Search
Filters
total: 2039
-
Catalog
- Publications 1727 available results
- Journals 13 available results
- Conferences 1 available results
- People 74 available results
- Inventions 14 available results
- Projects 38 available results
- Laboratories 3 available results
- Research Teams 7 available results
- e-Learning Courses 76 available results
- Events 4 available results
- Open Research Data 82 available results
displaying 1000 best results Help
Search results for: WIĄZANIE ZWIĄZKÓW Z DNA
-
Modyfikacje polimeraz DNA jako rozwiązania problemów w reakcjach PCR
PublicationReakcja PCR już od wielu lat jest podstawowym narzędziem stosowanym w biotechnologii molekularnej. Nadal napotykamy jednak liczne problemy podczas jej przeprowadzania związane z trudnymi matrycami, obecnością inhibitorów itp. Optymalizacja reakcji PCR jest więc niezbędna w celu poprawy wyników. Jednym z rozwiązań tych problemów może być modyfikowanie polimeraz DNA. W powyższym artykule opisano problemy i rozwiązania zależne polimerazy...
-
The influence of the substrate temperature on the preparation of DNA films for studies under vacuum conditions
PublicationExperiments were carried out to determine the dependence of the physical form of supercoiled DNA films on the initial temperature of the substrate. Such films are often used in irradiation experiments involving low energy particles, like electrons or photons. In order to obtain absolute values for cross sections for such experiments, the spatial distribution of the sample in the film has to be well estimated. These investigations...
-
Quantitative fluorescent determination of DNA – Ochratoxin a interactions supported by nitrogen-vacancy rich nanodiamonds
PublicationOchratoxin A (OTA) is a hazardous contaminant of a large variety of plant and animal originated food. Herein, we report an interaction of OTA with calf thymus DNA (ct DNA) on the nanodiamond surface. We employed multispectroscopic techniques to elucidate the binding mechanism of OTA with ct DNA. The fluorescence and UV–Vis spectroscopy results show that OTA binds to ds ct DNA and forms complexes. We obtained the binding constants...
-
Narzędzia analityczne do oznaczania poziomów emisji związków organicznych emitowanych z elementów wyposażenia pomieszczeń zamkniętych
PublicationWedług danych literaturowych statystyczny dorosły człowiek spędza w pomieszczeniach zamkniętych (budynkach mieszkalnych, budynkach biurowych, budynkach użyteczności publicznej itd.) do 90% czasu swojego życia. Jakość powietrza w pomieszczeniach zamkniętych, charakteryzujących się małą cyrkulacją powietrza, może być znacznie gorsza od jakości powietrza zewnętrznego (atmosferycznego). Występowanie w powietrzu wewnętrznym...
-
DNA restriction analysis as a supportive tool in mechanistic studies carried out by 32P-postlabelling
PublicationNumerous antitumor and carcinogenic compounds are able to modify DNA by forming covalent bonds with its constituents, while some anticarcinogenic compounds are known to prevent such a modification. All these processes are of vital biological import_ance, though deeper inside into factors influencing formation of DNA adducts is difficult due to the low level of their occurrence. 32P-Postlabelling approach ensures very sensitive...
-
Radio- and photosensitization of DNA with compounds containing platinum and bromine atoms
Publication. Irradiations of plasmid DNA by both X-rays and UV light in the presence and absence of compounds containing platinum and bromine atoms were performed in order to asses the sensitization potential of these compounds. Plasmid DNA pBR322 was incubated with platinum (II) bromide, hydrogen hexabromoplatinate (IV), hydrogen hexahydroxyplatinate (IV) and sodium hexahydroxyplatinate (IV). Incubation was followed by X-ray or UV irradiations....
-
Wpływ emisji Lotnych Związków Organicznych (LZO), na jakość powietrza w pomieszczeniach wnętrz
PublicationNa jakość powietrza w pomieszczeniach wnętrz (ang. Indoor Air Quality, IAQ) mają wpływ zarówno czynniki fizyczne (np. hałas, temperatura, wilgotność powietrza) jak i czynniki chemiczne (m.in. Lotne Związki Organiczne, LZO) oraz biologiczne (np. mikroorganizmy). W przypadku czynników chemicznych, istotną grupę związków stanowią głównie LZO (np. węglowodory aromatyczne, alifatyczne). Ponad połowa emisji tych związków pochodzi z materiałów...
