Search results for: PHOSPHODIESTER BOND CLEAVAGE
-
Modelling of distributed-lumped parameter systems by application of modal bond graphs.
PublicationZastosowano metodę transmitancji układów o parametrach rozłożonych oraz dekompozycję modalną do modelowania wybranych układów dynamicznych. Zaproponowane podejście pozwala otrzymać dokładne modele niskiego rzędu w postaci grafów wiązań.
-
Diphosphinoboranes as Intramolecular Frustrated Lewis Pairs: P–B–P Bond Systems for the Activation of Dihydrogen, Carbon Dioxide, and Phenyl Isocyanate
PublicationHerein, we present the first example of the activation of small molecules by P-B-P bond systems. The reactivity study involves reactions of two selected diphosphinoboranes, (tBu2P)2BPh (1’) and (Cy2P)2BNiPr2 (2), that differ in terms of their structural and electronic properties for the activation of dihydrogen, carbon dioxide, and phenyl isocyanate. Diphosphinoborane 1’ activates H2 under very mild conditions in the absence of...
-
Conformers and hydrogen bond transformations in N-methylpiperidine betaine 2,4-dinitrophenolate crystals
Publication -
The hydrogen bond network structure within the hydration shell around simple osmolytes: Urea, tetramethylurea, and trimethylamine-N-oxide, investigated using both a fixed charge and a polarizable water model
PublicationDespite numerous experimental and computer simulation studies, a controversy still exists regarding the effect of osmolytes on the structure of surrounding water. There is a question, to what extent some of the contradictory results may arise from differences in potential models used to simulate the system or parameters employed to describe physical properties of the mixture and interpretation of the results. Bearing this in mind,...
-
The hydrogen bond network structure within the hydration shell around simple osmolytes: Urea, tetramethylurea, and trimethylamine-N-oxide, investigated using both a fixed charge and a polarizable water model
PublicationDespite numerous experimental and computer simulation studies, a controversy still exists regarding the effect of osmolytes on the structure of surrounding water. There is a question, to what extent some of the contradictory results may arise from differences in potential models used to simulate the system or parameters employed to describe physical properties of the mixture and interpretation of the results. Bearing this in mind,...
-
Enhancing the Effectiveness of the Diamond Metal Bond Instrument when Grinding High-Strength Materials
Publication -
Bond-graphs based modelling of hybrid energy systems with permanent magnet brushless machines
PublicationW referacie przedstawiono metodę grafów wiązań (GW) w zastosowaniu do modelowania hybrydowych systemów energetycznych z bezszczotkowymi maszynami o magnesach trwałych (BMMT). W części pierwszej referatu omówiono ogólne formalizm GW. Następnie przedstawiono kolejno: ogólną strukturę modelu hybrydowego systemu energetycznego w ujęciu GW; założenia modelowania maszyn elektrycznych w ujęciu GW, model SBMT w ujęciu GW dla potrzeb modelowania...
-
Bond-graphs based modelling of hybrid energy systems with permanent magnet brushless machines
PublicationW referacie przedstawiono metodę grafów wiązań (GW) w zastosowaniu do modelowania hybrydowych systemów energetycznych z bezszczotkowymi maszynami elektrycznymi o magnesach trwałych. W części pierwszej referatu omówiono ogólne formalizm GW. Następnie przedstawiono kolejno: ogólną strukturę modelu hybrydowego systemu energetycznego w ujęciu GW; założenia modelowania maszyn elektrycznych w ujęciu GW, model silnika bezszczotkowego...
-
Bond-graphs based modelling of hybrid energy systems with permanent magnet brushless machines
PublicationW referacie przedstawiono metodę grafów wiązań (GW) w zastosowaniu do modelowania hybrydowych systemów energetycznych z bezszczotkowymi maszynami elektrycznymi o magnesach trwałych. W części pierwszej referatu omówiono ogólne formalizm GW. Następnie przedstawiono kolejno: ogólną strukturę modelu hybrydowego systemu energetycznego w ujęciu GW; założenia modelowania maszyn elektrycznych w ujęciu GW, model silnika bezszczotkowego...
-
Cubane Like Structure of a Silanethiol Primary Amine Assembly a Novel, Unusual Hydrogen Bond Pattern.
