Filters
total: 331
-
Catalog
- Publications 205 available results
- Journals 1 available results
- Publishing Houses 2 available results
- People 26 available results
- Projects 21 available results
- Research Teams 3 available results
- e-Learning Courses 56 available results
- Events 4 available results
- Open Research Data 13 available results
Search results for: DESKRYPTORY MOLEKULARNE
-
Obtaining ionic forces by the total-energy tight-binding method
PublicationZastosowanie metody ciasnego wiązania w sformułowaniu nieortogonalnym do obliczania sił atomowych w symulacji metodą dynamiki molekularnej pozwala na stworzenie modelu charakteryzującego się lepszą przenośnością, w porównaniu z potencjałami empirycznymi, którymi posługuje się tradycyjna dynamika molekularna. W niniejszej pracy przedstawiono szczegółowo sposób obliczenia pochodnych elementów macierzy Hamiltona i macierzy nakładania...
-
Brittle fracture of 100-, 110-, 111-oriented Cu crystals: MD vs. TB/MD approach
PublicationPrzeprowadzono wieloskalowe symulacje nanoindentacji miedzi nieskończenie twardym narzędziem, przy zastosowaniu metody dynamiki molekularnej, z siłami liczonymi na bieżąco w formalizmie ciasnego wiązania (TB). Przedstawiono wyniki dla trzech orientacji krystalicznych podłoża. Badano efekt dołączenia obliczeń TB na siłę normalną odczuwaną przez narzędzie i na przemieszczenia atomów podłoża, przez porównywanie z symulacją czystą...
-
Molecular picture of hydroxide anion hydration in aqueoussolutions studied by FT-IR ATR spectroscopy
PublicationHydratacja anionu hydroksylowego w wodnych roztworach wodorotlenków metali alkalicznych (LiOH, NaOH, KOH) została zbadana metodą spektroskopii oscylacyjnej FT-IR całkowitego wewnętrznego odbicia (ATR). Widma oscylacyjne wody dostarczają cennych informacji na temat stanu strukturalnego cząsteczek wody w sferach hydratacyjnych, wynikających ze sprzężeń oscylatorów w układzie. Wykazano, że drganie normalne rozciągające cząsteczki...
-
Molecular heteroconjugation equilibria in (n-butylamine + acetic acid) systems in binary (dimethyl sulfoxide + 1,4-dioxane) solvent mixtures
PublicationWyznaczono stałe kwasowe Ka(HA), Ka(BH+) oraz stałe równowagi KAHA-, KBHE+ i KAHB, w układach (n-butyloamina + kwas octowy) bez przeniesienia protonu w binarnych mieszaninach rozpuszczalników (DMSO + 1,4-dioksan). Wartości stałych wyznaczono z wykorzystaniem metody miareczkowania potencjometrycznego przy stałej sile jonowej. Stwierdzono, iż stałe heterokoniugacji molekularnej w badanych mieszaninach rozpuszczalników są liniowo...
-
Thermodynamic and electrostatic properties of ternary Oxytricha nova TEBP-DNA complex
PublicationZa pomocą metod chemi obliczeniowej badano właściwości molekularne kompleksu telomerowego białka TEBP z Oxytricha nova w kompleksie trójskkładnikowym z DNA o sekwencji telomerowej. Wyliczone wartości energii kompleksowania wskazują specyficznie na jedną z dróg tworzenia kompleksu, gdzie wpierw podjednostka alfa łaczy się z DNA a następnie podjednostka beta dołącza się do takiego dwuskładnikowego kompleksu. Policzone rozkłady molekularnego...
-
Zakażenia bakteryjne w przewlekłym zapaleniu ucha środkowego - ocena przydatności diagnostyki molekularnej opartej o technikę PCR. Bacterial infection in chronic otitis media - assessment of usefulness of molecular diagnostic based in PCR method.
