Search
Search results for: MD
-
Brittle fracture of 100-, 110-, 111-oriented Cu crystals: MD vs. TB/MD approach
PublicationPrzeprowadzono wieloskalowe symulacje nanoindentacji miedzi nieskończenie twardym narzędziem, przy zastosowaniu metody dynamiki molekularnej, z siłami liczonymi na bieżąco w formalizmie ciasnego wiązania (TB). Przedstawiono wyniki dla trzech orientacji krystalicznych podłoża. Badano efekt dołączenia obliczeń TB na siłę normalną odczuwaną przez narzędzie i na przemieszczenia atomów podłoża, przez porównywanie z symulacją czystą...
-
Final Farewell to Alberto Zanchetti MD
Publication -
The structure of liquid lead: EXAFS and MD studies
PublicationPraca poświecona jest analizie widm XAFS zmierzonych na krawędzi L3dla ciekłego ołowiu. W analizie strukturalnej EXAFS zastosowano podejście GNXAS. Przetestowano kilka modeli strukturalnych, zarówno numerycznych (MD-DLE, MD-TB), jak i tych otrzymanych doświadczalnie (ND, XRD) i ostatecznie zrekonstruowano pierwszy pik w parowej funkcji rozkładu, g(r). Zweryfikowano wcześniejsze doniesienia o obserwownym za pomocą metody XAFS gwałtownym...
-
Degradation of a nano-cutting tool: an MD simulation
PublicationW pracy przedstawiono wyniki symulacji wielokrotnego oddziaływania realistycznie ukształtowanego ostrza tnącego z modelowym, nieskończenie twardym ziarnem, przy zastosowaniu metody dynamiki molekularnej. Ostrze składało się z kilkuset tysięcy atomów metalu fcc, traktowanego za pomocą potencjału Suttona-Chena, przesuwane było ze stałą prędkością 20 m/s. Obserwowane deformacje plastyczne pojawiające się na skutek kontaktu ostrza...
-
Osmotic MD and other membrane distillation variants
Publication -
Water demineralisation by NF/MD integrated processes
Publication -
Purification of oily wastewater by hybrid UF/MD
Publication -
Effect of iron oxides scaling on the MD process performance
Publication -
Demineralization of water using a combination of MD and NF(RO)
Publication -
NMR and MD Analysis of the Bonding Interaction of Vancomycin with Muramyl Pentapeptide
Publication -
Treatment of effluents from the regeneration of ion exchangers using the MD process
Publication -
Are stabilizing osmolytes preferentially excluded from the protein surface? FTIR and MD studies
PublicationInteractions between osmolytes and hen egg white lysozyme in aqueous solutions were studied by means of FTIR spectroscopy and molecular dynamics. A combination of difference spectra method and chemometric analysis of spectroscopic data was used to determine the number of osmolyte molecules interacting with the protein, and the preferential interaction coefficient in presented systems. Both osmolytes – L-proline and trimethylamine-N-oxide...
-
A Comparison between MD and EXAFS extracted Structural Data for TernaryRbBr(1-x)Ix.
PublicationStrukturę trójskładnikowych soli poddano analizie za pomocą metody EXAFS i symulacji M-D. Przedyskutowano przydatność używanego w symulacjach potencjału oddziaływań międzyatomowych.
-
Structure recognition in MD-simulated materials: a case study of boroxyl rings in borate glasses
PublicationZanalizowano statystyczne właściwości geometryczne losowo deformowanej jednostki strukturalnej AC_3, gdzie trzy kationyC znajdują się w wierzchołkach trójkąta równobocznego, a anionA - w jego środku. W szczególności opisano rozkłady kątów AAA,ACA i CAA oraz dwóch estymatorów kształtu w funkcji amplitudydeformacji trójkąta. Wyniki analizy stochastycznej zastosowanodo ilościowej oceny stopnia nieuporządkowania w szkle B_2O_3,symulowanym...
-
MD advisor : a journal for New Jersey medical community
Journals -
Structure of partially reduced xPbO (1-x)SiO2 glasses: combined EXAFS and MD study
PublicationWykorzystując połączenie metody EXAFS (extended X-ray absorption finestructure) i symulacji MD (molecular dynamics) zbadano strukturęczęściowo zredukowanych szkieł ołowiowo-krzemianowych o różnejstechiometrii wyjściowej. W wyniku analizy uzyskano szczegółowyopis struktury lokalnej wokół atomów ołowiu i jej zmiany w funkcjiskładu szkła i poziomu redukcji. Określono również jaką tendencjędo aglomeracji w metaliczne klastry wykazują...