PublicationMetodą rentgenowskiej analizy strukturalnej wyznaczono struktury krystaliczne i cząsteczkowe trzech soli amoniowych: (t-BuO)3SiS(-)H3N(+)Bu-t, (i-PrO)3SiS(-)H3N(+)Bu-t i (t-BuO)3SiS(-)H3N(+)(CH2)2CH(CH3)2. Wszystkie trzy związki w ciele stałym tworzą tetramery w których atomy S i N wyznaczają w przybliżeniu naroża sześcianu. Trwałość tych agregatów, oprócz sił elektrostatycznego przyciągania, zapewnia sieć wiązań wodorowych N-H
-
Preparation of Pseudopeptides Building Blocks with Retro-Thioamide Bond Mediated via Thiocarbamoyl Meldrum's Acid
PublicationAn easy and efficient synthesis of pseudo tripeptide containing a thiomalonamide moiety was developed. Isothiocyanate derivatives of amino acids react smoothly with 2,2-dimethyl-1,3-dioxane-4,6-dione yielding new thiocarbamoyl Meldrum's acids. Thermal decomposition of this new Meldrum's acid derivatives generate thiocarbamoyl ketenes, which acylate amino acid esters to give pseudo tripeptides.
-
The organophosphorus sulfenyl bromides as versatile reagents for cysteine derivatives functionalization by unsymmetrical disulfide bond formation
PublicationWe have developed a convenient method for the synthesis of L-cysteine unsymmetrical disulfides under mild conditions with good to excellent yields. Described method is based on the straightforward preparation of the organophosphorus sulfenyl bromide readily available from bis-(5,5-dimethyl-2-thiono-1,3,2-dioxaphosphorinanyl) disulfide. The unsymmetrical disulfides can be obtained for L-cysteine derivatives and thiols bearing neutral...
-
The noncanonical disulfide bond as the important stabilizing element of the immunoglobulin fold of the Dr fimbrial DraE subunit
PublicationAdhezyny fimbrialne bakterii patogennych stanowią liniowe asocjaty białkowe odpowiedzialne za wiązanie do specyficznych receptorów na powierzchni komórek gospodarza. Biogeneza tych struktur odbywa się przez system sekrecji typu chaperone/usher zakonserwowany pośród bakterii Gram-ujemnych. Powyższe struktury adhezyjne charakteryzują się wysoką odpornością na denaturację i deasocjację, powodowane przez temperaturę lub chemiczne czynniki...
-
Hidden Structural Evolution and Bond Valence Control in Near-Infrared Phosphors for Light-Emitting Diodes
Publication -
Modelling of ic engine coolant system with permanent magnet brushless motor - bond graphs approach
PublicationW pierwszej części referatu przedstawiono strukturę i podstawy modelowania w ujęciu grafów wiązań nowoczesnego (nowej generacji) systemu chłodzenia silnika spalinowego. Istotną cechą rozważnego systemu chłodzenia jest zastosowanie zintegrowanego układu: pompa cieczy chłodzącej-bezszczotkowy silniki prądu stałego (BSPS, ang. BDCM). W kolejnych częściach referatu przedstawiono: podstawy modelowania całego systemu chłodzenia, model...
-
Dissociative Low-Energy Electron Attachment to the C–S Bond of H3CSCH3 Influenced by Coulomb Stabilization
Publication -
Overview of the Synthesis and Catalytic Reactivity of Transition Metal Complexes Based on C═P Bond Systems
PublicationThis report provides an overview of the use of phosphaalkenes (C=P) in syntheses of various complexes. Going through successive complexes containing the d-block metals, we sought how this area of chemistry was formed over the years. Additionally, this work contains information on the possible coordination types and means of constructing the complexes. In addition, this review reveals the reactivities of phosphaalkene complexes...
-
The CON−H…+NH2 Blue-Shifting H-Bond Stabilizing Effect on Z Secondary Amides and Cyclic System Conformational Rearrangement through an Alkylamine-Chain Migration Pathway
PublicationThe paper is focusing on the amide linkage exceptional properties and usage of chemistry (conformational rearrangement, geometrical stereoisomers, spectroscopic blue shift phenomenon, protonation and deprotonation reactions, synthetic scope, and mechanistic implications). Hydrogen-bond-stabilized acylation reactions of a diamine with thioamides or nitriles reveal how substituents influence both the outcome of stereoselectivity...
-
Enzymatic cleavage of specific dipeptide conjugated with ferrocene as a flexible ultra-sensitive and fast voltammetric assay of matrix metalloproteinase-9 considered a prognostic cancer biomarker in plasma samples
Publication -
Perceived neighborhood disorder and quality of life: The role of the human-place bond, social interactions, and out-group blaming.