PublicationIdentyfikacja zakażeń w przewlekłym zapaleniu ucha środkowego jest trudna, o czym świadczą wysokie odsetki ujemnych wyników badań bakteriologicznych. Przyczyną tego jest trudność w uzyskiwaniu wiarygodnego materiału do badań oraz stosunkowo niska czułość klasycznych metod diagnostycznych. Amplifikacja bakteryjnego DNA techniką PCR jest badaniem, które może przyczynić się do zwiększenia efektywności i czułości badań bakteriologicznych....
-
Możliwości wykorzystania w praktyce analitycznej sorbentów polimerowych z odciskiem molekularnym do wyodrębniania i/lub wzbogacania analitów z grupy trwałych zanieczyszczeń organicznych z próbek środowiskowych
PublicationPrzedstawiono przegląd informacji, które się pojawiły w ciągu ostatniego okresu czasu dotyczących wykorzystania w codziennej praktyce analitycznej różnego typu rozwiązań metodycznych wykorzystujących na etapie izolacji i/lub wzbogacania analitów z grupy trwałych zanieczyszczeń organicznych (TZO) sorbentów polimerowych z odciskiem molekularnym (MIP). Tego typu sorbenty znalazły szerokie zastosowanie przede wszystkim jako alternatywne...
-
Jarosław Chojnacki prof. dr hab. inż.
PeopleBorn in 1961 in Bydgoszcz, professional education started at the Chemical Technical Highschool (I. Łukasiewicz). He graduated from the Faculty of Chemistry at the Gdańsk University of Technology in 1986, defending the work on ion-selective electrodes. Subsequent studies were related to organic and siliconorganic synthesis and, from 2002 year on, to crystallography. The doctoral thesis concerned the Silanotiolanes of coinage metals...
-
Glucosamine-6-phosphate synthase,a novel target for antifungalagents.Molecular modelling studies in drug design
PublicationPraca dotyczy modelowania zarówno samych inhibitorów syntazy glukozamino-6-fosforanu jak i ich oddziaływania z obydwiema domenami tego enzymu. Enzym syntaza glukozamino-6-fosforanu został zaproponowany jako nowy cel molekularny w chemoterapii infekcji grzybowych. Zaprojektowano i zsyntezowano szereg inhibitorów tego enzymu - potencjalnych nowych leków przeciwgrzybowych. Dzięki modelowaniu molekularnemu udało się wyjaśnić mechanizm...
-
Histogram of Gradients with Cell Average Intensity for Human Detection
PublicationThe modification of the descriptor in human detector using Histogram of Oriented Gradients and support vector machine is presented. The proposed modification requires inserting the average cell intensitiesresulting with the increase of the length of the descriptor from 3780 to 4200 values, but it is easy to compute and instantly gives 14-26% of miss rate improvement at 10^-4 False Positives Per Window (FPPW). The modification...
-
Interaction of amphotericin B and its selected derivatives with membranes: molecular modeling studies
PublicationJest to praca przeglądowa obejmująca krytyczną analizę danych dotyczących oddziaływania amfoterycyny B (AmB) i jej wybranych, mniej toksycznych pochodnych, z błonami lipidowymi. Amfoterycyna B jest antybiotykiem przeciwgrzybowym ale ze względu na jej toksyczność trwają prace nad modyfikacjami chemicznymi tego związku. Celem molekularnym dla tego antybiotyku jest błona lipidowa i dlatego różnicowe powinowactwo AmB i jej pochodnych...
-
Józef Kur prof. dr hab.
People -
Modelowanie właściwości elektrycznych mięśnia sercowego w warunkach niedokrwienia
PublicationW rozprawie przedstawiono możliwość rozszerzenia pomiarów bioimpedancyjnych o pomiary istotnych diagnostycznie efektów nieliniowych, wyniki pomiarów elektrycznych efektów nieliniowych na sercu świni, spójne z rozważaniami modelowymi, prawdopodobny biofizyczny/molekularny mechanizm odpowiedzialny za obserwowane efekty nieliniowe, symulacje komputerowe i badania modelowe wyjaśniające pochodzenie efektów nieliniowych, efekty nieliniowe...