-
Ocena skuteczności usuwania wybranych związków odorowych z powietrza z wykorzystaniem biofiltra ze złożem zraszanym
PublicationW pracy omówiono najczęściej stosowane metody dezodoryzacji powietrza, zwracając uwagę na zróżnicowane właściwości chemiczne różnych grup związków zapachowych. Omówiono techniki biofiltracyjne, wskazując aktualne trendy rozwojowe. Przedstawiono wyniki badań dotyczących jednoczesnego usuwania (a)-pinenu i cykloheksanu, uzyskując wartości stopnia usunięcia wymienionych związków powyżej 80%.
-
Przemysłowe Syntezy Związków Organicznych wykład i projekt
e-Learning CoursesTematy Kursu 1. Powtórzenie – Alkany, halogenki alkilu, związki metaloorganiczne. 2. Powtórzenie – Alkeny, alkiny, dieny, węglowodory aromatyczne. 3. Fenole, alkohole, związki karbonylowe, reakcje kondensacji. 4. Powtórzenie – Kwasy karboksylowe i ich pochodne, maloniany, aminy, 5. Środki powierzchniowoczynne 6. Niesteroidowe leki przeciwzapalne. 7. Ochrona Drewna - Biocydy 8. Czynniki chłodnicze, fluoroalkany, paliwa. 9. Substraty...
-
Toward Intelligent Vehicle Intrusion Detection Using the Neural Knowledge DNA
PublicationIn this paper, we propose a novel intrusion detection approach using past driving experience and the neural knowledge DNA for in-vehicle information system security. The neural knowledge DNA is a novel knowledge representation method designed to support discovering, storing, reusing, improving, and sharing knowledge among machines and computing systems. We examine our approach for classifying malicious vehicle control commands...
-
Smart innovation process enhancement using SOEKS and decisional DNA
PublicationProduct innovation always requires a foundation based on both knowledge and experience. The production and innovation process of products is very similar to the evolution process of humans. The genetic information of humans is stored in genes, chromosomes and DNA. Similarly, the information about the products can be stored in a system having virtual genes, chromosomes and decisional DNA (DDNA). The present paper proposes...
-
A proposal for knowledge sharing in the e-Decisional community using Decisional DNA
PublicationZaproponowano model platformy wspomagającej wymianę wiedzy w społeczeństwie decyzyjnym opartym na decyzyjnym DNA.
-
Zbadanie właściwości strukturalnych i elektrycznych niestechiometrycznych, domieszkowanych związków typu Srx(Ti,Fe)O3-δ
PublicationNiniejsza rozprawa doktorska zatytułowana: „Zbadanie właściwości strukturalnych i elektrycznych niestechiometrycznych, domieszkowanych związków typu Srx(Ti,Fe)O3-δ” przedstawia wyniki badań właściwości fizykochemicznych domieszkowanego tytanianu strontu wykazującego mieszane przewodnictwo jonowo-elektronowe, w celu poszerzenia o nim wiedzy i określenia jego przydatności w urządzeniach elektrochemicznych. Przebadano szereg związków...
-
Characterization of single-stranded DNA-binding proteins from the psychrophilic bacteria
PublicationSingle-stranded DNA-binding proteins (SSBs) are indispensable elements in the cells of all living organisms. SSB proteins interact with ssDNA insequence in an independent manner, preventing them from forming secondary structures and from degradation by nucleases. In this way, SSB-binding proteins participate in all processes involving ssDNA, such as replication, repair and recombination. Although there are differences in amino...
-
Characterization of single-stranded DNA-binding proteins from the psychrophilic bacteria
PublicationSingle-stranded DNA-binding proteins (SSBs) are indispensable elements in the cells of all living organisms. SSB proteins interact with ssDNAinsequence in an independent manner, preventing them from forming secondary structures and from degradation by nucleases. In this way, SSB-binding proteins participate in all processes involving ssDNA, such as replication, repair and recombination.Although there are differences in amino acid...