PublicationFour studies were carried out to examine how neighborhood disorder, human-place bonds, relationships among neighbors, and urban quality of life are related and what role blaming nonresidents plays in these relationships. In the first study, local identity was a significant mediator of the relationship between neighborhood disorder and quality of life. In the second study, we found that participants exposed to vignettes describing...
-
Cis/trans conformational equilibrium across the N-methylphenylalanine2- N-methylphenylalanine3 peptide bond of arginine vasopressin analogs
Publication -
Anab initiostudy of (H3B←NH3)−—a dipole-bound anion supported by the dative charge-transfer bond in the neutral host
Publication -
Synthesis of compounds with C-P-P and C=P-P bond systems based on the phospha-Wittig reaction
PublicationA reactivity study of a β-diketiminate titanium(III) phosphanylphosphido complex [MeNacNacTi(Cl){η2-P(SiMe3)-PtBu2}] (1) towards ketones such as benzophenone, 9-fluorenone, acetophenone, cyclopentanone, cyclohexanone and cycloheptanone is reported. The reactions of 1 with aromatic ketones (without α-protons) directly lead to the Ti(III) complex [MeNacNacTi(μ2-Cl)(OSiMe3)] (5) as well as Ti(IV) complexes with the pinacol condensation...
-
Peptide bond modification. I. Simple and efficient method of Boc-Gly[CH(OH)CH2]Gly-OH synthesis.
PublicationZaprezentowano prostą i efektywną metodę syntezy obu enancjomerów t-butoksykarbonylo chronionego pseudo dipeptydu (R) oraz (S)-Boc-Gly[CH(OH)CH2]Gly-OH.
-
Model silnika spalinowego w formie grafów wiązań (GW).A model of the IC engine in the form of the bond graph (BG).
PublicationPrzedstawiono uzasadnienie użycia metody grafów wiązań do do modelowania silnika spalinowego jako źródła energii w systemach energetycznych składających się z elementów o różnej naturze fizycznej, na przykład w pojazdach hybrydowych. Przedstawiono propozycję formalizacji charakterystyki silników spalinowych wynikającą z przyjętej metody modelowania. Analityczną formę charakterystyki przedstawiono jako wielowymiarową funkcję wektorową....
-
Thioamides and selenoamides with chirality solely due to hindered rotation about the C-N bond: enantioselective complexation with optically active hosts
PublicationBariera rotacji wokół wiązania C-N w tioamidach jest średnio o 3-5 kcal/mol wyższa niż w odpowiednich amidach, a w analogicznych selenoamidach wzrasta jeszcze o 1 kcal/mol. Dzięki temu związki te występują w dwu enancjomerycznych formach, których wzajemna przemiana zachodzi w wyniku rotacji wokół wiązań C-N. Bariera rotacji jest wystarczająco wysoka, aby można było podjąć próbę ich rozdziału na enancjomery w temperaturze pokojowej....
-
Spectroscopic and photophysical properties of ZNTPP in a room temperature ionic liquid
PublicationThe steady-state absorption and emission spectra and the time-resolved Soret- and Q-band excited fluorescence profiles of the model metalloporphyrin, ZnTPP, have been measured in a highly purified sample of the common room temperature ionic liquid, [bmim][PF(6)]. S(2)-S(0) emission resulting from Soret-band excitation behaves in a manner completely consistent with that of molecular solvents of the same polarizability. The ionic...
-
Assessment of the accuracy of stereotactic radiosurgery using Fricke-infused gels and MRI
Publication -
Unusual and Conventional Dative Bond Formation by s2 Lone Pair Donation from Alkaline Earth Metal Atoms to BH3, AlH3, and GaH3
Publication -
Molecular Structures of the Phospha-Wittig Reaction Intermediate: Initial Step in the Synthesis of Compounds with a C═P–P Bond as Products in the Phospha-Wittig Reaction
PublicationThe phospha-Wittig reactivity ofβ-diketiminate titanium(III) complexes with phosphanylphosphido ligands was investigated. The reactions of [MeNacNacTi(Cl){η2-P(SiMe3)-PtBu2}] and [MeNacNacTi(Cl){η2-P(SiMe3)-P(Ph)tBu}] with acetone conducted in toluene solution under mild conditions led to the phospha-Wittig intermediates [{(ArN=C(Me)CHC(Me)=NAr)(C(Me)2O}Ti(Cl){PtBu2-P(SiMe3)C(Me)2O}] (1) and [{(ArN=C(Me)CHC(Me)=NAr) (C-(Me)2O}Ti(Cl){P(Ph)tBu-P(SiMe3)C(Me)2O}]...
