Filters
total: 1405
-
Catalog
- Publications 665 available results
- Journals 8 available results
- Conferences 2 available results
- Publishing Houses 4 available results
- People 28 available results
- Inventions 1 available results
- Projects 1 available results
- Laboratories 1 available results
- e-Learning Courses 36 available results
- Events 11 available results
- Open Research Data 648 available results
displaying 1000 best results Help
Search results for: MPI
-
Checkpointing of Parallel MPI Applications using MPI One-sided API with Support for Byte-addressable Non-volatile RAM
PublicationThe increasing size of computational clusters results in an increasing probability of failures, which in turn requires application checkpointing in order to survive those failures. Traditional checkpointing requires data to be copied from application memory into persistent storage medium, which increases application execution time as it is usually done in a separate step. In this paper we propose to use emerging byte-addressable...
-
BC-MPI: running an mpi application on multiple clusters with beesycluster connectivity
PublicationW artykule zaproponowano nowy pakiet BC-MPI, który umożliwiauruchomienie aplikacji MPI na wielu klastrach z różnymi implementacjami MPI. Wykorzystuje dedykowane implementacje MPIdo komunikacji wewnątrz klastrów oraz tryb MPI THREAD MULTIPLE dokomunikacji pomiędzy klastrami w dodatkowych wątkach aplikacji MPI. Ponadto, aplikacja BC-MPI może być automatycznie skompilowanai uruchomiona przez warstwę pośrednią BeesyCluster. BeesyClusterumożliwia...
-
Performance and Power-Aware Modeling of MPI Applications for Cluster Computing
PublicationThe paper presents modeling of performance and power consumption when running parallel applications on modern cluster-based systems. The model includes basic so-called blocks representing either computations or communication. The latter includes both point-to-point and collective communication. Real measurements were performed using MPI applications and routines run on three different clusters with both Infiniband and Gigabit Ethernet...
-
Towards Easy-to-Use Checkpointing of MPI Applications within CLUSTERIX.
PublicationW literaturze wymienia się wiele bibliotek/systemów zarówno poziomu jądra jak i użytkownika, które wspomagają zapisywanie i odtwarzanie stanu procesów. W odniesieniu do aplikacji równoległych, jest to jednak zadanie cały czas trudne. Praca prezentuje nasze podejście do zapisywania/odtwarzania stanu aplikacji MPI wspomagane przez programistę, które wykorzystane będzie w środowisku projektu CLUSTERIX tj. zintegrowanej grupie klastrów...
-
Object serialization and remote exception pattern for distributed C++/MPI application
PublicationMPI is commonly used standard in development of scientific applications. It focuses on interlanguage operability and is not very well object oriented. The paper proposes a general pattern enabling design of distributed and object oriented applications. It also presents its sample implementations and performance tests.
-
A Solution to Image Processing with Parallel MPI I/O and Distributed NVRAM Cache
PublicationThe paper presents a new approach to parallel image processing using byte addressable, non-volatile memory (NVRAM). We show that our custom built MPI I/O implementation of selected functions that use a distributed cache that incorporates NVRAMs located in cluster nodes can be used for efficient processing of large images. We demonstrate performance benefits of such a solution compared to a traditional implementation without NVRAM...
-
New user-guided and ckpt-based checkpointing libraries for parallel MPI applications
PublicationPraca prezentuje szczególy projektowe i implementacyjne jak również wyniki wydajnościowe dwóch nowych bibliotek checkpointingu opracowanych przez autorów dla równoległych aplikacji MPI. Pierwsz biblioteka, tzw. user-guided wymaga od programisty dostarczenia funkcji pakujących i rozpakowujących stan procesu, ale dostarcza łatwego w użyciu API z wykorzystaniem stałych MPI. Wykorzystuje funkcje I/O MPI-2 lub dedykowany proces master...
-
MAI Journal
Journals -
Three levels of fail-safe mode in MPI I/O NVRAM distributed cache
PublicationThe paper presents architecture and design of three versions for fail-safe data storage in a distributed cache using NVRAM in cluster nodes. In the first one, cache consistency is assured through additional buffering write requests. The second one is based on additional write log managers running on different nodes. The third one benefits from synchronization with a Parallel File System (PFS) for saving data into a new file which...
-
Portable parallel simulator using MPI for 2D and 3D domains: design and performance testing
PublicationW artykule prezentujemy szczegóły projektowo-implementacyjne naszego modularnego kodu symulacyjnego z wykorzystaniem MPI, w tym nakładaniem obliczeń i komunikacji. Podkreślamy modularność naszej implementacji pozwalającą na łatwą adaptację kodu dla innych zasotosowań. Prezentujemy związek pomiędzy przyspieszeniem obliczeń, rozmiarem i kształtami trójwymiarowych domen z różnymi stosunkami liczby węzłów aktualizowanych przez procesor...