-
Brownian Motion in Optical Tweezers, a Comparison between MD Simulations and Experimental Data in the Ballistic Regime
PublicationThe four most popular water models in molecular dynamics were studied in large-scale simulations of Brownian motion of colloidal particles in optical tweezers and then compared with experimental measurements in the same time scale. We present the most direct comparison of colloidal polystyrene particle diffusion in molecular dynamics simulations and experimental data on the same time scales in the ballistic regime. The four most...
-
UNRES-Dock—protein–protein and peptide–protein docking by coarse-grained replica-exchange MD simulations
Publication -
The interactions of monomeric acridines and unsymmetrical bisacridines (UAs) with DNA duplexes: an insight provided by NMR and MD studies
PublicationMembers of a novel class of anticancer compounds, exhibiting high antitumor activity, i.e. the unsymmetrical bisacridines (UAs), consist of two heteroaromatic ring systems. One of the ring systems is an imidazoacridinone moiety, with the skeleton identical to the structural base of Symadex. The second one is a 1-nitroacridine moiety, hence it may be regarded as Nitracrine’s structural basis. These monoacridine units are connected...
-
Interaction of cisplatin and two potential antitumoral platinum(ii) complexes with a model lipid membrane: a combined NMR and MD study
PublicationIn this study, the interaction of cisplatin (1) and two potential antitumoral Pt(II) complexes (2 and 3) with a model DMPC bilayer was investigated by multinuclear NMR spectroscopy and MD simulations in order to understand its implication for the different antitumoral properties shown by the three complexes. In particular, 31P, 13C and 2H solid state NMR experiments were performed to obtain information on the phase structure, phase...
-
Initial geometries and MD trajectories of right- and left-handed G-quadruplexes
Open Research DataDataset contains initial geometries of 12 monomeric, 2-tetrad G-quadruplexes featuring three different loop lengths (T1, T2 and T3), adapted by the sequence GGTnGGTnGGTnGG where n=(1-3). For each loop length variant two directions of strand progression (clockwise (+) and anti-clockwise (-)) and two helicities (left-handed (LH) and right-handed (RH))...
-
The Arctic mutation alters helix length and type in the 11–28 β-amyloid peptide monomer—CD, NMR and MD studies in an SDS micelle
Publication -
Conformational solution studies of the SDS micelle-bound 11-28 fragment of two Alzheimer's β-amyloid variants (E22K and A21G) using CD, NMR, and MD techniques
Publication -
C-1311 (Symadex), a potential anti-cancer drug, intercalates into DNA between A and G moieties. NMR-derived and MD-refined stereostructure of the d(GAGGCCTC) 2 :C-1311 complex
PublicationImidazoacridinone C-1311 (Symadex®) is an antitumor agent which has been recommended for Phase II clinical trials a few years ago. Previously, it was shown experimentally that during the initial stage of its action C-1311 forms stable intercalation complexes with DNA duplexes. Herein, a NMR-derived stereostructure of d(GAGGCCTC)2:C-1311 complex was reported. The ligand was found locating itself between A and G moieties, forming...
-
Md Khalid
People -
Md Shatil Islam Shanto BSc in Aeronautical Engineering
People -
Synthesis of conjugates of MDP and nor-MDP linked to tuftsin derivatives as potential immunomodulators
PublicationZsyntetyzowano nowe koniugaty muramylodipeptydu (MDP) i nor-muramylo-dipeptydu (nor-MDP) z pochodnymi tuftsyny zawierającymi wiązanie izopeptydowe na epsilon-aminowej grupie lizyny jako potencjalne immunomodulatory. Do syntezy wykorzystano metodę mieszanych bezwodników z chloromrówczanem izobutylu i N-metylomorfoliną w bezwodnym DMF. Końcowe produkty charakteryzowno za pomocą NMR, analizy elementarnej i analizy aminokwasowej na...
