an anticandidal activity of these compounds. Di- and tripeptide containing FMDP (F2 and F3) were transported by Ptr2p/Ptr22p peptide transporters (PTR) and FMDP-containing...
-
Structure and Molecular Dynamics in Renewable Polyamides from Dideoxy-Diamino Isohexide
PublicationThe chemical structure, the conformation, andthe flexibility of the polymer chain fragments present in thepolyamides synthesized from 2,5-diamino-2,5-dideoxy-1,4;3,6-dianhydrosorbitol, 1,4-diaminobutane, and either sebacic orbrassylic acid have been studied by liquid-state 2D NMRspectroscopy viz. correlation spectra (COSY) and heteronuclearmultiple-bond correlation spectra (gHMBC), by 13Ccross-polarization/magic-angle spinning...
-
Low-Molecular Pyrazine-Based DNA Binders: Physicochemical and Antimicrobial Properties
PublicationPyrazine and its derivatives are a large group of compounds that exhibit broad biological activity, the changes of which can be easily detected by a substituent effect or a change in the functional group. The present studies combined theoretical research with the density functional theory (DFT) approach (B3LYP/6-311+G**) and experimental (potentiometric and spectrophotometric) analysis for a thorough understanding of the structure...
-
Carotenoid binding to proteins: Modeling pigment transport to lipid membranes
Publication -
Modeling Heat Transfer in Heterogeneous Media Using Fractional Calculus
Publication -
Anomalous diffusion modeling using ultracapacitors in domino ladder circuit
Publication -
Modeling of generator performance of BLDC machine using mathematica software
PublicationW artykule porównano trzy modele maszyny bezszczotkowej prądu stałego z magnesami trwałymi(BLDC) w przypadku pracy prądnicowej. Najprostszy model qd0 sprowadzono do dwóch osi prostopadłychzwiązanych z wirnikiem [3]. Zakłada on sinusoidalny rozkład pola w szczelinie. Model opisany wosiach naturalnych wyprowadzono w oparciu o formalizm Lagrnage'a [4] i moŜe uwzględniać dowolnyrozkład pola wzbudzonego przez magnesy trwałe. Model pośredni...
-
Assessment of chemical‐crosslink‐assisted protein structure modeling in CASP13
Publication -
Modeling of Wireless Traffic Load in Next Generation Wireless Networks
Publication -
Modeling of a Combined Cycle Gas Turbine Integrated with an Adsorption Chiller
Publication -
Numerical modeling of force and contact networks in fragmented sea ice
Publication -
Urban noise propagation modeling in the Multimedia Noise Monitoring System
Publication.
-
Modeling of textural anisotropy in granular materials with micro-polar hypoplasticity
PublicationW artykule przedstawiono wyniki numerycznej wpływu anizotropii strukturalnej w materiałach granulowanych na powstawanie lokalizacji odkształceń. Obliczenia wykonano dla ściskania w płaskim stanie odkształcenia stosując metodę elementów skończonych na bazie mikropolarnego prawa hipoplastycznego. Wpływ anizotropii modelowano stosując skorelowane pola początkowego wskaźnika porowatości.
-
Modeling of production planning and control process consistent with theory of constraint
PublicationArtykuł dotyczy problematyki zastosowania metody werbel-bufor-lina do planowania produkcji w systemach produkcyjnych z wielokrotnymi buforami. W artykule przedstawiono algorytm - jego funkcje, dane wejściowe i wyjściowe - który może mieć zastosowanie do modelowania procesu planowania i sterowania produkcją. Algorytm umożliwia określenie wielkości czasowych buforów w systemie oraz terminów rozpoczęcia i zakończenia realizacji zadań....
-
Modeling of active fiber Bragg grating underwater acoustic sensor.
PublicationW pracy przedstawiono wyniki modelowania nowego typu przetwornika hydroakustycznego wykorzystującego światłowodową siatkę Bragga. Siatka ta, domieszkowana jonami pierwiastków ziem rzadkich, pracuje jako laser z rozłożonym sprzężeniem zwrotnym, co pozwala na znaczne zwiększenie czułości tego prztwornika w porównaniu z rozwiązaniami wykorzystującymi siatki pasywne. W celu uzyskania równomiernego rozkładu naprężeń siatki zastosowano...
-
Comprehensive modeling of interferometric hydrophone with self-supported mandrel transducer.
PublicationW pracy przedstawiono wyniki modelowania nowego typu samonośnego przetwornika dla interferometrycznego hydrofonu światłowodowego. Zaprezentowano wyniki analizy statycznej, modowej i dynamicznej przeprowadzonej przy pomocy Metody Elementów Skończonych. W modelowaniu wykorzyastano techniki opracowane dla laminatów, co pozwoliło na uzyskanie dokładnych wyników przy względnie krótkim czasie obliczeń.
-
Application of virtual reality modeling language for 3D seafloor imaging.