-
Efektywna warstwa pośrednicząca dla obliczeń typu master-slave w środowisku C++/MPI
PublicationPokazano, jak dla wysokowydajnościowego algorytmu pisanego w modelu master-slave w języku C++ i spełniającego pewne ograniczenia można napisać i wykorzystać warstwę komunikacyjną zupełnie oddzielającą kod odpowiedzialny za komunikację od kodu odpowiedzialnego za dzie-dzinę problemową. Przedstawiona zostaje specyfkacja wymagań, jakie powinien spełniać hipotetyczny system rozproszony oraz warstwa komunikacyjna, a także wymagania...
-
Investigation into MPI All-Reduce Performance in a Distributed Cluster with Consideration of Imbalanced Process Arrival Patterns
PublicationThe paper presents an evaluation of all-reduce collective MPI algorithms for an environment based on a geographically-distributed compute cluster. The testbed was split into two sites: CI TASK in Gdansk University of Technology and ICM in University of Warsaw, located about 300 km from each other, both connected by a fast optical fiber Ethernet-based 100 Gbps network (900 km part of the PIONIER backbone). Each site hosted a set...
-
Performance Assessment of Using Docker for Selected MPI Applications in a Parallel Environment Based on Commodity Hardware
PublicationIn the paper, we perform detailed performance analysis of three parallel MPI applications run in a parallel environment based on commodity hardware, using Docker and bare-metal configurations. The testbed applications are representative of the most typical parallel processing paradigms: master–slave, geometric Single Program Multiple Data (SPMD) as well as divide-and-conquer and feature characteristic computational and communication...
-
A Parallel MPI I/O Solution Supported by Byte-addressable Non-volatile RAM Distributed Cache
PublicationWhile many scientific, large-scale applications are data-intensive, fast and efficient I/O operations have become of key importance for HPC environments. We propose an MPI I/O extension based on in-system distributed cache with data located in Non-volatile Random Access Memory (NVRAM) available in each cluster node. The presented architecture makes effective use of NVRAM properties such as persistence and byte-level access behind...
-
A Fail-Safe NVRAM Based Mechanism for Efficient Creation and Recovery of Data Copies in Parallel MPI Applications
PublicationThe paper presents a fail-safe NVRAM based mechanism for creation and recovery of data copies during parallel MPI application runtime. Specifically, we target a cluster environment in which each node has an NVRAM installed in it. Our previously developed extension to the MPI I/O API can take advantage of NVRAM regions in order to provide an NVRAM based cache like mechanism to significantly speed up I/O operations and allow to preload...
-
Status of the MPD Experiment at JINR
Publication -
Synteza aminokwasowych pochodnych MPA
PublicationKwas mykofenolowy (MPA) jest związkiem o działaniu immunosupresyjnym i ma zastosowaniu w zapobieganiu odrzucania przeszczepów narządów. Zaprezentowano nowe pochodne MPA, które posiadają przyłączony do grupy karboksylowej fragment aminokwasowy. Celem tych badań jest określenie wpływu konfiguracji na chiralnym atomie węgla oraz podstawnika w reszcie aminokwasowej na aktywność immunosupresyjną.
-
PCA based Fault Tolerant MPC
PublicationThis chapter presents a Fault Tolerant - Model Predictive Control (FT-MPC) schemes for sensor faults accommodation. A Fault Detection and Isolation (FDI) Unit, which is an integral part of FT-MPC system, is based on the Principal Component Analysis (PCA) method. Introduced approach enables efficient bias and drift faults accommodation in single, as well as simultaneous faults case. Simple simulation exercise is presented.Rozdział...
-
Barometr MEMS Freescale MPL115A1 SPI
PublicationW artykule przedstawiono sposób komunikacji z czujnikiem Freescale MPL115A1 (wersja SPI) wykonanym w technologii MEMS oraz konwersji otrzymywanych z niego danych.
-
Registration and normalization of MRI/PET images
PublicationW artykule przedstawiono technikę rejestracji i normalizacji obrazów MRI/PET. Zawiera on porównanie sztywnej i elastycznej transformacji gemotrycznej. Porownano w nim rowniez manualne i proponowane automatyczne podejscie do problemu rejestracji i normalizacji obrazow.