-
Skuteczność klasyfikacji gatunków muzycznych za pomocą sieci neuronowej w zależności od typu danych wejściowych
PublicationRozpoznawanie gatunku muzycznego jest jednym z podstawowych elementów inteligentnych systemów tworzenia automatycznych list muzyki. Platformy strumieniowe oferujące taką usługę wymagają rozwiązań, które umożliwią jak najdokładniej określić przynależność utworu do gatunku muzycznego. Zgodnie z aktualnym stanem wiedzy – najskuteczniejszym klasyfikatorem są sztuczne sieci neuronowe (w tym w wersji uczenia głębokiego), dla których...
-
Aplikacja wspomagająca przetwarzanie sekwencji dna: moduł dopasowań
PublicationBiologia molekularna jest obecnie bardzo dynamicznie rozwijającą się dziedziną nauki. Wzrost mocy obliczeniowej komputerów pozwala na coraz szybszą i dokładniejszą analizę wielocząsteczkowych biologicznych polimerów. Poniższy artykuł przedstawia jeden z modułów programu AlignGator - modułowego systemu przeznaczonego do analizy DNA. Omawiany moduł pozwala na tworzenie, oraz edycję wielodopasowań. W początkowej części artykułu opisane...
-
Image content description methods for a retrieval system.
PublicationArtykuł przedstawia metody opisu treści obrazu dla potrzeb systemu wyszukiwania. Omówiono deskryptory opisu treści obrazu oraz ich realizację w Systemie Wyszukiwania Obrazów.
-
Wyszukiwanie i eksploracja obrazów medycznych na podstawie ich treści
PublicationPrzedstawiono metody wyszukiwania obrazów medycznych na podstawie podobień- stwa treści. Zaprezentowano architekturę systemu wyszukiwania oraz metodykę wyszukiwania: algebrę obrazów, cechy i deskryptory oraz metody analizy po- dobieństwa.
-
From DNA damage to G2 arrest: the many roles of topoisomerase II. W: Prog-ress in Cell Cycle Research. Ed. Meijer L., Jezequel A., Roberge M. London: Plenum Publ. Comp. Ltd**2003 vol. 5 chapt. 30 s. 295-300 Od uszkodzeń DNA do bloku w G2: wiele ról dla topoizomerazy II.
PublicationInhibitory DNA topoizomerazy II sa jednymi z najbardziej szeroko stosowanymi lekami przeciwnowotworowymi. Związki te indukuja pekniecia nici DNA i bloku progresji cyklu komorkowego w fazie G2. Jednak topoizomeraza II jest nie tylko celem molekularnym dla lekow przeciwnowtworowych ale enzym ten pelniwazna role w odpowiedzi komorkowej na dzialanie wielu lekow uszkadzajacych DNA. Topoizomeraza tworzy kompleksy molekularne z bialkami...
-
Molekularne mechanizmy selektywności działania antybiotyku przeciwgrzybowe- go: estru metylowego N-metylo-N-D-fruktozylo amfoterycyny B.**2002, 108 s. 23 rys. 15 tab. bibliogr. 83 poz. maszyn. Rozprawa doktorska /17.04.2002/. P. Gdań., Wydz. Chemiczny. Promotor: prof. dr inż. E. Borowski.
Publication.
-
Anna Brillowska-Dąbrowska dr hab. inż.
PeopleAnna Brillowska-Dąbrowska, born in 1971 in Gdańsk, Poland, graduated in 1996 in Biotechnology from the Faculty of Chemistry, Gdańsk University of Technology (GUT). In 2001 she got her PhD, in 2013 became a DSc (habilitation). She was employed in 2004 as a researcher in Statens Serum Institut in Denmark. Currently she is an Associate Professor (adiunkt) in the Department of Molecular Biotechnology and Microbiology and Vice-dean...