-
The interaction of antitumor 1-nitroacridines with DNA in cell-free systems
PublicationUzyskano nowe pochodne 1-nitro i 3-nitroakrydyny wykazujące zdolność do specyficznego cięcia DNA w miejscach bezzasadowych. Z użyciem oligonukleotydu z indukowanym miejscem bezzasadowym potwierdzono taką aktywność u obu otrzymanych pochodnych.
-
Stacjonarne komory emisyjne do oznaczania wielkości strumienia emisji związków organicznych emitowanych z materiałów wewnętrznych
PublicationZe względu na znaczną ilość potencjalnych źródeł emisji niebezpiecznych związków organicznych, od kilkunastu lat w wielu ośrodkach naukowo-badawczych prowadzone są badania emisji związków chemicznych z grupy lotnych i średniolotnych związków organicznych, które moga być emitowane z różnego rodzaju materiałów budowlanych lub elementów wyposażenia pomieszczeń zamkniętych. W tego typu rutynowych badaniach zastosowanie znalazły róznego...
-
Usuwanie lotnych związków organicznych z fazy gazowej z zastosowaniem cieczy jonowych
PublicationUżycie cieczy jonowej do usuwania LZO jest limitowane przez rozpuszczalność usuwanych związków. Dane literaturowe sugerują, że ciecze jonowe jako faza membranowa mogą być z powodzeniem stosowane do selektywnej separacji węglowodorów aromatycznych z mieszanin węglowodorów aromatycznych i alifatycznych. Przedmiotem pracy było kompleksowe opisanie procesu separacji LZO z fazy gazowej z uwzględnieniem czynników wpływających na efektywność...
-
Możliwości i ograniczenia metod oznaczania lotnych i średniolotnych związków organicznych w wodach
PublicationW pracy przedstawiono i omówiono krytycznie metodyki analityczne wykorzystywane do oznaczania szerokiego spektrum analitów (z grupy lotnych i średniolotnych związków organicznych) w próbkach wody. Szczególną uwagę zwrócono na operacje związane z takimi etapami odpowiednich procedur analitycznych jak: pobieranie próbek, izolacja i/lub wzbogacanie analitów przed etapem oznaczeń końcowych.
-
Preparation of DNA films for studies under vacuum conditions. The influence of cations in buffer solutions
PublicationBadania zostały przeprowadzone w celu określenia optymalnych warunków wymaganych do przygotowania jednolitych filmów superskręconego plazmidowego DNA do wykorzystania w doświadczeniach napromieniowania w warunkach wysokiej próżni. Badania pokazują, że znaczne szkody w DNA powstają w wyniku odpompowywania filmów DNA z roztworów zawierających jedynie czysta wodę.
-
Chemoselektywność w reakcjach wybranych związków fosforu z pochodnymi hydroksyloaminy
PublicationZaprezentowane reakcje wielofunkcyjnych pochodnych hydroksyloaminy składają w większości przypadków z ciągów równoległych i następczych procesów, które prowadzą do powstawania mieszanin produktów. Uzyskane i przeanalizowane rezultaty badań pogłębiają wiedzę na temat ważnej biologicznie i mającej znaczenie praktyczne reakcji przeniesienia fosforylu z udziałem pochodnych hydroksyloaminy. I tak, zbadano wpływ budowy reagentów i mechanizmy...
-
Materiały stosowane w budownictwie - źródło emisji lotnych związków organicznych do powietrza wewnętrznego
PublicationSkład powietrza wewnętrznego jest funkcją różnych czynników. Na wiele z nich użytkownik nie ma bezpośredniego wpływu. Człowiek może jednak wpływać na skład atmosfery wnętrz poprzez dobór elementów wyposażenia o sprawdzonej jakości zdrowotnej. W pracy przedstawiono informacje związane z zagadnieniem emisji do powietrza wewnętrznego lotnych związków organicznych z materiałów wykończeniowych i wyposażeniowych stosowanych we współczesnym...
-
Single-stranded DNA-binding proteins (SSBs) - sources and applicationsin molecular biology
PublicationBiałka wiążące się do jednoniciowego DNA (SSB) odgrywają ważną rolę w replikacji, rekombinacji i naprawie DNA u bakterii, archea i eukariota. Ostatnio wzrosło zainteresowanie białkami SSB jako przydatnymi narzędziami w metodach badawczych biologii molekularnej, analitycznych i diagnostycznych. Większość znanych prokariotycznych białek SSB zbudowanych jest z czterech podjednostek (homotetramer) z jedną domeną wiążąca (OB) jednoniciowe...