-
Zastosowanie bajtowo adresowanej pamięci NVRAM do zwiększenia wydajności wybranych aplikacji równoległych wykorzystujących MPI I/O
PublicationObecnie wiele badań podejmuje temat rosnącego problemu wydajności operacji na plikach w środowiskach klastrowych. Jednocześnie, według ostatnich doniesień związanych z rozwojem technologii pamięci komputerowych, w najbliższej przyszłości na rynku powinny pojawić się układy trwałej pamięci o dostępie swobodnym, adresowanej bajtowo. Niniejsza rozprawa pokazuje, że przy użyciu takiej pamięci można zwiększyć wydajność wybranych...
-
Event driven MPC for networked control systems
PublicationBecause of variable delays and stochastic data packets loss networked control systems require suitable algorithms to ensure stability of the control system and guarantee desired control performance. This paper presents the idea of an event driven approach with MPC controller. In opposition to network compensation, where standard regulators are used, the presented solution integrates network with plant. A MPC based controller is...
-
MCORD: MPD cosmic ray detector for NICA
Publication -
Validity of MRI brain perfusion imaging method
PublicationW artykule zaprezentowano zbiór analiz dotyczących walidacji metody DSC-MRI. Zbadano wpływ rozmycia, opóźnienia, niskiego SNR bolusa oraz innych możliwych źródeł zakłócających wartość parametru perfuzji. Różne metody uzyskiwania parametrów perfuzji zostały zaprezentowane i porównane.
-
Validity of MRI brain perfusion imaging method
PublicationW artykule zaprezentowano zbiór analiz dotyczących walidacji metody DSC-MRI. Zbadano wpływ rozmycia, opóźnienia, niskiego SNR bolusa oraz innych możliwych źródeł zakłócających wartość parametru perfuzji. Różne metody uzyskiwania parametrów perfuzji zostały zaprezentowane i porównane.
-
Introduction to MIP synthesis, characteristics and analytical application
PublicationOne of the trends in analytical chemistry is associated with designing and developing new types of sample preparation techniques, which might significantly increase the efficiency and selectivity of the analytes isolation or/and preconcentration process. One of the most widely employed solutions are selective sorption materials, defined as molecularly imprinted polymers (MIPs), as well as the sorbents with the molecular fingerprint....
-
Verification and Benchmarking in MPA Coprocessor Design Process
PublicationThis paper presents verification and benchmarking required for the development of a coprocessor digital circuit for integer multiple-precision arithmetic (MPA). Its code is developed, with the use of very high speed integrated circuit hardware description language (VHDL), as an intellectual property core. Therefore, it can be used by a final user within their own computing system based on field-programmable gate arrays (FPGAs)....
-
API warstwy pośredniczącej w środowisku J2EE. .
PublicationPrzedstawiono wybrane elementy środowiska J2EE związane z korzystaniem z bazy danych oraz systemu kolejkowego w warstwie pośredniczącej serwera aplikacyjnego. Opisano sposób korzystania z tych elementów oraz ich implementację w API serwera aplikacyjnego IBM WebSphere Application Server.
-
Modelowanie perfuzji mózgu w badaniach MRI.
PublicationPraca dotyczy dynamicznego badania mózgu z wykorzystaniem techniki MRI (badanie perfuzji). W rezultacie pomiarów, tj. czasowej sekwencji skanów MRI w odpowiedzi na podanie znacznika zmieniajšcego właciwoci magnetyczne tkanek, wyznaczony zostaje model procesu perfuzji. Dla badanego procesu perfuzji opracowano model nieparametryczny (odpowied aproksymowana niezupełnš funkcjš gamma o 3 parametrach) oraz dwukompartmentowy model...
-
Limitations of DSC-MRI for quantitative brain perfusion.
PublicationArtykuł przedstawia ograniczenia metody DSC-MRI w ilościowej ocenie przepływów mózgowych. W zakresie pięciu różnych grup zagadnień przeprowadzono testy symulacyjne oraz obliczenia na podstawie badań fantomowych i in-vivo. Pokazano i omówiono wyniki badań.
-
Softly switched robustly feasible mpc for constrained linear systems under set bounded uncertainty- LQ-MPC with IC action
PublicationNie jest możliwe efektywne sterowanie procesem w szerokim zakresie zmian warunków operacyjnych przy użyciu jednego uniwersalnego regulatora. W pracy zaproponowano koncepcję sposobu regulacji polegającego na przełączaniu wielu regulatorów uzależnionego od stanu operacyjnego systemu. Często twarde przełączanie regulatorów nie jest pożądane lub wręcz możliwe, alternatywą jest ich miękkie przełączanie. W pracy rozważany jest problem...