-
Bond graph modeling of the new generation engine cooling systems = Zastosowanie metody grafów wiązań do modelowania nowej generacji układów chłodzenia silników spalinowych
PublicationW referacie szczegółowo opisano modele wymiany ciepła i przepływów w układzie chłodzenia. Metoda grafów wiązań okazała się szczególnie użyteczną dla modelowania skomplikowanych systemów energetycznych o różnych postaciach energii. Jako przykładu użyto obiegu chłodzenia silnika badawczego na hamowni silnikowej.
-
Impact of selected amino acids of HP0377 (Helicobacter pylori thiol oxidoreductase) on its functioning as a CcmG (cytochrome c maturation) protein and Dsb (disulfide bond) isomerase
Publication -
Photoelectrochemical activity of visible light-responsive BiVO4@La1-xSrxFeO3-δ (x = 0, 0.2, 0.4) heterojunction architectures – Optimizing activity by tuning Fe O bond in perovskites
Publication -
Nuclear Magnetic Resonance data for the synthesis of esterase cleavable antifungal conjugates containing fatty acids as molecular carriers
Open Research DataNMR data for novel organic compounds - conjugates composed of C2-18 fatty acid (FA) residues as a molecular carrier and 5-fluorocytosine (5-FC) as an active agent, released upon the action of intracellular esterases on the ester bond between FA and “trimethyl lock” intramolecular linker.
-
Analiza doświadczalna wpływu długości zakotwienia pręta na zachowanie przyczepności w teście pull-out
PublicationArtykuł prezentuje badania przyczepności przeprowadzone przy użyciu testu pull-out. Eksperymenty miały na celu ocenę wpływu długości zakotwienia na przyczepność w tym teście. Z przeprowadzonej analizy wynika, że długość styku pręt-beton znacząco wpływa na zachowanie przyczepności. Określa ona typ zniszczenia połączenia, wpływa na rozkład i wartość naprężeń w pręcie oraz rzutuje na przebieg krzywej przyczepność-poślizg, która jest...
-
Plasmids pMET2M1 and pMET15M1 with the SAT1 Flipper knockout cassette construction
Open Research DataThe goal of the study was to obtain plasmids containing the SAT1 Flipper knockout cassette along with upstream and downstream gene fragments (MET2, MET15) and to introduce a cleavage site for restriction enzymes into them.
-
Analiza numeryczna wpływu długości zakotwienia pręta na zachowanie przyczepności w teście pull-out
PublicationW artykule przedstawiono symulacje numeryczne testu pull-out w programie ABAQUS. Symulacje miały na celu ocenienie wpływu długości zakotwienia pręta żebrowanego na przyczepność w tym teście, opierając się na wynikach przeprowadzonych eksperymentów. Interakcję pręta z betonem odwzorowano za pomocą kohezyjnej powierzchni kontaktu, wykorzystując skalibrowane krzywe przyczepność-poślizg, otrzymane z doświadczeń wykonanych w ramach...
-
Inserts amplification for knockout cassette construction
Open Research DataThe goal of the study was to obtain optimal conditions for amplification of upstream and downstream genes fragments and introduce a cleavage site for restriction enzymes into them thanks to which it will be possible to clone fragments into a plasmid containing elements of the knockout cassette. The constructed cassettes will enable the removal of the...
-
Jaroslaw Spychala dr
PeopleOprócz bardzo dobrego wykształcenia osoba posiada również wieloletnie doświadczenie zawodowe, które jest poświadczeniem tego, że potrafi wykorzystać swoją wiedzę teoretyczną w praktycznych działaniach. Doświadczenie zawodowe jest bardzo bogate i rozbudowane. Ze względu na nabyte całkiem nowe umiejętności zwiększa się atrakcyjność doświadczonego pracownika. Są to między innymi kreatywne myślenie, zorientowanie na cel, odporność...
-
The chemical and mechanical pressure influence on chromium luminescence
Open Research DataIn this study, we aim to compare the changes in the luminescence properties of Ga2O3:Cr3+ modified by Al or Sc ion substitution (chemical pressure) and hydrostatic pressure. We find the same behavior for Ga2–xAlxO3:Cr3+ and different behavior for Ga2–xScxO3:Cr3+ in terms of the optical properties under chemical and mechanical pressure. We consider Al...
-
A non-linear direct peridynamics plate theory
PublicationIn this paper a direct non-local peridynamics theory for thin plates is developed. Peridynamic points are assumed to behave like rigid bodies with independent translation and finite rotation degrees of freedom. The non-local mechanical interaction between points is characterized by force and moment vectors. The balance equations including the linear momentum, the angular momentum and the energy are presented. Peridynamic deformation...