-
Synthesis of new conjugates of MDP and nor-MDP with retro-tuftsin derivatives as potential immunomodulators
PublicationZsyntetyzowano nowe analogi muramylodipeptydu (MDP) i nor-muramylo-dipeptydu (nor-MDP) z pochodnymi retro-tuftsyny jako potencjalne immunomodulatory. Przedstawiono także syntezę odpowiednich pochodnych retro-tuftsyny. Do syntezy wykorzystano metodę mieszanych bezwodników z chloromrówczanem izobutylu i N-metylomorfoliną w bezwodnym DMF.
-
MDCCC 1800
Journals -
Design and numerical study of turbines operating with MDM as working fluid
Publication -
Induction of Epithelial-mesenchymal Transition in MDCK II Cells
Publication -
Mathematical analysis of a generalised p53-Mdm2 protein gene expression model
PublicationWe propose the generalisation of the p53-Mdm2 protein gene expression model introduced by Monk (2003). We investigate the stability of a unique positive steady state and formulate conditions which guarantee the occurrence of the Hopf bifurcation. We show that oscillatory behaviour can be caused not only by time lag in protein transcription process, but also can be present in the model without time delay. Moreover, we investigate...
-
Determination of 3,4-methylenedioxy-α-pyrrolidinobutiophenone (MDPB) in blood. A case report
PublicationSynthetic drugs, known as ‘‘legal highs’’, are still very popular on black market. The determination of their composition are required in courts of law and also to understand what potential users may be subjected to. The interest of new cathinones, e.g. MDPBP, is in view of psychoactive effects that they cause and that, in many cases, they are not controlled by law. The case outlined here concerns 19 years-old man, who was found...
-
Examination of tools of different materials edge geometry for MDF milling
Publication -
MDM Policy and Practice
Journals -
Architektura MDA w rozwoju interaktywnych aplikacji komputerowych
PublicationZaprezentowano koncepcję architektury aplikacji zorientowanejna modele (MDA) oraz jej wykorzystanie przy projektowaniu współczesnych aplikacji komputerowych. Rozpatrzono trzy główne podejścia związane z obliczeniami stawiająęymi w centrum uwagi maszynę, usługi i człowieka. Opisano główne cechy tego typu obliczeń oraz dokonano ich odniesienia do architektury MDA. Przedstawiono otwarte problemy, zwłaszcza tych obliczeń, w których...
-
Content malondialdehyde (MDA) in infant formulae and follow-on formulae
PublicationZbadano zawartość dialdehydu malonowego, szkodliwego dla zdrowia produktu oksydacji lipidów, w preparatach do początkowego MP i następnego MN żywienia niemowląt, w mleku ludzkim, nieprzetworzonym mleku krowim oraz w oleju sojowym i rzepakowym - składnikach MP i MN. W preparatach stwierdzono znaczne zawartości MDA, w zależności od stosowanej przez producenta technologii produkcji, sposobu pakowania oraz warunków przechowywania gotowego...
-
Cross-layer mDNS/ARP integration for IEEE 802.11s Wireless mesh Network
PublicationPopularization of mobile computing devices created a need for robust, efficient and ubiquitous methods of communication and network access. At the same time, evolution and standardization of Wireless Local Area Network (WLAN) technologies made them an attractive solution for building of complex network systems. Moreover, growing maturity of WLAN standards such as IEEE 802.11 allows for introduction of WLAN architectures other than...
-
From the Dynamic Lattice Liquid Algorithm to the Dedicated Parallel Computer – mDLL Machine
Publication -
Myeloid-derived suppressor cells (MDSCs) in brain cancer: challenges and therapeutic strategies
Publication -
Determination of MDPBP in postmortem blood samples by gas chromatography coupled with mass spectrometry
PublicationMDPBP (1-(3,4-methylenedioxyphenyl)-2-(1-pyrrolidinyl)-1-butanone) is a new psychoactive substance sold on the black market. It has been a controlled drug of abuse in Poland and China since 2015 as some toxic and fatal cases connected with use of synthetic cathinone derivatives were observed. The fatal case outlined here concerns a 19 year-old man, who was found dead with an envelope containing white powder lying nearby the cadaver....