-
Chiang Mai Journal of Science
Journals -
SEMINARS IN ULTRASOUND CT AND MRI
Journals -
Image Segmentation of MRI image for Brain Tumor Detection
Publicationthis research work presents a new technique for brain tumor detection by the combination of Watershed algorithm with Fuzzy K-means and Fuzzy C-means (KIFCM) clustering. The MATLAB based proposed simulation model is used to improve the computational simplicity, noise sensitivities, and accuracy rate of segmentation, detection and extraction from MR...
-
MCORD - MPD Cosmic Ray Detector a new features
Publication -
Semi-adaptive feedback active control of MRI noise
PublicationA feedback controller is proposed for cancellation of magnetic resonance imaging (MRI) noise. The design of the controller takes into account specific features of the MRI noise signal. Simulation results show that a considerable rejection rate of the MRI noise can be obtained.
-
Automatic synthesis of parametric images in dynamic MRI imaging
PublicationArtykuł opisuje automatyczne metody czasu dojścia kontrastu (BAT) i tętniczą funkcję wejścia (AIF). Metody te porównano dla klinicznych i symulacyjnych danych.
-
Automatic recognition of the arterial input function in MRI studies
PublicationArtykuł prezentuje opis automatycznej metody detekcji tętniczej funkcji wejście (AIF). Metoda została porównana z klinicznie pomierzonymi seriami obrazów DSC-MRI.
-
Paweł Czarnul dr hab. inż.
PeoplePaweł Czarnul obtained a D.Sc. degree in computer science in 2015, a Ph.D. in computer science granted by a council at the Faculty of Electronics, Telecommunications and Informatics, Gdansk University of Technology in 2003. His research interests include:parallel and distributed processing including clusters, accelerators, coprocessors; distributed information systems; architectures of distributed systems; programming mobile devices....
-
Pi of the Sky
Publication -
P-653 The impact of clinical factors on the number of MII oocytes
Publication -
Test objects for MRI quality assurance based on polymer gels
Publication -
GBTX Emulation for BM@N/MPD Data Acquisition Systems
Publication -
Conceptual design report of the MPD Cosmic Ray Detector (MCORD)
Publication -
Implementacja algorytmu regulacji predykcyjnej MPC w sterownikach programowalnych
PublicationSterowniki programowalne PLC (ang. Programmable Logic Controllers) są główną przemysłową platformą implementacji algorytmów sterowania bezpośredniego. Standardowo producenci PLC udostępniają programistom jedynie podstawowe algorytmy sterowania. W niniejszym artykule rozważana jest implementacja w PLC zaawansowanej metody sterowania – algorytmu MAC/MPC (ang. Model Algorithmic Control/Model Predictive Control) ze względu na jego...
-
Obrazowanie parametryczne w badaniach mózgu metodami MRI/PET
PublicationCelem tej monografii jest przedstawienie technik obrazowania metodami tomografii rezonansu magnetycznego (MRI - Magnetic Resonance Imaging) i pozytonowej tomografii emisyjnej (PET - Positron Emission Tomography) w kontekście badań dynamicznych mózgu, szczególnie w zakresie syntezy obrazów parametrycznych opisujących jakościowo lub ilościowo przepływ mózgowy. Obrazowanie parametryczne określa technikę syntezy obrazów na podstawie...
-
A Comparability of Renal Length and Volume Measurements in MRI and Ultrasound in Children
PublicationIntroduction: Despite the significant increase in use of magnetic resonance imaging (MRI) in children, there is still a lack of normal reference values of renal size in this method and reference values are being interpolated from the ultrasound (US) studies. The study provides comparative analysis of agreement in renal length and volume measurements between MRI and ultrasound. Materials and Methods: Ninety-three children with a...
-
Breast MRI segmentation by deep learning: key gaps and challenges
PublicationBreast MRI segmentation plays a vital role in early diagnosis and treatment planning of breast anomalies. Convolutional neural networks with deep learning have indicated promise in automating this process, but significant gaps and challenges remain to address. This PubMed-based review provides a comprehensive literature overview of the latest deep learning models used for breast segmentation. The article categorizes the literature...
-
Wysokopoziomowy model projektowania wskaźników KPI systemów inteligentnych miast
PublicationCelem pracy jest prezentacja etapów budowy wysokopoziomowych modeli projektowania wskaźników KPI (WPMPW) systemów inteligentnych miast. Dotychczasowy rozwój, badanie procesów miast i przyporządkowanie im miar może być kontrolowane za pomocą wskaźników KPI. Autorzy pracy w trakcie procesów projektowania zwrócili uwagę na ograniczoną użyteczność tak projektowanych wskaźników dla przedstawicieli miast. Stąd też zaproponowali koncepcję...
-
Assessment of the accuracy of stereotactic radiosurgery using Fricke-infused gels and MRI
Publication