Wyszukiwarka
dr hab. inż. Roman Kotlowski
Zatrudnienie
Publikacje
Filtry
wszystkich: 36
Katalog Publikacji
Rok 2022
-
Comparative analysis of mRNA transcripts of HT-29 cell line expressed in identical quantities for pathogenic E. coli strains UM146 and UM147 with control Escherichia coli Nissle 1917
PublikacjaAim of study was comparative analysis of mRNA transcripts of HT-29 cell line, expressed in identical quantities for the combination of pathogenic and non-pathogenic Escherichia coli strains. HT-29 confluent monolayers infection with two pathogenic E. coli strains UM146 and UM147 resulted in two sets of mRNA transcripts that were identical with RNA transcripts obtained for non-pathogenic one strain E. coli Nissle 1917. In this study...
Rok 2021
-
Discrimination of hospital isolates of Acinetobacter baumannii using repeated sequences and whole genome alignment differential analysis
PublikacjaAn optimized method for bacterial strain differentiation, based on combination of Repeated Sequences and Whole Genome Alignment Differential Analysis (RS&WGADA), is presented in this report. In this analysis, 51 Acinetobacter baumannii multidrug-resistance strains from one hospital environment and patients from 14 hospital wards were classified on the basis of polymorphisms of repeated sequences located in CRISPR region, variation...
-
Influence of Escherichia coli on Expression of Selected Human Drug Addiction Genes
PublikacjaThe impact of enteric microflora on the expression of genes associated with cocaine and amphetamine addiction was described. Human genome-wide experiments on RNA transcripts expressed in response to three selected Escherichia coli strains allowed for significant alteration (p > 0.05) of the linear regression model between HT-29 RNA transcripts associated with the KEGG pathway:hsa05030:Cocaine addiction after 3 h stimulation with...
-
Novel staphylococci nucH taxonomical marker used in identification of human-associated Staphylococcus succinus subsp. casei
PublikacjaThe aim of our study was to assess the sequencing of unique nucH gene fragment based on performed bioinformatics analysis as a novel diagnostic method for the identification of difficult to identify staphylococcal human pathogenic strains. Initially, PCR-RFLP-rrn analysis specific to the spacers between 16SrDNA and 23SrDNA followed by HhaI restriction analysis was performed. Further, sequencing of nucH and 16S rDNA genes fragments...
-
Toxinas de setas
Publikacja.
Rok 2020
-
Linezolid-resistant Enterococcus faecium strains isolated from one hospital in Poland –commensals or hospital-adapted pathogens?
PublikacjaOne of the most pressing problems of enterococci infections is occurring resistance to linezolid, which is an antibiotic used in the treatment of infections caused by vancomycin-resistant strains (VRE). The main objective of our research was to investigate the relationship of 19 linezolid-resistant E. faecium isolates from 18 patients hospitalized at Clinical Hospital in Gdansk (Poland). One of the LZDREF was isolated in 2003...
-
New Approaches for Escherichia coli Genotyping
PublikacjaEasy-to-perform, fast, and inexpensive methods of differentiation of Escherichia coli strains beyond the species level are highly required. Herein two new, original tools for genotyping of E. coli isolates are proposed. The first of the developed method, a PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) test uses a highly variable fliC gene, encoding the H antigen as a molecular target. The designing...
-
Toksyny grzybów kapeluszowych. Rozdz. 10
PublikacjaW rozdziale nr 10 brak abstraktu
Rok 2019
-
Identification of evolutionary conserved DNA sequence and corresponding S21 ribosomal protein region for diagnostic purposes of all Borrelia spirochetes
PublikacjaIt is still under investigation, whether all Borrelia sp. causing Lyme borreliosis and other diseases are already identified and properly classified as human pathogens. For this reason, it is of great importance to develop a diagnostic ELISA test that detects all Borrelia sp. The aim of this study was to identify conserved DNA and protein regions present in all currently known Borrelia sp. In experimental studies 31 available Borrelia...
Rok 2018
-
Intra-operative biopsy in chronic sinusitis detects pathogenic Escherichia coli that carry fimG/H, fyuA and agn43 genes coding biofilm formation
PublikacjaThe aim of this study was to investigate whether or not surgical biopsy of sinus tissue in chronic sinusitis, not responsive to treatment, would detect E. coli. We intended to evaluate E. coli virulence genes, therefore dispute the causal role of such an unusual microorganism in chronic sinusitis, as well as consider effective pathogen-targeted therapy. Patients with E. coli isolated by intra-operative puncture biopsy were included...