-
Wow defect reduction based on interpolation techniques
PublicationW artykule przedstawiono wyniki badania różnych technik interpolacji wykorzystanych w redukcji kołysania dźwięku. W badaniach użyto: interpolację liniową, techniki interpolacji wielomianowej, i interpolację funkcją sink. Jakość rekonstrukcji zbadano wykorzystując sztucznie spreparowany sygnał foniczny, zrekonstruowany wymienionymi metodami interpolacji. Jakość rekonstrukcji oceniono wykorzystując standardowe deskryptory jakości...
-
Metody opisu treści obrazów dla potrzeb systemów wyszukiwania.
PublicationPrzedstawiono metody opisu i wyszukiwania obrazów na podstawie ich treści. Zaproponowano schemat ekstrakcji regionów oraz generacji ich opisów z zastosowaniem kodów długości serii. W opracowanym systemie zaprojektowano i zaimplementowano możliwość definiowania zapytań do baz danych uwzględniając:właściwości i parametry regionu (deskryptory intensywności, tekstury, i kształtu) oraz relacji przestrzennych pomiędzy regionami.
-
Wow defect reduction based on interpolation techniques
PublicationW referacie przedstawiono wyniki badania różnych technik interpolacji wykorzystanych w redukcji kołysania dźwięku. W badaniach użyto: interpolację liniową, dwie techniki interpolacji wielomianowej (Hermite i spline), i technikę sumowania okienkowanych funkcji sink. Jakość rekonstrukcji wykonano wykorzystując sztucznie spreparowany sygnał audio, rekonstruowany wymienionymi metodami interpolacji. Jakość rekonstrukcji oceniono wykorzystując...
-
Agnieszka Witkowska dr hab. inż.
People -
Immunologia molekularna 2022/2023
e-Learning CoursesCelem kursu jest przekazanie podstawowej wiedzy w zakresie immunologii molekularnej, omówienie molekularnych podstaw procesów odpornościowych. Kierunek: Biotechnologia, II stopień Specjalność: Biotechnologia molekularna
-
Immunologia molekularna 2023/2024
e-Learning CoursesCelem kursu jest przekazanie podstawowej wiedzy w zakresie immunologii molekularnej, omówienie molekularnych podstaw procesów odpornościowych. Kierunek: Biotechnologia, II stopień Specjalność: Biotechnologia molekularna
-
Agnieszka Potęga dr inż.
People -
Identification and characterization of single-stranded-DNA-binding proteins from Thermus thermophilus and Thermus aquaticus - new arrangement of binding domains
PublicationOkreślono molekularne właściwości białek SSB-podobnych z Thermus thermophi-lus i T. aquaticus. Zbadano aktywność białek oraz termostabilność. Ponadto, dowiedziono homodimeryczność obu białek i ustalono minimalną sekwencję wiążącą ssDNA.
-
Instytut Fizyki Molekularnej Polskiej Akademii Nauk
Publishing Houses -
Evaluation and cellular responses of modulators of TRF1/TRF2 protein’s function as potential anticancer drugs interfering with telomeric shelterin’s function
PublicationA number of proteins that interact with telomeres have been identified in human cells, indicating the high plasticity of human nucleoprotein complex organization. The most important complex is the "shelterin" complex, which consists of six proteins: TRF1, TRF2, TIN2, POT1, TPP1. The TRF1 and TRF2 directly bind to telomeric double-stranded DNA and the TIN2 protein. The TIN2 protein also binds to the TPP1 protein, stabilizing the...
-
Gel glass transition in silica and nitrided silica aerogels experiment and computer modelling.
PublicationPrzedstawiono dane eksperymentalne i symulacje komputerowe metodą dynamiki molekularnej procesu densyfikacji do szkła aerożeli krzemianowych i azotowanych aerożeli krzemianowych.
-
Reactivity induced at 25 K by low-energy electron irradiation of condensed NH3-CH3COOD (1:1) mixture
PublicationW wyniku bombardowania niskoenergetycznymi elektronami skondensowanej mieszaniny kwasu octowego (CH3COOD) i amoniaku (NH3) następuje synteza najprostszego aminokwasu - glicyny - bez potrzeby dodatkowej aktywacji termicznej. Filmy molekularne przed i po bombardowaniu elektronami były badane techniką HREELS.