-
Computational algorithm for the analysis of mechatronic systems with distributed parameter elements
PublicationThe paper presents a systematic computational package for analysis of complex systems composed of multiple lumped and distributed parameter subsystems. The algorithm is based on the transfer function method (DTFM). With this algorithm, a bond graph technique for the modelling is developed to simplify computations. Analysis of different systems requires only changing the inputs data in the form of the bond graph diagram
-
<i>N,N</i>'-diphenylthiourea acetone monosolvate
PublicationIn the title compound, C13H12N2S·C3H6O, the phenyl rings of the thiourea molecule are in syn and anti positions in relation to the C=S bond. Two molecules are connected by N-HS=C hydrogen bonds into a centrosymmetric dimer. An additional N-HO=C hydrogen bond to the acetone solvent molecule and some weak C-H interactions reinforce the crystal structure.
-
Modelling of Mechatronic Systems with Distributed Parameter Components
PublicationThe paper presents an uniform, port-based approach to modelling of both lumped and distributed parameter systems. Port-based model of distributed system has been defined by application of the bond graph methodology and the distributed transfer function method (DTFM). The proposed method of modelling enables to formulate input data for computer analysis by application of the DTFM. The computational package for the analysis of complex...
-
The extended version of restriction analysis approach for the examination of the ability of low-molecular-weight compounds to modify DNA in a cell-free system
PublicationOne of the primary requirements in toxicology is the assessment of ability of chemicals to induce DNA covalent modification. There are several well-established methods used for this purpose such as 32P-Postlabeling or HPLC-MS. However, all of these approaches have difficult to overcome limitations, which prevents their use in genotoxin screening. Here, we describe the simple protocol exploiting specificity of restriction enzymes...
-
Determination of phenol biodegradation pathways in three psychrotolerant yeasts, Candida subhashii A011, Candida oregonensis B021 and Schizoblastosporion starkeyi-henricii L012, isolated from Rucianka peatland
PublicationIn this study, three psychrotolerant phenol-degrading yeast strains Candida subhashii (strain A011), Candida oregonenis (strain B021) and Schizoblastosporion starkeyi-henricii (strain L012) isolated from Rucianka peatland were examined to determine which alternative metabolic pathway for phenol biodegradation is used by these microorganisms. All yeast strains were cultivated in minimal salt medium supplemented with phenol at 500,...
-
Chromium Cluster Luminescence: Advancing Near‐Infrared Light‐Emitting Diode Design for Next‐Generation Broadband Compact Light Sources
Open Research DataIn modern technology devices, an energy-saving miniature near-infrared (NIR) light source plays a critical role in non-destructive, non-invasive sensing applications and further advancement of technology. This dataset reports the broadband NIR luminescence of Cr3+ clusters for designing phosphor-converted NIR light-emitting diodes as an alternative...
-
TspGWI, a thermophilic class-IIS restriction endonuclease from Thermus sp.,recognizes novel asymmetric sequence 5´-ACGGA(N11/9)-3
PublicationA novel prototype class-IIS restriction endonuclease, TspGWI, was isolated from the thermophilic bacterium Thermus sp. GW. The recognition sequence and cleavage positions have been established: TspGWI recognizes the non-palindromic 5-bp sequence 5′-ACGGA-3′ and cleaves the DNA 11 and 9 nt downstream in the top and bottom strand, respectively. In addition, an accompanying endonuclease, TspGWII, an isoschizomer of Pst I, was found...
-
Guided wave propagation for assessment of adhesive bonding between steel and concrete
PublicationAdhesive bonding is becoming more increasingly important in joining of structural elements. In civil engineering, there is a growing interest in connection by adhesive bonding in steel-concrete flexural members. This study concerns the guided wave propagation technique applied to condition assessment of an adhesive connection between a steel member and a concrete beam. Various states of degradation were considered by producing...
-
Structural insights, biocatalytic characteristics, and application prospects of lignin-modifying enzymes for sustainable biotechnology
PublicationLignin modifying enzymes (LMEs) have gained widespread recognition in depolymerization of lignin polymers by oxidative cleavage. LMEs are a robust class of biocatalysts that include lignin peroxidase (LiP), manganese peroxidase (MnP), versatile peroxidase (VP), laccase (LAC), and dye-decolorizing peroxidase (DyP). Members of the LMEs family act on phenolic, non-phenolic substrates and have been widely researched for valorization...