Rok 2017
-
A universal method for the identification of genes encoding amatoxins and phallotoxins in poisonous mushrooms
PublikacjaABSTRACT Background. As the currently known diagnostic DNA targets amplified in the PCR assays for detection of poisonous mushrooms have their counterparts in edible species, there is a need to design PCR primers specific to the genes encoding amanitins and phallotoxins, which occur only in poisonous mushrooms. Objective. The aim of the study was testing of PCR-based method for detection of all genes encoding hepatotoxic cyclic...
-
Identyfikacja 20 nowych rejonów zmiennych w genomach Staphylococcus aureus przydatnych do genotypowania koagulazo-dodatnich gronkowców
PublikacjaW pracy zidentyfikowano 20 nowych rejonów zmiennych w genomach gronkowca złocistego przydatnych do badań epidemiologicznych metodą PCR. Teoretyczna analiza 35 genomów metodą PCR z udziałem 20 nowych regionów zmiennych pozwoliła na uzyskanie większej liczby genotypów w porównaniu do dwóch metod referencyjnych: REA-PFGE z udziałem endonukleazy SmaI oraz metody MLVA z udziałem 16 rejonów zmiennych.
-
Mushroom Toxins
PublikacjaToxins and Other Harmful Compounds in Foods provides information on the contents, distribution, chemical properties, and biological activity of toxins and other harmful compounds in foods that are natural components of the raw materials, accumulated due to microbial actions and environmental pollution, or are generated due to processing.
Rok 2016
-
Correlation between the number of Pro-Ala repeats in the EmrA homologue of Acinetobacter baumannii and resistance to netilmicin, tobramycin, imipenem and ceftazidime
PublikacjaAcinetobacter baumannii coccobacilli are dangerous to patients in intensive care units because of their multidrug resistance to antibiotics, developed mainly in the past decade. This study aimed to examine whether there is a significant correlation between the number of Pro-Ala repeats in the CAP01997 protein, the EmrA homologue of A. baumannii, and resistance to antibiotics. A total of 79 multidrug-resistant A. baumannii strains...
-
Microbial diversity of inflamed and noninflamed gut biopsy tissues in inflammatory bowel disease.
PublikacjaBACKGROUND: Inflammatory bowel disease (IBD) is a chronic gastrointestinal condition without any known cause or cure. An imbalance in normal gut biota has been identified as an important factor in the inflammatory process. METHODS: Fifty-eight biopsies from Crohn's disease (CD, n = 10), ulcerative colitis (UC, n = 15), and healthy controls (n = 16) were taken from a population-based case-control study. Automated ribosomal intergenic...
-
Use of Escherichia coli Nissle 1917 producing recombinant colicins for treatment of IBD patients
PublikacjaPatients with Crohn’s Disease and ulcerative colitis infected with Adherent-Invasive Escherichia coli strains constitute the largest group among Inflammatory Bowel Disease subjects, when taking into account all known etiological agents of the disease. A possible link between these pathogenic bacteria and inflammation process has gained the confidence in recently published papers. Observed enteric neuroglial cells apoptosis and...
Rok 2015
-
A novel method of Mycobacterium tuberculosis complex strain differentiation using polymorphic GC-rich gene sequences.
PublikacjaTuberculosis is one of the leading infectious diseases. In this work, a new genotyping method of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) complex strain is presented. 27 Mtb genomes were analyzed for the presence of length polymorphism within polymorphic GC-rich gene sequences. Four genes, Rv3345c, Rv3507, Rv0747 and Rv3511, showing variation in length depending on the Mtb strain were selected for designing primer sequences flanking variable...
Rok 2012
-
Genetic predisposition to inflammatory bowel disease
PublikacjaInflammatory bowel disease (IBD) is a chronic, incurable inflammatory disease of the digestive system. The two main disease entities included in the IBD are ulcerative colitis and Crohn's disease. According to epidemiological studies there are more and more new cases every year. In especially among the youngest patients with symptoms of malnutrition and growth inhibition to land up in hospitalwith cancer suspected. The purpose...
-
Isolation and identification of Mycobacterium avium subspecies silvaticum from a horse
PublikacjaPo raz pierwszy opracowano metodę identyfikacji Mycobacterium avium subsp. silvaticum na podstawie analizy sekwencji DNA alfa antygenu. Zastosowanie enzymu HhaI do trawienia produktu PCR z uzyskanego z udziałem starterów specyficznych wobec genu kodującego alfa antygen pozwoliło na identyfikację Mycobacterium avium subsp. silvaticum. Opracowana nowa metoda pozwala na prowadzenie badań epidemiologicznych bezpośrednio z próbek pochodzących...