-
Fast description of medical images using run length encoded regions.
PublicationZaprezentowano szybką, adaptacyjną metodę progowania oraz opisu obrazów medycznych w oparciu o ich reprezentację za pomocą kodów długości serii (RLC). Przedstawiono możliwości wyznaczania deskryptorów kształtu oraz analizy porównawczej regionów. Omówiono właściwości metody oraz przykładowe rezultaty.
-
Solvation of N-methylformamide by ethanol: a comparison of molecular dynamics calculations with the experimental data
PublicationWykonano obliczenia metodami dynamiki molekularnej dla tytułowego układu. Rezultaty porównano z uzyskanymi wcześniej wynikami pomiarów termodynamicznych oraz wnioskami z nich wyciągniętymi.
-
Hydratacja domeny katalitycznej kinezyny
PublicationKinezyna należy do białek zwanych motorami molekularnymi, które są zdolne do wykonywania pracy mechanicznej. Konwencjonalna kinezyna wyposażona jest w dwie domeny motoryczne. Potrafi ona poruszać się w uporządkowany sposób przemieszczając się po szlakach wyznaczanych przez tzw. mikrotubule, które tworzone są przez białko tubulinę. Jej rola polega m.in. na transporcie białek i organelli komórkowych. Naturalnym środowiskiem działania...
-
Jedno- i wielordzeniowe heteroleptyczne silanotiolany Co(II) i Ni(II) - badania strukturalne, spektroskopowe i magnetyczne
PublicationDoniesienia literaturowe wskazują na możliwość zastosowania związków kompleksowych Co(II) i Ni(II) jako jednocząsteczkowe magnesy molekularne (SMM). Wysiłki naukowców skupiają się na poznaniu zależności pomiędzy strukturą molekularną związków, a ich właściwościami magnetycznymi. Znane są przykłady związków typu SMM opartych na jonach Co(II) i Ni(II), w których metal koordynowany jest przez miękkie S-donorowe ligandy tiolanowe,...
-
Fizyka molekularna
e-Learning CoursesKurs dla studentów Konwersji Energii.
-
Waldemar Stampor dr hab. inż.
People -
MM/PBSA analysis of molecular dynamics simulations of bovine beta-lactoglobulin: free energy gradients in conformational transitions?
PublicationPraca dotyczy pH zależnych zmian konformacyjnych EF pętli beta-laktoglobuliny. Zmiany te są śledzone za pomocą metod obliczeniowych chemii (dynamika molekularna oraz metody MM/PBSA).
-
Regulacja aktywności syntazy glukozamino-6-fosforanu z Candida albicans – badania metodami obliczeniowymi
PublicationNiniejsza praca przedstawia wyniki badań, prowadzonych metodami obliczeniowymi, poświęconych enzymowi syntazie GlcN-6-P pochodzącemu z drożdży C. albicans. Enzym ten odpowiedzialny jest między innymi za biosyntezę kluczowych składników ściany komórkowej grzybów i bakterii, ma również wpływ na regulację metabolizmu glukozy. Przedstawione badania stanowią jeden z etapów poszukiwania molekularnego mechanizmu inhibicji, której eukariotyczna...
-
From metal dithiocarbamates to metal sulfides
PublicationLigandy ditiokarbamianowe są szeroko stosowane w chemii koordynacyjnej. Układy zawierające metal mogą być z powodzeniem wykorzystane do otrzymania odpowiednich siarczków. W pracy przedstawiono syntezę, strukurę, właściwości, zastosowanie związków z tej grupy. Scharakteryzowano ich rozkład termiczny, jak równeiż zaprezentowano metody umożliwiające wykorzystanie ich jako pojedyncze prekursory molekularne
-
The structure of porous and spontaneously densified amorphous PbSiO3: a Molecular Dynamics study.
PublicationW pracy zaproponowano nową metodę numerycznego otrzymywania strukturporowatych metodą dynamiki molekularnej. Metoda polega na rozpoczęciu symulacji z ładunkami ekranowanymi i stopniowym zwiększaniu ich do pełnych ładunków jonowych. Metodę zastosowano do układu PbSiO3.