-
Teloxantron inhibits the processivity of telomerase with preferential DNA damage on telomeres
PublicationTelomerase reactivation is one of the hallmarks of cancer, which plays an important role in cellular immortalization and the development and progression of the tumor. Chemical telomerase inhibitors have been shown to trigger replicative senescence and apoptotic cell death both in vitro and in vivo. Due to its upregulation in various cancers, telomerase is considered a potential target in cancer therapy. In this study, we identified...
-
Introducing the concept of Decisional DNA-Based web content mining
PublicationPrzedstawiono koncepcje zastosowania struktury reprezentacji wiedzy opartej na decyzyjnym DNA w procesie wyszukiwania informacji w internecie. Dokonano analizy eksperymentow tak wspomaganego wyszukiwania oraz sformulowano wnioski na temat przyszlych badan prowadzacych do dalszej integracji procesu wyszukiwania z doswiadczeniami zdobytymi w trakcie tego wyszukiwania.
-
Genome-Wide DNA Methylation and Gene Expression in Patients with Indolent Systemic Mastocytosis
PublicationMastocytosis is a clinically heterogenous, usually acquired disease of the mast cells with a survival time that depends on the time of onset. It ranges from skin-limited to systemic disease, including indolent and more aggressive variants. The presence of the oncogenic KIT p. D816V gene somatic mutation is a crucial element in the pathogenesis. However, further epigenetic regulation may also affect the expression of genes that...
-
Sequence-dependent structural properties of B-DNA: what have we learned in 40 years?
PublicationThe structure of B-DNA, the physiological form of the DNA molecule, has been a central topic in biology, chemistry and physics. Far from uniform and rigid, the double helix was revealed as a flexible and structurally polymorphic molecule. Conformational changes that lead to local and global changes in the helix geometry are mediated by a complex choreography of base and backbone rearrangements affecting the ability of the B-DNA...
-
Covalent DNA modification by products of myrosinase catalysed glucosinolate degradation in cell-free system
PublicationThe bioactive phytochemicals found in Brassica vegetables belonging to glucosinolates (GLS) and especially the products of their degradation isothiocyanates (ITC) and indoles are regarded as the most promising cancer chemopreventive compounds. These secondary metabolites constitute defence system repelling or preventing the development of agrophages attacking brassica plants. The antibiological properties of these compounds suggest...
-
Defining a novel domain that provides an essential contribution to site-specific interaction of Rep protein with DNA
PublicationAn essential feature of replication initiation proteins is their ability to bind to DNA. In this work, we describe a new domain that contributes to a replication initiator sequence-specific interaction with DNA. Applying biochemical assays and structure prediction methods coupled with DNA–protein crosslinking, mass spectrometry, and construction and analysis of mutant proteins, we identified that the replication initiator of the...
-
Set of Experience and Decisional DNA: Toward Brains for Cyber-physical Systems and Industry of the Future
PublicationThe concept of Decisional DNA is decade old. This article introduces the initial idea of Set of Experience Knowledge Structure, its advancement into Decisional DNA, and its potential for real life applications in divers domains. The most current and future research steps into Industry 4.0 are also presented and discussed
-
Real-time isothermal DNA amplification monitoring in picoliter volumes using an optical fiber sensor
PublicationRolling circle amplification (RCA) of DNA can be considered as a great alternative to the gold standard polymerase chain reaction (PCR), especially during this pandemic period, where rapid, sensitive, and reliable test results for hundreds of thousands of samples are required daily. This work presents the first research to date on direct, real-time and label-free isothermal DNA amplification monitoring using a microcavity in-line...
-
Unraveling the Interplay between DNA and Proteins: A Computational Exploration of Sequence and Structure-Specific Recognition Mechanisms
PublicationMy PhD dissertation focused on DNA-protein interactions and the recognition of specific DNA sequences and structures. I discovered that acidic amino acid residues (Asp/Glu) play a crucial role by exhibiting a preference for cytosine. Their contribution to binding affinity depends on nearby cytosines, balancing electrostatic repulsion with specific interactions. Acidic residues act as negative selectors, discouraging non-cytosine...