-
Korelacja ujemna : publikacje w MDPI a wskaźnik sukcesu w grantach NCN
PublicationCelem niniejszego opracowania jest odpowiedź na pytanie, czy istnieje związek pomiędzy liczbą publikacji w czasopismach wydawnictwa MDPI przypadającą na daną jednostkę naukową, a jej wskaźnikiem sukcesu w konkursach Narodowego Centrum Nauki. W artykule prezentowane są wyniki zestawienia udziału procentowego publikacji MDPI w całkowitej liczbie publikacji danej jednostki naukowej z 2019 r., z jej wskaźnikiem sukcesu w pozyskiwaniu...
-
Gość Inność, Wystawa sztuki współczesnej, Galeria MD_S, Wrocław 2019
PublicationGrudzień. Zimno, szaro, mokro, wszyscy biegają, żeby wyrobić się na święta; żeby kupić prezenty, odwiedzić rodzinę do której średnio chce Ci się jechać, żeby usiąść przy stole, odpowiadać na sztywne pytania w sztywnych koszulach, zapychając usta karpiem. Zapraszamy w gościnę do galerii MD_S 20 grudnia, gdzie o 18:00 będzie biła ciepłem i przytulnością, bo gościnność nie ocenia tak jak my nie oceniamy, każdy z nas jest gościem...
-
Role of Myeloid-derived suppressor cell (MDSC) in autoimmunity and its potential as a therapeutic target
Publication -
Potencjalne możliwości transportowe drogi wodnej MDW E70 w relacji Bydgoszcz - Kostrzyn
PublicationCelem artykułu jest analiza problematyki dotyczącej żeglugi śródlądowej w polskim systemie transportowym ze szczególnym uwzględnieniem MDW E70 w relacji Bydgoszcz – Kostrzyn. Przedstawienie oczekiwań społeczności lokalnej, środowisk turystki wodnej i armatorów żeglugi śródlądowej w odniesieniu do infrastruktury transportowej dla transportu śródlądowego. Zwrócenie uwagi na problem rozwoju żeglugi śródlądowej, przy jednoczesnym...
-
Inhibition of protein glycosylation reverses the MDR phenotype of cancer cell lines
Publication -
The influence of new MDP and tuftsin analogs on cytokines levels in experimentally induced sepsis
PublicationPrzedstawiono wpływ analogów MDP z tuftsyną na poziom cytokin: TNF(alfa), IL6, IL10, INF(gamma). Wszystkie badane związki działały aktywująco na makrofagi narządowe i niezwykle efektywnie na monocyty krwi obwodowej. Na podstawie otrzymanych wyników można stwierdzić, że badane związki są za słabe by mogły działać jako samodzielne terapeutyki. ich zastosowanie w klinice upatruje się raczej w formie adjuwantów.
-
Ekspertyza techniczna dotycząca dynamiki mostu MD7 w ciągu S-7 nad rzeką Wisłą
PublicationCelem opracowania jest analiza odpowiedzi dynamicznej mostu podwieszonego MD7 w ciągu S-7 nad rzeką Wisłą wraz z estakadami dojazdowymi pod kątem interpretacji wyników pozyskanych z badań pod próbnym obciążeniem dynamicznym, wyników symulacji numerycznych oraz danych pomiarowych z systemu monitoringu technicznego.
-
Identyfikacja krytycznych uszkodzeń ścianek rurociągów na podstawie analizy MDCR w oparciu skaning ultradźwiękowy.
PublicationW pracy przedstawiono system ultradźwiękowych tłoków pomiarowych wysokiej rozdzielczości dostarczający informacji o parametrach geometrycznych wykrytych ubytków metalu w ściankach badanego rurociągu. Informacje te pozwalają na oszacowanie MDCR uznanego za jeden z podstawowych wskaźników pozwalających na bezpieczną eksploatację rurociągów.
-
The mechanism of overcoming multidrug resistance (MDR) of fungi by amphotericin B and its derivatives
PublicationPrzeprowadzono badania porównawcze w celu określenia aktywności i cytotoksyczności amfoterycyny B (AmB) i jej pochodnych wobec standardowego szczepu S. cerevisiae i jego transformantów zawierających geny C. albicans kodujące białka oporności wielolekowej (MDR) typu ABC i MFS. Pochodne AmB: amid 3-dimetyloaminopropylowy amfoterycyny B oraz ester metylowy N-metylo-N-D-fruktopiranozylo-amfoterycyny B wykazały efekt fungistatyczny...