-
Chemia defektów oraz zagadnienie dyfuzji tlenu w mieszanych przewodnikach jonowo – elektronowych na bazie związków typu ABO3.
PublicationPublikacja opisująca teoretyczne zagadnienia związane z dyfuzją molekularnego i jonowego tlenu w ceramikach na bazie struktur ABO3.
-
New Method for the Synthesis of Azocrown Compounds Containing Oxygen, Nitrogen and Oxygen, or Sulfur Atoms in the Macroring.
PublicationW publikacji opisano nową metodę syntezy azokoron z różnymi heteroatomami w makrocyklu i o różnej wielkości molekularnej wnęki. Metoda ta polega na reakcji 2,2´-difluoroazobenzenu z diolami, diaminami, aminodiolami i ditiolamiw obecności zasady.
-
Maria Szpakowska prof. dr hab. inż.
PeopleProf. dr hab. inż. Maria Jolanta Szpakowska jest absolwentką Wydziału Chemicznego Politechniki Gdańskiej, na którym uzyskała stopnie i tytuły naukowe. W latach 1969–1995 pracowała w Zakładzie Chemii Fizycznej a w latach 1995 – 2022 na Wydziale Zarządzania i Ekonomii (WZiE). Pełniła kolejno funkcję kierownika Pracowni, Zakładu Towaroznawstwa a następnie Katedry Zarządzania Jakością i Towaroznawstwa. W latach 2008-2010 była prodziekanem...
-
Cation diffusion coefficients in CuAgI via molecular dynamics simulations
PublicationPraca prezentuje wyniki analizy strukturalnej otrzymane poprzez symulacje dynamiczno-molekularne (zespół NpT, dwuciałowy potencjał Vashisty-Rahmana) superjonowego związku o składzie (1-x)Cu-xAg-I, x = 0.0, 0.25, 0.5, 0.75, 1.0). Wyznaczono wartość współczynnika dyfuzji kationów i energii aktywacji w funkcji składu szkła i temperatury. Otrzymane rezultaty porównano z danymi literaturowymi.
-
Molecular modelling of membrane sterols with the use of the GROMOS 96 forcefield
PublicationPodstawowym zadaniem tego projektu było udowodnienie zasadności stosowania pola siłowego GROMOS 96 do symulacji steroli błonowych metodą dynamiki molekularnej. Uzyskane wyniki jasno wskazują, że to pole siłowe bardzo dobrze nadaje się do symulacji silnie lipofilowych układów.
-
Konferencja BioMillenium 2017
EventsTematem głównym konferencji będą trendy i rozwiązania w biotechnologii i mikrobiologii.
-
Raman diagnostics in manufacturing of polymer planar optical waveguides. Optical Fibers and Their Applications VIII.
PublicationZastosowano spektroskopię ramanowską do diagnostyki procesu syntezy nowego typu materiałów cienkowarstwowych polimerów hybrydowych, przeznaczonych do wytwarzania światłowodów planarnych. Zbadano poprawność poszczególnych etapów procesu technologicznego oraz strukturę molekularną materiału. Zademonstrowano możliwość kontroli procesu technologicznego w czasie rzeczywistym.
-
(μ-Tri-tert-butoxysilanethiolato)bis[(tetrahydrofuran)lithium(I)] and catena-poly[[bis(μ-tri-tert-butoxysilanethiolato)dilithium(I)]-μ-dimethoxyethane]: solvent coordination as the structure-forming factor.
PublicationOpisano syntezę oraz wyznaczono strukturę molekularną i krystaliczną dwóch solwatowanych tri-tert-butoksysilanotiolanów litu. W przypadku użycia tetrahydrofuranu obserwuje się tworzenie struktury, zawierającej izolowane dimery. Zastosowanie dimetoksyetanu powoduje utworzenie struktury łańcuchowej, którą można uznać za przykład polimeru koordynacyjnego.