-
Decisional DNA based intelligent knowledge model for flexible manufacturing system
PublicationModeling an effective mechanism for design and control strategies for the implementation of a flexible manufacturing system (FMS) has been a challenge. Consequently, to overcome this issue various techniques have applied in the past but most of these models are effective only for some specific situation or an element of FMS. In this study, the knowledge representation technique of Decisional DNA (DDNA) is applied to FMS to develop...
-
Prediction based on integration of Decisional DNA and a feature selection algorithm Relief-F
PublicationThe paper presents prediction model based on Decisional DNA and Set of experienced integrated with Relief_F algorithm for feature selection
-
Badanie efektywności usuwania związków fosforu ze ścieków z zastosowaniem wybranych materiałów sorpcyjnych
PublicationW niniejszej rozprawie podjęto temat efektywnego usuwania związków fosforu ze ścieków w procesie sorpcji przy zastosowaniu wybranych materiałów reaktywnych. Celem pracy było znalezienie materiału sorpcyjnego, który skutecznie usunie związki fosforu, a także nie będzie wpływał negatywnie na pozostałe parametry ścieków. Jako materiał reaktywny do badań wybrano: materiał produkowany komercyjne, materiał pochodzenia naturalnego oraz...
-
Badania korelacji retencji z właściwościami fizykochemicznymi wybranych grup organicznych związków siarki w podziałowej chromatografii gazowej
PublicationZastosowanie podziałowej chromatografii gazowej z niepolarną ciekłą fazą stacjonarną pozwala na elucję analitów zgodnie z ich temperaturą wrzenia. Na tej podstawie powstała metoda symulowanej destylacji, w której wykorzystuje się chromatografie gazową i wzorce temperatury wrzenia w postaci n-parafin do wyznaczania krzywych destylacji produktów naftowych. Zależności korelacyjne wynikające z możliwości przewidzenia oddziaływań, a...
-
Molecular differences in mitochondrial DNA (mtDNA) genomes of dogs with malignant mammary tumours
Open Research DataThe aim of this study was to determine molecular defects in mitochondrial DNA with the use of large-scale genome analysis in malignant canine mammary gland tumours and indicate whether these changes were linked with the carcinogenesis process. With the use of the NGS technology, we sequenced 27 samples of mtDNA isolated from blood and tumours obtained...
-
Aplikacja wspomagająca przetwarzanie sekwencji dna: moduł dopasowań
PublicationBiologia molekularna jest obecnie bardzo dynamicznie rozwijającą się dziedziną nauki. Wzrost mocy obliczeniowej komputerów pozwala na coraz szybszą i dokładniejszą analizę wielocząsteczkowych biologicznych polimerów. Poniższy artykuł przedstawia jeden z modułów programu AlignGator - modułowego systemu przeznaczonego do analizy DNA. Omawiany moduł pozwala na tworzenie, oraz edycję wielodopasowań. W początkowej części artykułu opisane...
-
Dominant Pathways of Adenosyl Radical-Induced DNA Damage Revealed by QM/MM Metadynamics
PublicationBrominated nucleobases sensitize double stranded DNA to hydrated electrons, one of the dominant genotoxic species produced in hypoxic cancer cells during radiotherapy. Such radiosensitizers can therefore be administered locally to enhance treatment efficiency within the solid tumor while protecting the neighboring tissue. When a solvated electron attaches to 8-bromoadenosine, a potential sensitizer, the dissociation of bromide...
-
USUWANIE ZWIĄZKÓW AZOTU Z ODCIEKÓW SKŁADOWISKOWYCH W PILOTOWEJ OCZYSZCZALNI HYDROFITOWEJ
PublicationOczyszczanie odcieków ze składowisk odpadów komunalnych jest jednym z aktualnych problemów inżynierii środowiska, co spowodowane jest niekorzystnym składem odcieków, przede wszystkim wysokimi wartościami ChZT i stężeniami azotu amonowego, oraz obecnością trwałych zanieczyszczeń organicznych (TZO) i metali ciężkich. Obok wysokosprawnych, lecz kosztownych metod oczyszczania, np. technik membranowych, możliwe jest zastosowanie obiektów...