-
Peptidoglycan hydrolases - potential weapons against Staphylococcus aureus
PublikacjaBacteria of the genus Staphylococcus are common pathogens responsible for a broad spectrum of human and animal infections and belong to most important etiological factors causing food poisoning. Because of rapid increase in prevalence of isolation of staphylococci resistant to many antibiotics, there is an urgent need for development of new alternative chemotherapeutics. A number of studies have recently demonstrated the strong...
Rok 2008
-
Amplification of a single-locus variable-number direct-repeats with restriction fragment length polymorphism (DR-PCR/RFLP) for genetic typing of Acinetobacter baumannii strains
PublikacjaW celu poszukiwania nowych metod typowania genetycznego szczepów Acinetobacter baumannii przydatnych w szpitalnych badaniach epidemiologicznych przeprowadzono analizę dostępnych w banku genów sekwencji szczepów referencyjnych na obecność nowych motywów repetytywnych. Do badania polimorfizmu sekwencji repetytywnych w szczepach Acinetobacter sp. wykorzystano proste powtórzenia typu "direct repeat" (DR) zlokalizowane w jednym miejscu...
-
Population-based case-control study of alpha 1-antitrypsin and SLC11A1 in Crohn's disease and ulcerative colitis.
PublikacjaBackground: Crohn’s disease (CD) and ulcerative colitis (UC) are chronic inflammatory diseases of the digestive tract. Genetic factors and an abnormal immune response to infections are suspected to be involved in inflammatory bowel diseases. Methods: In the present study 300 blood samples from CD patients (n 100), UC patients (n 100), and healthy controls (n 100) were taken from a population-based case-control study. PCR assays...
Rok 2007
-
Expression and intein-mediated purification of novel staphylokinase SakSTAR with reduced immunogenicity and antiplatelet and antithrombin activation
PublikacjaSkonstruowano nową formę stafylokinazy zawierającej na swoim C-końcu domenę pochodzącą z C-konieca ----(KOŃCA)---??? hirudyny. Wprowadzono do sekwencji stafylokinazy sekwencje RGD i DGR, odpowiedzialne za zmniejszenie agregacji płytek krwi (52% do 38%) a tym samym zwiększenie skuteczności działania tego białka jako potencjalnego leku. Otrzymany nowy wariant stafylokinazy posiadał zwiększoną aktywność fibrynolityczną, czego przejawem...
-
High prevalence of Escherichia coli belonging to the B2+D phylogenetic group in inflammatory bowel disease
PublikacjaBACKGROUND: It is not clear which species of bacteria may be involved in inflammatory bowel disease (IBD). One way of determining which bacteria might be likely candidates is to use culture-independent methods to identify microorganisms that are present in diseased tissues but not in controls. AIMS: (1) To assess the diversity of microbial communities of biopsy tissue using culture-independent methods; (2) to culture the bacteria...
-
Protective effect of lysostaphin from Staphylococcus simulans against growth of Staphylococcus aureus in milk and some other food products
PublikacjaZbadano skuteczność hamowania rozwoju Staphylococcus aureus w mleku, mięsie wieprzowym i majonezie lizostafyną uzyskaną przez ekspresję genu enzymu ze Staphylococcus simulans w komórkach Escherichia coli. Przeprowadzone eksperymenty wykazały znaczący wpływ lizostafyny na ograniczenie rozwoju Staphylococcus aureus.
Rok 2006
-
Evaluation of multiple genetic markers for typing drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains from Poland
PublikacjaW publikacji przedstawiono wyniki genotypowania wielolekoopornych szczepów Mycobacterium tuberculosis izolowanych od pacjentów z Polski.
-
Molecular characterization of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains from Poland by use of multiple genetic markers
PublikacjaW pracy przedstawiono wyniki genotypowania wielolekoopornych szczepów Mycobacterium tuberculosis, izolowanych od pacjentów z Polski.
-
Novel method of expression and purification of hirudin based on pBAD TOPO, pTYB12 vectors and gene synthesis
PublikacjaW pracy przedstawiono nową, szybką i tanią metodę otrzymywania, ekspresji i oczyszczania białka hirudyny naturalnie izolowanego z ślinianek pijawki lekarskiej. Hirudyna pełni funkcje bezpośredniego inhibitora trombiny, głównego białka biorącego udział w tworzeniu skrzepów krwi. Właściwości te wykorzystywane są od wielu lat w klinice. Opracowana metoda pozwoliła uzyskać 17 mg/l hodowli E. coli białka o wysokiej czystości i aktywności...
Rok 2005
-
Lizostafyna - źródła otrzymywania i zastosowanie
PublikacjaW pracy przedstawiono ogólną charakterystykę liostafyny: budowę, właściwości biochemiczne, źródła otrzymywania enzymu. Przedstawiono także możliwości wykorzystania tego białka w medycynie i weterynarii jako alternatywny chemioterapeutyk przeciw infekcjom wywoływanym przez gronkowce oraz w przemyśle żywnościowym do poprawy mikrobiologicznej jakości produktów.