PublicationW artykule przedstawiono koncepcję wykorzystania języka opisu wirtualnej rzeczywistości do trójwymiarowej wizualizacji objektów znajdujących się na dnie morskim w zastosowaniu do danych pochodzących z systemów hydroakustycznych. W szczególności zaprezentowano technikę tworzenia trójwymiarowych scen przeznaczonych do szerokiego udostępniania w sieci Internet.
-
Submerged object imaging using virtual reality modeling language.
PublicationArtykuł przedstawia sposób wykorzystania języka opisu wirtualnej rzeczywistości w archeologii podwodnej. Przedstawiono propozycję wizualizacji objektów znajdujących się na dnie morskim, a w szczególności zaprezentowano technikę rekonstrukcji obrazu trójwymiarowego z danych pochodzących z sonaru wielowiązkowego.
-
Some aspects of physical and numerical modeling of water hammer in pipelines
PublicationCharakterystyki ciśnieniowe otrzymywane w wyniku symulacji numerycznych uderzenia hydraulicznego różnią się zasadniczo od charakterystyk obserwowanych na drodze doświadczalnej. Stosowane zabiegi matematyczne i numeryczne pozwalające na poprawę zgodności między obliczeniami a pomiarami okazują się skuteczne tylko w przypadku prostych rurociągów o stałej średnicy. Dla bardziej skomplikowanych przypadków prawidłowe odwzorowanie zjawiska...
-
On bounded load routings for modeling k-regular connection topologies
PublicationW pracy analizowane są problemy modelowania k-regularnych topologii sieci komputerowych z punktu widzenia routingu typu point-to-point. Zaprezentowane są algorytmy oraz przeprowadzona jest analiza złożoności obliczeniowej.
-
Modeling 3D Objects for Navigation Purposes Using Laser Scanning
Publication -
Understanding the Ukrainian Migrants Challenges in the EU: A Topic Modeling Approach
PublicationConfronted with the aggression against Ukraine in 2022, Europe faces one of the most important humanitarian challenges - the migration of war refugees from Ukraine, most of them women with children and the elderly. Both international institutions such as the European Union and the United Nations, but also national governments and, above all, local governments, which are the main providers of services and resources for refugees,...
-
Soft modeling support for managing knowledge-based information technology (IT)
PublicationW pracy omówiono metody miękkiego modelowania. Wskazano na możliwości zastosowania tych metod do wspomagania tworzenia systemów opartych na wiedzy. Omówiono także metody oparte na teorii zbiorów rozmytych.
-
Modeling of conducted emission of dc-dc switch-mode converter
PublicationW publikacji zaprezentowano sposób modelowania i wyznaczania emisji przewodzonej zaburzeń elektromagnetycznych w przekształtnikach energoelektronicznych. Na przykładzie przekształtnika DC-DC, zostały dobrane odpowiednie narzędzia CAD do szerokopasmowego modelowania i symulacji przekształtnika energoelektronicznego. Otrzymane rezultaty zostały eksperymentalnie potwierdzone i porównane zarówno w dziedzinie czasu jak i częstotliwości...
-
Modeling of Ozonation of Reactive Black 5 Through a Kinetic Approach
Publication -
Limitations of WSSUS modeling of stationary underwater acoustic communication channel
PublicationPerformances of underwater acoustic communication (UAC) systems are strongly related to specific propagation conditions of the underwater channel. Due to their large variability, there is a need for adaptive matching of the UAC systems signaling to the transmission properties of the channel. This requires a knowledge of instantaneous channel characteristics, in terms of the specific parameters of stochastic models. The wide-sense...
-
Modeling the impact of surface currents in a harbor using graph theory
PublicationEnsuring security in a harbor requires research into its infrastructure using spatial environmental data. This paper presents a methodology that defines the design of a graph for modeling the interactions between surface currents and moving objects. Combining this graph with port charts that integrate electronic navigation charts with coastal orthophotographs allows us to perform a multidimensional analysis. In addition, the complete...
-
Computational Approaches to Modeling Artificial Emotion – An Overview of the Proposed Solutions
PublicationCybernetic approach to modeling artificial emotion through the use of different theories of psychology is considered in this paper, presenting a review of twelve proposed solutions: ActAffAct, FLAME, EMA, ParleE, FearNot!, FAtiMA, WASABI, Cathexis, KARO, MAMID, FCM, and xEmotion. The main motivation for this study is founded on the hypothesis that emotions can play a definite utility role of scheduling variables in the construction...
-
Applicability of an effective conductivity approach in modeling thoracic impedance changes
PublicationThis paper describes numerical simulations of the influence of conductivity changes inside a volume conductor on impedance changes measured on its surface. A simple model based on the finite element method has been developed to estimate an applicability of the effective conductivity theory in human chest modeling. The model consisted of a cylinder with two concentric spheres inside. Simulations were performed for two cases: first...