-
Decisional DNA with embedded Relief-F linear regression for knowledge and experience management
PublicationOmowiono zastowania Decyzyjnego DNA, regresji liniowej oraz funkcji RELIEF-F w procesach formalnego modelowania i wspomagania zarzadzania wiedza oraz zarzadzania doswiadczeniem.
-
Zastosowanie techniki LC-MS/MS oraz biotestów w analityce próbek środowiskowych w celu oznaczenia ich potencjału endokrynnego i zawartości wybranych związków endokrynnych
PublicationWyniki wielu badań prowadzonych w przeciągu ostatnich lat mogą stanowić podstawę do stwierdzenia, że zanieczyszczenia emitowane do środowiska ze źródeł antropogennych mogą stanowić kolejny rodzaj zagrożenia, z którego nie zdawano sobie sprawy wcześniej. Zanieczyszczeniami takimi są substancje z grupy EDC definiowane jako jakikolwiek czynnik, który wpływa na syntezę, wydalanie, transport, wiązanie, działanie lub wydalanie hormonów...
-
DNA repair is responsible for the presence of oxidatively damaged DNA lesions in urine
Publication -
Low-Molecular Pyrazine-Based DNA Binders: Physicochemical and Antimicrobial Properties
PublicationPyrazine and its derivatives are a large group of compounds that exhibit broad biological activity, the changes of which can be easily detected by a substituent effect or a change in the functional group. The present studies combined theoretical research with the density functional theory (DFT) approach (B3LYP/6-311+G**) and experimental (potentiometric and spectrophotometric) analysis for a thorough understanding of the structure...
-
Rola związków znaczonych izotopowo w analityce środowiskowej
PublicationKażdą procedurę analityczną można potraktować jako łańcuch złożony z ogniw, które obrazują poszczególne czynności i operacje. Zgodnie ze znanym przysłowiem, które mówi, że ''Łańcuch jest tak mocny jak jego najsłabsze ogniwo'', także i w przypadku procedur analitycznych szczególną uwagę należy zwrócić na te czynności i operacje (wykonywane zarówno w terenie, czyli in situ, jak i w laboratorium), które wymagają szczególnej troski...
-
Problem związków rtęci odprowadzanych do systemów kanalizacyjnych
Publication -
The Neural Knowledge DNA Based Smart Internet of Things
PublicationABSTRACT The Internet of Things (IoT) has gained significant attention from industry as well as academia during the past decade. Smartness, however, remains a substantial challenge for IoT applications. Recent advances in networked sensor technologies, computing, and machine learning have made it possible for building new smart IoT applications. In this paper, we propose a novel approach: the Neural Knowledge DNA based Smart Internet...
-
Molecular basis for the DNA damage induction and anticancer activity of asymmetrically substituted anthrapyridazone PDZ-7
Publicationnthrapyridazones, imino analogues of anthraquinone, constitute a family of compounds with remarkable anti-cancer activity. To date, over 20 derivatives were studied, of which most displayed nanomolar cytotoxicity towards broad spectrum of cancer cells, including breast, prostate and leukemic ones. BS-154, the most potent derivative, had IC50 values close to 1 nM, however, it was toxic in animal studies. Here, we characterize another...
-
Decisional DNA based framework for representing Virtual Engineering Objects
PublicationIn this paper, we propose a frame-work to represent the Virtual Engineering Objects (VEO) utilizing Set of Knowledge Experience Structure (SOEKS) and Decisional DNA. A VEO will enable the discovery of new knowledge in a manufacturing unit and the generation of new rules that drive reasoning. The proposed VEO framework will not only be knowledge based representation but it will also have its associated experience embedded within...
-
How acidic amino acid residues facilitate DNA target site selection
PublicationDespite the negative charge of the DNA backbone, acidic residues (Asp/Glu) commonly participate in the base readout, with a strong preference for cytosine. In fact, in the solved DNA/protein structures, cytosine is recognized almost exclusively by Asp/Glu through a direct hydrogen bond, while at the same time, adenine, regardless of its amino group, shows no propensity for Asp/Glu. Here, we analyzed the contribution of Asp/Glu...