-
New effective sources of lysostaphin Staphylococcus simulans
PublikacjaLizostafyna jest białkiem posiadającym zdolność lizowania ścian komórkowych bakterii z rodzaju Staphylococcus. W pracy przedstawiono konstrukcje dwóch kolejnych układów ekspresyjnych umożliwiających otrzymywanie rekombinantowej lizostafyny w komórkach bakterii Escherichia coli, metodykę oczyszczania białka oraz jego charakterystykę biochemiczną.
-
PCR amplification with primers based on IS2404 and GC-rich repeated sequence reveals polymorphism in Mycobacterium ulcerans
PublikacjaOpracowano prostą w wykonaniu metodę genotypowania szczepów bakterii z gatunku Mycobacterium ulcerans. Polimorfizm genetyczny 32 badanych izolatów Mycobacterium ulcerans odzwierciedla ich geograficzne pochodzenie z rejonów Afryki Centralnej, Ameryki Południowej i Łacińskiej, Azji Południowo-Wschodniej, Malezji oraz Australii.
Rok 2004
-
One-tube cell lysis and DNA extraction procedure for PCR based detection of Mycobacterium ulcerans in aquatic insects, molluscs and fish.
PublikacjaMycobacterium ulcerans jest bakterią wywołującą choroby skóry u ludzi i zwierząt. W trakcie prowadzonych badań opracowano prostą w wykonaniu metodę ekstrakcji DNA Mycobacterium ulcerans z próbek środowiskowych oraz klinicznych. Opracowana metoda izolacji DNA może być przydatna w badaniu źródeł infekcji oraz dróg szerzenia się Mycobacterium ulcerans.
-
PCR-Based Genotyping of Mycobacterium tuberculosis with New GC-Rich Repeated Sequences and IS6110 Inverted Repeats Used as Primers.
PublikacjaW pracy przedstawiono nową metodę genotypowania Mycobacterium tuberculosis. Zastosowanie oligonukleotydu Mtb1 5'-CCG-GCG-GGG-CCG-GCG-G lub Mtb2 5'-CGG-CGG-CAA-CGG-CGG-C wraz z oligonukleotydami specyficznymi do terminalnych sekwencji elementu insercyjnego IS6110 pozwala na różnicowanie szczepów Mycobacterium tuberculosis w metodzie PCR. Opracowana metoda może być wykorzystana w badaniach epidemiologicznych gruźlicy.
Rok 2002
-
Glyceraldehyde - 3 - phosphate dehydrogenase gen from Amanita citrina. Ac-cession AJ532582, 2002 GenBank NCBI [on line].**2002 [cytowany 07.01.03]. Dostępny: http://www.ncbi.nml.nih.gov Sekwencja genu kodującego dehydrogenzę aldehydu - 3 - fsfoglicerynowego dla muchomora cytrynowego (Amanita citrina).
PublikacjaPo raz pierwszy ustalono sekwencję nukleotydową fragmentu genu gpd (dehydro-genazy aldehydu - 3 - fosfoglicerynowego) dla muchomora cytrynowego (Amanitacitrina), pozwoli to na ustalenie sekwencji starterów umożliwiających wykry-wanie grzybów tego gatunku za pomocą techniki PCR.
-
Glyceraldehyde - 3 - phosphate dehydrogenase gene from Coprinus atramenta-rius. Accession AJ532581, 2002 GenBank NCBI [on line].**2002 [cytowany 07.01.03]. Dostępny: http://www.ncbi.nlm.nih.gov Sekwencja genu kodujacego dehydrogenazę aldehydu - 3 - fosfoglicerynowego dla czernidłaka pospolitego (Coprinus atramentarius).
PublikacjaPo raz pierwszy ustalono sekwencję nukleotydową fragmentu genu gpd (dehydro-genazy aldehydu - 3 - fosfoglicerynowego)dla gatunku Coprinus atramentarius,pozwoli to na zaprojektowanie pary starterów umożliwiających wykrywaniegrzybów tego gatunku za pomocą reakcji PCR.
-
Species - specific detection of the toxic mushrooms Amanita virosa and Amanita verna by PCR amplification of the gpd gene fragment
PublikacjaZaprojektowano dwie pary starterów do reakcji PCR, które umożliwiają gatunkowo specyficzną amplifikację unikalnych fragmentów genów gpd dla dwóch grzybów kapeluszowych: muchomora wiosennego (Amanita verna) i muchomora jadowitego (Amanita virosa).
wyświetlono 3105 razy